虽然朝鲜的两次叛乱被平定，但这个半岛国家的境况，并没有得到缓和，而是变得更加复杂了——1885年3月，继日本外相井上馨恫吓朝鲜得手之后，日本政府又派宫内大臣伊藤博文来中国，对清政府在朝鲜的做法提出抗议。伊藤博文到达天津之后，清政府命李鸿章为全权大臣与之谈判。伊藤博文觉得李鸿章很难对付，径直跑到北京总理衙门，要求直接跟清政府进行对话。总理衙门在接待了伊藤博文之后，令其返回，仍跟李鸿章交涉。接下来的会谈中，日本方面除提出道歉和赔偿要求外，还要求中方严惩朝鲜事件中的“罪魁祸首”袁世凯。日本方面提出，朝鲜之所以陷入混乱，完全是袁世凯一手挑起的。经过近一周的讨价还价，双方签订了《中日天津条约》，内容共有三条：中日两国四个月内撤出驻朝军队；两国均不许派员教练朝鲜军队；朝鲜今后若发生事变，中日两国或一国向朝鲜出兵，必于事前相互告知。至于惩处袁世凯一事，经过“太极高手”李鸿章的一番敷衍，也就不了了之。
后来的事实证明，在《天津条约》的签订上，尤其是关键条款“朝鲜今后若发生事变，中日两国或一国向朝鲜出兵，必于事前相互告知”这一条文上，李鸿章还是上了小字辈伊藤博文的“套”，为后来甲午中日战争埋下了祸根。
日本势力蛮横向朝鲜渗透之时，俄国、英国及其他列强，对朝鲜也蠢蠢欲动。对于当时清国在朝鲜的宗主国地位，列强有意睁一眼，闭一眼，不予承认。与此同时，随着自主意识的增强，朝鲜也对这种不成文的宗藩关系心存不满，一直盘算利用矛盾，争取独立和自由。在俄国的诱使下，朝鲜背着清国，与俄国签订了《通商条约》，规定：缔约国有权将军舰开到另一方的任何港口，不管这些港口是开放的还是封闭的。这等于宣告俄国对朝鲜的独特地位。英国在知晓了这一项协议的内容后，先下手为强，以防止俄国入侵朝鲜为由，强占了朝鲜的巨文岛。
到了1885年7月，由于中、日两国已从朝鲜撤回军队，俄国对朝鲜的干涉越来越多。俄国使者面见朝鲜国王，要求朝鲜接受俄国保护，并且帮助朝鲜训练军队。国王李熙一边报朝廷，一边致函李鸿章，要求清国对此事给个说法。显然，朝鲜方面想以强大的俄国，对清廷进行施压。清廷和李鸿章无奈之下，只好打出大院君这张旧牌——李鸿章与已在中国的大院君进行了会谈，又跟朝鲜国王李熙进行沟通后，从维护宗主国的利益考虑，决定将比较亲近清国、思想趋向于保守的大院君派回朝鲜国内。在李鸿章和清廷看来，无论从哪方面来说，旧派的大院君对于维护中朝现有关系都是有好处的，大院君回国后，不仅能增加亲中派的势力，也能有效制衡他的儿子、朝鲜国王李熙，以及变化无常的闵氏。大院君归国的消息在朝鲜传出之后，闵氏家族感到惴惴不安。闵妃竟派人携重金来到天津北洋大臣衙门，以行贿来乞求李鸿章阻止大院君回国。这样的举动让李鸿章啼笑皆非。闵妃集团的坚决反对，使得送还大院君归国的计划不得不推迟。朝鲜统署大臣金允植向李鸿章建议，让朝鲜国王李熙亲自写一封信给父亲大院君，恳请他回国协助事务。这样，大院君的归国，就有了充足理由。
在等待李熙信函的过程中，李鸿章一直考虑让谁来承担护送大院君回国的重任。一开始，李鸿章准备派一个心腹将领率五百人马护送，但随即，李鸿章想到了正在河南老家的袁世凯，觉得还是由熟悉朝鲜国情的袁世凯担当比较合适。于是急招在河南陈州的袁世凯火速赶到天津。袁世凯接到电报后，一路兼程，昼夜狂奔，甚至因此累死了一头骡子。到了天津之后，李鸿章见到袁世凯的第一句话就是：“现在的局势就如同演戏，观众已到，只等你出场了。”袁世凯问明情况之后，请求与丁汝昌一道带兵前往，李鸿章摇了摇头，笑着说：“韩人听说大将军去，肯定会欢声雷动，谁敢抗拒呢？至于其他人，就不需要了，你只需带数十个随从就行了。”
