１９２５年３月１２日，国民党总理孙中山逝世。由于孙中山逝世前没有指定自己的接班人，汪精卫以他在党内的资历和声望，被推举为孙中山之后的第一位国民党领导人。１９２５年６月２６日，由汪精卫主持召开了国民党中央政治会议，会上确定了国民党总理的称呼永远留给孙中山，今后国民党采用集体领导的委员会制。会议还决定撤销孙中山生前的大元帅府行政机构，将国民党的最高行政机关改称国民政府。
１９２５年７月１日，国民政府正式成立，汪精卫被选为国民政府主席，兼任中央军事委员会主席，集党、政、军大权于一身。７月２日，汪精卫在１０万广州军民参加的国民政府成立庆祝仪式上，庄重宣布：“国民政府当前的首要任务是挥师北伐，统一中国”。汪精卫的发言得到了在场军民的热烈欢迎，到处响起“拥护汪主席”的口号，这是汪精卫一生中最为辉煌的日子。
汪精卫的国民政府遵守孙中山“联俄、联共、辅助工农”的三大政策，积极任命了一批共产党员位居国民政府的要职。比如汪精卫任命共产党员的谭平山为中央党部的组织部长，毛泽东为宣传部长，林伯渠为秘书长，帮助国民党中央常务委员会工作，使共产党的势力在国民党中取得了较大的发展。一时间汪精卫领导的国民政府似乎一切顺利，但一个多月后发生的廖仲恺暗杀事件，一下使汪精卫陷入进退两难的窘境。
国民党本来就是一个由各种势力混杂而成的政党，党内分有不少派阀。在孙中山生前，各个派系畏于孙中山的威望，没有出现激烈的派系斗争。但孙中山殁后，国民党失去了威振全党的重秤，党内的派系斗争开始表面化和激烈化。当时国民党主要分为左派和右派两派：左派支持孙中山的联共“三大政策”，其代表人物是廖仲恺，右派则反对孙中山的联共政策，其代表人物是胡汉民。汪精卫则是中间偏左的立场。
胡汉民也是一直在国民党内地位很高的人物，曾多次在孙中山不在时，代理孙中山的大元帅职务。孙中山去世后，胡汉民也是很有希望接任国民党领导人位置的候选人。然而在新成立的国民政府中，胡汉民任外交部长、廖仲恺任财政部长，这使胡汉民非常不满。原来在东京同盟会时代，胡汉民和汪精卫本是生死之交的密友，胡汉民曾为营救汪精卫而披心沥血。但天下没有不散的宴席，在权力面前，他们之间的友谊开始破裂，胡汉民开始支持党内的右派反对汪精卫。这正应验了中国的古话：“可以共患难，不可以共安乐”，权力对人的腐蚀作用实在太大了。
１９２５年８月１９日，廖仲恺在国民党部大门前，遭５名枪手的枪击身亡。廖仲恺被刺案惊动了刚刚成立的国民政府，汪精卫亲自组成了特别委员会，调查廖仲恺被刺案的凶手。可是汪精卫没有想到调查的结果，却显示出胡汉民是刺杀廖仲恺的幕后策划者。汪精卫念及当年他们两人在东京时代的旧情，没有公开处分胡汉民，只是将胡汉民以国民政府特使的名义派往苏联考察。１９２５年９月２２日胡汉民前往苏联，但汪精卫这个举动被一些国民党左派批评为有徇情枉法之嫌。
廖仲恺一死，汪精卫就成为国民党左派的代表人物，遭到一批国民党右派的猛烈反对。由于右派的台柱人物胡汉民被迫离职出国，国民党右派在广州政府已无法立足，于是他们跑到北京另立中央。１９２５年１１月２３日，戴季陶、林森等一批国民党中央执行委员和中央监察委员，在北京西山碧云寺孙中山的灵前，召开了自称为“国民党一届四中全会”，这就是所谓的“西山会议”，与会者也被称为西山会议派。西山会议以反对联俄联共、反对汪精卫“左倾”为主要议题，通过了一系列反对联俄联共的决议案，并罗列汪精卫“为共产党护符”的九大罪状，宣布开除汪精卫党籍半年，以观后效。
虽然右派的反汪气焰十分嚣张，但由于最为重要的军权仍掌握在左派手里，所以西山会议并没有形成很大气候。１９２６年４月１日，广州国民党中央召开了“国民党第二次全国代表大会”，汪精卫在会上重申坚持孙中山的联俄联共三大政策，汪精卫说：“西山会议派打出反对联俄联共的旗帜，就是打出反对孙中山先生的旗帜，所以成为总理的叛徒，革命的蟊贼”。
汪精卫的左派立场得到了共产党和苏联政府的高度评价，在汪精卫当政期间，共产党的确得到汪精卫很多的关照，要不是汪精卫后来当了“汉奸”，共产党很可能要把汪精卫和张学良并列起来，誉为反蒋英雄。在“国民党二大”上，汪精卫当选执掌最高权力的中央执行委员会主席，但此时蒋介石却以“流星般的速度上升”，成为党内仅次于汪精卫的第二号人物。
