袁国平再没有理由可以说服陈毅。只好承认陈毅的看法和中央的指示是一致的。中央也已批评了军部，只是他们保留看法。
一听说中央批评了，军部却没有及时告诉他，陈毅非常恼火，作为中央军委新四军分会唯一的副主席，这么一个关系到新四军发展方向、生死成败的大问题都不能及时知道，确实太不应该了。
陈毅十分严肃地告诉袁国平，请他回皖南报告军分会和东南局，他的电台要和中央直接联系。
由于军部的态度突然变化，陈毅重新调整部署，准备在必要时以江南现有力量独立向北发展。
苏北情况发生了急剧的变化。韩德勤集中了以主力独六旅为骨干的8个团的部队向新四军淮南路东根据地的中心半塔集大举进攻。此时淮南路东的主力部队以及苏皖支队均在津浦路西，邓子恢及党政军机关在半塔集总共只有不足一个团的兵力，固守待援，压力沉重。在刘少奇的紧急要求下，陈毅急令叶飞亲率挺纵4个主力营驰援，江北的前进基地大桥、吴家桥地区只剩1个主力营了。
而两李方面，关系也告紧张。陈毅后来总结苏北统战工作经验时提及：由于“大作两李部下的争取……引起两李反感”，而新四军五支队又在湖西误伤了两李部下，于是“省韩即进行挑拨，甚至用武力。”陈毅知悉后急写密信给两李解释和作出保证，“结果，两李有谅解，又申明不受省韩利用，我们才能调叶飞西开增援”。但如果两李在韩德勤进一步挑拨下乘虚大举向吴家桥进攻，1个营无法守卫，“跳板”将跌落江心。
于是陈毅在惠浴宇陪同下三进泰州。此行是冒生命危险的，也确实发生了危险。他们进泰州时被韩德勤派驻的特务认出，急报韩方。陈毅与两李在筵席上晤谈时，韩德勤的参谋长已带卫士排从兴化赶到两李的司令部。陈毅请李明扬去应付，自己和惠浴宇、李长江匆匆终席，然后连夜出泰州回部。
这次晤谈由于陈毅不虑谋害，坦然亲访，使两李对新四军的怀疑大为减轻。
挺纵主力在淮南一个多月之久，两李对吴家桥根据地没有侵犯。
挺纵到半塔集外围时，淮南主力及苏皖支队亦从路西赶回，乃合力将韩军歼逐。此战以少量部队固守据点一星期，消耗围攻之顽军，待强大主力赶到，大量杀伤了顽军，如果预先有准备，可望将进攻的顽军基本歼灭。这就创造了一种固守预设阵地，消耗疲困顽军，并充分暴露顽方破坏团结罪行，然后以大部队迂回合围歼敌的战例，而为后来郭村、黄桥战斗所发展运用。
半塔集战斗大胜，但国共关系仍越来越紧张。3月28日，蒋介石发布“密令”，责成各军“剿办”苏、鲁、皖、豫边的八路军、新四军，内有着“韩（按：指韩德勤）兼副总司令……先肃清运河以东”的新四军各部，尔后与“李（按，指安徽省主席李品仙）兼总司令部队协力”将新四军“压迫大江以南或一举剿灭之”，“务截断南北”八路军、新四军之“联系”，蒋介石还密示机宜：“或将其向倭寇较多之地区压迫”。就是说，要造成与日军共同夹击新四军的态势。
此时，陈毅面临的最大问题就是在国民党军队多方面压迫袭击的形势下，向何处集中主力以求打开局面。国民党三战区向新四军军部施加压力，要求将叶飞、张道庸两部（即挺纵与苏支）以至新四军的四支队五支队全部调到江南，以实现蒋介石的截断八路军、新四军南北联系，使新四军陷于皖南苏南狭窄地区的意图。项英则向中央提出调叶飞部或叶、张二部回皖南。
