蒋介石对戴笠的不放心，其实从军统组织成立十周年的大庆活动时就有了。
一九四二年四月一日，是军统组织成立十周年的纪念日。为了充分展示军统的十年发展史，从这年的年初开始戴笠就指示抽调各方面的人员成立了筹备组，并向各外勤及所有公开和秘密单位发出了筹备“四？一”庆祝大会的通知，要求送展十年工作实绩资料，上报殉职、殉难和殉法人员名单及照片，查访死亡人员遗孀和遗孤，选送庆祝大会的对联和礼品。为了准备“四？一”庆祝活动期间的千人大会餐，戴笠亲自选定菜单。考虑到重庆时值初春，数百桌的菜摆下来，早已由热变冷。戴笠特指令，每个桌上必须摆上一只火锅。为了搞到这几百只火锅，军统局的总务处利用军统的特权，向重庆的各大小餐馆“强借”，弄得许多小餐馆都不能正常营业。戴笠除了对庆祝大会的程序、内容、会场布置、进出路线和出席人员名单一一顾问外，还对参加会议人员的服装和发型都做了详细的规定。并再三严厉警告，谁敢违反这些规定，将以团体纪律予以严厉制裁。当时军统局还没有能容纳数千人的大礼堂。露天开会又怕临时下雨，戴笠指示筹备组，用红、白、蓝三种颜色的布临时搭建一个大帐篷。此时，正值抗战的艰难时期，重庆的纺织品价格相当昂贵，购置这些布匹不但要化费巨额钱财，而且使用一次后再无用处。但戴笠的指示又无法违抗，筹备组只好动用特务向重庆各个布店借用，搞的许多布店老板叫苦不迭。
过后，戴笠亲自组织了预演活动，对每个细节和程序进行推敲。有些布置和设置，只要稍不如意，马上命令推倒重办，浪费再大也在所不惜。由于蒋介石要来参加活动，戴笠对警卫工作抓得特别紧。当他发现负责“四？一”大会警卫工作的特务总队总队长杨清植工作失职时，立马下令将杨扣押起来，指令由沈醉接任。可想，戴笠对军统组织成立十周年纪念活动的重视程度。是的，在这个十年中，戴笠始终抱定“不招摇、不怕苦、不偷懒”，使一个只有几十人的特务处发展成为，触角可以伸向国民党政府的每个角落的庞大的组织。这里面当然有蒋介石的用心，更使戴笠用尽了自己的精力和心血。
当时，任军统局东南办事处主任的毛万里，给庆祝大会送来的对联颇能表达戴笠的心事。该对联的上联是“从鸡鹅巷到罗家湾，组织虽有不同精神还是一个”，下联是“改特务处为军统局，同志遍布中外敌我决不两全”。戴笠收到该对联后细读了多遍，在欣赏之后总还觉得缺了点什么。过后，他把上下联中的“鸡鹅巷”改为“四家巷”，把“组织虽有不同”改为“组织虽有前后”，把“敌我决不两全”改为“忠奸决不两全”。这样一改，不但把“四？一”两字巧妙地嵌入了对联，还高度概括了军统十年发展的历史，而且也表示了对蒋介石的忠诚。于是，该修改后的对联成了庆祝军统组织成立十周年的主联，并悬挂于庆祝大会主席台的两侧，可见戴笠的用心良苦。
四月一日这天，戴笠亲自驾车把蒋介石接到了大会场。
戴笠将车绕场一周后，停在了那幅主对联前。蒋介石下车后就走上了主席台，他是否看清了主席台两侧的主对联，戴笠已来不及去多想。不过，戴笠看的出这天蒋介石的心情很好，因为蒋介石在与数千名军统局的特务人员见面，以及检阅军统特务武装的队列表演时全都面带笑容，并还不时地说些勉励的话。应该说，蒋介石对戴笠通过这次庆祝大会来展示军统的实力是满意的，但对军统有如此的阵势似乎有些意外。蒋介石尽管仍旧是笑容满面，但眼神里多了几分严肃。因为他清楚，此时的戴笠不但有了自己的特务武装，而且还能调动税警、缉私部队和交通警察部队，这些数量相加人员不下几十万人，而且大都装备的是美国的武器；再加上军统组织严密，号令迅捷严明，又调动灵活迅速，已超过他手下的任何一支正规军队，这不能不使蒋介石多了份疑虑和戒备。
