菲利普二世的帝国跳出了查理五世的继承系统，从此以后，他在西班牙的道德氛围中制定政策，他的左右亲信都是西班牙人，为的是西班牙的利益，他在西班牙的各个王国之中受到了无限的爱戴。在他执政的前20多年，他给人留下了一个谨慎国王的形象，也是在他的统治下，西班牙国力达到巅峰。
1.菲利普二世的地中海世界。
1558年，神圣罗马帝国皇帝查理五世在尤斯特病逝。
他退位后，在修道院中的生活并不平静。这位退隐的隐士仍然不时关注着世界大事，各国的使节也不断来到这里晋见这位退隐的国王。他的贪食引起的痛风病一直折磨着他。如今，他可以放下一切责任了。
3000名教士手执火炬，念诵着悲哀的经文，走在葬礼行列的前面，后面是教会的会长以及西班牙和荷兰的亲王。80匹马的马甲上载着皇帝统治下的各个王国的纹章。黑纱覆盖的灵柩上放着皇冠、皇杖、佩剑和地球仪。在灵柩的边上，1名教士为沉默的菲利普二世放下风帽。这是一张阴郁和惨白的脸。
这一年，菲利普二世31岁。两年前，查理五世将西班牙王位交给了他，他要管辖西班牙本土和海外的殖民地。
此时他的统治地还在布鲁塞尔。查理五世在德国失败后，便把驾驶德意志这艘大船的任务交给了自己的弟弟斐迪南和他的集团。他自己离开了德意志，也让菲利普的西班牙帝国脱离德意志集团。这个明智的举动给欧洲带来了和平，也给菲利普二世减轻了来自德国的压力。
1559年，菲利普二世来到西班牙，在西班牙开始了他的执政生涯。他与父亲查理五世最大的不同，就是他一直在西班牙治理国家，而不是像查理五世那样喜欢以周游列国的方式治国。他的政令都从一个地方发出，而不像查理五世那样从德国、尼德兰、西班牙这些不同的地方发布政令。
菲利普继承的是一个被连年战争搞得国库空虚的国家。他已经即位了两年，对周边形势非常清楚。1557年8月，菲利普二世在圣康坦打败了法国国王亨利二世的军队，他给父亲的报捷信中写道：“晚上11时，信使从战场回来，告诉我们法军溃退，法军统领被俘。”退隐的查理五世听说后非常激动，大喊：“我的儿子，为什么不打到巴黎去？”菲利普二世谨慎地回复：“要在法国为所欲为必须以不缺乏金钱为条件。”他在1557年1月1日的法令中已经宣布西班牙国家破产，所有宏伟目标都很难实现，除非下定决心孤注一掷扑向巴黎。在这种条件下，只能是把握住已有的条件，和法国签订《卡托—康布雷西条约》。在签订《卡托—康布雷西条约》之后，法国国王亨利二世因为意外事件死去，法国面临混乱的状况。而西班牙的财政赤字使得很多银行家不敢借款给西班牙，只有热那亚的银行家还愿意给国王贷款，但是贷款条件比过去更加苛刻。在菲利普二世的一封信里，他自己承认：“我发现这里局势比那里更糟。我们无法援助你，甚至无法在这里满足那些如此微小，你看了会感到惊讶的需要。我向你承认，当我在佛兰德时，我从来没有想到这里的情况会是如此之糟。”
原先神圣罗马帝国从西班牙拿了太多的东西，菲利普二世决定在有生之年留在西班牙，他认为有必要让卡斯蒂利亚这种能产奶的牛继续维持一个能产奶的正常水平。布鲁塞尔只是一个政治首都，而西班牙的巴里亚多利德却是西班牙帝国的金融首都，这里同样需要他。“菲利普二世退向西班牙，就必然是退向来自美洲的金钱。”
