国民政府成立后，首先面临的迫切问题，是陈炯明的威胁，为巩固广州国民政府，必须先讨平陈逆，而后北伐。
为讨伐陈炯明，当然必须作经济，尤其军事的准备。在这个准备时期中，蒋介石则寻找机会加强自己的力量，提高自己的地位。他凭自己主观努力可以做的事，不外在军校学生中和国民政府中提高自己的威信，加强自己的作用和影响，从而步步上升。至于客观形势的突变，那只有由客观时势演成；如有这种事变机会，他当然也是不会放过的。
基于此种思想，蒋这时的工作仍极为勤奋和刻苦，一方面给军校学生讲话，发表自己的政见和人生观，树立其革命人物的形象；另方面则积极筹划军事方略，非常详细，以至于军队编组问题，也极为具体。
7月1日，他给黄埔军校第三期学生讲话时，又特别提到了沙面惨案的事，以表明自己的爱国反帝思想。他说：“沙面惨案于凄惨之中觉有一种光明印象在。生者固悲愤，而死者则得其所也。”这意思是说烈士们为反帝国主义而死，死得其所，意在鼓励军校学生们勿忘国仇和反对帝国主义侵略；并为反帝国主义而献身。从而也表明他是坚决反帝国主义的爱国和革命的校长，以获取学生们的拥护。当然，他这时对帝国主义者，尤其对英帝国主义者，也是痛恨的（见前），而且以后他和英国的关系也一直不好。但要直接和帝国主义作战并非其真心。
同日，他又写了军政意见书，为整顿军队和加强军备而具体筹划一切。
这个意见书的篇幅很长，也很重要，是其建军的基本蓝图。总括起来共十条，内容大致如下：
广东全省的军费开支的数额或分配比例：
当时广东全省的财政收入为3500万元，如再加整顿，可以增至4000万元以上。他主张于4000万元中拿出1800万至2000万元为军费，以1500万元至1600万元为海陆军常备兵费；200万至400万元作为改良要塞。扩充兵工厂，恢复鱼雷局、造船厂，创办飞机厂，以及扩充军事学校之用。他以全年收入的二分之一为军费，可谓大矣。
军队编制：数目为6．5万人。共分四个军区。第一军区为粤军，编制为三个军，约3万人；第二军区为湘军，编制为三个师，约为1．2万人；第三军区，为滇军，编制为两个师，约1万人；第四军区，为北伐军各部（党军），编制为一个师，约3000人。全部军队实为5．5万人。预计于1926年末至1927年初扩充兵额为8万人至10万人。同时，于此提出北伐战略粗纲：守备广东，以湖南、江西，或以湖南、湖北为目的地。如以该两省的敌军数目计，北伐军至少需动员7万军队。
关于各军的编制：共分四种：甲，三连为一营，三营为一团，三团为一师。乙，四连为一营，三营为一团，二团为一旅，二旅为一师。丙，三连为一营，三营为一团，三团为一旅，二旅为一师。丁，地方警备军，用以前旧军统领制编制。
军备设施主要包括要塞，各种舰队，各兵工厂、军服厂、飞机厂，航空学校。
军校：设立军官预备学校；改黄埔军校为高等军事学校；设海军学校、军需军医学校；改良测量学校。
军事教育机关：建立军事教育机关，包括训练总监、各军军事教育委员会、点检委员会和各军、师、旅、团的政治部。
军费机关：其中包括军需委员会、军需监督委员会、军费审计处。以上教育、军费机关，直隶于军事委员会。
改良士兵生活：每月士兵饷项至少为10元。
农军：训练农团军、学生军至10万人，于1926年底练成。
军费分配：主要是各军事单位的费用分配额。6．5万人军队，每月费用为120万元至130万元。
这份军政意见书，是本年6月23日沙面惨案之前开始写的，至7月1日写成，非常全面，是国民党建军的基本蓝图。以后又随着历史的变化，而随时损益和更加“完善”，机构也日益增加。
7月2日，蒋介石入颐养院割治鼻瘤。7月6日出院。7日又向军委会写军事建议六大项，工作非常刻苦。此六项的内容比较重要，此处特介绍于下：
（一）发展西南革命势力：以中国西南和西北为第二革命根据地。然后积三年之准备，与英帝国主义决战。
