歌乐山离重庆市区20多公里，终日云雾缭绕，松涛声连绵不绝。卢作孚刚搬到这里时，很喜欢这里的幽静环境，但时间一久，它的景致再也提不起卢作孚的兴致。1941年冬天，卢作孚害了一场大病，后来病情稍有好转，他就又开始了奔忙。谁知不久后，他的病情又迅速恶化。为彻底治疗，民生公司向金城银行借了歌乐山上的一所房子，迫使卢作孚搬来静心养病，接受医生的治疗。
他也是个闲不住的人，又岂能安度这种“世外桃源”般的生活！于是，他的病房又变成了办公室。
虽说是治病，但公司的文件还是一份又一份源源不断地送到他的床头，经他一一批注后，又一份份发出；电话铃声不绝于耳，每日会议不断。公司为此下了一道禁令：一般人员禁止打扰，一般的文件、电报禁止送来。可卢作孚不同意，但又执拗不过，只好同意每天在床头召开一次公司高级领导会议，处理极少重要文件。
卢作孚在担任了一年的全国粮食管理局长后，辞去了一切官职，只担任民生公司的职务。这样，他才总算又回到了自己的事业上来。这段时间，他把大部分精力都用在了读书上。
卢作孚对读书的喜欢程度超过了一般的读书人。当初他在建设北碚图书馆时，借阅须知就是他自己亲手起草的，并附在每本图书的背唇。他以“书”的自白口吻写道：
“一、请勿用龌龊的手拿我；二、勿使我被日光晒着雨点淋着，我同小孩一样，那些都是容易使我受病的；三、请勿用笔在我身上批字或作各种符号；四、勿将我的身体夹垫你的手臂；五、你读我未完而停止的时候，可用书签夹在我的身上（就是停止的篇页上）认为标记，切不可将我折角；六、勿把我放在不洁净的地方，望你时刻保持我的清洁；七。你不读我的时候，应立刻把我还给图书馆，因为我等着还要去会许多朋友，切不可把我幽禁在你的屋子里。”
卢作孚对读书有自己的深层见解。一名叫刘同仁的职工给他写了一封信，要求每日给半日的读书时间。卢作孚回店时这样写道：
“当此全部事业万分紧张的求前进之日，吾辈何忍以最少半日以上读书？最好办法，工作时间仍自己作，需要参考图书则尽量参考图书；工作以外，苟有时间，不拘多少，皆以读书……上作系经验，读书所以整理经验。即就个人立场说，亦不可重视整理，轻视经验，而况社会问题比个人问题更迫切，事业要求比家庭要求更为迫切。吾辈更不可重视个人与家庭之成功，而忽略社会与事业之成功。”
此时，他开始温习英语，构思他的文章，注视着战局的发展，图谋着民生公司的长远计划。
从某种意义上来说，应该感谢这场病，它给后人留下了卢作孚先生许多见解犀利的文章，是病，给了他时间。
战争仍在继续，可卢作孚已经看到了胜利的曙光。此时此刻，他所思所想的，不仅仅是若干年后的问题，而且也是眼前的问题。在他的灵魂深处，有着最深的苦痛，而这种苦痛，无时无刻不在折磨着他的肉体和精神。他不是一个喜欢在公共场所谈及个人苦闷的人，总是愿意一个，人静静地坐下来，将心事注入笔尖。他渴望理解，又常常不被人理解。
凡是在卢作孚身边工作、生活的人，都称他不容易被人理解。就连《大公报》的记者也这么说。张群则说卢作孚的一生“有一大堆不协调”的东西。
孙恩山于1944年在美国的一份杂志上发表了一篇文章《卢作孚和他的长江船队》，他在这篇文章中就直言不讳地谈到了自己的困惑：
“中国实业界这位第一号创造奇迹的人，于50多年前出生于一个卑下和微贱的家庭。当他还是20岁的少年时，他开始自己谋生。今天，作为一个创造了令人眼花缭乱的成就的全国闻名人物，他已将他童年时期的许多事物忘记，然而他却从未抛弃他在普通人民中艰苦一生所形成的个人简朴习惯和谦逊品德，尽管他目前的工作和生活状况看起来多少有点儿不协调。在他的新船上的头等舱里，他不惜从谢菲尔德进口刀叉餐具，从柏林进口瓷器，从布拉格进口玻璃器皿。但是在他自己的饭桌上却只放看几只晋通的碗和竹筷子。甚至这些船上的三等舱中也有瓷浴盆、电器设备和带垫的沙发椅，但成为强烈对照的，他那被称为家的6间改修过的农民小屋中，围着破旧桌子的却是一些跛脚的旧式木椅。”
但是卢作孚之子卢国纪在回忆录中却称这是“我们家有史以来住得最宽、最好的房子了”。这所房子在红岩村4号，尽管它只有40多平方米。
1942年夏天的时候，美军司令部赠给重庆的知名人士每人一台高档收音机，卢作孚得到一台。送来时他不在家，孩子们高兴得一个个手舞足蹈，可三个星期后，卢作孚回家一看，不由分说就搬走了，送给了民生公司电台。他的这种做法，也许有人又不理解。
卢作孚已是身兼数十个职务，除交通部次长、民生公司总经理、全国粮食管理局局长职务外，由于民生公司投资事业遍布川省，所以，他兼任了许多分支、投资企业的董事长。但他的清贫却是那样令人不可思议。他只在民生公司领取一份薪金，却养活一大家人。他在患病期间，家人曾想买只鸡炖给他吃，可家里连这点钱也没有！
那么，卢作孚没有钱吗？应该说是有的。按当时的惯例，一般每个企业都要送一笔可观的车马费给他，外加稿费收入，为数也不少，但他将这些收入几乎全部捐献给科学、文化、教育事业了。
家人穿的衣服，基本上都是妻子蒙淑仪一针一线缝做的。
卢作孚是民生公司的总经理，但他的家人几坐公司的船，仍然照常买票，享受公司所有职工同样的半票优待。
他配有专车，但家人从未单独用过。
他吃饭，照常签字，月底从公司的薪水中扣除，家人吃饭也是如此。总之，卢作孚被人称作是“一位难以理解的人”。黄炎培先生曾在一篇游记中说卢作孚“不矜夸，不骄傲，在不断地刻苦奋斗中。把他的精神分析起来，他是耐劳耐苦的，是大公无私的，是谦和周到的，是明决爽快的，是虚心求进的，是富于理想又勇于实行的……”卢作孚正是以这种无私的献身精神，赢得了社会的普遍赞誉。
1942年，卢作孚病愈之后，首先想到的就是北碚的建设。这时的北碚已成为战时的后方重要的科学、文化和教育中心，这里已迁入外地各种机关100多个，复旦大学也在其中，此外还有中央研究院、国家编译局、国家农业研究所及工业研究所、国立地质调查队、国立地理研究所等。周恩来、陶行知、舒舍予、陈望道、李公朴、郭沫若、阳翰笙、田汉等领导人和社会名流、学者都曾目睹过北碚的花团绵簇、盛极一时的局面。
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