转眼到了1948年6月，迫于国际国内的压力，国民党政府迫不得已，只得把冈村宁次交出来，在国内对其进行象征性审判。7月12日，冈村宁次接受法庭调查。8月9日，石美瑜庭长向国防部提出冈村宁次应扣押于战犯监狱，终获批准，冈村宁次被送进上海高镜庙战犯监狱。
在审判之前，怕冈村担心，国防部二厅曹士徵少将向日本小笠原参谋透露：“对冈村的审判……由于蒋主席、白崇禧国防部长、陈诚总参谋长、何应钦将军等对冈村在停战后的工作甚为感谢，审判只是走走形式，毋庸挂虑。”8月22日，典狱长孙介君特意看望冈村，并密谈道：“先生前在塘沽协定时和在停战投降时，均未采取对中国不利的措施，中国有识之士均甚嘉许。蒋总统本无意使先生受审，然考虑国内外的影响，不得不如此。但绝不会处以极刑……请安心受审。”并教给他受审时应采取的适宜态度——“对中国民众所受灾难，要以痛心为宜。判决后可根据病情请求保释监外疗养，无论是审理或入狱只是形式而已。”8月23日上午9时30分，开始对冈村宁次公审。礼堂内座无虚席，外面广场上也挤满了人。开庭后，检察官王家媚首先宣读起诉书。
起诉书读完，对被告人和证人进行庭审。当审判正在进行中，庭长石美瑜忽然接到南京来电，说冈村宁次案子暂停审理。下午6时30分，石美瑜在法庭宣布：“今天只审不判，至此休庭。”全场愕然。对冈村宁次一案的审判，就这样又拖延了下去，冈村宁次在有关人员的安排下不久离开战犯监狱。
这一休庭就一直拖延到1949年1月26日，在这期间，国民党亲日派的要人们，为使冈村宁次逃脱法网而奔走斡旋。在1948年11月份讨论对冈村宁次的判决问题时，何应钦、曹士徵等极力主张无罪。11月30日，汤恩伯派人透露给冈村宁次一个好消息：蒋大致同意对冈村宁次应判无罪。1月26日10时，对冈村宁次进行第二次，也是最后一次公审。事前并未公布，法庭甚狭小，规模亦甚小，只有新闻记者20多人。特邀辩护律师迟到了，只有钱龙生律师一人。开始如同演戏一般，依次出演了一套程序：开始要求被告对检察官论罪理由进行申辩，冈村仅回答同意各辩护律师的申辩；之后钱律师作简短补充申辩，石庭长再次问冈村还有何最后陈述，冈村立即表示对法律审判无任何意见。但又假惺惺地表示由于日本官兵的罪行给多数中国国民造成物质、精神上的灾难表示歉意，对因病推迟审判造成工作困难表示感谢。随后，进入讨论量刑阶段，法官们纷纷发言，一致表示，冈村宁次是残杀中国人民的大战犯，为伸张正义，维护民族尊严，平抑民愤，理应判处极刑。听完大家的发言，庭长石美瑜面色苦涩地从公文包内取出两份文件展示给众法官，一份是代总统李宗仁和京沪杭警备总司令汤恩伯签署的命令：“冈村宁次遣俘有功，法庭应该宣告其无罪。”另一份文件则是抄写工整的判决书：“冈村宁次无罪。”
法官们目瞪口呆，面面相觑。这时，石美瑜才说明真相：“此案上峰已经决定，我已身不由己。”石美瑜告诉不愿签名的法官们：“你们要不签字，我也没办法。在隔壁房间里，已有国防部派来的五位军法官，在此等候。他们马上可以接办本案，宣布重新审理。我们五人就到地下室去(指警备司令部的看守所)。”法官们被迫在判决书上签了字。这样，下午4时，冈村宁次竟当场被宣布无罪释放。
国民政府公开袒护日本战犯的罪行，引起全国人民的一致谴责。1月28日，中国共产党发言人就此事严正声明，强烈谴责对冈村宁次的无罪判决，要求重新逮捕他，并以此作为与南京方面进行和平谈判的一项先决条件。中共中央的声明引起了很大的反响，得到了国内舆论的广泛赞同。由于此时蒋介石已宣布下野，代总统李宗仁为争取和谈，下令重新逮捕冈村宁次，但时任淞沪警备司令的蒋介石的心腹汤恩伯却将命令扣压不发。
汤恩伯还于30日上午10时，安排冈村宁次乘“维克斯”号轮船驶离上海黄浦港，逃回日本。
国民政府为何如此放纵包庇罪大恶极的侵华首号战犯冈村宁次呢?汤恩伯在日记中道出了真情：对冈村宁次大将进行审判时，正值华北局势恶化，共产党对此审判也极为注意。在国防部战犯处理委员会审议本案时，行政院及司法部的代表委员均主张判处死刑或无期徒刑。我从反共的见地出发，主张宣判无罪并要求主任委员、国防部副部长秦德纯，特别是何应钦部长出席参议审议，结果我的意见获得胜利，并经蒋总统批准。而且冈村宁次即使法律上构成犯罪，鉴于当前国内外形势，从政策上考虑也宜宣判其无罪。
这就是对这个双手沾满鲜血的中国派遣军第三任总司令官的判决!不仅如此，而且国民党在内地失败后，企图“重振旗鼓”，在台湾成立了“革命实践研究院”，1950年，该院还聘请冈村宁次为其高级教官。同时，日本国内一些战前官兵组织了“战友联”，冈村宁次被选为副会长，后来还担任过会长、名誉会长。
1966年9月，冈村宁次因心脏病突发去世，时年82岁。曾对中国人民犯下无数不可饶恕罪行的冈村宁次，最后却是享尽了天年，试问那些反共卖国、庇护战犯者，当你们面对无数阵亡烈士，无数惨遭杀戮的平民百姓，面对中华民族的尊严时，情何以堪呢!
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