为什么蒋介石选中了西北和西南呢？这是因为此处“强固可恃，交通可达，而帝国主义炮舰政策无可用武之地”。他在当时认为中国国民革命的直接对象或目的物，是帝国主义，“军阀不过为一枝叶问题耳”。他从此一转，又认为“中国革命目标既在帝国主义”，而帝国主义乃“富有国际性者”，则“中国革命应视为世界革命之一，不应仅视为中国内部之事”。如果全世界革命党联合起来，则打倒帝国主义“将易如摧枯拉朽”。他还强调“工人为革命中有力之一成分，其对于吾革命前途之难易与成败，实有莫大之影响”。因此“我革命政府宜努力安置为国牺牲之失业工人，以解其困难……”
以西南，西北为第二根据地的第二个理由，是英帝国主义以香港为据点，扰乱广东；如果再自广东北伐，则英帝国主义必于长江协助北洋军阀堵击北伐军；如此则腹背受敌，首尾不能相顾，“正中英人之诡计也”。故必须改变北伐路线和方向，先发展西南、西北革命势力，寻求第二根据地。然后，由四川东取湖北，自桂林以出湘西。
其总战略，是三个月内清除广东一切残敌；1925年内将广西军政整理完毕，使两广连为一体，同为革命根据地。1927年内，将云贵湘川四省置于国民政府治下，同时与冯玉祥国民军相联结，然后积三年的准备，再与帝国主义决战。
这在现在看来，可能荒唐，但这确实是蒋介石当时的想法。他可能是由沙面惨案的刺激，对英帝国主义者怀有切肤之恨，因而自此以后，就抓住英帝国主义不放。蒋的北伐计划，这已经是第四次变动了。
第一次是1917年的北伐计划，它与1926年7月的北伐计划基本一致。1921年，1月10日上书时，又改变了战略，主张平定广西后，即以主力军北上四川；对闽浙地区，则主张怀柔。然后进取西北，以西北为第一根据地，以东北为假定目的地。
第二年（1922年）1月，他的北伐计划又有变更，即对闽浙以三个师出讨；又以三个师进取湖北，然后继续北上；再以六个旅由海道北上秦皇岛。目的地改为以湖北为第一目标，江西为第二目标。但以西北为第一根据地的想法则仍然未变。
1925年7月7日的改变较大，他将西北和西南联成一片，作为第二根据地，而不是作第一根据地了。而最大的变化则是他将作战对手从对北方军阀改变为对英帝国主义，以帝国主义是中国革命的第一敌人，这是蒋在1924年9月25日对黄埔一期学生讲话时提出的（见前）。当时提出的原因，可能与据守广东和反对孙中山于同年9月12日开始的北伐有关。因为既要与帝国主义作战，当然就不能北上攻打军阀了。到本年（1925年）6月23日沙面惨案后，蒋介石深受刺激，便决心与英帝国主义开战了。终蒋一生，和英国关系始终不好，也可以说很不好，尤其和英首相丘吉尔无法相处。这是蒋的民族革命思想的必然产物。他从留学日本开始，就是以民族独立，中国富强为革命目的，而不是为民主制度的建立。但也不能完全排斥他为讨好苏联而故作姿态。同时，也有拖延北伐时间，待他取得军政大权后，再兴师北伐，统一中国（见后面李宗仁鼓动北伐经过）的意思。
蒋的倚重西北和西南的思想，是基于对帝国主义作战，以后抗日战争中，他就完全实践了他的这一战略思想。
（二）改革军政：废除私有制，建立国有制。
这一部分内容也很多，也很难概括，大体上，他说了这样几个问题：改革旧军队，军无空名，兵无空额。去恶留良，精编制，勤训练，使其信仰主义。改造旧军队使变成为主义而奋斗，与人民相结合的新军队。新军队在战事结束后，大部分可以马上遣散，返回原岗位，成为有组织的群众，以减轻人民负担，涤除军人盘踞积弊。实行军事集权。各军长官均须听命于军事委员会，“不得稍持异议，亦不得各自为政”。
（三）统一财政：主要是要各军把自行把持的财政机关一律无条件地交还政府统一管理，并严格限期于7月15日以前交出，以后也决不许稍有干涉行为。
（四）改编军队：立即改编所辖各军，裁莠留良，统一番号。
（五）坚持罢工：利用罢工工人，建筑道路，使回省罢工工人得有工作和工资，以维持正常生计，而坚持罢工到底，不对英帝国主义者屈服。
（六）统一两广军事：使广西军事、政治完全统一于国民政府，以达到两广完全一体，以便进一步向西南、西北发展建立第二根据地。
