1901年11月20日，袁世凯交出了山东巡抚印信，兼程北上，正式到直隶走马上任。到了12月中旬，当慈禧太后率领流亡朝廷的全班人马，浩浩荡荡地进入直隶境内时，袁世凯亲率大批护驾军队在直隶和河南交界的顺德府迎接。当慈禧太后走下大轿，见到迎接她的，不是白发苍苍的李鸿章，而是敦实精干的袁世凯时，心中自然感慨万千。
袁世凯当然知道慈禧太后的心思。慈禧太后一辈子极爱面子，最喜欢热闹和风光，尤其是这一番回銮，很想风风光光地掩饰灰溜溜的形象。慈禧首日在顺德下榻之后，袁世凯前去拜见，送给慈禧作为见面礼的，是一对非常漂亮的鹦鹉，一只会说“老佛爷吉祥如意”，另一只会说“老佛爷平安”。人老了，就是想图个吉利和快乐，对于袁世凯的心细，慈禧自然很满意。在此之后，袁世凯亲率军队护驾，陪同慈禧一行经内邱、柏乡、赵州、栾城、正定等地一路巡视，第二年的1月3日到达直隶首府保定。慈禧在保定一共住了三天。看到袁世凯上任仅仅一个多月，就将直隶境内各项事务处理得有条不紊，慈禧更对袁世凯增添了几分赏识。在保定，慈禧几次与袁世凯谈话，了解他的思想和打算，尤其关注袁世凯新政的实施情况。慈禧太后一点都没看错，袁世凯的确是精明过人，而且，在具体落实方面，很有一套办法。袁世凯不仅比行动迟缓、工于心计的曾国藩强多了，甚至要比老成持重的李鸿章还强。李鸿章到了后期，也变得如所有年迈的老臣一样，韬光养晦，懒得去处理众多烦心事了。当然，李鸿章所做的，在当时情形下，也够多了。在慈禧眼中，袁世凯是一个非常干练的人，百废待兴的时候，正好需要这样的急先锋，才能在各方面取得突破，为改革和变法获得一些美誉。慈禧对于袁世凯最大的希望，就是他能带头下好自己晚年安排的最后一局棋。
1902年1月7日，慈禧一行由保定乘火车回京。袁世凯专门为慈禧定做了列车。当慈禧一行到达保定火车站时，站台上彩旗飘飘，军乐队奏起了响亮的“马赛曲”——袁世凯并不知道这首乐曲是法国国歌，他只是感到这首歌很好听，很振奋人心，所以定下演奏这首乐曲欢送太后。慈禧太后同样不知道这首曲子的出处，置身于音乐之中，她仿佛将一年来的烦心事都忘却，也变得心旷神怡起来。当长达三十多节的火车进入北京站之后，站台上响起了山呼海啸般的“万岁”声。紫禁城里的皇家仪仗队全部出动了，所有的京官都来到车站跪迎。中午，慈禧乘轿入永定门、正阳门，所到之处人山人海，人们争先恐后向慈禧招手，那些外国公使们也携他们花枝招展的太太们前来迎接，对慈禧微笑、脱帽示礼，说着慈禧听不懂的语言。慈禧也矜持地向围观的群众以及外国使节招手示意。不仅如此，慈禧还命随从拿出上百万两白银当场散发给欢迎的人群。似乎所有人都把曾经的灾难忘得干干净净，只当它是一个噩梦似的。
因为得到慈禧的赏识，袁世凯的干劲更大了。袁世凯延续了自己在山东的思路，雷厉风行地推行新政。正值盛年的袁世凯如鱼得水，他仿佛天生就具备处理各种关系的能力，以及做事的能力，除督练新军外，在警政、实业、教育、官制、宪政五个方面进行全面改革。由袁世凯主持的新政，无论是从动作上还是效果上，都显得比李鸿章当年的改革力度更大。
袁世凯主持的新政，重点是继续开展洋务运动。袁世凯主持或委派周学熙等人创办了大批实业。1902年，创办天津银元局，后开办天津官银号，又代户部经营户部银地，活跃了资金市场，并为北洋集团开辟了财源。次年，开办直隶工艺总局，同时开办工艺学堂、种植园、教育品制造所、实习工场、劝业会场、劝业铁工厂、纸厂、种植园、工商研究所等机构。扶持奖励官绅兴办实业，引进机器、技术、人才。1906年，开办启新洋灰公司，次年成立滦州矿务（煤矿）公司，均为全国大型民族工业企业。此外，从比利时人手中收回临城煤矿。交通方面，取得轮船招商局、电报局的经营权，获得关内外铁路督办督修权。农业方面：在保定创立农务局、农事实验场、农业学堂，各县设立农务会，引进西方农务家学器艺。为发展机器工业和市政建设，引进机械设备、知识技艺、管理方法，并仿天津租界设立“华界新区”，作为对外开放的窗口；袁世凯还大力推进了天津城的市政建设，是推动天津城市近代化过程中最有力的一人。
