1990年8月1日，当波士顿红色短袜集团（Boston Red Sox tied for first place，民主党别称）稳居首位，克里成功地领导了他的参议员改选活动的时候，伊拉克的独裁者萨达姆·侯赛因让他的军队穿越了沙漠边界，开进了虽然很小却有着相当丰富的石油的科威特酋长国，对邻居垂涎已久的萨达姆迫不及待地宣布科威特是伊拉克的第十九个省，从而对邻近的沙特阿拉伯和西方的石油供应构成了严重的威胁。
萨达姆刚从和伊朗长达八年的战争中抽身出来，为他之前对伊朗的侵略行为付出了血的代价。他的冷酷无情是出了名的，两年前，他曾经在伊拉克北部一个5万人口的城市投下毒气弹，导致了多达7000名库尔德人的死亡。萨达姆对自己的人民都能使用大规模杀伤性武器的行为，和他毫不掩饰的扩张伊拉克版图的野心，显然已经使他成为这个原本就不稳定的地区的重大威胁。
国际社会对入侵科威特事件做出了迅速反应，立刻对伊拉克实行禁运，直到萨达姆答应撤军为止。同时，老布什在这一地区集结了大批美国军队，开始为实现人类历史上最大规模的国际联合作战而艰苦努力。11月，他说服联合国安理会同意如果伊拉克在1991年1月15日之前没有撤出他的军队，就采取“一切必要措施”将侵略势力驱逐出境。
然后这位总统又让国会批准如果萨达姆没有在最后期限之前撤出军队，就对他实行军事打击。对克里来说，这可能是他的参议院生涯中“最重要的一票”。他作为国会中20个越战老兵之一，将和他们一起讨论决定是否要让成千上万的美国人民卷入这场对抗全世界排名第四强大的军队的战斗，而且面对的还是一个拥有生化武器甚至核武器的军队。
在20世纪80年代，克里一直在担心中美洲可能像越南一样成为战争泥潭，导致大批美国军人无谓地牺牲。但是事情没有变成那样。那里的人们像冷战时期夹在苏联和西方之间的代理人一样默默地反抗着，忍受着他们能够忍受的一切。美国中央情报局和军事顾问都聚集在中美洲，甚至解放了一个小小的加勒比海岛国格林纳达，但是在大部分地区，美国军队都没有插足。这次波斯湾危机却很可能造成大规模军事干预，不能不让人将之与那次夺去了58万名美国人生命的臭名昭著的越战相提并论。
刚开始，克里是赞成通过外交方式解决的。在伊拉克入侵科威特三个星期以后，克里才说支持布什总统向该地区快速调集军队和政府坚持要萨达姆辞职的要求。但是他说在外交上应该给萨达姆多一点时间考虑撤军。“我最担心的是这次事件发生得太快，没有足够的缓冲时间。”克里于8月27日对《波士顿环球报》的编辑和记者们这样说，“它正在朝着非常危险的方向发展。”
克里还说，白宫方面应该通过支持巴格达的频道表明自己的立场，希望看到侵占科威特领土的伊拉克受到国际法庭的审判。他还说，布什政府还应该对主动在被占领的西部银行问题上打破阿拉伯和以色列僵局的行为表示可能的支持。这些观点，克里说，能够在外交上给萨达姆一个撤军的机会。他担心来自华盛顿的“轻骑”，但是他坚持认为伊拉克的核项目应该通过“外交的，公开的和非公开的手段”来拆除。
一个星期以后，克里和一个国会代表团到达中东与沙特阿拉伯国王法赫德（Fahd）和埃及总统穆巴拉克（Hosni Mubarak）会面。克里回国以后说穆巴拉克非常生气，谴责萨达姆背信弃义，让阿拉伯国家之间相互对抗。他报告说沙特阿拉伯和其他国家取消了每年给巴勒斯坦解放组织资助中的250万美元，因为该组织领袖阿拉法特支持伊拉克的入侵。