此文洋洋洒洒，约万余言，内容广泛，论证亦多深刻，对于军政统一，军事改革，具有重要作用，其中尤以军事统一、训练除弊和财政统一最为重要。但往往内容重复啰嗦，段落不清，难于概括。这些建议，均为国民政府议决采纳。
蒋介石自参加孙中山领导的革命运动以来，就勤于思考和积极提各种建议，尤其军事建议提得最多。现在，他更是以洋洋巨文，筹划军事、财政和北伐大计等等一切，供政府和军委会公决。总之蒋是一个勤于工作的人。因之积劳成疾，到7月8日和9日，脑充血，鼻孔流血不止。10日上午病情加剧。10时赴医院治病。刚行至门口，即晕倒在地，不省人事。扶回床上10分钟后，医生来治病，手术效果不佳。当日晚进医院治疗。
于医院中又向中央执行委员会建议设入伍生教练所于桂林，以备北伐中原之用。11日上午。取出鼻塞纱布，又上书许崇智（粤军总司令），条陈军政整理和军队统编以及军费问题。并坚持完全裁汰陈炯明逆军旧部，除恶务尽。21日出院。同月（7月）26日，于军委会讲统一军队名称和打倒帝国主义问题。
他说：“以省为别的名称，都应一律取消，另用统一的称号。在军事委员会曾拟有三种名称：
（一）国民军。
（二）革命军。
（三）国民革命军。”并指出“国民革命军乃为最切合的名称”。这是“国民革命军”一名的由来。
8月26日，成立国民革命军：第一军军长，蒋自兼；第二军军长为谭延闯；第三军为朱培德；第四军为李济深；第五军为李福来，继建第六军，军长为程潜。1926年春夏之交建立第七军，军长李宗仁；第八军，军长唐生智。
蒋这时为了伪装亲俄，以保己位和进取，便除了如前面第一章所述的大谈拥护第三国际和共产主义外，还以马列主义的理论和阶级论来分析帝国主义及其对华的侵略问题，口气很像一个信仰马列主义的人。而其所学和所信仰的王阳明、曾国藩等的封建政治学或老洋务派的自立自强学说，暂时“坚壁清野”，隐藏起来。他的马列主义高论，此处不妨引出以供参看。他说：“各位还要晓得帝国主义者最凶狠的一个毒计就是挑拨中国国内的战争，使我们国人自相残杀，国家四分五裂，不能统一，不能建设。”继说：“帝国主义因为资本主义发达至最高程度，造成经济恐荒，不得不向殖民地、次殖民地肆行榨压，以图苟活。”这是列宁的论断。接着又说：“更痛恨他买中国人来打中国人的毒计。由此可知，帝国主义实为吾人的死敌，其间绝无妥协调和的余地。我今天可以说，帝国主义不倒，中国必亡；中国不亡，帝国主义必倒。今日正是世界上帝国主义与反帝国主义一场最后的大激战。……帝国主义国内，真正掌握政权的，不过少数资本家特殊阶级，而最大多数的无产阶级却一样受苦，一样反对其本国帝国主义。苟帝国主义与吾人开仗，正是他无产阶级推翻资本主义千载一时的好机会，他们决不会轻轻放过，而且必能与我们革命军相策应。我们打倒帝国主义，才是革命的真成功。我们敢同帝国主作战，才是革命的真首起。……我们革命军以后只希望同外国帝国主义直接打一仗，极望中国军人觉悟，再不自相残杀。这样，无论那一省来与帝国主义开仗，就是燃着了中国大革命成功的导火线，亦就是燃着了世界大革命成功的导火线。”
这种论调，显然是要进行国际无产阶级革命了。他这时的与帝国主义打仗是与国际革命连在了一起，与孙中山在世时，他为反对孙中山北伐而宣扬的要和帝国主义作战的思想是相同的，都是在作伪。对苏联作伪，是保位和寻机上升。否则，苏联鲍罗廷和汪精卫、中共会罢他的官。而对于孙中山，他是功臣，是不怕孙中山罢官的，因而敢于和孙对抗和固执己见。这时，则怕他的军校“血本”在他未登“大宝”时丢失，故而假装主张直接和帝国主义作战。一旦大权在握，他就要脱下伪装，建立王阳明、曾国藩封建的政治秩序。而孙中山的苏维埃制度不适用于中国的定论，蒋又拿来当他以后反共的合法依据。于是蒋掌握军政大权后，一帆风顺地坐上了中国统治者的第一把交椅，几经较量，最后成为无冕之王。
