以汪精卫为首的亲日派和主和派，在一届二次国民参政会上，更加对抗战前途失去信心，而企图对日妥协，甚至投降。因此，林伯渠等中共参政员在这次会上与投降派的斗争，也就更加激烈。这次会议，不仅通过了陈绍禹等六名中共参政员领衔提出，并得到张澜、史良、沈钧儒、邹韬奋等六十七人联署的《拥护蒋委员长和国民政府，加紧全民族团结，坚持持久抗战，争取最后胜利案》，还通过了陈嘉庚提出的《官吏谈和平者以汉奸论罪》案。当时，陈嘉庚在新加坡，会议召开时，他以参政员的身份打来电报，向会议提出此案。因按参政会的议事规则规定，任何参政员的提案，均须详具理由，并有参政员十二人联署才能成立，汪精卫等投降派便借此极力反对此案。他们甚至挖苦说：“照这样说来，我们的外交官都得辞职。”林伯渠等中共参政员则积极支持陈案，其他许多参政员亦纷纷签字表示支持。邹韬奋就曾说，“这寥寥十一个大字”，“是古今中外最伟大的一个提案！”①因为得到许多参政员的热烈支持，最后，会议虽将此案的文字改为《敌人未驱出国土以前，谈和平者以汉奸论罪》，还是通过了此案。
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①《韬奋文集》（3），三联书店1981年载，第186页。
为反对汪精卫等投降派，林伯渠在这次会议上，还领衔提出《严惩汉奸傀儡案》，并得到大会通过。《提案》明确指出：
抗战年余，全国军民莫不忠勇奋发，前仆后继，为民族之独立生存而奋斗，不幸有少数丧心病狂之徒，甘为日寇利用，粉墨登场，僭称政府。此辈民族叛徒，本会第一次大会宣言，已明白申斥之为“敌阀之俘囚，民族之败类”。日前因广州、武汉相继陷落，日寇阴谋更欲使南北傀儡合流，树立规模更大之傀儡政权，藉以蒙蔽世界，并假之以树立其在占领区域之统治。因之，必须对此辈甘心为虎作伥之民族叛徒，加以严惩。此不仅为维持我大中华民族之光荣所必需，抑且为打击敌寇阴谋，争取抗战胜利之必要步骤。①
《提案》提出的惩治汉奸傀儡的具体办法是：
（一）国民政府明令宣布一切参加南北及各省傀儡组织之民族败类，削除其国籍，并公告全国人民，人人得诛之。
（二）国民政府应明令没收此类傀儡之一切财产，以充抗日经费。
（三）对被迫参加伪组织之人员，国民政府应明令劝告限期脱离伪组织，容其自新，否则，即依（一）、（二）两项办法严惩之。②
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①② 《国民参政会资料》，四川人民出版社1984年版，第108－109页。
这一提案的提出和通过，有力地打击了汪精卫等投降派，对一切傀儡汉奸也都是一个严厉的警告。
汪精卫及其影响下的走卒，在这次会议上一无所获，反而进一步暴露了真面目，会议过后不久，他们即相继逃之夭夭，叛国降日。因此蒋介石便替代汪精卫成了参政会的议长。
一九三九年二月，林伯渠再次来到重庆出席第一届第三次国民参政会。这时，由于抗战已进入相持阶段，蒋介石集团由抗战初期比较积极地抗日，逐渐转入消极抗战，对中共及八路军、新四军，陕甘宁边区、晋察冀边区不断进行挑衅。在这次会议召开前，中共中央书记处就给中共南方局并林伯渠发出指示，提出：“对此次参政会我们应宜采取较冷淡态度，以促蒋及国民党反省”①。根据中央的指示，林伯渠、董必武等在这次会上，提出了《加强民权主义的实施发扬民气以利抗战案》，要求国民政府对各党派给以法律上的保障。同时，还团结其他进步参政员，使会议通过了请政府有效地实施以前参政会通过各案的建议。
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①中共中央书记处致中共南方局并伯渠电，1939年2月6日。
蒋介石在这次会上，虽然也一般地表示要坚持抗战，如说“不战便会亡国，亡国便会灭种”等，但是他演说总的精神，却正如林伯渠三月二十二日向中共中央书记处汇报时所讲的，是“企图依靠英美力量压制日本，造成妥协局面”；他所说的抗战必有胜利把握，也主要是想“依靠英美取得胜利”。蒋介石在会上的演说还大谈“军政时期的重要”，影射攻击董必武说，“有人盲目提倡民主是对抗战有害的”，企图用团结的名义来反对和限制中共。
为反对蒋介石妄图限制中共，依靠英美抗日的思想，促使蒋及国民党当局的反省，在这次会议后，林伯渠还著文指出：必须依靠民众的力量，只有“保障人民的民主权利”，“实现了真正的民主政治，抗战建国事业的胜利才有保证。”
“应该深信我们民族的伟大力量一定可以最后战胜敌人”，我们固然不放弃争取国际的援助，但“主要地还是靠着我们自己的努力”①。
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①林伯渠：《第三届国民参政会的收获》，延安《新中华报》，1939年4月7日。
自抗日民族统一战线形成以来，中共同蒋介石集团之间就存在着尖锐的斗争。这次会议之后，这一斗争更加剧了。会议二月二十一日结束，二十三日，蒋介石即秘密颁布了《共党问题处置办法》、《沦陷区防范共党活动办法》。与此同时，他还指定陈立夫、徐恩曾、张冲、陈诚、康泽五人组成防共委员会，亲令河北、山西、陕西的国民党“于三个月内控制共党”。林伯渠不但在国民参政会上同国民党的投降派、顽固派进行了针锋相对的斗争，对于国民党制造的反共磨擦事件也进行了不懈的斗争。
还在一九三八年八月一日，八路军总部高级参谋宣侠父，就在西安被国民党特务秘密绑架勒死，投入西安下马陵的枯井中。接着，西安八路军办事处副官王克、押运员郭步海和派在火车站看守仓库的四位同志也先后“失踪”。林伯渠为此事，向西安警备司令部提出强烈抗议，多次与蒋鼎文进行交涉，要他负责把人交出来。他还将宣侠父“失踪”事件，报告了在武汉的周恩来，请周与国民党当局交涉。开始国民党矢口否认，后来，经周恩来当面向蒋介石提出抗议。蒋介石才只好说：宣侠父是我的学生，他违反纪律，我自有权制裁。
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