尽管遭到经济禁运，萨达姆仍然坚持当年秋天进驻科威特。11月份，在联合国下了最后通牒并且准备向当地派驻军队时，布什总统宣布：“这里将不会是另一个越南……如果一个美国士兵不得不上战场，在他后面必然有足够的兵力保证战争的胜利……我决不会同意半途而废的。”12月初的时候，美国国务卿詹姆斯·贝克来到克里和其他参议院对外关系委员会成员面前，几个月来贝克一直劝告大家能耐心一点，希望美国军队的集结和经济禁运能迫使萨达姆罢手。现在这位国务卿说政府正获得越来越多的支持。“我们必须面对事实，这场冲突开始四个月来，我们的一切努力都没能让萨达姆·侯赛因有任何改变的迹象。”他说道。贝克对参议员们说，如果伊拉克拒绝撤军，美国将准备向它发动“突然的、大型的决定性的”袭击。克里则回答说：“我很担心，因为你好像已经放弃了禁运。”而且认为战争不可避免了。
避免战争还是有可能的：萨达姆已经同意与布什总统进行高级会谈。但是1月15日最后期限到来的时候，科威特仍然在他的控制之下。
1月中旬，一种严肃凝重的气氛笼罩在首都的上空，国会议员们聚集起来讨论总统让国会授权他派遣美国军队进行反伊战争的要求。在众议院，来自华盛顿的民主党发言人托马斯·福利祈祷道：“愿上帝在之后这些决定性的日子里保佑我们、引导我们、帮助我们。”在参议院，反战派则在走廊上大叫着：“不用鲜血换石油！不为布什而战！”其他反战的游行示威者则把自己装进装尸体的袋子里，躺在国会大厦外面的雪地上。
民意测验显示大多数公民支持打击伊拉克，但这是在不必付出沉重代价的前提下。来自五角大楼的电脑模拟数据显示，美军的伤亡将可能上万。费城的一家工厂已经接到国防部的紧急命令，停止婴儿床单的生产线转而生产16 099个装尸袋。
参议院的很多民主党人都担心战争，但是他们也希望对萨达姆持强硬态度。佐治亚州的萨姆·纳恩是军队服役委员会（Armed Services Committee）的主席，强硬派的纳恩代表着一支强大而且经费充足的军队，没有人能说萨姆·纳恩是一个头脑不清楚的反战分子——纳恩也还没准备好参加波斯湾的这场战争。他的犹豫也给了其他担心战争代价太大的民主党人借口。纳恩和缅因州的民主党人乔治·米切尔一道提出一项决议，实行一段更长时间的禁运从而达到逼迫萨达姆撤军的目的。约翰·克里则是支持纳恩和乔治决议的参议员之一。
在１月１５日的最后期限到来之前四天，这个来自马萨诸塞州的年轻参议员站起来发表了反战演说。克里后来说他本来是想说萨达姆的，可是在他那天的演说里，却主要讲的是他在越战中亲眼看到的战争的残忍和恐怖，而没有讲那个残忍的伊拉克独裁者的罪行。
“由于我们在马萨诸塞州面临的经济问题，我原本希望再选之后能够回到这里讨论……经济优先发展问题，讨论教育问题，讨论发生在大街上的犯罪行为和国内成千上万的公民现在所感觉的简单平常的关于生存的忧虑。”克里是这样开始的，“然而现在，我们却在讨论战争，讨论让无数家庭因为对国家的责任和义务而分离，让无数公民的生命财产失去保障。”
“我们可以一边说‘战争是地狱’或者‘战争太可怕’而一边开始准备战争。”克里说，“在煽情的言词和政治狂热里再次迷失自己……”然后他提醒其他参议员那些越南老兵仍然背负着的战争代价，忍受着残肢、疾病、酗酒、吸毒等的折磨。“我们真的能够承受这场战争将带来的变化吗?那些从战场上回来的儿女绝不可能再和战前一样了……我们真的准备好了吗？”
他问他的同事们：“我们真的准备好让另一代人继续忍受截肢、截瘫、烧伤的痛苦”和让那些参加战斗的人受到顽固外伤的长期折磨吗？尽管20年前克里领导了当时的反战运动，但是在他六年的参议员任期内，他显然“不是一个和平主义者”。就像他自己在１９８９年说的：“我相信军队是外交政策手握的武器，在很多适当的时候，能够合法地被使用。”但是越战失败的阴影一直在他的脑海中，所以现在当波斯湾可能出现战争的时候，那次痛苦的回忆导致了他的反战观点。（恰巧也帮助形成了一些公众的意见：战前的一次民意测验显示５９％的美国人支持军事行动，但是在反对越战的人当中，只有２５％左右的人支持这次军事行动。）