蒋介石一生中控制最严的是特工、军队和财政，三者之中，又以特工为先。蒋介石控制特工的办法很多，其中一个最主要的办法就是对特工人员可以给大权，但决不给以高位，以防他们在政治上坐大而形成失控的势力。为此，蒋介石把戴笠控制得极严。在军统发展的十年里，戴笠干来干去始终只是军统局的副局长，军阶也只有少将，而且到了一九四五年三月才由国民政府给予正式公布。戴笠也是绝对聪明之人，对蒋介石的做法心中有数。但他出于对蒋介石的知遇之恩，拥护和忠于蒋介石几乎到了死心塌地的地步。戴笠知道以他的资历和能力是跳不出蒋介石的手掌的，惟有的出路就是如何能得到蒋介石的绝对信任，被蒋介石重用。为此，戴笠对蒋介石的心理和性格的研究可谓是精细入微和揣摩至透。例如，蒋介石发号施令一概用“手令”传达公布，其数量平均每年在十只公文箱左右，可见数量之多之滥。但是对戴笠的特工工作，蒋介石历来是讳莫如深，很少下手令。特别是涉及到暗杀进步人士和分化搞垮反蒋派及勾结日伪人员等，蒋介石更是小心谨慎，不留蛛丝马迹。所以，戴笠对凡涉及政治上的事件和话题从不用公文形式，对蒋介石只作口头报告，对蒋的指示也只用脑袋记不作笔录。回到军统局传达时，戴笠也只讲“奉谕”两字，究竟奉谁之“谕”，他从来不做解释。
对戴笠的这样做法，蒋介石是满意的。
为此，蒋介石常把一些棘手、敏感和微妙的事情交给戴笠处理。在处理这些事情中，使戴笠感到最难处理的要数一件“冒充领袖亲兄弟案”。河南省许昌市的双槐树村有个农民叫郑绍发，由于他长相与蒋介石极像，在受了别人的启发和指点后，就从乡下找到了许昌城里。过后由许昌的驻军，把郑绍发送到了当时在叶县的汤恩伯。郑绍发见汤恩伯后就说：“在家中我是老大，蒋介石是老三。因当年河南灾荒不断，父亲不幸死去，母亲只好带着老三嫁给了浙江的一个商人后南去。后来老三改名为蒋中正，蒋中正即寓有‘蒋宗郑’的意思。”汤恩伯是一介武夫，他听了郑绍发的自我介绍后，联想到蒋介石的祖籍确有河南之说，加上郑绍发也像蒋介石，就派人把郑绍发送到了重庆。这件事让蒋介石十分尴尬：认吗，当然不行，祖宗之事岂可随便变更；不认吗，也不好，似乎有“此地无银三百两”之嫌；如果杀了郑绍发，这当然是易如发掌，但会给人留下杀人灭口的嫌疑，岂不是弄巧成拙；对郑绍发不认不杀，任其招摇也不好，同样会影响蒋介石的声誉。蒋介石思来想去许久后，把此事交给了戴笠处理。戴笠是聪明的，他知道这件事就其性质来说郑绍发是够得上杀头的，但蒋介石不提“严厉制裁”和“可杀”等，可见没有深责的意思，然又没有交待该如何处理。戴笠感到此事大有考究，对郑绍发下手重了或轻了都不好，况且蒋介石祖宗上的事外人是说不清道不明的，最好的办法就是把郑绍发圈禁起来不让他到处乱跑。于是，戴笠指示把郑绍发关进了军统的望龙门看守所，后相继转押白公馆看守所和息烽集中营。郑绍发转到息烽集中营后，戴笠指示新建房屋一栋给郑单独居住，并在衣、食上给予优待。同时，戴笠还让人定期给郑绍发家中寄钱。一段时间后，戴笠干脆让人把郑绍发的老婆和一个十六岁的女儿，一起从河南接来软禁在了息烽集中营内。戴笠在处理郑绍发的事情是否得到了蒋介石的默许，外人不得而知。但不管怎样，戴笠在处理此事上无疑是准确把握了蒋介石的心理，解决得恰到好处。蒋介石能把如此微妙的事情交给戴笠处理，也说明了蒋戴关系已到了配合默契的地步，这是蒋介石的其他亲信难以得到的恩宠。
