1830年5月，林则徐服阙抵京，后留京“侨居静俟”，直到8月17日，才接旨放湖北布政使。
这次在京逗留期间，林则徐还和黄爵滋、张维屏、龚自珍、魏源等人相过从。龚自珍和魏源当时以批判程朱理学、揭露社会腐败、主张改革时政而名满京师。
林则徐和他们交识往来，除早已彼此慕名以及见解相近外，还因龚自珍的父亲龚丽正是他的老朋友。1822年，他们同路相陪进京，同日引见和召对，又同日南下，相处十分契合。林则徐曾作诗记其事：
分符曾忝郑公乡，邻照还瞻召伯棠。
东阁谁知迟捧衽，北辕才喜共停装。
班荆野店三更月，待漏爻闾五夜香。
最羡承恩频顾问，一门华萼总联芳。
8月底，林则徐出都赴楚， 于10月6日抵任。“楚省政疲俗旱，连年水患频仍”，此时荆州正遭大水，“刻下便须办赈，棘手之处，不一而足”。到任3个月，“始而抚恤灾黎，继而勘办蠲缓，近乃修筑堤防”，事务繁忙，“殆无片刻之暇”。
1831年4月11日，林则徐接任河南布政使。
在豫期间， 他清理各洲县悬款， 为政府疏通财源。
这年夏天，江苏灾情十分严重，江北广大地区“村庄田庐荡然”，连省会江宁也被水淹。8月6日，林则徐立即配合江苏官府赴豫采买米麦，赴灾区平粜。他认为在“济荒”问题上，可以用供给资金、免其关税、严禁吏胥索价等办法鼓励米商贩卖，让米商互相竞价，来降低米价，达到救荒的实效。两江总督陶澍赞赏林则徐的务实作风和主张，出奏调他到江苏主持灾赈事务。8月21日，林则徐又被调任江宁布政使，次日即动身南下。一路上，他采买小麦2万石，以急苏省赈灾之用，并查勘了桃源、宝应、高邮、甘泉、江都等县灾情，9月8日在扬州接任，随又马不停蹄溯江而上，勘查了仪征、六合、上元、江宁等县。
几年来，林则徐“管领江淮河汉”，活动于长江、淮河、黄河、汉水流域，处理了棘手的经济事务，表现了干练的才能和务实的作风，深受道光帝的眷顾。
这年11月，道光帝以林则徐“出膺外任已历10年，品学俱优，办事细心可靠”，擢升他为东河河道总督。
东河河道总督管辖山东、河南两省境内黄河、运河的防修事务。林则徐到任时，正值严冬，霜降水落之后，山东运河沿岸，朔风司令，冰冻雪阻。为了让来岁新漕畅引无阻，他即督促运河两岸各厅讯煞坝挑河，插锨兴工，同时命令鲁、豫两省黄河地段属吏，防备黄河上的积冰冲击堤岸。
2月上旬，他亲往各工段查验，细心体察，咨访研求河工形势和工程质量。对于办理不力的属吏，严行纪律。一次，林则徐来到钜嘉讯，发现河工紧急之时，该汛主簿徐恂督工不认真，河床被挖得东深西浅，这样日久会发生淤积，致使河身变窄，他“力振因循，破除情面”，遂将徐恂摘去顶戴，并视督补情况，决定去留。
2月下旬，林则徐前往河南东部黄河两岸，挨次查验河防各厅的料垛， 细心拆验，“周历履勘，总于每垛夹档之中逐一穿行，量其高宽丈尺，相其新旧虚实，有松即抽，有疑即拆，按束以称斤，无一垛不量，亦无一厅不拆”。在兰仪厅蔡家楼，他发现垛底有潮湿之料，立即将该厅同知于卿保撤任，并要他赔补损失。
3月8日，林则徐正在上南厅查验，忽接禀报，虚城上讯十六堡底厂存秸56垛失火被烧，立即下令商虞厅补齐秸垛，不得烧多补少，或借察浮销，并于20日赶到现场视察，处分了监宋的委员、兵丁。
在查验黄河两岸河务的过程中，林则徐即留意钻研治理黄河的办法，初步形成改黄河由千乘即利津河入海。
林则徐严守职责，多次受到道光帝的眷顾，称他办事得力，“向来河工查验料垛，从未有如此认真者”，又说 ：“动则如此勤劳，弊自绝矣。作官皆当如是，何工尤当如是。吁！若是者鲜矣”。道光帝这样的隆宠，在当时的臣僚中是不多见的，林则徐感激涕零，决心做清廷的良臣廉吏。
1832年3月24日，林则徐在河南归河厅查验料垛之际，接到补授江苏巡抚的谕令。他的心情矛盾交织，既高兴，“知荷圣慈体恤，俾得离去河干”，又担忧，“三吴事会之难， 甲于直省，才轻任巨”。
但在江苏任过按察使、布政使，地方上的水旱频仍，经济残破，官场腐败，民生凋敝，深深印在他的脑海中，因此，他对于担任巡抚一职，忧心忡忡。传说林则徐每每听到贪赃枉法之事，经常要大发脾气。到职后，为了克制自己的卞急性格，曾手书“制怒”两字，悬于听事之堂。
林则徐自河南入苏北，耳闻目睹饥馑瘟疫造成的凄凉情景，正思索着如何收拾这个残局时，意想不到又出现一起英国人胡夏米驾船窜泊江南羊山洋的事件，他不得不把它当作到任的第一件大事加以紧急处理。
胡夏米是广东英国鸦片贩子对华航线船舶投资人兼英国国内货物经销商人的化名，此次于2月26日从澳门出发， 北上侦察中国沿海港口虚实， 为打开中国大门窃取情报。胡夏米的侦察航行是在东印度公司对华贸易专制遭到越来越大的国内压力的背景下进行的， 它无疑是英国大举侵华的一个前奏。 清朝君臣防范、驱逐胡夏米船，是从传统的排外政策为出发点的，实际上他们对外国资本主义和资产阶级根本缺乏了解。所以，沿海地方官吏除严厉防范胡夏米等人贩卖商品和与内地民人接触这两件事后，其余却毫不介意。英国侵略者正是巧妙地利用了这一点，顺利地实现了预期的侦察目的。
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