克里说，自越战以来，美国公众“在我们要进行战争的时候已经形成了一套指导原则”，一致同意“只有在美国多数公民都认为我们生死攸关的利益受到威胁的时候，在大家都同意，并且我们已经穷尽了所有的和平方式的情况下才可以进行战争”。
但波斯湾这次的情况不同，克里说：“我们急切地想要进行战争，是因为我们认为我们的军事力量能够打败伊拉克，我们的行动……有点虚张声势，缺乏耐心。”
对国会施加压力让它支持总统是错误的，克里说道，我们在多年前的越战中就“失去了成千上万人的生命”。“在我看来，现在好像支持总统的决议变成了最重要的事，而不是科威特的即刻解放……似乎我们是为了傲气才发动战争而不是为了什么重大利益！”他也不认为总统发动战争的决定能够给政府一个促使萨达姆退出科威特的威慑。但是11年后，同样的理由却促使克里赞成了导致第二次对伊战争的一项决议。
“那种想法是很危险的……而且有漏洞。”克里说，“这不是一次关于发不发一个通知的投票，而是关于战争的投票啊。”在他的长篇演说里（克里的演说通常都很长），他不断谴责布什和他“单方面”要求战争的急切心理。“今天我们聚集在这里讨论，是因为美国的总统作了一系列需要我们讨论的决定。”随着对伊拉克的经济禁运导致伊拉克经济日益紧张，“没有人会认为萨达姆·侯赛因赢得了任何东西。”克里说道。
克里对布什的谴责条分缕析、证据充分，但与此相反的是他对萨达姆可能造成的危险却说得很简短，没有给予足够的重视。克里承认他“很清楚萨达姆的核武器、生化武器兵工厂的长期的危险”。但是他说：“即使美国杀了萨达姆，还会有另一个独裁者取代他，除非美国能帮助该地区实现真正的和平。”
克里谴责道：“我们对禁运和外交方式缺乏耐心。”说美国还没有准备好打这样一场恐怖的战争，“也承受不起这场战争的代价。”
这个有着丰富战斗经验的老兵以战争的残酷开始他的演说，又以同样的话题作为结束。他引用了道尔顿·特朗博的《约翰拿到了他的枪》中的一个例子，该片是关于一个年轻士兵的故事，这个士兵在第一次世界大战中失去了他的手、腿、视觉、听觉和嗅觉，在医院躺了很多年。“他原本可以成为一个受过教育的良好青年。”特朗博写道：“即使人们不能从他身上学到很多关于解剖的知识，但却可以了解到关于战争的一切。”
1月12日，也就是联合国最后通牒的前三天，由民主党控制的国会却决定授权一位共和党总统发动这场反对伊拉克的战争。在众议院，投票结果相差很悬殊——250票对183票。但是在参议院，最后的得票数却相差无几，是52票对47票，只差三票就可以改变结果了。支持者中有两位民主党总统候选人，他们分别是田纳西州的老艾伯特·高和康涅狄格州的约瑟夫·列伯曼。在越战老兵当中，十四位众议员和参议员对总统的决议投了赞成票。其中一个是共和党人亚利桑那州的约翰·麦凯恩，他的理由是：“如果我们不采取行动，萨达姆·侯赛因家族将不可避免地形成世袭的独裁统治……从而不断入侵其他国家。”
而其他六个反对这项决议的越战老兵则包括克里、爱达荷州的汤姆·哈金、内布拉斯加州的鲍勃·克瑞和三个众议院成员。
另一个强烈反对战争的人是克里的前妻朱莉娅，她从波尔斯顿街一直游行到波士顿的众议院，高唱着“不以鲜血换石油！”“我们绝不重复越战时代的错误”，她当时还用朱莉娅·斯廷森的笔名进行写作。越战期间有一年多的时间她都是在担惊受怕和混沌中度过的，因为她的丈夫和两个兄弟同时在越南服役。她不希望别人再遭受她和她那一代中很多人曾经遭受的一切。
１月１５日的最后期限已经过了，布什总统在萨达姆将他的大使召回巴格达的同时也召集了他的国家安全顾问。很显然没人打算放弃原来的计划：萨达姆冒着美国发动袭击的危险，在科威特国内和周边已有的５０万军队的基础上又增派了５０００名士兵。“如果美国军队希望表演类似‘好斗电影的杂技’的话，”这个伊拉克的独裁者警告说，“他们一定会大吃一惊并且为之后悔的。”