除了继续洋务运动之外，袁世凯还做了一系列“石破天惊”的事情。
一是亲自主持修建了京张铁路。袁世凯顶着极大的压力，自己做主向国外贷款，修建自己的铁路。设身处地地想一想，这样的举动，在当时几乎是令人震惊的，当时的中国已是千疮百孔，国库空虚，还有大量的赔款、外债。海关等税收已进行了抵押，仍填不满赔款的亏空，哪里还有余款修筑铁路。主动举借外债修路，是人人谈虎色变的畏途，更何况从文化习惯和传统上，中国人很少主动向洋人借债。
著名的京张铁路，就是在袁世凯的力主下一手修建的。当时聘任詹天佑的，正是直隶总督袁世凯。京张铁路修筑在直隶境内，袁世凯时任直隶总督北洋大臣兼督办关内外铁路大臣。当时北京向东、向南已经由外国人修筑了铁路。张家口，是北京的北方门户，京张一路为联络内蒙古的通道。袁世凯派詹天佑进行了技术查勘，京张线全长三百六十余里，其中有数十里山路。全路工程通盘估算，买地、填道、购料、设轨、凿山、建桥、购置车辆，共约需银七百多万两。当时，关内外铁路进款除养路各费开支之后，余额全部存入汇丰银行，作为归还外国借款的担保，还本息之后，仍有剩余。袁世凯即奏请清廷谕准，用来做京张铁路的资本。袁世凯同时提出“此路即作为中国筹款自造之路，亦不用洋工程司经理，自与他国不相干涉”。也为清廷所批准。1905年5月，袁世凯正式任命陈昭常为京张铁路总办，詹天佑为京张铁路总工程师兼会办局务。四年后，詹天佑不负众望，按期高质量完成了工程。此时，袁世凯已不是直隶总督了，正在河南洹水畔赋闲。但詹天佑仍惦记袁世凯对铁路的功劳，他将铁路主要工程竣工的照片一套，特遣专人送到彰德洹上村。照片送到之日，已是十二月二十八日，腊末岁除。抚今追昔，袁世凯感慨万端，回信一封，对于詹天佑的贡献，大加褒扬。
袁世凯所做的第二件大事更是令人“瞠目结舌”，那就是在他的一手努力下，废掉了长达一千多年的科举制度。
废科举一事，难度也是极大的。随着西风的渐进，人们自然会发现中国科举制度的滞后。对于这一项僵而不死的制度，朝野上下早已议论纷纷。不过因为牵涉面太广，朝廷迟迟不敢动手，其中最忌讳的，是废除这一项制度后，所引起的巨大社会反响和动荡。毕竟，这要触发数百翰林、数千进士、数万举人、数十万秀才、数百万童生之怒，会彻底摧毁无数人毕生的努力和追求。因此，虽然废科举一直有动议，但谁也不肯当这个“出头之鸟”，唯恐树敌过多，也怕动摇制度的根本。这个时候，袁世凯挺身而出了。当清末新政实行，废除科举被视为“破冰之举”时，袁世凯毫不犹豫地接下了这个烫手山芋。袁世凯先是借助1902年冬请假回籍安葬生母之时，乘火车到武汉，然后沿长江东下，再北上，沿途与代理湖广总督端方、两江总督张之洞等商量，达成分科递减的共识，同时约定第二年春天联合起来向朝廷建议。返回天津之后，袁世凯又进京活动，就此事跟大学士、军机大臣荣禄、鹿传霖等人交换意见，聆听了他们的想法。1903年新年刚过，袁世凯就致电张之洞，商议起草会奏折稿。以常理来说，张之洞时为“当代文学之宗”，起草奏折理所当然，但张之洞顾忌责任过于重大，坚持不担任主稿，袁世凯只好亲自拟稿。十天之后，袁世凯给张电传了折稿全文。张之洞表示同意，让袁世凯联络其他各省，领衔上奏。