菲利普二世面对的是一个新的欧洲秩序，按照查理五世的构想，菲利普二世和英国玛丽·都铎的婚姻可以使西班牙和英国结成强大的同盟反对法国，但是就在查理五世去世的这一年11月，玛丽·都铎的突然去世，打破了英国和西班牙的联盟，结束了建立一个以北海为中心的英国—佛兰德国家的梦想。而查理五世放弃神圣罗马帝国又使菲利普二世失去了另外一个战略要地。原本菲利普二世可以成为德意志世界和英国的主人，这样一来，他只能成为西班牙国王。
菲利普二世的帝国跳出了查理五世的继承系统，从此以后，他在西班牙的道德氛围中制定政策，他的左右亲信都是西班牙人，为的是西班牙的利益，他在西班牙的各个王国之中受到了无限的爱戴。在他执政的前20多年，他给人留下了一个谨慎国王的形象，也是在他的统治下，西班牙国力达到巅峰。
2.勒班多战役——在地中海击败奥斯曼土耳其的海军。
菲利普二世面对的局势也有好的一面，在经历查理五世各次令人疲惫的战争之后，整个欧洲重要国家的财政都陷于崩溃的境地，欧洲的战争暂时中止，使西班牙得以喘息。
另外，在地中海西班牙面对的另一个强大的对手奥斯曼土耳其，此时正处在苏莱曼的几个儿子的争权夺利之中，这也给予西班牙喘息的时机。在16世纪60年代初，土耳其海军没有大规模出海作战。1564年，菲利普二世命令托莱多为海军统领。整个西欧为西班牙提供了海上力量和土耳其人作战。到了16世纪60年代中期，西班牙海军已经是一支非常强大的力量，它使西班牙人感到一个强国的复兴。
1571年，菲利普二世与教皇庇护五世结盟，组成强大的远征军，统帅是菲利普的异母弟弟奥地利的唐·胡安。此时土耳其舰队已经出港，在地中海已经为非作歹了几个月，小规模的战斗把军队弄得筋疲力尽，粮食给养也消耗殆尽。9月16日，唐·胡安的舰队向科孚岛进发。在那里，唐·胡安得到准确信息，土耳其舰队停在希腊勒班多狭长的海湾里，但是这个情报低估了土耳其的海军兵力。这个消息激起了唐·胡安的冲天干劲。他毫不犹豫地逾越了菲利普二世给他的权限。
10月7日，这两支相互搜寻的舰队突然在勒班多海湾的入口相遇。唐·胡安立刻指挥军舰把敌人关在海湾里。后来证明这是一个特别成功的战术。基督教舰队和伊斯兰舰队到此时才看清各自的军舰，双方都大吃一惊：土耳其有230艘军舰，基督教有208艘。
6艘装备精良、配有大炮的威尼斯帆桨大木船为唐·胡安取得胜利奠定了基础，这种舰船处在舰队的最前沿，它令人胆寒的强大火力能使波涛一样涌来的敌舰粉身碎骨，而土耳其舰队帆桨战船上的士兵有时还使用弓箭作战。显然，唐·胡安的舰队在火炮和火枪方面优于土耳其人。
基督教舰队获得了重大的胜利，只有30艘土耳其战船逃脱，其他战舰全被俘获，或者被瓜分，或者被凿沉。土耳其死伤3万多人，被俘3000人。基督教舰队损失战船16艘，8000人死亡，2.1万人受伤。在这些受伤者中，有一位名叫塞万提斯的士兵，他的胸部和左臂受伤，后来他成为西班牙著名的文豪，《堂·吉诃德》的作者。他后来写道：“这个士兵的脸上和胸部落下的伤疤是指引他人登上光荣苍天的明星。”
唐·胡安本想继续追击，远征达达尼尔，这次胜利已经能够使他封锁海峡，彻底击溃土耳其人。但是菲利普二世下令战船在意大利过冬，他没有被这种狂热发疯的谋划所打动，也没有被十字军的梦幻所缠绕，他在西班牙深思、谋算、衡量。征求所有有地位人的意见。他清楚地知道，他只是利用了西方对手给他的短暂的休战时间在东方出击。