9月下旬，朝鲜国王李熙恳请其父归国辅政的信函到达。大院君李应和袁世凯可以名正言顺上路了。袁世凯一行分乘北洋水师的两艘军舰启程。10月3日，袁世凯一行到达仁川后，受到朝鲜民众的热烈欢迎。到达汉城之后，袁世凯对闵妃和李应之间的矛盾作了排解调处，规劝李熙不要亲近俄国。数日后，袁世凯离开了朝鲜回天津复命，算是圆满完成了李鸿章交代的任务。
到了年底，清廷正式任命袁世凯为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜”。这样，时年二十六岁的袁世凯再度回到朝鲜，重新开始他在朝鲜的生涯。李鸿章特意致书朝鲜国王李熙，称袁世凯“奉旨命汉城充办事大臣，兼襄助一切。以后贵国内治外交紧要事宜，望随时开诚布公，与以商榷，必于大局有裨”。可以看出，袁世凯这一次在朝鲜的身份，较过去大不一样，享有很大的权力。不过到了这个时候，朝鲜半岛形势变得更加复杂：西方列强的势力已波及朝鲜，各国已向朝鲜派遣了驻朝使节，朝鲜闭关锁国的局面不再。东西方列强尽管在朝鲜的矛盾与角逐日趋尖锐，但他们共同的态度是不承认中国对朝鲜的宗主权，因而故意不把袁世凯视做清政府驻朝的全权代表。这样在朝鲜的外交圈子内，清国的势力就成了最受排斥、最受歧视的人物和机构。列强们各怀心思：日本一心想让朝鲜摆脱清国，投入自己的怀抱，甚至想一下子吞并朝鲜；俄国则想把朝鲜当做南下的一个基地；英国等其他列强，也想利用朝鲜的不稳定，慢慢蚕食朝鲜，从而控制远东。与此同时，作为朝鲜王国本身，李熙一方面想摆脱清国，图谋自强自立；另一方面，又对日本和西方列强的虎视眈眈感到害怕，唯恐摆脱了狼，却引来了虎，行动上一直首鼠两端，拿不定主意。同时，对于袁世凯的强势，既恨又怕，表面顺从，但在背地里，一直希望能利用各国之间的矛盾达到自己的目的。
袁世凯正是在这样的挤压中，艰难地履行自己的职责。袁世凯专门写了一篇《朝鲜大局论》，呈交朝鲜政府，阐述朝鲜“依中国”有六大好处，“背中国”有四大害处。在行动上，袁世凯一直显出强硬的“上国”风格，以区别于其他国家，在很多事情甚至是一些细枝末节上，强硬坚决，毫不相让。1890年，朝鲜赵太妃病逝，按照清国礼节，藩属国国王、王妃去世，需派“讣告使”到北京，向礼部告讣，然后由清廷派使节前往赐祭，并赐谥号。赵太妃病逝，朝鲜迟迟没有派“讣告使”前往北京。袁世凯毫不马虎，不断敦促朝鲜王室派使者去北京告知。在袁世凯严格敦促下，朝鲜只好派使者前往。袁世凯的武断和专横，自然引起了其他国家公使的不满，尤其是日本，本以为朝鲜已是自己的囊中之物，没想到斜刺里杀出一个袁世凯，让他们如芒在背。日本致书清政府，请清政府命袁世凯访问东京，与日本大臣面商有关朝鲜事宜。日本向袁世凯提出十二条忠告，让袁世凯不要干涉朝鲜的主权，让朝鲜自主变法，以图自强。
袁世凯在朝鲜的铁腕政策，让日本恨之入骨，其他国家的公使，对于袁世凯也颇有微词。尤其是俄国，因为几次与朝鲜的密约被袁世凯识破，也对袁世凯咬牙切齿。美、英、俄等国联合起来向清廷告状，指责袁世凯干涉朝鲜内政，要求处理袁世凯。对于袁世凯在朝鲜所处的地位和境况，李鸿章当然很清楚，他知道袁世凯在朝鲜独断专横、情绪暴躁，也明白袁世凯竭力维护清国“上国”地位的一片苦心和难处。1890年袁世凯赴朝鲜担任办事大臣三整年时，李鸿章在给朝廷的报告中，给袁世凯写下了“血性忠诚，才识英敏，力持大局，独为其难”的十六字考核评语，称袁世凯驻朝三年，办事得宜，仍留朝鲜，并赏以道员升用，加二品衔。清廷同意了李鸿章的请求。
