3月份上海税额增至5000亿，但实收税款竟达5800亿，超额16％，显然用力太猛。在陈毅召集的华东财委和市府总党组干事会的联席会议上，个别税务负责干部主张“查账重罚”、“鸡蛋里挑骨头”。甚至说：“什么政策不政策，把资本家搞光了也没关系，迟早我们还是要把这些企业收过来嘛！”陈毅对此进行严厉尖锐的批评：“强征苛索，挤垮人家，这不叫社会主义，叫做‘左’倾幼稚病！过去民族资产阶级和我们党合作抗日、合作反蒋，现在人家不跑掉，合作恢复经济，凭什么挤垮人家？”他愤然道：“这叫做过河拆桥，叫做不要朋友，不要人家拥护。政治上很不利，经济也会造成很大破坏，马上会鸡飞狗跳，社会大乱！”他最后意味深长地指出：“有人反右很勇敢，就是不敢反‘左’，引号中的左，为什么不可以反对呢？我党历史上立三路线和第一次王明路线的‘左’倾，不是使我们党吃过很大的亏吗！我认为：只敢反右不敢反‘左’，并不是一个好的共产党员。”这番话的意义决不止于税收问题，而是体现了陈毅坚持实事求是思想路线的勇气和政治上的成熟。再加上“讲真话，天不会塌”，敢于向中央直言的精神，这就是建国后的陈毅正气磅礴的政治襟怀。
4月4日，陈毅发出了有关上海经济问题的第三封电函，向中共中央报告党内统一认识的情况。与此同时，毛泽东向全党全国发出了调整公私关系的号召，其中指出：“我们不应该搞得那样紧张，应该放手，应该缓进，把局势缓和下来，这样才能团结大多数来对付帝国主义、官僚资本主义和封建反革命分子的进攻。”陈毅报告中的意见终于得到了中共中央的肯定和支持。
因此，当4月15日上海市各界代表会开幕时，虽然已出现300个厂长、经理逃去香港、13万工人失业的严重局面，但陈毅成竹在胸，会前向中共中央、毛泽东主席报告（第四封电函）说：“多年来的毒到目前已到迸发的时候，其困难和紧张是自然的。我们力争转得好一些，力争痛苦少一些。本你的指示精神去办，可以办得下去的。”在代表会上，陈毅正面说各阶层的困难痛苦，比他们自己说得更洞见肺腑。然后再给大家摆细帐，物价为何能稳定，又讲全国经济大改组中，根除毒疮，必要忍受“一刀之苦”的道理，使人诚服感动。他又深入到小组讨论中去，让大家发牢骚、吐怨气，然后再做解释说服工作，最后使其统一到毛泽东的三句话上：“有困难，有希望，有办法”。
此会对扭转消极情绪，缓和紧张局势起了极大作用。会议情况及经验陈毅在第五封电报里向中央作了汇报，毛阅后亲批：“此报转发子恢、小平、德怀诸同志，请加注意。”
5月1日，刘少奇在讲话中专门谈到对上海应特别加以照顾，强调调整公私关系。中财委立即采取一系列“松动”措施：公债尾欠缓交、工业原料补税缓办，私营纺织业进口原棉予以免税优待。在“七大城市工商局长会议”上，又决定扩大对私营企业加工定货和产品收购。5月10日，陈毅向中共中央发出第六封电报，汇报3、4月情况和处理经验，同时请求依据实际情况将6月份上海征税额从4000亿减为3000亿。毛泽东亲笔拟写复电曰：“5月10日报告收到，甚好甚慰。所取方针是正确的。”减税问题“待研究后由陈、薄答复”。并告陈毅6月中旬召开政协全国委员会，讨论调整工商业问题。
“你不是全国委员会委员，但有些问题须事先和你商量，请于6月1日来中央一次。”这表明毛泽东主席在决定全国工商业政策时，高度重视陈毅在上海取得的成功经验。这也是对陈毅前后6封电函所包含的求实精神和坦诚作风给予的高度评价。
至此，严重局面已基本渡过了。减税得到同意。5月份国家给上海私营纺织厂的加工数比3月扩大100多倍达6万匹，商业申请开业复业的已有40多家，估计6月份要复业的将接近300家。因此，陈毅5月下旬应主席之召去北京时，痛痛快快剃光了头发，看上去容光焕发。
入城执政的时间一长，干部队伍中出现了腐化变质现象；随着经济形势的好转，资本家当中也滋长了违法投机、偷工减料、偷税漏税以牟取暴利的行为。为了制止和打击这两者，中共中央决定在全国开展“三反”和“五反”运动。