但这种关系随着军统成立十周年的活动的结束开始了变化，因为戴笠手中所掌握的实力已超过了让蒋介石放心的程度。
于是，蒋介石毫不犹豫地对军统局采取了抑制措施，很快任命侍从室第六组组长唐纵为军统局的帮办。表面上唐纵是协助戴笠工作，实际上是要对军统的行动和戴笠迅速膨胀的势力进行监视。唐纵是湖南炎陵县人，比戴笠小三岁。他身材略高，鼻上架着一副银边眼镜，看上去文静温厚，颇有点书生风度。其实，唐纵是个老成持重和长于谋划的特工专家。由于他与戴笠是黄埔军校第六期的同学，后来又一起在特务处共事，多年来戴笠对唐纵的感情不薄。特别是自唐纵进入侍从室第六组任少将组长后，戴笠更是处处给予照应，规定军统局的总务处给唐纵的生活予特别补助，逢年过节更是大把地赠物送钱。戴笠这样做的目的只有一个，那就是要唐纵在新的位置上利用职务继续对军统工作予以照顾。但是，唐纵也是个有野心的人，自从进入侍从室后他就拿定主意，在军统与其他情报系统的磨擦中坚持一碗水端平的原则。对予戴笠请求要给予的援助，唐纵大都以种种理由推辞了事。为此，唐纵自我约束甚严，从不主动开口向军统要东西。不独如此，唐纵为了避开他与戴笠曾有过的关系，常在蒋介石面前实事求是地肯定中统局的长处，切中要害地批评军统局工作中的不足。加上唐纵一贯办事严谨，埋头苦干，不拉帮结派，在情报综合工作上勤于思考和严守秘密，这些颇能讨得蒋介石的看重。被蒋介石看重的唐纵逐渐地被蒋引为心腹，也是蒋介石萌生了扬唐抑戴的念头。所以，也就有了唐纵重回军统局任帮办的事实。戴笠是极敏感的人，对此举，他已意识到蒋介石对自己已有了防范之心。不过，过后的林世良一案，更使戴笠感觉到了蒋介石对自己的猜忌和戒备。
林世良一案起源于滇缅公路的走私活动。
一九四二年初，滇缅公路全线修成通车。由于此时香港和越南的进口通道已被日本军队切断，滇缅公路成了国际上支援中国的唯一的陆上通道。为此，国民党的各派政治集团竞相组织运输单位开进滇缅公路，大搞走私贩私从中牟利自肥。其中，国民党中央银行信托局储运处处长林世良，自恃为皇亲国戚更是有恃无恐。林世良是蒋介石的连襟，负责在国外订购军火并办理经香港的接运业务。中央银行信托局在香港的经理是孔祥熙的长子孔令侃，滇缅公路通车后是他派林世良负责那里的运输物资的任务的。林世良打着为中央银行运钞票及特种物资的旗号，拼命地私运各种紧俏物品大发国难财。
这年的夏天，日本军队开始了攻占缅甸仰光的军事行动。当时，中国积存在仰光的公私物资的数量甚大。就在林世良抢运公物的过程中，私商大成公司有一笔价值一千六百万法币的车胎和五金等走私物资托林世良运回重庆。林世良认为这批货物运到国内价值可达三千万法币，见其中油水甚大也就同意冒险包运。此事很快被军统局获悉，并由军统滇缅公路警务处在中缅边境的畹町检查站进行了查扣。戴笠当时正在东南沿海陪同梅乐斯考察，得知此事后立即赶回重庆向蒋介石作了汇报。蒋介石得此报告后怒火交加，因为社会各界对滇缅公路上的走私活动已民愤很大，国际上也指责国民党政府官商勾结鲸吞国际援助物资，所以蒋接到戴笠的报告后立刻批准将林世良逮捕。