李鸿章重用袁世凯是有充足理由的。除了在外交上据理力争外，袁世凯在朝鲜经济、交通、财贸的发展上面，也显示了自己的才能。尤其是华商在朝鲜的渗透上，袁世凯做了很多工作。他设置了巡警，专门保护华商在朝的利益，设立各商帮会馆，建立董事，制定了很多有利于华商的政策、措施，以促进华商经济的发展。袁世凯还奏请总税务司拨款万元，招租商局轮船一艘，来往于仁川、上海之间，打破了日本在中朝之间商贸运输的垄断。后来，又鼓励同泰顺商行集资购买货轮两艘，每年接运朝鲜漕运粮十万担以及中国货物，发展了中国在朝鲜的运输业务。并且，在龙山、仁川、釜山、元山四处设立中国在朝商务理事，管理华商在朝的商务，既增加了关税，也促进了华商的有序发展。到了袁世凯任职的后期，在朝华商的实力已经超过了日本。在袁世凯离任的前一年，仅在汉城的华商就有八十多家，人数达六千以上。
袁世凯在朝鲜的努力工作，也赢得包括闵氏在内的朝鲜最高层的尊重。闵氏也由最初的亲日，转向了亲中。朝鲜国王也曾几次对袁世凯予以嘉奖。1893年，袁世凯再一次三年期满。朝廷授予袁世凯浙江温处道职官位，但让袁世凯暂免赴任，仍留驻朝鲜。
现在论及袁世凯在朝鲜的表现，有两种鲜明对立的观点：一种观点认为袁世凯担任驻朝公使期间，就像一个“近代班超”一样，为维护国家主权的完整以及清国的利益，与欧洲列强、日本进行了针锋相对的斗争，如果不是袁世凯，朝鲜很可能在甲午战争前就被日本吞并。袁世凯在朝鲜所做的一切，功不可没。而另一种观点则认为，甲午战争的爆发，跟袁世凯在朝鲜的做法有关，正是袁世凯在朝鲜的颐指气使，严重伤害了朝鲜官员的民族自尊心，促使其产生了严重的离心倾向，也使日本找到了借口，发动了甲午战争。这两种争锋相对的观点，其实都有偏颇。对于袁世凯来说，当年在朝鲜所做的一切，的确是鞠躬尽瘁——清国毕竟是弱国，在那种情况下，能与西方列强及日本周旋十多年，已属相当不易。至于甲午战争的爆发，这实际上是崛起的日本旨在侵略中国和朝鲜的阴谋，即使没有袁世凯，他们还会找出另外的借口吞并朝鲜，进攻中国。实力的改变，意味着过去的均衡肯定会被打破。从这一点上看，中日战争的爆发是必然的，它即使不是发生在甲午年，也肯定会发生。
后来公布的资料显示，甲午中日战争的爆发，绝不是偶然。在此之前，日本就为迎战中国做了一系列的准备，制定了详细的《征讨清国策》，实施了为期十年的扩军备战。到甲午战争爆发之前，日本已拥有一支六万余人的新式陆军，海军的吨位也达到五万吨。日本大力扩军备战之时，俄国也在实施修建西伯利亚大铁路，这意味俄国也将远东扩张列入计划。在这种情况下，日本决定：要在俄国西伯利亚铁路竣工及欧美各国拥有远征东洋实力之前，吞并朝鲜，打败中国。《征讨清国策》的既定目标，是将清朝势力逐出朝鲜，向中国本土进攻，占领中国“盖平以南的旅顺半岛、山东登州岛、舟山群岛、澎湖列岛、台湾及长江两岸十里左右的地方”。因此，甲午中日战争终于在一种不可逆转的形势中爆发了。直接的导火索，就是在朝鲜不断发生的小摩擦。