但如果在美国、英、法等国（民主革命成功以后），蒋介石就无法得到胜利和掌权终生，也不会出现蒋介石此人。封建经济基础、专制主义的封建政治传统与礼教，是蒋介石的沃土和美食。而军队的蒋氏私有制，则为其专制政权的根本支柱和生命线。至8月，黄埔军校经费困难，无人负责办理，蒋又于本月6日以辞职相示威，以取得更多的权力。于是上呈辞职书与中央执行委员会。军委会则复函慰留，信曰：“……军事进行现方发轫，本会同人尤难稍懈。贵委员忠勇成性，学识超群。昔年总理蒙尘，曾以一身当国难，迩来驰驱杀贼，尤能百战建奇功。政府倚若长城，党军奉为泰斗，本会进行，正赖策划。当经一致议决，同人前往致意。务希念先帅付托之重，同志期望之殷，打消辞意，勉为其难，党国幸甚。辞呈璧还。此致蒋中正。军事委员会启，八月十二日。”
从此信中即知，这时的国民政府，已离不开蒋介石的合作，主要是军校这一摊牌，无人可以担当；而蒋又是孙中山的重托人物之一。所以对蒋介石的功劳、才智大加称颂。蒋的地位也因而更加巩固了一层；费用自然解决了，身价也更高了。
蒋上辞职书的同一天，国民政府裁去广西总司令和省长职位，任命李宗仁和黄绍竑为广西省绥靖处负责人。8月10日，戴季陶向蒋写长信，表示反对中共。蒋则继续伪装亲苏容共，不予理会。13日，蒋与第三期学生讲话，认为三民主义的中心为民生主义。14日，朱培德来访，蒋认朱是一血性男子，当与共事。从此开始，蒋一直对朱培德深相结纳。至于17日，蒋对其党军司令部人员讲解办事方法。主要是：办事要有条理，各司其责，不要都经主官经手；演绎和归纳，即分析和综合法；军队中下级长官要办具体的事，要自爱自重，不许嫖赌；爱惜公物，节约俭省，因为所用的东西都是民脂民膏，“浪费了，自问良心也过不去。以后就是一纸一笔，也要加意爱惜。”；注意清洁、整齐；“规模远大，综理密微”，教育大家凡作事要从小处作起；要作二十世纪的新人，要珍惜时间，注意数量，振奋精神，作事卓有成效等等。可以说工作积极，无懈可击。
这时，他一面努力工作，到处讲演，显示自己的才智和革命意志，一边也在寻找一切可能的机会，挤走元老派，自己先抓军权，再抓政权。
就在他准备第二次东征前后，有两次被行刺者突然袭击，几乎遇难。
一次是他有一天自黄埔军校回城内办事处时，正巧碰上自己的车坏了，就改坐侍从的车子，先行登程。当他的车修好后，侍从们就坐他的车子追赶。他的车子有青天白日旗，很好辨认，刚驰到广州东坡楼附近时，当地驻军突然向车开枪射击，车被打翻，两侍从人员当场被打死。而蒋却因车坏而幸免。
此次谋杀，系梁鸿楷旧部旅长杨金龙所为。蒋回办事处后，就将梁鸿楷找来，责成他扣押和审判杨金龙。并将杨旅调出城外。
这以后，蒋怕住黄埔军校不安全，又改住长州要塞司令部。但不久，蒋的如夫人陈洁如来广州同住，他又改迁到广州东门外东山小洋房内，和廖仲恺一家同走一个大门。一个多月后，蒋正乘车到东门时，又遇两个刺客行刺。不过因为侍卫人员早两天已注意到此二人的行迹可疑，已格外留心。此次相遇早已留心，见刺客抬手时，先行开枪，击中其一，遂当场将二刺客捕获。
经审问，知二刺客是由蒋介石的老对头陈廉伯所派。陈洁如因蒋脱险特为卫士连长宓熙奖银元二百元，以示嘉勉。蒋见事不妙，又和陈洁如搬回要塞下榻了。
蒋脱二险后，其等待的抓权机会也来到了。可谓“逢凶化吉，命大福大”。
8月20日，廖仲恺突然被反共派朱卓文（主持行刺）、陈顺（凶手）等刺杀于中央党部。廖氏被刺，本是国民革命之重大损失，志士含悲，仁人痛悼。而蒋氏却利用此一机会，大作文章。
廖仲凯被刺后，蒋以广州卫戍司令兼特委会委员，专管廖案，立即于当日（8月20日）下午拟定捕人名单。25日，逮捕林直勉、张国桢（10月5日枪决）、梁士铎等。同日，又因梁鸿楷、魏邦平等与廖案主犯朱卓文等有联络和勾结陈炯明，将梁、魏扣押，并乘势解散梁的军队。
到9月20日，蒋又乘此案事，将他的顶头上司陆军部长许崇智，以涉嫌廖案驱逐出广州，并改编了他的军队。
从此以后，蒋成了广东军事实力派，将粤军全掌在手中，即第四军和第五军。尤其第四军为国民政府的主力军，以后北伐，被誉为铁军。