戴笠奉命后，即以财政部缉私署长和战时货运局局长的身份赶赴昆明，将正在昆明太和酒店的林世良逮捕后押回了重庆。戴笠在对这起走私巨案作进一步调查时，发现中央银行信托局理事会主任秘书兼信托处经理许性初，曾为林世良私运这批物资伪造了押汇契约。过后，戴笠又将许性初押送进了监狱。林世良年轻英俊，办事玲珑，专门以讨好孔家上下而为孔祥熙和宋霭龄所赏识，并已视为未来的女婿。许性初是复旦的毕业生，又是从意大利留学归国的洋派人物，由孔令侃介绍给孔祥熙主办《财政评论》月刊，为孔家两代人都赏识的人物。
所以，林世良和许性初相继被戴笠逮捕后，孔家所有人都很紧张。
由于林世良已把走私巨案中得来的部分钱转让给了孔令侃和“孔二小姐”，孔祥熙不敢为此事直接去找蒋介石求情，只是暗中打通关节多方营救。军法总监部碍于孔祥熙的面子，准备先准许林世良和许性初取保候审，然后再以滥用职权营私罪判处林世良十年徒刑以了结此案，并把对林世良的判决报到蒋介石处。可是谁也没有料到，军统局在办理此案的过程中，那批被扣押的走私物资总价已涨到了六千万法币之巨。按照国民党政府缉私条例的规定，办走私案件的奖金数为货物总价的十分之一。依此计算，如林世良走私的这批货物充公的话，军统局将得到六百万法币的奖金。戴笠心里清楚，这绝对不是个小数目。但如果林世良不判死刑，那批货物不充公，那么军统局想要的奖金就会落空。于是，戴笠要手下的人大打小报告，揭发林世良利用职权与不法奸商勾结大发国难财的犯罪事实。然后，戴笠让这些揭发材料通过军法总监部呈送给侍从室，以此来触怒蒋介石。
也就在此时，美国总统罗斯福派出高级特使威尔斯到中国，考察了解国民党接受美援后的使用情况，并转达美国政界对国民党政府政治腐败、走私猖獗、贪污成风和军队混乱等的愤怒和忧虑，建议蒋介石对政权实行有效改革。蒋介石送走威尔斯后不久，就看见了列举林世良的种种不法行为的报告。本来心里就窝着火的蒋介石，不假思索地提笔在林世良的原判决上批上了“立予枪决”四个字。戴笠通过内部关系很快拿到了蒋介石的批示，他知道要是孔家知道了肯定会全力进行营救，为此当夜就将林世良处决了。
当孔家知道了蒋介石的批示后，孔夫人宋霭龄立马向蒋介石求情哭诉。
蒋介石是个家族观念高于一切的人，遂改变了原先的主意，要收回“立予枪决”的手令。但此时，林家已接到了“收尸”的通知。当蒋介石明白了其间的原由后，感到自己似乎中了戴笠的圈套，不由得大怒要拿戴笠问罪。后经陈布雷等人的说情，蒋介石才放过了戴笠，但也给戴笠批了“擅权嗜杀”四个字。
孔祥熙原与戴笠之间无大恶，林世良一案后与戴笠结下了不解之仇。
在不久召开的国民党五届十一中全会的筹备会上，孔祥熙联合与戴笠一直对立的陈立夫和陈果夫等人，向蒋介石提出了弹劾戴笠的提案，控告戴笠兼任缉私署长期间私敛资金，以武装缉私为名扩充特务武装破坏军令统一等。蒋介石对此提案心中是有数的，他表面上似乎是为了安抚孔、陈等皇亲国亲戚，而以“雨浓兼职过多，精力分散”为由，撤去了戴笠的缉私署长的职务而让孔祥熙推荐的宣铁吾取代。其实蒋介石的真正心事是慑于戴笠手中的权力过大，如不加抑制将难于驾驭。随着戴笠缉私署长的撤职，所有各省的缉私处长全被撤换，军统局的人员全部遭到排斥。
当时，美国驻中国大使馆对戴笠被解除缉私署长向美国国务院作了报告，报告中对解除的原因作了分析：1、对部下管教不严，数次发生擅自绑架和处决的行为，特别是对林世良的处理；2、军统本身腐败的“缉私活动”与国民党高级官员们“腐败利益”相冲突；3、国民党秘密警察内部发生激烈内斗；4、因为日本人成功的反间谍活动，使军统在沦陷区的情报组织遭到破坏；5、蒋介石夫人宋美龄在访问美国的过程中，得出的印象是“美国人相信的不是蒋委员长，而是戴笠”。在这五点原因中，前四点完全是表面的，而最后一点不论对蒋介石和戴笠都是至关要紧的。现在已无法确认宋美龄访问美国时是否真的有那种印象，但事实上蒋介石在对戴笠的猜忌的同时更增加了戒备的心理。