到那时候为止，当地的美军已经达到了４２５万人，另外还有来自２８个国家的战士，包括5个阿拉伯国家，而华盛顿反战活动仍在进行。国会议员被警告采取个人安全防护措施以避免可能的恐怖袭击。白宫的公访活动也被推迟了。克里在哥伦比亚广播公司的《今日晨报》中说道：“我相信我们这样做是错的。”但是他又说：“如果战争真的打起来的话，我还是会支持总统的。”
和越战比起来，这次波斯湾战争最终还是一次非常不同的冲突，对这次战争服役的士兵公众持有非常不同的态度。“沙漠风暴”军事行动是１月１６日晚开始的，巴格达的上空被燃烧弹和防空炮火照得亮如白昼。大型的空中袭击持续了六个星期，并且使用了美国最新的高科技武器。
在美国公众开始怀疑五角大楼不断膨胀的军费的真正用途时，美国巡航导弹的精确性和有效性、隐形战斗机和激光导弹重建了美国军事力量的声望。“决定我们在这次海湾战争中胜利的因素很大一部分在于我们空中军事力量的强大。”国防部长迪克·切内在一份战争报告中写道，十多年后，他又一次成功地指挥了打击同一个国家的战争。
沙漠风暴军事行动成功开始以后，克里的立场变得很微妙，以至于他的办公室有一次错误地发信给委托人表明克里同意两边的观点。1991年1月22日，克里办公室曾发信给一个反对美国向沙特阿拉伯和波斯湾增派军队的人以示感谢。“我明白你的担忧。”克里写道，同时提到1月11日他曾对授权总统立刻开始战争投了反对票。
1月31日，他的同一个委托人收到一封信，信中说：“从入侵一开始，我就强烈而明确支持布什总统对这一冲突所做出的反应和他对波斯湾所派美军的政策目的。”克里认为是电脑错误导致的信件误发，随后立刻写信重申了他在海湾战争中的立场：“参议院现在讨论的似乎不是我们是否应该使用武力，而是什么时候使用武力了。”
1991年2月24日，美国地面部队加入战争，穿过数百公里的沙漠，仅用100小时就击溃了伊拉克的军队。
2月27日，考虑到美军如果继续追击退回到巴格达的伊拉克军队，就有可能遭到巨大的人员伤亡。于是布什总统下令停火，这让萨达姆·侯赛因和他的国家护卫队有了喘息之机，并在第二天继续战斗。
在这次持续了六周的战争期间，一共有148名美国士兵在战斗中丧生，其中有35名是被自己人的炮火击中的，另外还有467名士兵受伤。军事历史学家里克·阿特金森说：“到那时为止美国历史上的十次重大战争当中，这次战争是人员伤亡和财务损失最少的一次。”
20年前，当克里和他的朋友大卫·索恩从越南回来的时候，“没人感谢他们，也没人向他们表示祝贺，”朱莉娅·索恩回忆道，“而他们也不知道自己是不是希望有人祝贺和感谢他们……他们带回家的是一种羞愧和对他们曾经为之拼命的战争的怀疑。”
相反，波斯湾战争归来的退伍军人却获得了人们列队抛撒五彩纸屑和黄丝带欢迎他们的殊荣。在好莱坞，大约有100万的观众出去观看这一大型队伍，队伍的末端是一个正要射出的“爱国者”导弹的复制品。在芝加哥，当士兵们经过挂满旗帜和丝带的建筑物时人们都在尖叫。而在华盛顿则有一个1200万人的庆祝仪式，这次战争的指挥官H.诺曼·斯瓦兹科普夫在国会大厅里被大家当做一个民族英雄，他的讲话无数次被大家的掌声和站起来的喝彩声打断。3月，克里和其他参议员一道去慰问了还在伊拉克境内的美国军队。“简直令人难以置信，”克里在向士兵们表示祝贺时说道，“你们的乐观和勇气终于让我们很多曾经参加过越战的老兵们扬眉吐气了。”在道尔顿·特朗博的书中，克里现在承认他对这次战争所取得的成果感到高兴。
但是布什政府的突然撤军不仅让萨达姆得以继续执政，也使伊拉克境内的反抗者成了这个独裁者怒火的炮灰。库尔德人和什叶派教徒十分信任布什的承诺，在布什鼓励他们起来反抗萨达姆的时候，坚信他会始终支持他们。然而这位总统先生却忽然停在边界线上不动了，说他不想“卷入”这场（越南式的）混乱的内战当中。他说：“我不想任何一个士兵或飞行员卷入这场在伊拉克已经持续多年的内战当中。”于是，萨达姆立刻对他的反抗者发动了一次残酷的打击。