１９２４年１月举行的国民党第一次全国代表大会上，汪精卫、胡汉民、廖仲恺、戴季陶等人均为中央执行委员会委员，而蒋介石不但不是中央委员，连候补委员都不是。但１９２４年５月蒋介石出任黄埔军校校长后，一举成为国民党党军：国民革命军的实际最高领导人。在中国往往是得军队者得天下，蒋介石凭借掌握的军权，在国民党中的地位飞速上升。当然蒋介石的跃升，在相当程度上也得益于汪精卫的大力提拨和重用。１９２５年１０月，汪精卫以国民政府主席的名义，发布了东征陈炯明的命令，汪精卫亲自任命蒋介石为东征军总指挥。汪精卫那时还没有想到这个默默无闻的小字辈蒋介石，居然会在一年后成为掌握国民党的实权人物。蒋介石东征陈炯明取得胜利后，在国民党中名声大振。１９２６年１月国民党第二次全国代表大会上，蒋介石当选中央执行委员会委员，并兼任国民革命军总司令，成为国民党中最有实力的人物。
不过蒋介石能够飞速掌握国民党的实权，还与汪精卫过于淡泊权力有关。汪精卫在党内的资格最老，和孙中山的关系最近，又有敢于自我牺牲的英雄事迹，所以汪在国民党内的声望首数第一。汪精卫为人诚实、不贪钱财、特别是在个人生活方面，汪精卫不抽烟、不酗酒、不赌博、不近女色，这在当时腐败的中国政界，是一种非常清高的存在，和他周围的污浊形成了极为鲜明的对比。汪精卫在国民党内是类似于“圣人”的偶像，是大家非常尊敬的革命老英雄。但大家总是对汪精卫敬而远之，在国民党内从来没有形成过所谓“汪精卫派”，这是为什么呢？
中国有句格言说：“水至清则无鱼”，汪精卫品格过于清廉，所以愿意跟随他的人就很少。在中国善于玩弄权术的人总是以“封官许愿”等物质刺激的方法，来召集网罗自己的跟随者。汪精卫不但不搞“封官许愿”，还对自己的部下要求很严，由于跟汪精卫干捞不到什么好处，所以愿意跟随汪精卫的人就很少。另外汪精卫也不会用“结拜兄弟”等方法来拉拢有权势的人，蒋介石曾两次给汪精卫送去兰谱，希望和汪精卫结为“拜把兄弟”，但都被汪精卫婉言谢绝。按照西方的标准，汪精卫这样有出色口才笔才，又有充分政治责任感和生活清廉的人，是非常理想的政治家。可是汪精卫这样西方型的政治家，却不适合于中国污浊的政治土壤，这也是汪精卫一生的悲剧所在。
对于具有走向权力顶峰野心的蒋介石来说，汪精卫是一个需要排除的障碍。蒋介石刚开始时是以一个积极拥共的左派形像出现，曾发表声明痛斥西山会议派的反共反汪行为，得到了汪精卫的信任和重用。但蒋介石成为国民党内仅次于汪精卫的第二号人物后，就开始向反共的右派靠拢，成为右派的领袖人物。为什么国民党内会出现强大的反对“联俄联共”的右派势力呢？这其实与苏联的中国政策有关。
１９２３年列宁的秘书马林访问孙中山，表示苏联准备在政治和军事上，积极支持孙中山的国民党。孙中山对苏联也很有好感，两人一拍即合，达成了协议。从此苏联向孙中山提供大量的金钱武器，孙中山靠苏联的支援建立起黄埔军校，创建起一只国民党自己的军队。但孙中山得到苏联支持的代价也不小，孙中山特聘苏联人鲍罗廷为国民党的政治顾问，鲍罗廷在国民党中有极大的发言权，国民党的各项政策行动都要征求苏联代表的同意。孙中山殁后，汪精卫的国民政府决心完成孙中山的遗志，北伐统一中国。但北伐所需的武器军费，全靠苏联人提供，随著苏联对国民党援助力度的加大，苏联派遣了大批军事顾问进入国民革命军的各个师团。
但苏联顾问们并不懂尊重中国的礼节和习惯，在国民党军队中以傲慢的太上皇身份出现，对国民党军队的内部事物指手画脚，引起了很大一部分国民党军人的反感，也使很多国民党领导人怀疑苏联有在政治军事上控制国民党的野心。蒋介石曾叹息说：“呜呼，赤化也，共产也，俄人掌握政权也。”接替鲍罗廷的苏联顾问季山嘉到任后，对中国人更是非常傲慢，特别是季山嘉与国民党军队最高领导人的蒋介石私人关系极差，季山嘉见到蒋介石，不是冷笑就是挖苦，几乎反对蒋介石的每一项计划，这促成了蒋介石反俄的决心。