蒋介石对戴笠的这种戒备心理很快反应在对赵理君的杀人案上。
赵理君是四川人，因在上海刺杀史量才和唐绍仪等人后无法立足而被戴笠调到重庆，并被任命为军统局第三处行动科科长。不久，因山西的阎锡山与蒋介石不和，蒋要戴笠封锁晋南到河南洛阳的通道，控制人员的来往。戴笠随即任命赵理君为第一战区少将编练专员兼洛阳专区行政督察专员，要赵理君严密控制从洛阳到山西的黄河渡口。赵理君是军统的著名杀手，尽管其心狠手辣为军统内部的许多人员所齿寒，但戴笠对其是宠爱有加。他把持黄河渡口后，经常以检查为名敲诈勒索劫夺财物，甚至是把人打死后投进黄河里。赵理君的手下，还多次对混杂在渡河老百姓中的中统特工人员进行劫夺，对不听话的任意打死后也被投入黄河灭迹。中统特工人员在无奈之下把赵理君和他的手下的所作所为拍了照片，并整理成材料后向第一战区长官部作了控诉。尽管赵理君有戴笠作为后台，但还是受到了第一战区长官部的严厉申斥。
为此，赵理君对中统特工人员有了怨恨，并准备寻找机会予以报复。
没有过多少时间，赵理君以为是中统的洛阳十二区专员常孝懦等人告了他的状，他就指示下属密捕了常孝懦以及洛阳复旦中学的校长等人，并将他们活埋了。这事很快被中统特工侦查破获，使得整个中统上下群情激愤。恰好此时，戴笠刚从洛阳视察离开不久，中统以为是戴笠亲自安排了此案。于是，由陈立夫亲自出面将此案的材料呈送给了蒋介石，要求严办赵理君并追究戴笠的责任。蒋介石看过材料后震惊不小，他当即把戴笠叫来，要戴笠回去迅速查办具报。戴笠从蒋介石的语气里已感觉到此事相当严重，但赵理君毕竟对军统有贡献，特别是在暗杀行动方面绝对是个可用之人。为此，戴笠虽见蒋介石怒气不小，但仍然大着胆为赵君理说话。可他的话刚开了头，蒋介石就极不耐烦地做出了要他离去的手势。这在过去是不多的，戴笠明白蒋介石在这件事上是不会放过军统了。
回去后，戴笠先命令将赵理君扣押起来，然后让已是军统局华北办事处主任的文强，在洛阳参加军事法庭对赵理君的会审。过后，戴笠又亲自赶到西安认真听取了文强关于赵理君案件的实情和会审情况。终于，大量的事实使戴笠觉得已无法挽救赵理君的性命，此时他为了解脱来自中统的强大压力，不使自己在赵理君的案件在蒋介石面前陷入被动，同意将赵理君就地正法。虽然如此，戴笠对赵理君仍旧是十分痛惜，在军统局纪念周上报告此案时还不时地流露出爱惜之情。事后，戴笠对人说：“严控黄河渡口是委员长的命令，赵理君只不过在执行命令时过了头，而最后却是……”戴笠没有把话说完，但话语里充满着委曲和失意。
从蒋介石派唐纵到军统局任帮办，到林世良案戴笠缉私署长的撤职，再到赵理君案的最后结局，戴笠更有了一种“鸟尽弓藏”之感。也就从这个时候开始，一直很少有时间读书的戴笠有了“读史”的兴趣。只要有了空闲的时间，戴笠就让秘书周念行给他念读和讲解《史记》和《资治通鉴》。周念行在江山县立文溪高小念书时是戴笠的同班同学，他对戴笠的心事有较深的了解，所以每当讲到中国历史上君王杀戮宠臣时都特别的耐心和细致。特别是周念行讲到唐朝的周兴和来俊臣原来都为武则天的执政出过死力，后来由于了解武则天的隐私太多而最终被武则天所杀时，戴笠就会有毛骨悚然的感觉。