1903年3月，袁世凯主持撰写的《请递减科举中额专注学校折》正式出台，由北洋大臣、直隶总督袁世凯领衔，联合南洋大臣、两江总督张之洞，山东巡抚周馥，四川总督锡良等将奏折递交朝廷。袁世凯等人本以为此事会得到通过，没有想到的是，大学士兼军机大臣王文韶坚决反对这一改革。此项计划就被迫搁浅。
张之洞
虽然遭遇到阻力，袁世凯仍是坚持不懈。两年后，王文韶军机大臣一职被罢黜，袁世凯再次联合湖广总督张之洞、盛京将军赵尔巽、两广总督岑春煊、两江总督周馥、湖南巡抚端方等联名上奏折“请立停科举，推广学校”。这一回，朝廷批准了袁世凯等人的建议，宣布从1906年科为始，所有乡、会试一律停止，各省岁科考试同时停止。这样，从隋唐以来实行了一千二百多年的科举考试制度终结。它的终结者，仍是袁世凯。
1903年，袁世凯（中）视察京师大学堂译学馆，与该馆监督和管学大臣合影一切不出袁世凯等人的预料，废除科举在当时所引起的巨大震荡，对于全社会各阶层人士，尤其是对读书人来说，用天翻地覆来形容也绝不为过。不过好在袁世凯等人也为这些士子留下了一些出路——创设各种学堂，选派学生赴国外留学。对于已经取得举、贡、生员资格的读书人，分别不同年龄段，做不同安排：三十岁以下者，易于改业，均令入学堂学习深造；三十岁至五十岁，可入仕学堂和速成师范，以谋出路；五十岁至六十岁，以及其他年龄段，不能入速成科者，为他们宽筹出路；六十岁以上者，酌给职衔以示安慰；等等。对于新式学堂毕业的读书人，则分等次，让他们同科举出身挂钩，以满足当时的社会心理状态。设计共分五级：第一级，通儒院毕业，给予翰林身份，按三等分别授以较优越的京、外官职。
第二级，大学堂及相应学校毕业，给进士出身，授翰林院编修、检讨、庶吉士、各部主事等官。升学可入通儒院。
第三级，大学堂预科，各省高等学堂、高等实业学堂，优级师范学堂毕业，给举人出身，授官知州、知县、内阁中书等，或相同级别的官职。升学可入大学堂分科。
第四级，中学堂、中等实业学堂，初级师范、初级简易师范毕业，给拔贡、优贡等贡生身份，除中学毕业者外，其他可授州县学官等。升学可入第三级学堂。
1903年，袁世凯（前排正中）视察译学馆，二排右三为蔡元培，时为译学馆教师第五级，高等小学堂毕业，给廪生等生员身份，升学可入第四级学堂。
这种奖励新式学堂出身，将之作为得官条件的方式，后来一直为人诟病，认为这是科举制度的变相遗留，是“换汤不换药”。批评无疑是对的，但这种方式也是不得已而为之，社会转型过程中的阻力和震荡是巨大的，必须有充分的缓冲才行。
虽然袁世凯在废科举过程当中，竭力想造就变革的“软着陆”，但从实际效果来看，负面影响仍是巨大的——数量庞大的传统士子，在科举的大门封死之后，一方面造成了巨大的社会问题；另一方面，也引起了这一部分人的强烈不满。曾经有数百名读书人，集体聚集在翰林院门口绝食，以示抗议；在地方上，好几个举人自杀身亡。晚清和民国初年所引起的巨大动荡，应该跟这一部分人有很大关联。那些指望经科举鱼跃龙门的士子们，一旦无法从事他们的事业时，无所事事的他们自然将手中的笔对准朝野，尽显嬉笑怒骂之事，唯恐天下不乱。对于面临“断头路”的书生来说，废除科举的“始作俑者”袁世凯，自然成了首选的攻击目标。行伍出身的袁世凯也被想象因为无法及第，所以对科举怀有刻骨仇恨，他的废科举自然成了“公报私仇”。在他们笔下，袁世凯俨然一个不学无术的纨绔子弟，因为不读圣贤书，故而声色犬马、丧尽天良、心怀鬼胎……完全可以想象出这股“集体无意识”给袁世凯带来的麻烦。历史本来就是在文字的道场里生存的，一个被大量文字玷污的形象，是很难恢复到本来面目的。袁世凯直到死，似乎也没明白这一点。
