这样，石达开便和安王和福王结了怨。石达开害怕洪氏集团，有朝一日会谋害他。于是，他选择了一条脱离太平天国，独自抗清的道路。
1857年5月底，石达开从天京出走后，沿途贴出宣言书。宣言书写得冠冕堂皇，说他是“一片赤心”，反而遭到“重重生疑忌”，将会受到谋害，出走是出于不得已等等。他的宣言，得到了广大将士的同情和支持。顿时，太平军的将官和士兵，纷纷跟着他走。
估计，被他带走的官兵总数在20万人以上。
石达开带兵出走，放弃了太平天国经营了多年的安徽、江西的战略要地，把军队带到很远很远的地方去，不受天国的约束，不顾天国的安危。他这种分裂活动，严重破坏了太平天国的武装和军队。
洪秀全等领导下的太平天国运动，像是一轮红日，喷薄而出。可是，一刹那间，变乱的乌云四起，红日被蒙上了阴影。天国的命运，也开始从兴旺走向没落。
经过天京变乱这样一场大浩劫、大灾难、大分裂以后，太平天国运动由高潮走向低潮，由进攻转向防御，由蓬勃发展走向衰败。
变乱引起了信仰危机，使得民心涣散。听一听当时流传的民谣吧！
“天父杀天兄，总归一场空，打打包裹回家转，还是做长工。”
“天父杀天兄，江山打不通，长毛非正主，依旧让咸丰。”
经过这次变乱，洪秀全头脑有些清醒，他意识到问题的严重，于是采取了一些弥补措施。例如，把杨秀清被害的日子，规定为《天历》中的重大纪念日：
“七月念七东升节，天国代代莫忘些。”他还把第五个儿子，过继给东王，封为幼东王。对被害的东王部下，都一一褒恤。他想借这些来挽救宗教信仰危机。
变乱在政治上造成的危机，也相当突出。太平天国再也找不到像杨秀清和石达开那样有威望，有魄力，文武双全的人了。洪秀全本想大权独揽，一人统管军政。但是，他长期脱离群众，高高在上的教主生活，使得他没有处理军政大事的魄力和能力。加上，他加封的那两个哥哥贪赃枉法，仗势欺人，把天国的政治，闹得乌烟瘴气。这一切，就连清头目曾国藩都看出来了，他说：“太平天国大有众叛亲离之势。”
“韦石变乱”以后，太平天国的骨干力量和精锐部队，死的死了，走的走了，造成“朝中无将，国内无人”的恶果，大伤革命的元气。难怪曾国藩拍手称快，说：“内乱后，贼的势力大衰了！”“攻下金陵（天京）的日子，不远了！”
变乱之前，西征军屡打胜仗，占领了江西、安徽等省的广大地区。曾国藩被打得连吃败仗，吓得像乌龟一样，缩在南昌城里，惊魂失魄。可是，眼看形势一片大好的时候，发生了天京变乱，西征军不得不停止进攻，使面临绝境的敌人，得到喘息的机会。他们重新调整部署，向太平军猖狂地进行反扑。
驻守江西和安徽的守军，纷纷向天朝求援，洪秀全已无力调拨援军。因为，石达开不听他的，反带领一支强大的军队，远走高飞了！
顿时，太平军控制下的广大地区，纷纷沦陷，镇江、九江、吉安等战略据点先后失守。太平天国前期所取得的胜利果实，一一断送了。
变乱，给太平天国革命造成了严重的内伤、外伤，把一场轰轰烈烈的农民运动葬送了。
一些将领长吁短叹，说：“这都是洪秀全自己惹出来的啊！”
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