他多次对周念行说：“我将来不是死在共产党的手里，也早晚会死在委员长的手里。”戴笠以史为鉴，对自己的处境似乎已有了某种预感。不过，戴笠很清楚，蒋介石虽然对自己已有所猜忌和戒备，并且已开始对军统和他本人已有所抑制，但蒋介石毕竟还没有到对他戴笠下手的时候。此时此刻，戴笠觉得最要紧的是：一是抓紧采取措施以抚平蒋介石失衡的猜忌心理，二是预作应变对策以防不测。于是，从一九四二年的下半年开始，戴笠调整了与蒋介石之间的关系并且对自己的退路也作了考虑。
首先，戴笠通过进一步表明对蒋介石的忠心来减少蒋介石的戒备和防范心理。一九四二年十月底，蒋介石决定赴兰州和西安地区视察。戴笠抓住这个机会，以随员的身份侍卫左右，并亲自布置检查蒋介石外出期间的安全保卫工作，以此巩固自己作为蒋介石心腹的地位。蒋介石在兰州期间，警卫工作除了内侍卫士以外，另有兰州的宪兵和警察配合协助。戴笠对此还是不放心，又从军统兰州特工训练班中挑选了一批学生担任蒋介石的便衣警卫。蒋介石到西安后，戴笠仍对“西安事变”记忆犹新，他亲自拟定了整个警卫方案，和胡宗南一起调动西安所有的军警宪特力量，在市区的每条大街和巷道都布置了严密的警戒。当蒋介石看到整个西安的安全保卫工作做得十分周密时，他放心地对戴笠说：“你这样做，我能睡好觉了。”
其次，戴笠加强了与宋美龄和宋子文兄妹间的感情。戴笠清楚，蒋介石素来独断专行听不得不同意见，而在关键时刻能说得上话或真正敢说话的也只有宋美龄和宋子文俩人。宋美龄以夫人之尊自不必说，而宋子文虽与蒋介石有龃龉，但因他挟江浙财团之力，而又得欧美资产阶级宠爱之势，在蒋介石心目中的分量终与一般权臣亲贵不同。戴笠也正是看准了这点，在宋子文作为蒋介石的私人代表到美国争取美援时，就与他保持着相当密切的关系。宋子文在美国待了两年，这期间戴笠与宋子文的电讯和信件不断，他及时将国内政坛上的种种内幕和动向告诉宋子文，使身在异国的宋子文对国内情况了如指掌。当然，戴笠也得到了宋子文的好处。在军统局经济最困难时，宋子文在美国曾数次电令中国银行的代总经理贝淞荪拿出钱来接济军统，每次都不少于二百万法币。太平洋战争爆发后，蒋介石为了加强与美国的外交关系，任命宋子文为外交部长。但宋子文为抬高自己的身价，以与美国交涉繁忙为由迟迟不肯回国。后由于蒋介石催得急，宋子文就此事就商与戴笠。戴笠在这点上与蒋介石的立场是一致的，他向宋子文多次发电力陈国内对苏、英、美等国外交的重要性，认为宋完全有返国的必要。宋子文在戴笠的劝导下，很快结束了在美国的生活回到了国内。宋子文回国后，戴笠考虑到他曾在上海北站被王桠樵暗杀过，为此对他的警卫工作给予了特别的关心。戴笠亲自帮助挑选警卫人员和制定警卫计划及检查警卫措施，其重视的程度不亚于蒋介石。对此，宋子文极为感激。另外，宋子文在寻欢作乐方面的需求，戴笠除了及时满足外而且还安排得天衣无缝。久而久之，宋子文把戴笠引为密友和心腹，几乎到了推心置腹的地步。戴笠在宋美龄面前当然不便朝夕走动，但他通过西安事变已感觉到宋美龄对他观感不坏。所以，戴笠在平时对宋美龄周围的人包括佣人和女仆都极力笼络。
