3月中旬，徐向前从延安出发，经四天行程到达抗大总校校部所在地的绥德县西山寺。不久，李井泉也到了这里。抗大的领导班子正式组成。中央任命徐向前为校长，李井泉为政治委员，何长工、彭绍辉为副校长，陈奇涵为教育长，徐文烈为政治部主任。这时，抗大总校刚从敌后迁回（在此之前，抗大总校设在河北省邢台县浆水镇）。同时，中央又决定将设在晋察冀根据地的二分校、晋西北的七分校、延安三分校（即军事学院）与总校合并。合并后新的学期统称第八期。
徐向前到达绥德，一面建校，一面接收学员。从1943年4月至6月，中心任务是整编机构，端正思想，建家立业。为便于管理教育，他们将抗大编成三个教育基本单位，即抗大总校、二分校和七分校。
整编中干部教员缺乏是一个大困难。物资可以通过生产解决，干部怎么办？徐向前很苦恼。他除了从学员中解决一部分，又请求军委从延安编余人员中调来一部分。
抗大总校从敌后迁回陕北，军事学院与二、七分校合并，重组编制，加上不能很快投入正课等等因素，使于部和学员的思想甚为动荡，甚至出现了一些无组织无纪律的行为。针对这种情况，徐向前确定的方针是加强思想教育，严格规章制度。
思想教育，徐向前是从抓革命军人品质入手的。他要求学员和干部树立革命的人生观，有坚定的党性，服从组织，服从纪律，发扬自我批评精神；相互关心，上下一致，做执行政策的模范；反对自由主义，反对极端民主化，以无产阶级思想战胜小资产阶级思想和农民意识。要求学校各级干部以身作则，认真负责，克服“学生老大难管，队长政指怕管”的松弛现象。他首先从自己做起。抗大返回陕北初期，有些人仗着自己是从前线回来的，以功臣自居，行为不羁。看戏没有票硬往里同，不让进就大吵大闹。徐向前整顿这种坏现象，就在有文艺晚会的时候，搬个板凳往剧场门口一坐，也不说什么。自他这样做了之后，晚会的秩序就好得多了。
徐向前每天起床很早。学校规定干部和学员都要出早操。而他在学员出早操之前就出了“早操”，做完他的跑步、爬山、打太极拳等“自选项目”后，回来检查出操情况。校部机关有的干部不愿按时起床，他就到宿舍去看。看看贪睡者都有谁。有的人说：“徐校长早晨到宿舍去转，看到我们没起床，也不说什么就走了，可是，他不说，比批评几句还难受，下回再不敢睡早觉了。”
那一段，徐向前还兼任中央处理委员会主任，下面有中组部的一个工作组，负责考察从敌后调回的干部，向中央提出分配意见。团职以上干部他要亲自谈话。尽管这样紧张，他还经常到分散在百里以外的单位检查工作，帮助解决问题。
为了建家立业，徐向前提出了“首长负责，亲自动手，建立革命家务”的口号。全校教职学员，一面自建一部分校舍，一面开展了生产运动，有农业、商业、作坊，还有其它副业，当年收入近30万元。
整编就绪之后，从1943年8月至1944年11月，中心任务是整风审干和开展大生产运动。
整风占用时间最长，经历了曲折的进程。整风的领导机构为抗大总学习委员会，按中央指示，由徐向前、何长工、李井泉、徐文烈及各部部长、各大队政委组成，徐向前为学委会书记。
1943年8月14日，总学委会颁发《关于学校整风学习的决定》，标志着抗大整风的开始。《决定》确定的总方针是“清算思想，清算历史，检查工作，审查干部，四种工作有机的密切的配合进行”。
前两月为第一阶段。内容是学习文件，思想整风，和风细雨。徐向前和何长工、李井泉比较一致的思想是“要稳不要急”。徐向前还给大家讲红四方面军肃反扩大化的教训，用以提醒大家不要再蹈覆辙，因此，这段秩序比较正常。
10月中旬，上级派整风审干工作组进驻抗大，抗大整风进入第二阶段。在工作组指导下，提出“全面突破特务嫌疑分一子”的口号。其方法是康生“抢救失足者”的那一套，有“坦白运动”、“劝说运动”、“开大会”、“做报告”、“集体劝说”、“个别谈话”等等。康生说什么：“现在的时间是紧迫的，他们要在这紧迫的时间中挽救自己，而共产党员们也要在短促的时间内抢救他们。”中央直属机关已经坦白450人，还不是他的理想数字，他认为“还有一些失足的人至今没有向党坦白”。结果不能不导致逼、供、信和扩大化。毛泽东曾力图纠正这些做法，提出审查干部九条方针，但已经刮起的风并没有立即煞住。整风工作组进驻抗大之后，仍是搞“即席坦白”、“五分钟劝说”。还有一种叫“照像”，在开会时，人一批一批地到台上去站着，看你脸色有没有变化，若坦然自若，面不改色，即被认为没问题；若神态拘谨，面红心恐，就有被定为嫌疑分子的可能。怀疑压倒了信任，使一些人蒙受了冤屈。抗大总校当时有排以上干部1052人，坦白分子、嫌疑分子达602人，占总人数的57 2％。伤害最大的是干训队，总人数496人，两种“分子”达373人，占75．2％。10月下旬，徐向前回延安去了。他在延安虽然经常过问学校的运动，但左右不了形势。
12月下旬，中共中央、毛泽东开始下决心纠正整风中的偏差。抗大整风才开始摆脱那种“左”的做法，转入运动的第三阶段。学校总学委会召开整风工作总结会议，徐向前因在延安没有出席，由李井泉、何长工主持。当有人到延安向徐向前请示汇报工作时，徐向前说：审查干部要慎重，不要轻易给人家定反革命、奸细、特务。要注意调查真实材料，可以到晋西北去调查，也可以到延安调查。有了可信的材料，才能说他是个啥。从这时开始，实际上停止了群众性的审查运动，转入专职干部和骨干、积极分子为主的甄别复查。学员和一般干部组织起来学习文件，参加生产劳动。
转入甄别复查阶段后，徐向前从延安给何长工、李井泉写信，专门谈了做好各种人员的思想工作问题。他指出要发动大家敢于起来说话，积极进行批评与自我批评，使积极分子了解，过去有些方法是错误的，如逼、车轮战等。使搞错了的起来辩白，得伸其冤，向党靠拢。使真正坏人和图隐其奸者，得暴其恶。他提出了几点值得注意的事项：
一、自我批评必须先在领导干部、积极分子中搞通，才有力量，才能实事求是，不致在大翻案中迷失方向。
二、自我批评必须态度要诚恳，程度要适当，说话有分寸，必须是实事求是的精神。
三、领导干部、核心积极分子进行了自我批评之后，必须有计划、有组织、有领导地发动坦白者、半条心的人、两条心的人进行自我批评。
他在信中说：大翻案是必然的，最近党校开展批评后，有许多人也翻案了，不要怕。被冤屈的人，说些不满意的话，发些牢骚，我们不必着急。他还就大胆使用干部的问题提出了意见。
抗大整风后期的工作延续的时间较长，进行得比较细致。在中共中央正确指导下，徐向前亲自关怀整风、审干工作，经过甄别复查，那些“坦白分子”、“嫌疑分子”基本都平了反。在整风审干期间，抗大的大生产运动并没停止。1944年的生产总收入达4．76亿元，比头一年翻了好几番。
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