布什拒绝打下袭击反抗者的伊拉克直升机，克里当时谴责他的这个决定“间接支持了萨达姆·侯赛因”。在当年春天的参议院中，克里帮助和领导了民主党为公开惩罚布什政府而做出的行动，因为他们没有能够阻止萨达姆对反抗者的屠杀。克里说：“布什采取的停战、误导式的政策和战前的无政府状态毫无二致。”
面对敌对党新出现的强硬派，共和党人责骂克里和其他曾经反对过战争的民主党人。“我觉得他们的批评真可笑，这些曾经强烈反对使用武力的人，现在忽然说我们应该打下他们的直升机。”来自罗得岛的参议员约翰·查菲这样说道。
对抗停止三个月后，约翰·克里在参加马萨诸塞州的格罗斯特当地民主党的一个会议时承认，“从萨达姆·侯赛因的本性来看”，“我不相信”入侵科威特的事件可能得到和平解决。然后他抨击布什不应该让萨达姆继续当政：“这个曾经把萨达姆·侯赛因比做希特勒，曾经对他进行军事打击的政府，实际上却在战争结果上和萨达姆站在一边，真是极不光彩的一页。”
到1991年约翰·F.克里开始他在美国参议院的第二个任期之前，他在马萨诸塞州的政治内部人士中间的绰号是“活子弹”（“Live Shot”），主要是因为他对记者特别是那些拿着拖动式电视摄像机的人无情的驱赶。（他最近说他现在的媒体可见度是对抗拉帕波特负面广告战的政治策略的一部分。）尽管克里是一个十分成功的调查人和检察官，但是在仍然重视资历和礼法的参议院中他有时候还是被看做一个急躁的新人。他的伙伴泰德·肯尼迪，即使在共和党人当中也被认为是一个高明的立法人，而克里给大家的印象则是对制造头条新闻比掌握有时候单调乏味的立法程序更有兴趣。
对克里不太信任的人当中有一位叫约翰·麦凯恩的，他曾在河内做过战俘。这个亚利桑那人在1984年还支持过克里的共和党竞争对手雷恩·沙米，公开指责民主党人1971年和老兵们一道越过护栏向国会大厦投掷奖章和绶带。
1991年春天，麦凯恩在一次去中东调查的途中，在一架狭窄的军用战斗机里发现自己就坐在克里的对面。在参议院中，这两个人平时都小心翼翼地绕开对方，但是现在，被安全带固定在这个极不舒服的坐位上。面对漫长的旅程，摆在他们中间的又只有一张很小的桌子，他们无路可避了，于是就和来自俄亥俄州的民主党人约翰·格伦一起聊了一些关于飞机棒球的话，直到格伦进入梦乡。“之后，我和约翰很自然地谈起越南的问题。”麦凯恩回忆道。深夜，当他们的飞机嗡嗡地从大西洋上飞过时，克里和麦凯恩一起回顾了他们生命当中最重要的这段经历。克里说：“我问了很多关于他的问题，他也问了很多关于我的，我们一起谈了很多各自对战争的看法。”
在接下来的数个星期和几个月里，麦凯恩和克里分别得出结论说，关于越战问题的分歧在国内造成了太多的纷扰，是把它丢到一边的时候了，然后他们达成了共识。在这之后的四年当中，他们一起为和越南重新建立外交关系而努力，结束了美国历史上这痛苦的一页。同时克里也赢得了麦凯恩“极大的尊敬和钦佩”。麦凯恩说：“你认识一个人之后再对他做出判断，我觉得他是十分诚恳的人。”
泰德·肯尼迪曾经说过，从政治上来说，在越南问题上“永远不会有赢家”。“这个问题已经成为他（克里）灵魂深处的一部分，扎根于他在那服役的经历。”在和越南有任何友善关系之前，克里和麦凯恩都必须面对这些关于在印度支那行动中失踪的军事人员的棘手问题和突发性事件。在美国从越南撤军后的这20年里，有两千多美国军人的生命还无所交待。很多毫无根据的报道还对美国民众说，还有美国战俘至今仍被囚禁在越南、柬埔寨和老挝。
