这一年，林则徐40岁，江南官绅、门生在他40初度之际，吟诗作文吹捧他，其中张应昌的一首是：
一疏无惭谏议臣，绿衣来荫五湖滨，
波恬河海舟能济，草鞠圜扉牍不尘。
平籴顿蘓鸿集野，深耕仍听犊呼春，
恩威沦挟江南北，妇孺欢胪寿者仁。
刘冀程的一首是：
赤紧雄繁是此都，昨秋霖潦盛三吴，
劝分檄待监河粟，得请筹宽石户租。
尽撤扃鱼通市舶，全收待犊散平芜，
桑经郦注烦疏析，疏到豳风七月图。
在一片赞誉声中，林则徐踌躇满志，卸去江苏按察使职事，准备专办江浙七府水利。
林则徐奉旨总办江浙七府水利后，首先督促查勘吴淞江、黄浦江和娄江三江水道，研究疏浚方案。他认为三江水道淤塞，“蓄泄无资，旱涝皆足为害， 如上年被水成灾，蠲缓赈贷，不但无入，而又上耗国用，下损民财，贻患匪浅”，疏浚工程必须赶紧动工。按惯例，河工费用由沾水利的州县分摊，但因去年水灾，不宜马上征摊，故建议督抚先行由藩库借垫以应挑浚之需。9月24日，林则徐接到母丧噩耗，立即请假奔丧。
1824年12月30日和31日，江南“高家堰十三堡、山盱六堡被大风掣坍万余丈，洪泽湖水外注，附近5州县及下游之泰州等多处均被水淹”，高家堰决口还引起淮河水位下降，一时“黄强淮弱，漕艘稽阻”，清廷为之震动，1825年2月，道光帝革除南河河道总督张文浩职，遣戍新疆。3月，复下特旨，命林则徐“夺情”，赶到南河督修堤工。
按照封建礼教，林则徐因丧母要在家乡丁内艰三年。但是，他知道河工关系到朝廷的漕运大务和千万人民的生命财产，“不得为忠，安得为孝 ？！”他毅然接受了“夺情”的谕旨，身着素服，不用顶戴，于4月离乡北上。
5月18日，林则徐来到高堰六堡二堤工次，具体差事还未派定，却立即毫不迟怠地出门四处查工，最后折回六堡。他沿途驻扎工地，“与僚佐孜孜讲画，竟无倦容”。返回六堡寓所后，他又天天往迤北或迤南一带工地查看。
6月8日，林则徐到清江谒见署两江总督魏元煜，第二天便接到谕旨，令与邹锡淳、陈云分段督催，由他具体负责山盱工段。 他急速返回工地， 由高堰六堡移寓山盱蒋家坝，住二帝宫内。他一丝不苟，连下雨天也坚持查工，素服徒步于泥泞中，修堤的老百姓竟忘掉这是一位三品大僚。
高家堰决口后，道光帝以河、漕交敝，诏令江、浙督抚筹议海运，林则徐等极力主张改行海运，道光帝遂命新任江苏巡抚陶澍筹办明年海运。陶澍奏请由林则徐负责，“往上洋筹办”。
林则徐在高堰、山盱虽只做些督催之事，并未经手工程，但由于不避嫌怨，刻苦任事，工竣时已经十分疲惫，旧病发作，但仍欣然赶往上洋筹办海运，不幸“旧疾大作”，只得辞退。这年10月，林则徐得到道光帝允准，回福州养疴，继续守制丁内艰。
1826年6月15日，林则徐在家奉旨，以三品卿署两淮盐政。他以“病疟日久，身体软弱，不克支持，一时实难就道”为由呈辞。直至1827年3月16日，守孝三年即将届满，才带着眷属，动身进京。5月20日抵京，26日，奉命出任陕西按察使兼署布政使事。关中距闽较远，迎养老父不便，道光帝察其衷情，告诉他只是暂时去一下，林则徐便于6月1日出京，26日抵达西安，果然奉到擢授江宁布政使的恩旨，只是新任陕西布政使方载豫还未到职，必须留陕暂代。他于8、9月间前往略阳县勘灾，兼勘移建县城。那时， 略阳水灾。“居民尚未安辑，加给一月口粮”，他在陕时先派人将老父与弟弟一并接到南京准备团聚。12月7日，林则徐得悉父亲在赴宁途中病亡于浙江衢州，便星夜从陕南奔丧，1828年1月到衢州，扶柩返回福州，守制丁忧三年。
丁忧期间，林则徐把大部分时间用于披图经史，并与旧日师友话谈桑梓，作文赋诗，有时也和他们徘徊于幼时钓游之地。林则徐关心家乡水利建设，看到福州西湖严重失修，山水冲激，加上沿湖西北乡的强梁豪右，又经将岸上积土推入湖中，围占田园，以致湖身渐趋堙塞。林则徐不忍“纵豪右之并兼，而致良农之坐困”，便向闽浙总督孙尔准、福建巡抚韩克均备陈利害，提出重浚西湖的建议，被采纳，并请他与海防同知陆我嵩、闽县知县陈铣分任其事。工竣后，林则徐又在岸堤上种了1000株梅树，还精制了两只游艇，供人湖上玩赏。他赋诗描绘工竣后湖光的景致和自己悠然自得的心情：
风物蛮乡也足夸，枫亭丹荔幔亭茶，
新潮拍岸添瓜蔓，小艇穿桥宿藕花。
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