他自知双手沾满了中国人民的鲜血，现在战败，作为败军之将，必是难逃法网。虽然冈村宁次自言，常年战火，自己已经“大体对生死观已有定见”，“贯彻忠节无死无生”的武士道精神，但事到临头，他却千方百计为保住这条老命而费尽心机。他甚至向东京大本营发出电报，要求辞去中国派遣军司令官之职，以摆脱罪责，东京大本营迅速回电，电文只有4个字“孩童之言”。
正当冈村宁次备感绝望之际，恰在此时，冈村宁次收到了蒋介石的一封电令，命令他的部队“暂保有武器及装备，保持现有态势，并维持所在地方秩序及交通，听候中国陆军何应钦总司令之命令”。
在中国战区受降典礼上，冈村宁次签署投降书此时蒋介石的军队大多在西南地区，面对日军即降，蒋电告冈村宁次，为的是防止中共就近“得利”，依靠日伪军先替自己看好地盘。日军败北，蒋的目标可要集中于反共了。冈村宁次坚决迎合蒋介石的要求，他立即命令所属部队，“未得蒋统帅系统命令，对敌人的任何要求，坚决予以拒绝，必要时则采取武力行动”。因为冈村宁次在这期间力遵蒋命，积极以共同反共向蒋介石献媚邀宠，加之，以前剿共中的“颇多”战果，才使他后来得到国民政府庇护，而逃脱惩罚。这是后话。
话说，8月21日，冈村宁次按照国民党受降主官、陆军总司令何应钦的命令，先派他的副参谋长今井武夫乘飞机去湖南芷江城，谈判投降事宜。
8月23日，今井武夫返回南京向冈村宁次作了汇报。冈村宁次根据国民党备忘录的要求，迅速草拟了《和平后对华处理纲要》，坚决支持重庆中央政权的统一，关于移交武器、弹药、军需品等问题，要完全彻底地交付给重庆政府军队。
9月1日至5日，中国新编第六军被陆续空运到南京。8日，陆军总司令何应钦上将进驻南京。
中国方面特意选择9月9日上午9时的“三九良辰”，在原国民党陆军总部大礼堂举行受降签字仪式。
这天，从陆军总部大门到礼堂门口，树立着三座牌坊，第一座牌坊上悬挂十个金色大字：“中国战区日本投降典礼”，中间牌坊上书写着“和平永奠”，礼堂门口的牌坊上则镌刻着“胜利和平”四个大字。通向礼堂的道路两旁，悬挂着同日本作战的中、美、英、法、苏等盟国的国旗。中国战区受降官是陆军总司令何应钦、海军总司令陈绍宽、陆军副总司令顾祝同上将和陆军总参谋长肖毅肃中将等。日本方面的人员包括日本中国派遣军总司令官冈村宁次、参谋长小林浅三郎、副参谋长今井武夫、日本支那方面舰队司令官田福良三、驻中国台湾日军参谋长谏山春树和中国派遣军司令部参谋小笠原七人。
上午9时整，何应钦宣布受降仪式开始。首先，冈村宁次出示了日本政府出具的授权冈村宁次投降的证明书。然后，小林浅三郎从何应钦手里接受受降书两册，转身走回日方座位交给冈村宁次。冈村宁次将受降书一一阅读，手微微颤抖地签了字，虽然，对方是旧日相识，且一贯亲日，但还是由于心情慌乱，而将图章盖歪了。盖章毕，冈村宁次低头俯视受降书达50秒之久。之后，小林浅三郎又挟着投降书缓慢僵直地走向受降席，双手递给何应钦。何应钦接过降书，代表中国战区签名盖章，然后，宣布受降仪式结束，命令日军投降代表退庭，整个受降仪式仅用了18分钟。至此，持续八年的抗日战争，最终以中国人民的胜利而宣告结束。
奉何应钦上将的训令，中国派遣军总司令部改为中国战区日本官兵善后联络总部，冈村宁次改任善后总联络部长官。当晚，冈村即对所属部队下达了向中央军各受降主官办理投降事宜，交出武器、装备的命令。
以战争结束为转机，中国国民党方面特别是上层人物掀起的加强日中合作的热潮不断升温，蒋介石更是提出了所谓的“以德报怨”的口号，其实是假日本人之力，实反共之举的图谋。
受降仪式的第二天，何应钦便率一些高级将领，与冈村宁次举行了“亲切会见”。何应钦提出：“对日战事结束了，国共战争就要开始，我们对共产党作战困难不少，蒋主席说要请贵军协助。”冈村宁次马上响应，说道：“我既受天皇之命向中国投降，就应该忠实地为中国政府效劳。”10月21日，何应钦邀请冈村宁次举行第二次会谈，23日晨，蒋介石还亲自出马与冈村宁次会晤。这时的冈村宁次哪里像个阶下囚，俨然是一个座上宾了。
1945年11月6日，国民政府在光复后的南京设立“战争罪犯处理委员会”。当月，中国共产党在延安公布战犯名单，冈村宁次被列为第一号战犯。
1946年1月，远东国际军事法庭将冈村宁次和东条英机、松井石根等人一起列入战犯名单。
对此，冈村宁次自忖，会被判为战犯，而且“死刑也在所难免”。但蒋介石国民党政府此时却想方设法庇护这个抗日战争中以及抗战后反共有功的战犯。
1946年2月12日，何应钦派人转告冈村宁次：“总司令部参议政府不以战犯论。”这使冈村宁次悬着的心稍安下来。
不仅如此，在1946年6月国民党军队挑起内战后，在何应钦、汤恩伯等人的建议下，冈村宁次竟被秘密聘为国防部高级军事顾问，以发挥他的所谓“军事天才”。此前，冈村宁次有名的《剿共指南》就已被译成中文后大量印发给国民党军各级指挥官。这年底，国民党当局把他从南京萨家湾原日军总部大院迁居到鼓楼以西金银街四号，以隐其行踪。在这里，冈村宁次遵国民党军事当局之托，先后撰写了《毛泽东的兵法及对付办法》、《围点打援是共军的作战特点》、《从敌对立场看中国军队》、《以集中兵力对集中兵力歼灭共军》等分析报告和文章。他的这些报告和文章受到了蒋介石的高度重视，只有极少数的人才能阅看。对这个侵华日军的总头目长期逍遥法外且久无音讯，各界舆论纷纷向政府提出质问，国民政府一直以“此人目前仍任联络部长官，遣反侨、俘工作尚未结束”为由进行敷衍搪塞。而东京国际军事法庭也曾几次照会国民政府，要求冈村宁次出庭，国民党当局照样制造理由，搪塞过去。
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