袁世凯所做第三项“石破天惊”的事情，就是创办了中国的警察。这也是袁世凯全面引进西方军事思想和制度这一思路的重要组成部分，袁世凯也因此成为中国警察的创始人。
1902年5月，袁世凯刚刚署理直隶总督及北洋大臣后不久，即着手建设地方警察部队了。袁世凯仿照西法，拟订章程，在直隶省城保定创设警务总局一所，分局5所，聘任日本警视厅警官三浦喜传为警务顾问，以原李鸿章淮军前敌营务处干员赵秉钧为警务总办兼警务学堂督办，从直隶地方各军中首批挑选500人组成巡警，分布城内外，按章程维持地方治安。为了提高警察的业务和个人素质，袁世凯还创办了保定警务学堂，对警察进行分批轮训。
对于警察的设置，袁世凯自有想法。袁世凯在奏请创设保定警务局、警务学堂的奏折中，根据现代国家概念的需要，建议把国家武装力量分成常备军和巡警军，前者“御外侮”保卫国家安全，后者“清内匪”维护地方治安。这样的观念，已跟当时西方国家接轨了。袁世凯审定的《警务章程》共分5章85节，吸收了西方特别是日本警察条例的主要部分。第一章招募，对充当警务人员的条件、服役年限、家属待遇等都作了具体规定。第三、四章参照西方警察条例，制定了较为完备的适合中国国情的职守准则。第五章为赏罚，对警官的处罚分为记过、撤职、详参三种；对警兵的处罚分为责、革、斩三类。奖赏的细则、章程也作了详细的规定。各级各类警务人员的薪水待遇，按照袁世凯一贯的思想，也十分优厚。
袁世凯创办的警务学堂也有详细的《章程》，对学校性质、任务、生源、机构、课程设置、休息时间、毕业年限等都作了细致的规定。章程规定：保定警务学堂是专为培养全省警察而设，实为全省警务基础。学堂分设警官班和警兵班。警官班旨在培养全省警务官长，学习警官的要义，限三个月速成，毕业后派往各局充当官长。普通班以培养警兵为方向。
袁世凯创办警察的初衷，是跟当时西方以及日本接轨，维护治安。与此同时，还有一个目的，那就是用这一支警察部队，全面接管天津。八国联军自攻占天津之后，一直迟迟不肯归还，并把总司令部设在这里。在清政府和袁世凯的一再敦促下，八国联军同意归还天津，但提出天津周围10公里范围内，不得驻扎中国军队，否则就不予归还。清廷被迫接受了附加条件。不让驻扎中国军队，警察总得驻入吧——按照西方军事设置，警察和军队是完全不同的概念。袁世凯就把自己在保定刚刚训练好的2000名警察调进了天津，对天津进行接管。联军一下子吃了哑巴亏，不得不承认既成事实。袁世凯新建的警察部队派上了大用场。在此之后，袁世凯在天津成立了南北两个巡警局，又创办了天津巡警学堂以及水警、侦警，将西方警察制度全面引入中国。1902年10月，清廷发布上谕，命各省督抚仿照袁世凯所定的警务章程加以推广。于是，警察制度在全国推广开来。
除此之外，袁世凯还进行了一系列其他方面的改革，比如金融、邮政、商务、通讯等等。在金融方面，创办了第一家由中国人自己开办的银行——大清户部银行。户部银行1904年正式开业，1908年改为大清银行，1911年易名为中国银行。袁世凯又办了银元局、铜元局、天津银行等。在通讯方面，袁世凯于907年将西方无线电技术引进到了中国，使中国的通讯业上了一个新台阶。
在直隶短短的数年时间，天津逐步恢复了华北商贸集散地以及金融和实业中心的繁荣局面，确立了在全国的经济龙头地位。袁世凯本人也获得了前所未有的声誉。即使是一些对新政有看法的人，也不得不叹服直隶的巨大变化。910年，第一次南洋赛会在南京举行，直隶地区共提供产品12000件，其中6件获得特别优秀奖，142件获得银奖。会后，直隶又有27件产品被选赴意大利参赛，129种产品被选赴德国。同年，直隶地区又以浩大的声势参加了南洋劝业会。这是一次具有相当规模的国际性实业博览会，博览会期间，当时著名的实业家，也是曾与袁世凯有近二十年龃龉的张謇，在参观了直隶馆之后，颇有心得。张謇在当天的日记中写道：“袁世凯确实能干事，此人与别人毕竟不同，在工业上尤有擅长过人之处，远远胜过了江苏。”后来，张謇在其《自订年谱》中，再次提到了这件事：“观看了劝业会直隶馆，深感袁世凯的才能在诸督之上。”