到了1894年，日本为战争所做的准备工作已暗中就绪，接下来，就是想方设法挑起对清国的战争了。恰巧这时候朝鲜境内爆发了“东学党”人起义，这一回，日本反应神速，他们立即以此为借口，要求出兵帮助朝鲜平乱。袁世凯火速向李鸿章建议，立即派大批清军进驻朝鲜，以免日本趁火打劫。1894年6月4日，李鸿章一面命直隶提督叶志超及太原镇总兵聂士成选带淮军一千五百人跨过鸭绿江开赴朝鲜；一面派北洋水师提督丁汝昌调济远、扬威两舰赴仁川掩护，同时，根据《天津条约》电告驻日公使汪凤藻，将中国出兵朝鲜之事照会日本。这个时候，日本内阁已经在两天前就决定出兵朝鲜了——6月5日，先遣日军七千人已分批秘密进发。日方明确答复，不承认朝鲜为中国属邦，并告知日本已派兵赴朝。到了8日、9日、10日，日本大军陆续开进仁川。袁世凯见此情景，一方面敦促朝鲜要求日本撤回军队；另一方面，紧急召见各国驻朝公使，要求联合敦促日本撤军。在日本铁心进行这场战争的形势下，袁世凯的努力当然没有效果。袁世凯只好向李鸿章再次建议，尽可能地多调集清军来朝，方能给日本以震慑。
这个时候，行动相对迟缓的李鸿章还沉湎在自己“以夷制夷”的思路中，一直试图通过俄国与英国的施压，避免战争的发生。李鸿章知道清国在政治、经济、军事上的弱点，如果要打这一场战争，根本没有取胜的把握。但在西方列强眼中，中国是一个庞大的古老帝国，日本则是一个向西方学习颇有成效的新锐国家，这两者之间的争斗，应该是相当有趣的一件事。就心理上来说，列强们还稍稍同情日本。对于两国之间的争斗，列强们都隔岸观火。当李鸿章一直迟迟下不了增兵决心时，日本军队源源不断地开到了朝鲜。6月24日，袁世凯在十万火急之下，连发四份电报向李鸿章要求增加军队。李鸿章仍是想通过外交努力来解决问题。这个时候，袁世凯知道朝鲜不可能保住了。到了7月5日，日本驻朝鲜公使大乌向朝鲜政府提出照会，要求朝鲜在制度、财政、律法、兵务、学政五方面进行改革，这实际上就是要求朝鲜遵从日本旨意。同一天，袁世凯在电报中向李鸿章提出，要么进兵朝鲜，要么撤出在朝鲜的军队，以免日军挑衅，引发冲突，后果将不堪设想。对于袁世凯的建议，李鸿章一直犹豫，撤兵吧，似乎有损大国的体面；增兵吧，似乎又易引发冲突。就这样，在犹豫中，李鸿章丧失了很多机会。
李鸿章一直不发布增兵的命令，袁世凯意识到事态的紧急了。袁世凯当然知道日本人对自己的仇恨，如果自己再待在这个地方的话，只有束手就擒的份，因此得赶快离开朝鲜。袁世凯赶忙给李鸿章打报告，以自己生病发烧周身疼痛为由，让李鸿章速调自己回国内。同时，袁世凯又致电好友盛宣怀，让他劝说李鸿章调自己回国。在给盛宣怀的电报中，袁世凯打了个比方，妻子被人蹂躏，急呼丈夫，丈夫却无力相争，只有坐视，情何以堪！他请求调任自己回国，让别人来代理。
时间一天天地过去了，完全可以想象袁世凯心情的忐忑。到了7月中旬，鉴于俄、英调停的失败，光绪皇帝决定迎战。可能李鸿章还是想保留袁世凯这个人才吧，宣战的同一天，致电驻朝公署，将袁世凯调回国内，将其经手之事，交给唐绍仪。这个时候，汉城已战云密布，气氛紧张得令人窒息。有人告知袁世凯，日本方面正在布置一个刺杀他的计划，得先走为上。于是，在英国驻朝领事朱尔典的帮助下，袁世凯先逃到英国驻朝领事馆，然后易装从后门骑马离开。唐绍仪手持双枪，腰佩双刀，护送着袁世凯一直来到江边，登上英国船只返回国内。
在此之后的朝鲜形势风云突变：日军以朝鲜方面只承诺改革内政，不允诺与清政府断绝藩属关系为理由，攻入王宫，掳获朝鲜国王李熙和闵氏。之后，又将闵氏活活烧死。名义上以大院君李应为监国，实际上日本全权控制了朝鲜一切政治和军事，下令废除朝中一切条约，驱逐中国军队。同时，对清政府驻朝鲜总理公署进行了围攻。
紧接着，黄海大战爆发，日本海军突袭了牙山口外丰岛海面的中国运兵商船，击沉中国运兵船“高升”号，中国官兵两千人罹难。日本陆军又向牙山中国驻军发动进攻。
1894年8月1日，清政府被迫对日宣战。甲午中日战争正式爆发。
点击收藏 小提示：按键盘CTRL+D也能收藏哦！