三是，戴笠加强了与胡宗南的合作，欲拉其作为自己的后盾。随着反共产党活动的升级，胡宗南在蒋介石心目中的分量不断加重，地位也逐步提高。一九四二年初，蒋介石手令胡宗南代理委员长行营西安办公厅主任。三个月后，蒋介石再让他兼任第八战区副司令长官。此时，胡宗南的权力之大，地位之高，在加上他自拥有几十万大军，成了名副其实的“西北王”。戴笠与胡宗南本来就是至交，当他有了想挟胡以自重后，更是不遗余力地巩固与胡宗南的关系。由于戴笠的努力，他与胡宗南在政治问题上互相征求意见，工作上相互支持，生活上也相互帮忙，俩人到了无话不说的地步。胡宗南每次到重庆晋见蒋介石之前，必先到戴笠处研究一番，在由戴笠面授机宜后，才去向蒋介石面呈情况，并回答蒋介石的垂询。胡宗南每到重庆，均由军统局为他安排住处和用车。甚至，胡宗南在重庆时请客时所用的礼品也是戴笠给安排的。为了加深与胡宗南的情义，戴笠还让自己惟独的儿子拜胡宗南为义父。戴笠与胡宗南的关系确实非同一般，这在后面还要讲到。
四是，戴笠有意提高了毛人凤的地位，将军统局的许多具体的工作交给毛人凤代为负责，以此来抵消唐纵的影响。唐纵兼任军统局的帮办，这是蒋介石的意见，戴笠当然不好拒绝，他只好采取后发制人的办法，这就是切实加强军统局代理主任毛人凤的权力，把自己管不过来的工作逐步移交给毛人凤去领导。在他自己离开重庆期间，也由毛人凤代他向蒋介石转报情报和汇报工作。这样的时间长了，毛人凤自然就成了军统局的内当家。唐纵成了被架空的领导，帮办也是帮而不办。唐纵心里明白这是戴笠的主意，但表面上不敢过分与之争锋，只是暗中掌握军统局的动向，并随时向蒋介石密报。与此同时，戴笠对军统内部进行了肃整，以防树大招风惹火烧身。其实，军统十周年的“四？一”大会后，戴笠自己也感觉到军统的团体太庞大了，团体的秘密常常泄露无遗，军统内部的骄傲和懒惰的坏作风所带来的潜在危机日见深刻。为了整顿纪律和作风，戴笠加强了内部的管理和约束，甚至采用了发现办公时间有三次不到的即站木笼子的规定。弄得军统局的特务们个个提心吊胆。对于军统其它方面的矛盾戴笠也采取退避三舍的做法，防止矛盾激化尽量不去触怒蒋介石。
同时，戴笠还对自己的家族的行为进行了约束，以防被别人作为攻击的口实。一九四二年下半年，日本军队攻陷了衢州和江山县后，用飞机炸毁了戴笠家的老屋和戴笠母亲经常去参拜的关帝庙。戴笠母亲因失去家院和烧香拜佛的地方后，心情极为悲伤。当时驻防江山的国民党第七十四军军长王耀武，闻讯后拿出三万元现金以供戴家筑房和修庙之用。戴笠听说后，力劝母亲退出那三万元钱，并由自己出资修建了自家的房子和关帝庙。戴笠在处理此事时，得知自己的儿子戴藏宜收留散兵游勇私建自卫团，并自任自卫团团长。戴笠当时吃惊不小，立刻命令军统东南办事处主任毛万里予以制止，迫使戴藏宜交出了自卫团。戴笠清楚自己儿子尽管搞的是民间武装，但私建武装是极容易受人话柄的，到时毁了儿子不说，还将殃及他戴笠自己。
可见，戴笠此时的头脑是非常清醒的。
不过，此时还有一件事使戴笠惊出了一身冷汗。
自从淞沪抗战失利后，属于戴笠的特务武装忠义救国军全数撤到了安徽境内。一段时间后，忠义救国军与第三战区顾祝同的部队争名夺利，矛盾重重，互相攻讦，官司一直打到了蒋介石那里。当时因抗战形势吃紧，蒋介石在精力上顾不上，加上时值用人之际，蒋介石对戴笠训斥了几句后就让戴自己来处理此事。戴笠受命后亲赴东南地区进行协调整顿，才使忠义救国军与第三战区的矛盾有了缓解，并在第一次反共高潮中多次默契地袭击了新四军部队，为此受到了蒋介石的嘉奖。但是，忠义救国军本是一批乌合之众，又占据着沦陷区与国统区的交通前沿地带，他们在苏、浙、皖三省与敌占区毗邻的地界上设立关卡，强征暴敛，走私贩卖。