这个故事受到众多机构的欢迎，比如说制作好战片和其他幻想片的好莱坞，一些相对而言很小却很积极的商业人士和一些原本不赚钱却希望利用这些流言及利用在战争中失踪人员家属的希望来发大财的组织，以及经常刊印和播放一些未经证实的照片和一些从战俘的视角来讲述的故事的美国媒体。
1991年夏天，《新闻周刊》和其他一些主流新闻机构发表了一张后来被称做“三个朋友”的照片，据称照片上的三个人都是美国的飞行员，他们仍然活着，被关在东南亚的某个地方。后来发现这张照片根本就是假的，这三个人只是俄国农民而已，他们的这张照片是在一个杂志上发表的。但是在那个夏天的数个星期当中，这个关于战俘和战斗失踪人员的神话故事又掀起了一股热潮。
克里的顾问让他远离这些纷争，因为这是一场没有赢家的争论，是一个永远也没有结论的圈子。但是克里坚持担任了一个新建的关于战俘和战斗失踪人员的参议院特别委员会的主席，该委员会被准予一年的时间去调查清楚事情的真相。
克里原本是希望他的新朋友麦凯恩能担任共和党方面的联合主席，但是麦凯恩却成了战俘和战争中失踪人员组织的烫手山芋，谁也不要。这些组织人员认为即使没有上千也有数百人还被关在东南亚的监狱里。这场运动的极端分子说麦凯恩是一个被洗过脑子的人，因为他拒绝接受他们的理论。“我觉得人们对他的一些评论……是异常残酷的。”克里说道。在听证会上，当麦凯恩因为他受到的那些批评而怒火就要爆发的时候，克里走到他面前，把手放在麦凯恩的手臂上好让他平静下来。“我一直都非常感激他那样做。”麦凯恩说。
后来，共和党联合主席是一个支持战俘和战斗失踪人员运动的海军退伍军人——来自新汉普郡的罗伯特·史密斯。史密斯很担心克里的听证会会成为“一次做秀而没有实质性的东西，这样去探讨问题的实质就很恶心了”。
８月，克里第一次去东南亚调查，在一个新闻发布会上对记者们说他把此行当做是他在军队服役的最后一步，是“最后的任务，是一个曾经在越战中服役的士兵的一种责任”。当他离开美国的时候，那张“三个朋友”的照片仍然在失踪美军士兵的家庭有着很大反响：有五个家庭站出来说照片上的人是他们的亲人。
在这次和以后的东南亚之行中，克里都带着一个能够促使越南官方与他合作的承诺，那就是有可能和美国重新建立商业及外交关系。实际上，克里已经在游说布什政府取消对越南的经济禁运。
“如果希望很快得到信息的话，最好能够想办法让尽可能多的人进入这个国家，不仅是做商品交换，还要做信息交换。”在去河内以前，他在曼谷的一个新闻发布会上说。
在他为期一周的行程中，克里让越南官方同意美国调查组成员使用他们自己的直升机和在给予简短通知以后就可以去偏远地区。胡志明市的人民委员会副主席以一种表示友谊的方式拉住克里的手，说经济禁运是毫无疑义的。
回到美国，克里对有美国人被关押在政府监狱的可能性表示怀疑。“我觉得越南政府正式关押任何美国人的可能性显然很小，”他说，“但是有没有可能有人落到政府管制不到的丛林地区的强盗或其他非法组织手里呢？这是完全有可能的。”
在接下来的一年中，克里和他的委员促使美国和海外的领导，并且命令关键的政府官员对此事进行核查。１９９２年２月，史密斯和克里一起飞到莫斯科，因为那里的当局给了一些文件声称知道数百名战争失踪人员的下落，而且该国的副总统还答应帮助他们促使越南和老挝与他们合作。
克里的委员会和五角大楼以及媒体一起揭露了一批愚弄民众的行为，包括利用直接邮件系统以及一些欺骗性的照片和假的证据从战争失踪人员家属那里赚取上百万美元的行为。尽管克里不相信还有美国军人留在东南亚，但他还是怀疑尼克松政府在１９７３年３月将军队匆忙撤出越南的时候把战俘留在了那里。
