当1939年民生公司的资产增至700万元时，孔祥熙、宋子文都想用大量投资的办法侵吞民生公司。孔祥熙暗地指使中央信托局出面，要出资占有股份的50～60％；宋子文也暗示，他所控制的中国银行也要投入60％的股份。卢作孚既要依靠他们的支持求得发展，又不愿让某一势力控制，于是他通过政学系首脑张群游说孔祥熙，示意不宜直接插手地方企业；又活动陈果夫、陈立夫门下的干员钱新之出面扬言，民生公司是交通运输业，投资不能没有交通银行的份。从而形成了政学系、孔、宋、陈在对民生公司投资上的僵持局面。最后以撤销增股，代以发行公司债券了结。由17家银行认购700万元的公司债券，从而形成了一债多主。互相牵制的局面，避免了孔宋财团的吞并。
但是，孔祥熙并没善罢甘休，想以暗中收买股票的办法控制民生公司的股权。但卢作孚对公司的股票转让有着严格的控制。孔祥熙的意图终于落空。
抗战爆发后，国民政府偏安四川，川江成为国统区交通运输的主干。而执川江航运牛耳的民生公司的地位也益显重要。由于卢作孚深谋远虑，民生公司同当时中央和四川地方各派势力又有着千丝万缕的联系，因而官僚资本集团虽然对民生公司垂涎三尺，也不便一举吞并。而民生公司既要求得政府当局的支持和资助，又要防范被鲸吞。而对如此复杂的局面，卢作孚周旋在中央财团与地方势力之间，变不利为有利条件，不仅维护了企业的独立存在，而且取得了长足的发展。
民生公司在战前即已垄断川江，但战前经营的航线仅限于四川境内及渝叙、渝沪两条直达航线。沪战爆发后，随着战局的变化及后方的需要，又开辟了30多条长短航线。这些航线是：
为疏运上海、汉口、宜昌西迁人员、物资，开辟了长江中、下游及汉湘、宜湘、宜渝分段运输航线12条；为适应战时后方交通需要，开辟四川境内的短途航线19条；为衔接川湘、川黔、川滇水空联运开辟航线6条。
此外，卢作孚审时度势地派轮对金沙江、乌江、赤水进行了考察和试航，为轮船运输开拓了新航线。在其经营航线的港口，设置了办事机构和夏栈设施，组成了战时后方的经营网。
民生公司在扩展后方航线的同时，为了解决进口货源骤减，船用器材奇缺的困难，凭借自己的技术力量，研制船用高压水管锅炉，自制船舶配件，以替代进口产品；以木代钢制造木壳机动船；就地取材，试验代用燃料以及其他船舶技术改造等方面，都取得了显著成效，维持了一支有效的运输船队，并不断发展壮大。
多年后，当人们重新审视民生公司的战时发展时，不仅解开了民生公司在战时如何发展的谜团，也对卢作孚的经营方法作出了准确公止的评价——
民主公司在后方营运中，承担了大量的公差运，所收运费极低，航运收入剧减，1939年第一次出现帐面亏损，这种情况一直持续到1945年而未能扭转。
那么，民生公司又是如何在这种情况下能飞跃发展呢？
表面上看，民生公司一方面出现帐面亏损，而买质上民生公司又在其他企业进行大规模投资。据统计，先后在48个企业投资，投资额达140万元（战前货币未贬值时）。投资总额占股本的比重，1939年为25.6％，1941年为56.％。投资的范围之广是一般的企业无与伦比的。这恰恰应验了卢作孚“将连带的生产事业统一为一个或全部的联络”的设想。
战时，中国几家大的航运公司如招商、三北大都萎缩，只有民生公司才得到迅速发展。这与卢作孚的经营管理思想是分不开的。《中华水运史》评述道：
“民生公司主要之业务本来在川江。国府西迁，川江运输繁要几倍于往昔，民生公司以保有多数之内河轮船，适应急切环境的需要，业务进展，自非其他公司所能及。
“民生公司轮船在抗战初期未被征用，而在沪轮船亦于江阴封锁以前驶入长江，产业保全毫无损失。
“长江中下游轮船自京沪武汉撤退，均感流亡之苦，民生公司得以廉价收买，增加它的运输力量。
“陪都人才荟萃，民生公司大事罗致，内外管理亦多改善，以上各项，时势人谋兼而有之。”
这一评论是中肯的。但所述多在“时势”，而在“人谋”方面，卢作孚煞费苦心。
战前，民生公司每收并一家轮船公司，即是增加一次股本。其在开办以来至1945年的20年中，到1937年增至350万元时，增资的方式除在接收船产时以产抵资外，还有者股增值、招募新股和发行公司债券。1937年增资时，以1936年6月30日、9月30日、12月31日以前入股为时限，老股股本分别按100％、80％、60％升值；1939年扩资时，老股又升值50％。其实质固在增股扩资，同时也是对老股进行利润的再分配。而扩招新股的对象则主要是面向银行资本家。1929年以前，官僚、地方约占全部股份的50％，1936年后，逐渐降低，1936年、1942年、1945年分别递减为30.7％、23.4％和17.2％；资产阶级股份分别为29.7％、54.4％和63％，其中银行资本由1936年的3.2％激增至1945年的39.2％，近40％的股权掌握在仅占股东总数的1％左右的14家银行的手中。这一情况表明，历次扩股使民生公司股东的社会结构逐渐由地方官绅转向城市资产阶级，并且股权日益集中于金融巨头。股本结构向城市工商业和银行资本转移，可以为公司的资金调剂带来极大便利。
发行公司债券是民生公司筹集资金的重要手段。继1935年发行100万元公司债券后，1939年为避免孔、宋财团吞并，改为发行700万元公司债券，17家银行认购，年息6厘，10年还清。卢作孚利用这笔资金，除付清购买船只及其他用途的款项外，跑买了大量的五金器材及原材料。熟悉经济的人不难看出，这笔公司债券贷款，贷期长，利息低，随着物价飞涨，货币贬值，到偿还时，只需以原购进的一小部分实物即足清还全部本息，这等于白白地获得一笔巨额资金。
此外，民生公司还同各家银行建立了广泛而经常的借贷关系。1941年到1945年，先后向“四行二局”（中国银行，中央银行、交通银行、中国农业银行，中央信托、邮政汇业储金局）贷款10次，以低于一般银行利息一半以下的低息，共计贷款5.28亿元（折合战前币值170多万元）。借期短的3个月，长的达4年。借款抵押，除部分是船产等实物外，许多却是“不实之物”。如1941年两次贷款共500万元，借款用途是购买油料。五金及添造新船，而契约中的抵押品则也是“借款所购油料五金”和“可能添造之新船”；1944年至1945年向中央银行3次贷款共4.65亿元，则是“库拨补贴”作抵。这种借贷关系，如果不是因为这些银行在民生公司占有巨额股份以及卢作孚的社会地位和影响，是不会建立起来的。
卢作孚还以民生公司修复被炸受损船舶及补贴公差亏损的名义，向政府申请了巨额补贴，自1941年至1945年，8次共获各种补贴折合战前币值280多万元，另获补贴美金7.45万元。
当然，民生公司获得发展的因素远不止上述这些。如扩大提留基金，紧缩企业开支；灵活运用资金，保持企业后劲等等。
“没有卢作孚，就没有民生公司；没有民生公司，没有这些牺牲，也就没有这些创造，也许不能造成战时的那种局面。”徐盈这样评价道。
卢作孚的眼光已投向南洋的各个岛国和太平洋彼岸的全色海岸……
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