胡汉民也因其弟胡毅生素来反对廖仲恺，并与主犯有通谋，被迫出国赴苏访问。一时间国民党元老均被排除出国民政府，只余汪精卫一人，尚位在其上。而实际上，汪无军权，不过一个虚位，这对蒋来说，已不是什么重要障碍。所余者，是逐汪下台，自己“名正言顺”地成为国民党和国民政府的主宰者；再就是降低苏联顾问和中共的权力和影响，不影响自己独揽中央大权。为达到此目的，蒋还必须建立军功大业，为众推许。
为此，他决定接着开始第二次东征陈炯明。因为此时已到了他认为可以东征的时候了。
本年（1925年）9月1日下午，中央召开特别委员会，议决统一财政，设监督委员会，强令各处财款解部，并出兵东江，讨伐陈炯明逆部。
当日晚蒋介石对商界领袖讲话，强调孙越宣言，说明中国是以三民主义治国，不引进苏联共产主义，开始为反共播发信息。从此开始，蒋已在隐晦地进行反苏、反共的活动了。因为他已有军事实力在手了。但尚末进入中央领导岗位，他又不敢明显地表示限制中共。
9月6日，蒋于第二期学生毕业式上讲话，强调孙中山所曾讲过的为革命而死就是为革命成仁。他更进一步要求学生们“要作人格上、历史上成仁的革命党员，切不要希望成功，做假革命党。”
这是从思想和精神上，给学生鼓舞士气，准备第二次东征。
他接着要求毕业生“同心同德，团结一致”；不要再赌、嫖和吸烟；严守军纪；不要只想升官发财；涤荡怠惰。最后，指出中国革命的目的，是独立与自由，因之先要从废除不平等条约做起；而“要取消不平等条约，就要先打倒帝国主义。所以帝国主义是我们中国革命党的唯一敌人，而尤其是我们军官学校的唯一敌人。希望各位以后要认清这一点才好。”如此说来，军阀好像又不是革命的对象和敌人了；反封建更是不提一字。不反封建，不反军阀，怎么实行三民主义？在蒋的心目中，革命到底是什么，实在令人无法琢磨。但有一点非常清楚，就是一切为了民族的独立和强盛。而他将是这个民族的主宰。
8日下午，又对第二期学生讲振奋精神、革新社会问题。在这里他批判了中国几千年的封建和宗法制度。但他提的是改良旧制度字样。他说：“这个旧社会旧制度不改良，中国是决不能自由独立的。”蒋的讲话，往往是顾此而失彼，当他强调甲时，忘了乙，强调乙时又忘了甲。前面说打倒帝国主义，废除不平等条约后，中国就可以独立自由，此次又说改良旧制度后，就可以自由平等了。他很少全面兼顾地讨论问题，不能将多种因素综合起来，进行分析。
在这次讲话中，他又特别谴责了懒惰与不死不活的精神状态，要学生们振作精神，奋勇向前。
9日，又对第二期毕业生讲做事作战时革命军人和党人要坚持最后五分钟，如不坚持，就容易失败。例如打仗，可能在最后五分钟里决定胜负。至此，第二次东征工作准备基本结束或完成。
第一次东征后，已扫清东江一带陈逆军，只有惠州尚未攻下。这时，除惠州仍为陈炯明的基地外，潮、梅一带又为洪兆麟于政府军回师讨伐杨、刘之时，以假投降手段重新占领。9月1日，陈又举兵西犯，欲攻省城。此时国民革命军建军刚刚四、五天。9月27日，陈逆军洪兆麟、谢文炳、翁腾辉部攻陷平山，距广州尚有150公里。国民政府军委会立即决定举行第二次东征。9月28日蒋任东征军总指挥，主要指挥第一军和第四军为主力。29日编成三个纵队，以何应钦为第一纵队长，辖第一军第一、三师（谭曙卿）和第二师（王懋功）第四团，警卫军吴铁城旅（由欧阳驹代理），建国鄂军各部。李济深为第二纵队长，辖第四军陈济棠十一师、张发奎独一旅、冯轶裴团、余鹰扬团、第三十四团等各部。程潜为第三纵队长，辖任应岐部建国豫军、李明扬建国赣军、程潜攻鄂军、潮、梅军各部。王懋功代理广州卫戍司令留穗（广州）。周恩来任东征军总政治部主任，与蒋共同指挥作战。9月30日颁布行军令，详细规定行军中的联络、通讯、供给、医务、担架等诸多事宜。10月1日上午，蒋与各军事长官研究作战计划。下午4时参加第一师誓师大会。（2日，汪精卫就任军校党代表。）是日晚，蒋回要塞部后，心情很是兴奋，便不顾与如夫人陈洁如的亲热，而独自一人走上房顶，仰观碧空明月，不禁思绪万千，大动今昔之感，喟然兴叹曰：“如此良夜而佳兴索然。党国危难，惟吾一身当之，小子可不自勉！”这时，蒋氏真是踌躇满志，已是天下安危“在予一人”了。