中原局书记刘少奇亟望打开华中局面，亟需有强将强兵（此时中央已将长江以北的新四军部队划归中原局指挥，但叶、张等苏北部队暂时仍归项、陈指挥）。刘少奇在半塔集一战中看到叶飞部装备整齐、战斗骁勇，叶飞智勇兼备，就很想留叶飞部在淮南，受中原局节制。（张道庸部实际上已在淮南。）陈毅则认为应先集中主力打开苏南局面，猛烈扩大人枪，随后向苏北东部与浙西发展。因而他建议把叶飞部调回苏南，还建议新四军军部率皖南主力也向东移，和苏南联结，共同发展。究竟将主力集结到哪里，项英、刘少奇、陈毅和中共中央从4月初起一直到5月底，将近两个月一直在电报上讨论。
将四、五支队甫调，大家都反对；但是叶飞部调往何处就各有所见。
军部与皖南主力移向苏南的事，更为重要也更为复杂。陈毅在1月到6月的5个月中，先后对项英当面谏劝、发电催请、电请中央力促、派干部带信……做了许多工作。
4月9日，中央军委指示项英：如顽军大举进攻皖南、苏南，军部与皖南部队向陈毅靠拢为有利。4月10日，项英立即复电中央，表示：军部北上江北和东移苏南都困难，他决心还击顽军的进攻。在这段时间内，项英一方面和中央密切电报联系，要求把叶飞部或叶、张两部南调，另一方面和国民党三战区谈判。袁国平在与三战区谈判中试探提出新四军军部率部东移苏南的问题，三战区顾祝同竟表示同意。项英即在4月18日向中央表示：军部和皖南主力可移苏南郎溪一带与陈毅靠拢。但事后未见行动。
陈毅一直无法直接向中央表达自己的意见，他急切地盼望中央与军部同意他与中央直接通电报。
4月21日，电报通了，陈毅即与粟裕及江南指挥部参谋长罗忠毅、中共苏皖区委书记邓仲铭4人联名向中央直接发出第一份电报，建议：把皖南军部及主力移到苏南，“集中力量发展苏南”，向“淞、沪、杭”并“浙西”发展以及“渡江至海门、启东”。但同时，陈毅等也建议把叶、张二部调回苏南。
因中共中央和刘少奇坚持发展苏北，陈毅于4月24日又电中央表示完全同意中央坚持华中发展苏北的计划，叶飞部不调江南开回苏北。5月4日，中央发电表示同意。叶飞部乃于5月中旬回到大桥、吴家桥地区。
5月2日，陈、粟再次致电中央建议把皖南主力集中苏南，并指出；历史上多次长征损失均大，皖南部队不宜于顽军进攻时长征闽浙。
1940年5月4日是个重要的日子。这一天，中央同意陈毅意见令叶飞部开回苏北，还再次表示同意新四军军部及皖南主力东移苏南，指出一、二、三支队主力的发展方向应是在苏南苏北广大敌后，尤其是长江以北地区。这一天，毛泽东拟稿，由中央政治局向东南局、军分会、项英、陈毅，发出《放手发展抗日力量，抵抗反共顽固派的进攻》的极为重要的指示，即“五四指示”。（为区别于1938年的“五四指示”，或称第二个“五四指示”。）“五四指示”说：“在一切敌后地区和战争区域……我们均能够发展，均应该发展。这种发展的方针，中央曾多次给你们指出来了。所谓发展，就是不受国民党的限制，超越国民党所能允许的范围，不要别人委任，不靠上级发饷，独立自主地放手地扩大军队，坚决地建立根据地，在这种根据地上独立自主地发动群众，建立共产党领导的抗日统一战线的政权，向一切敌人占领区域发展。例如在江苏境内，应不顾顾祝同、冷欣、韩德勤等反共分子的批评、限制和压迫，西起南京，东至海边，南至杭州，北至徐州，尽可能迅速地并有步骤有计划地将一切可能控制的区域控制在我们手中……”“中央前要你们在今年一年内，在江浙两省敌后地区扩大抗日武装至10万人枪和迅速建立政权等项，不知你们具体布置如何？过去已经失去了时机，若再失去今年的时机，将来就会更困难了。”
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