“就像总统宣布的那样，说所有战俘都已经回来……是不对的。你知道它是不对的。”克里在１９９２年６月他的特别委员会（select committee）之前的听证会期间，对过去一个五角大楼的官员说道。有四个共和党人也赞成克里的这一谴责，其中包括爱达荷州的查尔斯·格拉斯雷，他曾经谴责尼克松政府忽视了有一百个战俘没有被遣送回国的证据。“人们被在这件事情上受到的欺骗激怒了。”格拉斯雷说。
宣布有战俘被留在越南的包括前任国防部长梅尔文·莱尔德和詹姆斯·史勒辛格。但是在９月份克里当选委员之前的风暴听证会上，尼克松当时的国家安全顾问亨利·基辛格说那些谴责“完全是谎言”。克里和麦凯恩在他们的调查过程当中仍然受到战争失踪士兵和战俘活动激进分子的攻击。不过这个特别委员会正在逐步接近事情的真相。在他们的促使下，越南方面让他们察看了空前多的档案文件、监狱和军事基地。
１９９２年１１月，克里再次访问越南，这次他带了一封布什总统的信，信中答应改善和越南的关系以作为他们在这件事情上给予合作的回报。为了改善同美国的关系，当局给了克里——当时和他一起的还有南达科他州民主党人汤姆·达斯切尔和科罗拉多州的共和党人汉克·布朗——一些珍贵的遗留物品，包括美国士兵的照片和飞行员制服。
有一次克里就直接问越南的官员，还有没有美国军人活在越南的。他们说没有。越南主席还说可以让表示怀疑的美国家庭访问越南。
１９９２年１２月，克里的特别委员会即将下结论说：“没有明显证据证明还有活着的美国人被囚禁在东南亚。”当月关键的证人是已退休的海军少将詹姆斯·斯托克德尔，他曾经作为战俘获得了荣誉奖章，而且和他的妻子一起协助建立了一个战俘和战争失踪人员家庭同盟。斯托克德尔当年还是罗斯·佩罗特一起跑步的同伴，为那些还在寻找战争中失踪家人的家庭提供了一些重要的事实资料。“我们已经成了一个爱好诉讼的社会，在这里我们相信如果有什么不对的事情的话，一定有人欠我们一个解释、一声道歉和一些补偿。”斯托克德尔说道。他还说：“当战争失败的时候，压根儿就不会参与或者想到关于人民的问题。” 当特别委员会小组发表了他们的报告，克里——他的大部分政治生涯都以反对政府谎言为己任——现在却在为他们辩护：“我们没有人在蓄意隐藏什么。”他的特别委员会在报告中问道：“还有活着留下来的人吗？”
其答案是：“我们希望的结果是没有一个美国人被迫忍受了20年的监禁……没有什么比证实这个结论更让特别委员会成员高兴的事情了……不幸的是，这个希望还没有实现。”特别委员会说这个结论不是“调查的失败”，而是“与事实的矛盾”。
小组得出结论说大约有100名本来应该随撤退美军一起回国的美国人并没有回来，有的是被俘虏了，有的是战斗幸存者。但是特别委员会说他们不是被“有意放弃的”——因为政府不知道他们的具体位置——而是由于官方寻找他们失败而被放到了一边。
该小组经多方努力，长期工作，试图确定剩下的２０００名战争失踪人员的下落……随着时间的推移，美国商界开始敦促华盛顿重新建立和越南的商业关系。克里和麦凯恩说这些国家的合作使针对越南的贸易禁运放松了很多。罗伯特·史密斯是和克里一起担任主席的人，说这可能会是对越南老兵的一种侮辱。国会最终同意了克里的意见。
作为越战期间躲避服兵役的总统比尔·克林顿，在发生普通事件时是不会站出来的，他需要一个只有真正的战争英雄才能提供的政治借口。
克里和麦凯恩愿意承担这项辛苦的工作使大家达成共识，首先是在参议院，然后是在白宫，努力结束美国历史上这痛苦的一页。肯尼迪说：“约翰·克里和约翰·麦凯恩所做的工作的确是最近50年来最重要的事情之一。”
１９９５年夏日的一天，当克林顿总统在白宫东面房间宣布美国和越南外交关系正常化的时候，克里和麦凯恩就站在克林顿总统的旁边。在这件重大事件上，他们两人成了这个因逃避参加他们为之奉献的战争而闻名的总统的左膀右臂。
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