袁世凯的改革不仅在军事、经济以及教育领域上，在政治体制改革上，袁世凯同样不甘寂寞。这一点，袁世凯显然比李鸿章等走得更远。袁世凯认为，地方的改革，应该在中央改革之前进行；只有地方政府进行一系列改革，并形成经验之后，中央的改革才变得切实可行。围绕这个思路，袁世凯全力进行地方自治的改革，1906年，袁世凯派天津知府拟定自治章程，成立自治局和议事局，试办天津地方自治。次年，正式举行天津地方选举，成立了天津议会。这样的政治改革，在当时的中国，可说是破天荒之举，不管它的实质怎样，最起码，在形式上开辟了民主选举之先河。随后，袁世凯下令在直隶各州推行地方选举，要求自治三年完成。天津、直隶的自治选举运动几年后，虽然随着袁世凯的离任和下台而不了了之，但袁世凯的大胆行动，还是在某种程度上迎合和推动了民主潮流。从袁世凯在直隶的所作所为，可以看出袁世凯的政治思想，看出他在探索政治改革上曾经做出的努力。
袁世凯在直隶投入精力与物力最大的，还是练兵。袁世凯最懂得慈禧的心思，清军在外国军队面前越是不堪一击，这个老太太练兵的心情就越迫切。当年，慈禧把曾国藩从两江调任直隶，也是看曾国藩训练湘军有术；后来，让李鸿章担任直隶总督，同样也是为了练兵。这些，都是老皇历了。将袁世凯调任直隶，首当其冲，还是这个心思。从1902年1月，一直到1905年，在袁世凯的直接操作下，北洋六镇的编练计划全部完成。这样，在直隶的新式军队，已达到近十万人，这在当时的中国，可以算是首屈一指。1905年以及1906年，袁世凯分别调动数万新军，先后在直隶河间、河南彰德地区进行了两次军事演习。河间会操总兵力达四万五千多人，彰德会操总兵力为三万四千多人。以如此大的规模在华北大平原上进行军事演习，对于清政府来说，是空前绝后的。这两次演习充分展示了北洋军的兵强马壮。会操期间，袁世凯和阅兵处的官员观操于高坡之上，跃马于两军之中，指点得失，评判优劣，出尽了风头。这两次军事演习，因为向西方媒体公开，集中向东西方展示了中国军事改革的成就，也使袁世凯的威望达到了前所未有的高度。可以说，这个时候的慈禧，就像当年离不开李鸿章一样，已离不开能干的袁世凯了。不仅仅因袁世凯能给她带来相对进步的信息，能做实事，还因为袁世凯能与外国人打交道，帮助她解决一系列棘手的外交问题，而这是当时诸多大员所不具备的。李鸿章之后，是袁世凯处理了一系列重大外交事件，诸如结束八国联军对天津的占领，日俄战争之后与日本签订的条约，还有大量路矿合同的签订，等等。在慈禧太后看来，年富力强的袁世凯还是值得信赖的：一方面他总能坚定捍卫国家的主权免遭直接侵犯；另一方面又能让那些列强接受他的方式，避免灾难性冲突的发生。国家的统治者是少不了实干家的，就如同少不了聪明可爱的弄臣一样。就这样，袁世凯凭着自己的精明能干，成了慈禧不可或缺的助手。
回过头来研究袁世凯推行的新政，真是别有一番感慨，很难想象，当年在袁世凯领导下所推行的新政，竟然是全方位的，这样的改革，完全不亚于当年戊戌变法时的初衷。袁世凯的努力，比他一脉相承的“老师”曾国藩和李鸿章，要走得更远。袁世凯之所以在辛亥革命后被推选为民国临时大总统，跟他这一段时间的政绩是分不开的。
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