忠义救国军的行为，使得与第三战区顾祝同部队的矛盾再度紧张了起来。迫使一直沉默的顾祝同向蒋介石奏了一本，说忠义救国军不服从指挥，抗敌不力扰民有余，是十足的一群土匪。要是过去，蒋介石也不一定会把这当一回事，批转给戴笠处理也就了事。可当他对戴笠有了戒备之心后，也就对这类事采取有所偏向的方式来处理了。蒋介石接到顾祝同的报告后，仍然批转给了戴笠，但在批示中明确写有“为维护战区军令统一，取消忠义救国军编制”。戴笠接到蒋介石的如次批示后，显然感觉到这批示里充满着怒气。蒋介石的这一手使戴笠浑身都有了冷汗。戴笠明白蒋介石的这次发怒与上次训斥忠义救国军不同，上次是怒其不争恨铁不成钢，这次是借题发挥另有企图。假如他此次对这事处理不当，那么经过苦心发展起来的这支特务武装要毁于一旦，而且戴笠他自己也会受其牵累。于是，戴笠经过反复考虑，向蒋介石呈送了三条意见：
一是，调整忠义救国军最高指挥人员。周围龙调任军统别动军的总司令，忠义救国军总指挥由胡宗南推荐的马志超担任。马志超是黄埔一期生，西安事变前是军统陕西站站长兼西安市警察局局长。由于他在西安事变中贪生怕死，事变结束后被戴笠贬到兰州市任警察局长，后因钻营不得志到胡宗南的手下做了位师长。在戴笠向胡宗南征求对忠义救国军最高指挥人员的人选时，胡宗南推荐了马志超。戴笠对马志超的品行和才能素来瞧不起，但考虑到是胡宗南推荐，加上马志超是黄埔一期生容易被蒋介石接受，也就接受了胡宗南的推荐。
二是，就是前面已经写到过的，戴笠在得到梅乐斯的支持后，在安徽省歙县雄村成立了中美特种技术合作所特训班，分期分批整训忠义救国军的所有官兵。训练结束后，忠义救国军一律装备美式武器，并准备用于配合美国海军在中国东南沿海的登陆作战。因为，戴笠深知这时的蒋介石迫切希望美国军队能在中国东南沿海开辟第二战场，既然美国人都重视忠义救国军这支特务武装，那么蒋介石就不可能不对原来的决定予以重新考虑。
三是，尽管第三战区因忠义救国军的关系，数次到蒋介石面前告状，早已使戴笠对顾祝同等人心存芥蒂，但戴笠还是决定到第三战区与顾祝同等将领进行面谈，再次协调忠义救国军与第三战区的关系，并严厉整肃忠义救国军的作风和纪律。
戴笠为挽救忠义救国军这支特务武装可谓用心到家，不过他的心事没有白费，蒋介石很快批准了戴笠的意见，忠义救国军得以保留了。
戴笠终于喘了口气，可他对连续发生在军统身上的事件进行反思后，觉得自己仅仅当一个特务的头目，很容易会被蒋介石以某种借口加以铲除，惟有向军界发展才能在政治上增加保险系数。为此，戴笠通过梅乐斯加紧了与美国海军的合作，他想通过这种合作以增加美国海军对他本人的好感，以此让美国人来支持他向中国海军界发展。由于有了戴笠与美国海军的良好合作，加上梅乐斯在美国国内为戴笠进行宣传，为此在埃及的开罗会议上罗斯福向蒋介石提出希望能会见戴笠也就理所当然了。但罗斯福的提议，使蒋介石感到了戴笠的力量正在迅速地变强，而且这迅速变强的力量很有可能被像美国这样的国际强国染指。对此，蒋介石内心里有了不安，如果真的戴笠的组织被美国人控制那么后果将不堪设想。而就在这时，一个企图推翻蒋介石领导地位的阴谋正在酝酿之中，而及时发现这阴谋的正是戴笠。蒋介石为此暂时隐藏起了对戴笠的不安和警觉。
那么这起企图推翻“领袖”领导地位的案件是怎么回事呢？
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