更为糟糕的是，季山嘉改变了以前苏联逐步改造国民党的计划，开始公然帮助中国共产党在国民党中扩充势力，试图让中共从内部颠覆国民党，建立中国共产党的政权。季山嘉向国民军的各个师团派遣共产党员作党代表，当时蒋介石的国民革命军第一军中，８０的党代表都由共产党员担任。然而季山嘉的激进赤化行动，遭到了以蒋介石为代表的国民党右派的强烈反对。１９２６年３月１８日，国民军最精锐的中山舰，在没有接到命令的情况下，忽然驶入黄埔，中山舰除去炮衣摆出战斗阵势，停靠在黄埔军校旁，有搞军事政变的嫌疑。尽管到现在为止，中山舰事件的真相仍然不很清楚，但有不少迹像表明可能是苏联顾问季山嘉策划的。中山舰长李之龙是共产党员，中山舰的行为又让人联想到俄国十月革命时巡洋舰炮击冬宫的历史画面，所以蒋介石认定共产党要搞暴动，于是下令包围苏联顾问公馆，收缴工人纠察队的枪械，将第一军中的党代表全体免职，并逮捕了中山舰长李之龙。
当时汪精卫是国民政府主席，又是中央军事委员会主席，蒋介石这么大的行动事先不通知汪精卫，显然是以“先斩后奏”的方式和汪精卫对抗。汪精卫对蒋介石无视合法国民党中央政府而擅自行动的行为非常愤怒，准备召集中央委员处置蒋介石的越权行为，但大部分中央委员却都替蒋介石说话，赞同蒋介石的排俄排共行动。汪精卫看到他这个最高领导人已被蒋介石架空，如果他和蒋介石搞直接对抗，势必引起国民党内部的严重分裂。既然国民党中央的大部分人都赞成蒋介石，为了维护国民党的整体利益，汪精卫决定以主动辞职的方式，把政权交给蒋介石。
１９２６年３月２２日，汪精卫在临时召开的中央政治会议上说：“我是革命政府和党的代表，这件事的发生我也有责任，我只责己不责人，一切均由我不能尽职所造成，我将引咎辞职。此事一切善后工作，均由蒋同志去办。”当时汪精卫之所以轻易把政权让给蒋介石，是因为当时汪精卫以为蒋介石和他的对抗只是出于政治观点的不同，没有想到蒋介石上台后会搞个人独裁。汪精卫本是一个淡泊权位的人，本来并没有和蒋介石争权的野心，但当蒋介石明显在国民党内搞个人独裁后，汪精卫才站出来成为反蒋的核心人物。
１９２６年５月１１日，汪精卫离开广州前往法国马赛。汪精卫辞职后，广州国民政府于６月６日推选蒋介石为中央军委主席兼北伐军总司令。后来蒋介石又出任国民党中央常委主席，独揽党政军大权于一身。蒋介石的排俄排共政策虽然得到了国民党中相当的支持，但国民党北伐还要依靠苏联的经济军事援助，还没有和苏联摊牌的资本。所以蒋介石在处理中山舰事件时，提出“对人不对俄”的方针，要求俄国撤回顾问季山嘉，重新派鲍罗廷任国民政府顾问。苏联接受了国民党的要求撤回了季山嘉，苏联和国民党的关系一时得到了缓和。
蒋介石上台后，立即开始著手北伐。１９２６年１１月，北伐军攻占了南昌、武昌，这引起了北方军阀们的震惊。张作霖、孙传芳、张宗昌等人组织起“安国军”和北伐军对抗。安国军司令张作霖开始在北京搜捕共产党员，许多共产党员逃入苏联大使馆避难。由于苏联是北伐军的总后台，张作霖不顾国际法，派军队强行进入苏联大使馆抓捕共产党人，并搜缴出多份机密文件，包括蒋介石和冯玉祥向苏联借款的契约书以及苏联向北伐军提供武器的清单表。张作霖从苏联大使馆抓出的中共最大级人物是李大钊，张作霖是一个头脑简单的武夫，立即判李大钊等二十人死刑，包括李大钊十七岁的女儿。
北伐军在军事上的进展虽然顺利，但蒋介石的独裁作风却引起了很多国民党人的反感。尽管中山舰事件发生时，大部分国民党领导人站在蒋介石一边，赞成他排俄排共的“敢行”。但是蒋介石当权后表现出来的独裁霸道，又让人们回想起作风民主的汪主席的好处，于是“拥护汪主席，请汪主席回国复职”的呼声四起。１９２７年２月，孙科等人组成“迎汪行动委员会”，以国民党临时中央会议的名义，致电汪精卫，敦促他回国复职。蒋介石后来也挡不住“拥汪”的浪潮，只好也打电报请汪精卫归国复职。在法国的汪精卫收到了雪片般飞来的请求他回国复职的电报，最后蒋介石也打来电报说：“如果先生再不回国的话，我就要出国了”。
汪精卫看到这些电报后感叹道：“看来我不回去不行了”。１９２７年２月下旬，汪精卫离开法国，乘火车经苏联归国。从此汪精卫开始了他与独裁者蒋介石的斗争。但此时的蒋介石羽毛已经丰满，汪精卫手里又没有军队，已经无法有效地抗衡蒋介石了。
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