蒋为使东征军在出征前有严明的军纪和振奋的精神以及高昂的士气，便于10月4日对东征军痛揭军官弊端如下：第一次东征时，有严重拉夫现象，而且及于老妇少女，使其连续服役。特务长和军需士，每每短给役夫钱币，有的连长也吞吃役夫费用，致使役夫怨恨。有的老役有病在身，跟不上队伍，官兵竟拳足痛打，惨不忍睹。甚至在第一次东征回师淡水时，竟把五、六百女役夫关起来，不准回去，而又不对其加钱和解释劝慰。在宿营地有的士兵擅入民房任意吃喝，官长也不禁止，人民不堪其扰；或擅住民家不住庙堂等公房，人民敢怒而不敢言。下级军官怠惰成性，公务委之副职，并且嫖赌成性。官长虐待士兵，视同牛马，竟将士兵打得皮开肉烂，且下情不能上达。中级以下军官袒护下属军官，上下勾结，置士兵痛苦于不顾。伪造报销，侵蚀公款，甚至冒刻图章，假造发票。
6日蒋率军出发，驻石尤。7日6时起床后，蒋见朝云五色，顿觉神志振奋。旋又感到近来多所愤慨，“几以国人萎靡不振，皆为可杀”，是太过于忧虑了，应当自己戒甚方好。同日，电令陈炯明逆军杨坤如退出惠州。8日上午制订作战计划。令何应钦纵队长督攻惠州。10日蒋由石龙乘船赴博罗行营。途中看孙、吴兵书。看到孙子虚实篇，则叹为观止，认为高于吴起兵法。这虚虚实实，实实虚虚，正是蒋介石一生的写照，正合蒋意。晚8时，设行营于县公署。翌日下令何应钦编组攻城先锋队。
令曰：“为令遵事：照得杨逆坤如，负嵎惠州，祸国殃民，久稽天讨。本军前进，俯顺舆情，……若不亟予歼灭，何以登惠民于衽席之上。……先登城者得头等奖，……转饰照知，此令。”
这种命令格式、语言与古代无疑，也足令人深思一番。中国几千年的封建意识犹如一块铁陨石，是什么样的新思潮也不能溶解的，而新思潮却被吸收进陨石之内，无影无踪。故中国历史之前进，总是“孔雀东南飞，五里一徘徊”。
12日上午偕何应钦乘船至第三师阵地飞鹅岭视察。午后至香祖园，露宿于佛祖古庙门外，很有几分悲壮意味。
此次作战，三路纵队一齐出动，作战极为踊跃。蒋此次系第一次独立制定作战计划。他的计划是采取中央突破之法，或先攻主力，后及旁枝的战法，决定首先攻取陈炯明老巢惠州。守城者为杨坤如，率三千人死守。此城南、西、北三面环水，东侧枕山，形势险要，易守难攻，号称东江锁钥，自宋代以来，无人攻破此城。对此坚城，蒋决定用大炮配合敢死队——当时命先锋队攻城。先挑选先锋队650人，于第一师三个团中，每团挑选150人，第二师第四团挑选200人。敢死队总队长为第二团一营营长杜从戎。营长冷欣亦参加敢死队。先锋队员每人犒赏30元。最先登城者，得头等奖。蒋的军队以后一直以悬赏银洋鼓励战士冒死冲锋。周恩来也命第三师第七团党代表蒋先云以共产党员和共青团员为骨干组成敢死队，参加攻城。攻城战于10月13日晨9时开始，蒋于飞鹅岭指挥。首先炮击城墙。然后自各门攻城。二师四团团长刘尧宸，攻北门，连冲五次，未能进城。刘并新自率小队挟梯爬城，不幸中弹身亡。西、东门，也冲锋多次，未能奏效。同日下午2时，开始总攻，集中炮火和军队主攻北门。炮击之后，就缘梯爬城，杨坤如欲亲上城门督战，终因炮击不能登城。14日下午4时30分，第一军攻入北、西二门，敌人自东门逃出，奔向紫金方向。克惠州后，官兵每人赏银洋1元，猪肉4两。此役俘敌4000余名。刘尧宸被迫为陆军中将抚恤其家属5000元。此战至为激烈，画家梁鼎铭时在军中，数年后画成国画《惠州之战》，复本现在台湾。
即日蒋向国民党中央执行委员会、国民政府主席汪精卫和国府委员、监察院、大理院、广州市政委员长、李军长、各师长、各报馆、商会、农会、工会、教育会发告捷电报。其中有云：“惠城夙称天险，有宋以来，从未能破，今为革命军一鼓攻克，虽由将士奋勇用命，亦我先大元帅在天之灵有以祜之。从此努力前驱，肃清逆氛，指日可期。吾党前途大放光明。……”15日，蒋入惠州，绅商等出城迎接。
19日，国民政府立即下令表扬蒋介石：“蒋中正受命东征，督率将士，立破坚城，……统一前途，已呈曙光。该总指挥忠勇激发，成此伟功，至深嘉尚。”同时据蒋呈报奖励何应钦、谭曙卿、陆瑞荣等。
