不久，“刺头”李鸿章又为弹劾李元度之事跟曾国藩再度发生争吵。李元度是功勋卓越的湘军元老。在皖南战争中，李元度没服从曾国藩的劝告，失守战略要地徽州府。曾国藩一气之下决定弹劾他，要李鸿章写奏折。但李鸿章不仅不愿拟稿，反而率一班人去了曾国藩那里替李元度据理力争，指出李元度“其血性足以干事，而知人则不甚明；其才识足以谋事，而带勇则非所长”。认为曾国藩既然了解李元度的优点和短处，却舍长取短，这个责任不应由李元度来负。同时，李元度劳苦功高，一直追随曾氏身边左右，假如一兵败就严辞弹劾，会让部下们唇亡齿寒。李鸿章一番激烈的言辞让曾国藩大为光火，坚持不更改决定。李鸿章倔脾气上来了，怎么也不肯起草那个奏折，又以离开为要挟。曾国藩索性挥挥手：“随你便！”
师徒之间的冲突让曾国藩的心情坏到了极点。曾国藩在当天的日记中写道：“日内因徽州之败，深恶次青，而又见同人多不明大义，不达事理，抑郁不平，遂不能作一事。”在曾氏原先的手稿中，在“而”与“又见”之间，圈掉了“少荃”二字，可见其原文是写“少荃不明大义，不达事理”的。这一场风波使得师徒间变得生疏尴尬了。到了年底，李鸿章找了个理由要去看望在江西南昌的老母，离开了湘军大营，回到了南昌的哥哥李瀚章处。
但李鸿章这一段时间与曾国藩的矛盾并没有通常所描绘的那样决绝。到了南昌之后，曾、李二人一直有着书信来往。不过李鸿章心中的确有点梗阻，他曾向丁未同年沈葆桢去信询问福建的情况，有意去补闽任道员之缺。沈葆桢回信劝阻了他。另一个丁未同年郭嵩焘也来信劝他回到曾国藩身边去。那段时间李鸿章的夫人周氏生病，李鸿章一直忙于照顾。周氏是李鸿章老师周菊初的侄孙女，李鸿章少年时，周菊初对他就十分欣赏，也经常接济李家。李鸿章赶考前，周菊初把自己的侄孙女许配给了李鸿章。周氏比李鸿章大两岁，是一双大脚。李鸿章跟她的感情一直很好。李鸿章中进士当上翰林后，周氏并没有跟李鸿章来京城，一直在老家照顾李鸿章的母亲。李鸿章回乡办团练，夫妻才算得到团圆，在李鸿章戎马倥偬期间，周氏一直跟着李鸿章东奔西走。
不久，形势的发展证实了李鸿章的战略预见是对的。太平军李世贤部攻占景德镇，祁门再度被围困，情急之下，曾国藩分别给二子立下遗嘱，预备在祁门坐以待毙。形势稍缓之后，在胡林翼和曾国荃的劝说下，曾国藩终于同意移营长江边的东流。当曾国藩向李鸿章函告这一决定时，得到的反应是热烈的，李鸿章数次来函献计献策。师生间由于战略分歧所造成的隔阂烟消云散。在此之后，曾国藩几次函招李鸿章回营，李因忙于照顾病重的妻子周氏，迟迟未归。曾氏无法再等，又给李鸿章写了一封言辞恳切的信：
阁下久不来营，颇不可解。以公事论，业与淮扬水师各营官有堂属之名，岂能无故弃去，起灭不测？以私情论，去冬出幕时，并无不来之约。今春祁门危难，疑君有曾子避越之情，夏间东流稍安，又疑有穆生去楚之意。鄙人遍身热毒，内外交病，诸事废搁，不奏事者五十日矣。如无醴酒之嫌，则请台旆速来相助为理。
李鸿章接信后，颇为感动。当周氏病稍有好转，便收拾行装赶到东流大营。李鸿章的重回幕府，让曾国藩如虎添翼。积压如山的公文得以清理，军事大计也有人商议了。这一对师徒之间经常彻夜长谈，无话不说。
很多年后，当李鸿章闲暇之时回忆起对抗太平军的这一段历史时，总是显得神情凝重。除了庆幸命运对于自己的垂青之外，他还庆幸着自己的人生道路上遭遇了曾国藩这样一个亦师亦友的要害人物，这使得他在人生的几次大转折中总有贵人相助。也就是在这段时间里，李鸿章发生了巨大的改变，不仅仅体现在地位的增高、气度沉稳等外部因素上，更多的，还是内心深处的悄然改变。从少年时意气风发，聪明异常，一直到后来的洞察细微，隐忍无限，李鸿章的人生和性格，从那时起，经历了一个巨大的U形弯。
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