一九三四年十月十一日，中央军委发布长征命令，一方面军主力和中央、军委机关共八万多人离开中央苏区，开始长征。林伯渠被编在中央纵队，又名“红章”纵队。当时中央机关和后勤部门都编在这个纵队，共有一万多人。在长征的过程中，林伯渠同董必武、徐特立、谢觉哉等老同志一起，经过千难万险，进行了艰苦的行军，同时他还担负着没收征发委员会主任和总供给部长的职务，做了大量的后勤工作。
十月二十一日，中央红军于江西安远、信丰间，突破敌人第一道封锁线，渡过章水，进入广东北部。因为到了白区，不能再用苏维埃钞票买东西，过章水的第二天，总政治部代理主任李富春，根据没收征发委员会拟定的文稿，发布了《没收捐款暂行细则》，提出：各部队在白区行动中，应发动所属士兵尤其是党团员在驻地附近调查地主、富农及反动分子，进行没收工作，将没收的金钱、军用品、资料等集中团供给处，送交没委会；米谷、衣服、日用器具等的分配，由没委会规定原则，“由供给处负责商同政治处，分配给部队及群众（应当特别注意分发给当地群众）”。细则还规定：“在我军新占领之城市①，一切没收、征发、捐款等工作，均集中由进城部队之最高政治机关及其没收委员会统一进行，各部队不得单独进行，以免造成无组织的混乱现象。”
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①这里所说“城市”，主要是指一些县城。
长征途中，林伯渠在中央军委和总政治部的领导下，经常是每到一地，就召开会议和找人商谈，研究部署筹集与分配粮款的问题。
十一月，中央红军连续突破敌人第二、第三道封锁线，越过粤汉路和潇水，进至湘江东岸，随后，经过一周的激战，又渡过湘江，突破敌人的第四道封锁线。由于“左”倾教条主义者在红军战略转移中又犯了逃跑主义的错误，仍然保持着庞大的中央机关，舍不得丢掉坛坛罐罐，带着大批辎重，迫使红军不得不作甬道式的前进。过了湘江，中央红军就由出发时的八万多人减至不足四万人了。接着，部队进入湘桂边境的越城岭山区。这里山高路陡，桂系军阀胁迫老百姓坚壁清野，不但行军日益艰难，部队的供应也越来越困难。为了保证部队的供应，有时林伯渠还要亲自带领战士和干部去打土豪。
由于这一带多是苗族、壮族居住的地区，在没收和征集粮食的工作中，林伯渠十分重视党的民族政策。他经常教育战士和干部：“我们是革命的队伍，我们是保卫劳动群众和少数民族的，只能打土豪，不能伤害劳动群众和少数民族。只有这样，我们才能得到人民群众的支持和拥护。”①一次，他和部属一起去筹粮，那个地方的老百姓因受国民党反动派的宣传，把粮食藏起来，人都跑光了。他们走了好几个村庄，才在一户人家草席下面的坑里，发现了两百斤玉米。同志们正要往口袋里装，林伯渠却强调要弄清物主是谁。他说：如果是地主，我们按政策没收，将没收委员会的告示放在此地；如果是一般老百姓，则要按市价收买，并留言我们是红军，是帮助穷人打土豪分田地的。后来，经过调查分析，认定物主是一户中农，大家按林伯渠的指示，把信和钱压在坑边，才将粮食背走。
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①李坚贞：《手举马灯照万人》。
为了严明革命纪律，林伯渠对部属约法三章：一切缴获要归公，该分配给群众的分给群众，该留给部队的留给部队。个人不能私拿私分一点物品，不准吃土豪家的东西，也不准在土豪家煮东西吃。
十二月十一日，中央红军打开湖南通道县城，十四日占领贵州黎平。中共中央政治局在黎平会议上，采纳毛泽东的意见，放弃了到湘西与红二、六军团会师的计划，决定进军黔北，在川黔边境创建新的根据地。会上还决定对部队进行整编，紧缩机关，充实战斗队伍，将中央纵队（红章）与军委纵队（红星）合并。一九三五年一月初，中央红军渡过乌江，占领遵义。中共中央在遵义召开政治局扩大会议，批评了博古和共产国际派来中国的军事顾问李德在军事方面的错误，确立了毛泽东在全党全军的领导地位。从此，结束了王明“左”倾冒险主义在党中央的统治，使中国革命又重新走上了正确的发展道路。林伯渠热诚地拥护党的遵义会议的决议，拥护毛泽东的领导。
中央红军在遵义得到暂时喘息的时间，这里物资比较丰富，红军利用这个机会进行休整补充，但林伯渠的工作这时却更加繁忙了。进入遵义城的第二天，他就派总供给部杨志诚随一军团前往桐梓，协助一军团从事没收与征发工作，购买布匹、洋油、药品与通讯器材等。这时军委规定，各部队按规定的地区筹集到的粮食、现款和物资，除粮食留够自己部队一个月的食用以外，其他都要上报“没委”统一处置。一月二十三日，林伯渠以总没收委员会主任的名义和红星政治部主任李富春联名发出《各部队取用没收品征发品办法》的通知，规定：谷子一律不作价，由各部队按需要领取；每人每天发六分钱菜钱；取用盐、油、洋油照市价减半；布匹整匹的照市价三分之一算价。当时总没委和总供给部，依靠各部队和地方工作团将各种物资现款收集起来，然后再将布匹赶制成衣服、绑腿，按照新制定的供应标准，将各种物资和一些现款分到有关单位。这个工作量是很大的。
遵义是贵州的第二大城市，它附近的桐梓等县城的商业也比较发达。林伯渠在进行没收和征发的工作中，按照军委和总政治部的指示，十分注意保护工商业和争取中间势力的政策。他不止一次地强调：对城市的没收征发工作，一定要有计划、有秩序地进行，不要乱贴“空条子”；凡没收征发的事，均须经过没收机关的审查与批准，向商人捐款一定要极端审慎，没有明显证明其进行反革命活动的商店，不能没收；对于商人兼地主的，只没收其地主部分的财产，不没收其商店。如果不没收其部分财产，采用罚款更有利时，其部分财产也可以暂时不没收，对于反动统治下的保甲长及在反动机关任职的普通分子，应根据其阶级成分及群众对他痛恨的程度，而决定是否没收，不能一般的认为凡是保甲长便是反革命，而立即没收其财产。
遵义会议后，部队进行缩编。二月二十日，总政治部决定取消各级没收委员会，改为在各级政治部地方工作部下设没收征发科，负责指导与计划没收征发工作。林伯渠仍然担负着这方面的工作，特别是军委纵队的没收征发工作仍然由他直接负责。
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