勒班多战役并没有使土耳其人彻底失败。他们紧接着在突尼斯取得胜利。但是经过勒班多战役，土耳其强大威势的魔力被粉碎了，基督教徒的舰队以帆桨取代人力，在技术上进了一大步，他们活跃的海上劫掠重新开始。随着苏莱曼大帝的去世，土耳其最辉煌的时代已经过去。土耳其的舰队在以后的地中海上虽然取得几次小的胜利，但是十几年的和平生活，使土耳其庞大的舰队腐朽了，最终在海港内归于衰亡。
3.爱斯柯里亚尔修道院的天主教徒。
1560年，菲利普二世将西班牙首都从古都托莱多迁至马德里。
在距马德里30英里的群山深处，菲利普二世修建了爱斯柯里亚尔宫，这是他为了庆祝他在圣康坦战役中的胜利而修建的。这座寺院一样的宫殿象征着菲利普二世的性格特点。灰色的花岗岩奠定了这座集要塞、宫殿、教堂于一身的多功能建筑。虽然教堂内部无比的华丽，但是外表的严肃和朴素、保守显示出菲利普二世的阴郁性格和中央集权的专制统治。在这里，他生活、工作和死亡。
菲利普二世是一个工作狂。作为君主，他节俭刻苦，遵守时间，毫无怜悯之心，做事一丝不苟，狂热而又狡诈。在爱斯柯里亚尔宫的斗室之内，他事事躬亲，自己任免官吏，处理大小事情。他将患有痛风的腿摆在小凳子上，每天用华丽的签名涂满一叠叠的命令和诏书。他靠着备忘录决策国家大事，他的审慎让他迟疑不决，使这个本来就以拖沓闻名的政府机构工作更加缓慢。他紧蹙的眉头和大理石一般冰冷的手让许多晋见他的官员不寒而栗。
布罗代尔说，由于菲利普二世长期生活在西班牙，因此他的帝国最根本的特征，就是西班牙特性。“由此产生的半岛上的人、利益和激情、偏见必然会居于主导地位。这种地位就是那些在卡斯蒂利亚产生的、被菲利普二世用于处理外部事务冷酷的、高傲的、不妥协的封建大领主的主导地位。”
在菲利普二世当政的最初几年，持续着和平的趋势，而在西班牙内部，产生了一种反对新教改革的强大的天主教运动。菲利普二世本人就是一个狂热的天主教信徒。
在西班牙，自费尔南德和伊萨贝尔以后，宗教裁判所开始成为西班牙精神和世俗生活中令人恐惧的一台机器。托尔奎马达，这个可怕的修士，为天主教国王制定了法律，在西班牙的各大城市都建立了宗教裁判所，托尔奎马达担任最高议事会的主席。他确立的法则在350多年间，把35000人活活烧死，让将近20000人受到酷刑，服苦役的囚徒是29万人，被剥夺一切权利的有20万人，被流放的有500万人。
西班牙奇怪地将每次火刑当作盛大的节日，王公贵族的庆典，都要用火刑烧死异教徒来助兴。1559年连续实行过5次火刑，其中第3次由菲利普二世亲自主持，各国使节和王公显贵聚集在他身边。他在宗教裁判所宫殿的一间大厅里吃喝作乐，“从窗口向正在焚烧几个美丽女教徒的柴堆投以好奇的一瞥。菲利普二世时而歇斯底里地大发作，一边撕碎自己的黑手套，一边对刽子手大喊‘快把硫磺捻子塞进她们的手指’！”
在菲利普二世看来，为了完成政治的统一，必须完成宗教的统一，为了防止内战，就必须在西班牙境内和境外铲除异己。豪华的火刑使围观的群众激情澎湃，“把一个灵魂处死，天主教西班牙就得到一次得救的机会”。
在西班牙国内，虽然实现了统一，但是异教徒仍然存在。
1492年格拉纳达被攻陷以后，皈依天主教的穆斯林在西班牙被称为摩里斯科人。在西班牙的巴伦西亚，摩里斯科人几乎占到了总人口的三分之二，而且完全控制了巴伦西亚的土地和经济。