就在这一天，陈炯明调三艘北洋舰威胁虎门。蒋调第四团对该方面防守，这时，陈炯明决定从南路进攻，以牵制东征军，并连占西江地区的阳江、罗定、云浮、新兴、恩平、开平、台山。苏廷有和梁鸿楷旧部梁鸿林、洪敦曜遂一同叛变国民政府。国民政府派军防卫。
17日，蒋介石为表谦让和无野心，便上辞第一军军长书。理由是于攻克惠州后，东征已基本成功，他可以继续任东征总指挥，完成广东统一，但第一军军长实职，则为避免自己成为军阀，要求辞掉，以便监督军队而身不在其中。他说：“以中正今日思想与环境，固不患启军阀之恶端，然兵力扩张，事权增大，实有造成新军阀之可能。故中正惴惴自惧，愿终身勉为我先总理之信徒，而无负所托，其必卸去军权，方得造成打破军阀之势力，使中国军阀完全消灭，再无发生之余地，盖必先不任军职。……此中正之所以辞军职，而期成为忠实革命党员，改变旧日军人风尚，以树革命之基础。非敢为一得自足之习所囿也。”说得多好听啊！
蒋真的不想当军阀吗？如果不想，则与他以往专断独行的性格绝对不合。他是很想军权独揽的，但此时，他深怕被猜忌，从而真地失掉军权，不如先表示辞让，叫上面放心，则军权反而把握得更牢。这应当是他辞军职的主要想法。
在蒋东征期间，由陈洁如作主，其长子经国，追随时代潮流，赴苏留学，于10月19日启程。对于蒋经国赴苏，蒋介石虽内心里是不同意的，但表面上不敢反对，便只好听之任之。蒋与其长子便从此一别十二年未曾见面。1937年，斯大林为团结蒋氏抗日，才将蒋经国放归。
就在蒋经国启程赴苏的同一天（1925年10月19日），蒋自惠州出发，经惠阳、马鞍、平潭，于晚7时抵达平山。22日，向梅陇、西羊蹄岭之敌进击。上午研究作战计划。下午5时收复海丰，敌退守陆丰。同时令第二纵队北来，会合第三师（谭曙卿），攻击紫金、蓝塘、河婆敌主力。第一师向河婆推进（同日呈请任命毛思诚为军校秘书）。23日，蒋又由平山启节，于下午3时抵三多祝。是日攻克蓝塘。次日下午5时，蒋抵埔心圩，深感此处山景奇绝，民风淳美，并见到八十老叟，神骨超群，油然而生敬意。
25日复由埔心圩至禾多布。26日又由禾多布至龙寓圩，与李济深会议军事。会后李赴紫金；程潜赴老隆进取五华。27日上午8时，蒋由龙寓圩起身，于下午2时半至羊高圩。复闻谭师告急，又进抵大坪。时谭师被敌军万余包围于华阳附近塘湖地区，谭师官兵纷纷溃退，阵线动摇。
在第三师溃退时，蒋立即命在总部担任警卫的第四团连长陈赓前去第三师传命谭师长，不许撤退。谭见令后，曾组织一次反攻。蒋此时也亲自到前线里圩指挥。但经敌人（林虎部）一次侧击，谭师复又大败而溃。蒋命陈赓代第三师长职，制止溃退，但兵败如山倒，陈也毫无办法。蒋见此状，急得要自杀殉职，并大声地说：“我必须在这里杀身成仁，我没有脸回去见江东父老。”陈赓急忙上前劝阻，并对他解释说：“你是总指挥，你的行动会对这次整个的战事发生影响。这终究只是一个师，而且还不是黄埔训练出来的部队。赶快离开这里吧！我们还可以把部队整一下，再打过来。”经陈赓劝解，蒋介石顺台阶下来，嘴巴也就松动了。正在这时，敌人也已经快到近前，陈赓背起蒋介石就跑，走了几里路，到一条河边上了船，脱险过河后，退到羊高圩。蒋又派陈赓到后埔去找第一师。陈于后埔见到师党代表周恩来，将情况向周报告。转达了蒋的增援命令。
28日，蒋自羊高进抵岩前。命第十一师、第三师、第一师会合华阳，击退敌人万余人（林虎部），敌向梅林、安流溃逃。复又于河婆歼敌五千余人（洪兆麟部），使洪兆麟失去战斗力。东征军遂长驱直入。此役使蒋之东征转危为安，意义重大。蒋也自言“幸仗总理在天之灵，出奇制胜，转危为安”。即日令拆去惠州城墙。
自此役之后，蒋对陈赓深表谢意，也十分亲切，并送给他礼物；又一度调陈为侍从参谋，可以随时出入蒋的居处，可说是“恩宠备至”。
29日，又于华阳行营（设于宝林圩）指挥各军夜袭洪部敌军，又缴械五千余人，敌向双头溃逃。10月30日，大败林虎于罗经坝，敌四千余人投降；林虎部李易标、黄大伟、黄任寰、黄业兴不辞而别。林率残部，仅黎生、张化如，向汤坑逃去。31日克兴宁。11月6日，肃清东江，收复汕头。蒋于汕头通电告捷。7日克饶平，东江底定，开庆祝大会。