1951年12月陈毅在南京领导了华东军区的“三反”运动。初期，中共中央决定在党内和干部中展开“反贪污、反浪费、反官僚主义”运动时，军区步调较稳，“老虎”抓得不多，受到上级的批评，限期扭转，结果发动群众揭发，一下打出大邪老虎”2万余个，数字相当惊人。陈毅在听取汇报时，对这一战果，不免产生怀疑。后来很快查明绝大多数是“逼供信”造成，乃纠正。其间那些长期压制群众批评，追求生活享受的干部，受到激烈批判，得到应有的教益，但也有相当部分是错打错批的。陈毅自己也向下属干部们作了认真的自我检讨报告，列举自己住房维修，被人借名义贪污等问题，后经群众核实检查，未发现他有任何经济问题。张茜住院时，因衬衣袜子上皆有补丁，谁也看不出她是市长夫人，护士竟将社会上关于陈毅的私生活的传闻讲给张茜听，闹了大笑话。可见陈毅及其家人生活的俭朴。
“三反”运动进入后期，陈毅报告中央说：“我们认为目前已到了应该正面提出纠正逼口供和随便‘搬石头’①等‘左’的倾向的时候”。很快对运动中受处分过重、材料不实的人员进行甄别和清理，陈毅在干部大会上还亲自向一位受到错误处理的干部作检讨，并当场向他深鞠一躬，表示道歉。
①“搬石头”，就是把对运动下“积极”的领导干部当作妨碍运动进展的“石头”，调离运动领导岗位。
1952年2月中旬，陈毅奉毛泽东之命去上海，领导上海的“三反”及后来为打退资产阶级在经济领域猖狂进攻而开展的“五反”运动。
1950年度过困难之后，国内市场活跃，抗美援朝又带来大量订货，上海工业品销路大增。1951年中上海资本家赢纯利6.5万亿，获得国民党统治22年中从未有过的高额利润和一定政治地位。这时他们中的一部分人对自己的历史地位和作用估计过高，对国家的态度起了变化，政治上要同工人阶级平起平坐，经济利润要与国营企业“平分秋色”；并且由于自产自销赢利己大大超过国家加工定货“工缴”数，便千方百计抗拒加工定货；或采取偷工减料，以假冒真的办法，甚至于制造志愿军所用军需品时，加入了污染带菌的低劣敷料和失效的药品，残害了战士生命！ 1951年11月间，许涤新去北京参加统战工作汇报会，临行前陈毅指示他向总理汇报这些阶级矛盾尖锐化的情况及他认为有必要予以还击的看法。总理在听汇报后说：“陈毅同志对上海阶级斗争的看法，是正确的。他对这个大问题，抓得很及时。我们必须紧紧抓住毛主席关于民族资产阶级两面性的科学分析。上海资产阶级既然翘了尾巴，那就应该狠狠地给予批判，进行斗争。统战工作就是团结和斗争的结合。”①
①许涤新：《兼资文武此全才——忆陈总领导上海工作片断》，《人民的忠诚战士》，上海人民出版社1979年1月第1版，第485页。
不久，在毛主席指示和中央领导之下，轰轰烈烈的“反对行贿、反对偷税漏税、反对盗骗国家财产、反对偷工减料和反对盗窃经济情报”的“五反”运动在全国展开。资产阶级最集中之地的上海，自然是全国“五反”斗争的主战常2月20日，首先召开工代会。陈毅讲话，发动工人起来揭发斗争。会上控诉了大康药房老板王康年骗取志愿军款子3亿元搞投机，将失效药品供应前线的禽兽罪行。此后，仅全市店员写的检举信就达24万多件。3月25日，陈毅在全市广播大会上宣布“五反”运动正式开始，声色俱厉地告诫资本家老实交待自己罪行，选择自己道路，并宣布全市16.34万工商户，将按实际表现被分为守法户、基本守法户、半守法半违法户、严重违法户和完全违法户5类。
运动大规模展开后，陈毅与中央专派来上海指导运动的薄一波每日听取汇报，将情况拟电报告中央，并不断与毛、周电话联系。陈毅提出一个“两路分兵”方案，即：将全市303户最有代表性的上层资本家集中起来交代揭发，与群众揭发不见面，“背靠背”，带有保护性质。另一路2000重点户和2万小户则放在区里、厂里，由工人面对面进行揭发斗争。这着棋有高度政策策略水平，中央很快批准。
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