在格拉纳达，穆斯林的文化处处存在。但掌权的天主教徒对这些改宗的穆斯林凶狠异常，偷窃、抢劫他们的财物，霸占他们的妻女。天主教神甫也一样为非作歹，一个村庄的全部居民向总教区府递交了一份请愿书，村民们对调查人员说：“把他从我们这里调走吧！不然就让他讨老婆吧。因为我们全部孩子生下来眼睛都同他的眼睛一样蓝。”
就在格拉纳达的城市边上，一个天主教的新城阿尔罕布拉正在兴起。基督徒和穆斯林之间的关系越来越紧张，基督徒的殖民主义激情带着以往几个世纪的仇恨，在这里开始酝酿为一场血腥的战争。
1568年圣诞夜，摩尔人渗入阿尔贝森。在民众的暴行和激情掺混进来以后，战争爆发了。这是一场不分青红皂白的无组织战争，蔓延到广大荒野和穷乡僻壤。菲利普二世后来允许天主教徒有权任意抢劫，特许他们行动自由，为所欲为。在格拉纳达，基督教徒梦想着一下子扑向摩里斯科人的城市，进行一劳永逸地抢劫。
此时的菲利普二世却有着另外的担心，他怕西班牙穆斯林的行动引起土耳其的干涉。他紧张注视着土耳其的一举一动。1569年1月20日，他在给那不勒斯总督阿尔卡拉公爵的一封信的批语中，用他特有的笔迹写道：“你如果能够使格拉纳达事件保密，不向外泄密，以免这个消息传到君士坦丁堡，以免土耳其舰队提前出航，这将是很好的。”但是格拉纳达事件的消息已经在许多地方传开了。
摩里斯科人开始在格拉纳达复兴自己的穆斯林传统，一些清真寺又建了起来，他们试图重建自己的文明。
1569年4月，菲利普二世的异母兄弟唐·胡安统率部队攻占格拉纳达。1570年10月28日，发布了驱逐全部摩里斯科人的命令，摩里斯科人遭到围捕，他们排成长队，带上苦役犯的镣铐，被流放到卡斯蒂利亚。格拉纳达的村子里已经空无一人。有人说这是西班牙基督徒对自己本国异教徒的一次殖民主义的行动。故土难离，许多摩里斯科人去而复返。驱逐也一遍又一遍地进行。1584年又一次驱逐开始，1610年再次开始。一次比一次变得凄惨。凄惨得连稍有良心的西班牙人都看不下去。伟大的西班牙作家塞万提斯在《堂·吉诃德》中就有一段极其隐晦的描写，为摩里斯科人的命运叹息，同情他们不幸的遭遇。
在东方，早在1542年，西班牙为了与葡萄牙分享香料群岛的贸易，派遣了一支远征队前往西太平洋，这5艘舰船从墨西哥出航，对群岛进行勘察性的远征，就在这次远征中，指挥官维拉洛博斯为了向当时还是王储的菲利普表示敬意，就以菲利普这个名字将这些群岛命名为菲律宾群岛。当时尽管葡萄牙人抗议他们违反了《萨拉戈萨条约》，但是西班牙人还是声称对这片群岛拥有主权。
到了1564年，菲利普二世觉得应该分享香料贸易，并与中国和日本建立联系，使这两个国家信奉基督教，因此必须使菲律宾基督教化。就在这一年，米格尔·洛佩斯·德·黎牙实比率领一支舰队，从墨西哥出发，企图永久占领菲律宾。
1565年，黎牙实比在宿务岛登陆，在这里建立了第一个殖民地。4年后，西班牙又在班乃建立了第二个殖民地。菲利普二世任命黎牙实比为菲律宾总督，命令当地人信奉天主教。1570年，黎牙实比以菲律宾总督的名义，派遣15艘军舰进入民都洛岛。黎牙实比委派他的孙子胡安·萨尔塞多和戈伊蒂在吕宋岛建立殖民统治。戈蒂伊和马尼拉苏丹索利曼结成联盟后进占了马尼拉。1571年5月，黎牙实比宣布马尼拉为菲律宾首都，并且在天主教会势力的组织和支持下，菲律宾成为一个信仰天主教的地方。
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