与其死，不如起来反抗！所以我们大家应该团结起来！’”“这个意思至少使他们惊心动魄。”因此，陈毅大声疾呼：“工人农人们，才是我们救国的主力军，有智识的爱国之士，与其在都市上出特刊开大会，不如放身归田，或者投身工厂，去从事组织工农，这才是我们成功的捷径，这才是我们永远的办法”。陈毅的这一思考，在当时国共合作中和在中共的革命史上是很有见解的。不难看出，这正是对国民党右派背叛孙中山三大政策、反对共产党、反对工农运动的反击。这说明陈毅对于党的路线已有一定的认识。他已踏上了职业革命家的道路。
国民党右派的活动日益猖狂。8月20日，刺杀了廖仲恺。随后，以反共著称的林森、邹鲁、戴季陶、谢持等在北京举行了“西山会议”，在上海另设“中央党部”与广东中央党部对抗。在北京，他们也片面决定开除李大钊等共产党人，分裂国民党的北方领导机构，在汉花园1号，另立国民党北京市党部，与翠花胡同8号原国民党北京特别市党部唱对台戏。接着，他们就在北京等地雇用流氓、暴徒冒充“共产党”放火烧房并用共产党发动群众运动是“要在北京建立工农政府”等论调挑拨国民军与工农革命群众的关系。
在这种情况下，巩固内部、反击国民党右派，继续维护和加强整个统一战线成了当务之急。
这时，正是酝酿产生国民党第二次全国代表大会（简称“二大”）代表的紧张阶段。陈毅一面时刻提防流氓暴徒的捣乱、汉花园1号的破坏，一面又忙于筹备大会，工作繁重。这年夏秋间的一天，选举国民党“二大”代表的会议，终于在陈毅等的努力下，如期在北京大学三院召开。
能否推选好代表开好“二大”，是关系着能否继续沿着孙中山生前制订的路线前进的大事。但是，以李璜为首的一小撮右派分子竟然为反对李大钊等入选而大闹会常陈毅当机立断，带领几名身强力壮的同学采取了有力的措施，把右派的气焰压了下去。大会继续进行，选举了于右任、李大钊等一批具有广泛代表性的党员为代表。
年底，陈毅毕业于中法大学文学院（服尔德学院）。
在共产党的帮助下，国民党“二大”取得了成功，全国革命形势又得到了新的发展。这使帝国主义和军阀异常惊恐。他们急忙策动“反赤运动”。
英国银行家首先拿出了60万镑巨款，作为在东方宣传反共、反赤、反民族主义的费用。紧接着，日本帝国主义派出军舰驶入大沽口，帮助反动军阀张作霖进攻天津，开始了反对国民军的战争。同时，北京的段祺瑞政府和各帝国主义国家设立了专门为了“防赤化”用的5000万元借款。1926年春，帝国主义和反动军阀相互勾结，对革命摆出了一副杀气腾腾的架势。
面对敌人的嚣张气焰，在陈毅的积极参与下，北京特别市党部准备组织一次对反革命势力的有力反击。在3月13日孙中山逝世周年纪念大会上，①陈毅痛斥了英、日帝国主义的侵略行径和反动军阀张作霖、吴佩孚的罪行，提醒人们警惕段祺瑞“反共”、“反赤”的阴谋，“试看段执政将如何动作！”
①孙中山逝世周年纪念原为3月12日，这次会议因故推至第二天即3月13日举行。
3月14日，在中共北方区委领导下，在北京举行了声势浩大的国民反日大会，愤怒声讨了日军炮击大沽口的暴行。3月16日，英、美、法、日、意、西、荷、比8国，向段祺瑞政府提出最后通谍，蛮横要求国民军在44小时内拆除天津至大沽口之间的防御工事。中共北方区委得悉，一方面立即把这蛮横无理的“最后通谍”迅速传播出去，以引起各界各阶层群众的反响，一方面连夜开会，准备于3月18日通谍期限未满以前举行一次国民大会并进行大规模的示威运动，以敦促段祺瑞政府驳回8国的最后通谍。为了筹备这次大会，3月17日，国民党北京特别市党部专门召集了各界代表的紧急会议，确定了这次大会的名称和主席团成员废会议程序，并决定把到会代表分为两组，到外交部和国务院交涉，“非得到圆满答复，誓不空回”，陈毅被推举为4位“赴国务院发言代表”之一。②