同日，电告国民政府大捷，并“誓于最短期间廓清窜匿边境之余孽”。
蒋于此次作战中，因第三师失利而得教训二：
（一）兵力需以万人为一路，集团使用。
（二）注意敌败退时最后防线。从此以后，蒋指挥作战时，均利用集团军集于一点。以后又发展为大兵团的阵地战，至逃出大陆而未改。
自攻克汕头后，总指挥部移驻畸庐，蒋住一楼，陈和周恩来住二楼。有一天陈在蒋的桌子上看见了一本名册，看见每个共产党员的名字上都有一个红圈。在陈赓名字下，则注目：“此人是共产党员，不可让他带兵。”第二天，陈经请示周恩来后，便托词母亲病重，请假回家。蒋不信，就问道：“不是吧？你看了我的什么东西了吧？”过了一夜，蒋就写了一个委任状，委陈赓为黄埔军校中校队长。陈于是回广州。1933年3月24日，陈赓于上海的北京大戏院看戏出场后，因叛徒出卖被捕。旋送南京关押。4月，蒋令人将陈带到南昌与他见面，当面劝陈归降，并答应叫他当个师长。陈当面拒绝，又被送回南京关押。蒋经一个月时间考虑后，决定陈赓在卫兵“陪伴”下可以自由出外活动。陈乘此机会逃走（约为5月末）。陈救了蒋的命，蒋对救命之恩的报答，先是不许陈再带兵，后则是不杀纵逃。1925年第二次东征时，蒋已暗中限制中共党员在黄埔军校和党军中的权限。不过是只在他的职权范围内。在其他领域，他尚无此法力。
此时蒋竟于潮州关岳庙读起《泰戈尔传》来，真有乱中求静，武中习文之概。
11月8日，又于汕头召开军事会议，决定派何应钦、程潜、许崇智部三路入闽，讨伐陈逆残部。10日，对来潮州的工、农和学生讲话。当日晚，读列宁丛书第五种，内容为劳农会，赤卫军的组织和牺牲价值、帝国主义的破产原因等，他认为分析得甚为细密。
蒋第二次东征后，威名大震，一下子成了国民政府关键人物。国府主席汪精卫以及其他要人于同日电贺蒋的战功：“……我兄以10月6日自广州启节，至11月6日而临驾汕头，屈指行师，恰盈一月。群贼就歼，东江悉平，破惠州之天险，覆逆敌之巢穴，及在罗经坝出奇制胜，使群贼敛手就擒，无能漏网，尤为此战事中最有特色之事。我兄建此伟功，成总理未竞之志，定广东统一之局，树国民革命军之声威，凡属同志，莫不钦感。东征成功，省中大计，诸待商榷，……汪兆铭、谭延闿、邓泽如、伍朝枢、古应芬、宋子文。蒸。”
这一贺电之后，蒋的声望更高，成了新闻人物，为众人刮目相看。广州第一公园大门口，也有人写了一副对联：上联是“精卫填海”；下联是：“介石补天”。不过蒋这时因仍然无大权在手，仍未挤入中央，还是很谨慎和假装谦虚的，为了表现其严于自责的“品性”，便上陈东征军的缺点和存在问题。大体有如下几个方面：
兵士背枪不一律，饭碗乱扔；行军行列不齐整；休息时，新兵抓白薯，擅入民房，长官不查哨；打前站士兵威吓人民，强占民房；新兵多闯入民家任意取用油盐柴米；大小便乱解。官兵有时脱节，各下级官长缺乏作战联络；排长责打士兵多不当；官兵渐骄惰；等等。
12日，消灭陈炯明逆军，统一广东，使之成为巩固的根据地。
蒋一面向上面自责，同时向周恩来第一师施加压力，批评第一师。11月21日，蒋介石给第一师党代表写了一封信，批评第一师下级军官存在许多问题，要第一师党代表周恩来“对于队内党务须特别注意”。并要求将他的批评信刊于报端，“使各长官知党之重要而不敢轻忽小组会议也”。这当然是对中共党人的一种眼色和对中共发动进攻的一个信号。第一师的工作，党代表有责任，而何应钦师长就没有责任了吗？将一切推到党代表一人身上也欠公平。且第一师系蒋之黄埔军，周亦无实权可言。
此时北方正是国民军和奉军矛盾激化之时：张学良入关，欲与国民军作战；郭松龄也正酝酿反奉；孙传芳建立五省联军于江浙等省；吴佩孚再起于武汉；孙与张宗昌军激战徐州以北地区。张宗昌军前敌总指挥施从滨被孙传芳活捉后处决。总之正在酝酿新的混战。
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