②《党声》第三期《本特别市执行委员会对于三一八修案之经过呈报中央执行委员会书》，赴国务院发言代表4人为：陈毅、陈月新、王布仁、辛焕文。
3月17日下午4时，赴国务院交涉的67位代表到了铁狮子胡同国务院门口。这是一场艰巨的流血谈判。一到国务院门口就与如狼似虎的卫兵发生了冲突，经过再三交涉，陈毅等4位发言代表才得准进门。但段祺瑞执政和贾德耀总理都避而不见。从下午4时相持到深夜11时，经陈毅等坚决斗争，国务院才不得不派出其秘书长邓汉祥以外交负责人身份接见陈毅等人。在相持的7个小时中，段祺瑞的卫队用刺刀刺伤代表多人，致使候在门外的代表们被迫撤走，但陈毅等毫不畏惧，毫不退缩。4位发言代表严正要求邓汉祥并转告段、贾：必须严惩行凶卫队，必须断然驳回8国的无理通谍，必须容纳人民的意见，与全国民众站在一起，不要自绝于人民。陈毅警告段祺瑞的秘书长现在已经是民国，反对人民的人如清朝皇帝、袁世凯都垮了台，段祺瑞也不一定保得祝待邓汉祥唯唯表示后，陈毅等才离开国务院。
第二天，3月18日，上午10时，如期在天安门广场召开了万余人的北京反对八国通谍大会，李大钊、徐谦、顾孟余、于右任等13人组成了主席团。徐谦报告了大会宗旨后，顾孟余报告了昨天国务院门前的流血事件。最后大会通过了《国民驳复列强最后通电》和组织“北京国民反对各国侵略中国大同盟”的决定，进行了示威游行。作为游行带队人之一，陈毅走在队伍的最前面。群情愤激，大家高喊着口号。下午1时半，行进到铁狮子胡同执政府大门口。谁知段祺瑞早有阴谋准备。上午9时北京警备司令部表示过要“保护”这次和平示威和请愿运动，这时段祺瑞用以迎接手无寸铁的群众的却是军警们的排枪子弹。血案立即发生。在军警们的子弹、刺刀、棍棒有预谋的袭击下，游行群众纷纷伤亡倒地。3月18日，正如鲁迅所形容的，是“民国以来最黑暗的一天”。陈毅“被人群挤在两挺机关枪之间，幸未负伤”。但是，“游行队伍被打散”了。正义的轰轰烈烈的行动，被反动派的屠刀镇压了下去。陈毅又经历了一次反动武装的血的洗礼。陈毅在1955年3月18日的日记中还回忆道：“当时我在铁狮子胡同作人民代表，与安体成、邓文辉、路友于四人站最前线打冲锋。四人当时未被难。安等三人殉难于1927年李守常案，我则幸存至今。痛念故友，不禁凄然。”
惨案之后，白色恐怖立即笼罩了整个北京城，李大钊等遭到了反动军阀政府的严令“通缉”。“北方区委有人估计为反动时期的到来，革命退潮开始，主张撤退机关，转入地下，不敢组织示威反击”。陈毅的主张则“相反，认为革命仍在高涨，应乘势暴露段祺瑞的罪恶”。当晚，他们在北大一院召开了有北京市200余团体参加的联席会议，组织了惨案善后委员会，并痛斥段政府的倒行逆施。第二天，陈毅担任主席，主持召开了北京特别市党部紧急会议，《北京特别市党部第二次执行委员会第二十四次会议记事录》（1929年3月19日）载：决定组织行动委员会，派代表分赴上海、广东、长沙、南京、天津、张家口、汉口宣传惨案真相，唤醒民众一致反段，反对帝国主义的侵略。接着，陈毅又四处奔走，和舆论各界联系，公开揭露段政府罪行，并组织追悼会，慰问死难者家属和受伤群众。他冒着被捕的危险，全力领导着惨案的善后工作和大部分中共北方区委和北京特别市党部的公开工作。
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