为了继续前进，我把一切交给时代和命运，并在自己的航途中经受一切考验。
查理·达尔文①“贝格尔”号待到连续几天的恶劣天气过去后，又往西向合恩角彼岸驶去，一八三三年一月十一日到达约克·明斯特尔山附近。可是又起了大风暴。“贝格尔”号怕被岸边的激浪打破，又退回来海上。翌日，风暴更加猛烈，而十三日风暴依然大施淫威。达尔文在《考察日记》中写道：“除了天空中无数飞溅的水珠之外，周围什么都看不见。海面显出一副凶相：它好象是一片阴惨惨的有着一条条堆雪地带的平原在起伏翻腾着，而当舰艇正处于精疲力竭的时候，有一只信天翁展开双翼，顺着风向平稳飞驰着。将近午时，一个巨浪翻滚到“贝格尔”号上，灌进舰上的一只捕鲸艇里，因此就不得不立刻割断它的缆索而弃去它。可怜的“贝格尔”号也因为受到浪击而颤抖起来，有几分钟不能够听从舵的指挥；但是不久，这只善良的船只又恢复了正常状态，并顺风驶去。要是在那个巨浪以后接连再来一个巨浪的话，那么我们的命运就将很快被解决，并且永远被解决了……”菲茨·罗伊舰长放弃了这个绕着火地岛向美洲西岸驶行的尝试。“贝格尔”号又绕过合恩角。达尔文说：“当你考虑到自己势必要在世界上这个最著名的地方遇到恶劣天气，又是乘坐这种通常认为不能用以环绕合恩角航行的船只，那你就会感到满意。比我们这只能在水中浮沉的小鸭子更能经受这种恶劣天气的船只是为数不多的。”
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①1832年11月24日从蒙得维的亚给汉斯罗的信。
据说，同马太传教士一块被菲茨·罗伊派回故乡的火地岛人有三位：约克·明斯特尔，他是一个健壮结实的男人，身材矮小、性情忧郁、暴躁；琴米·白登，他是一个快活而敏感的人，在达尔文害晕船病时总是怜悯达尔文；菲吉阿·巴斯凯特，她是一个非常年轻、朴素而沉着的女青年。
他们不坚持非得让他们在约克·明期特尔山附近登陆，不反对在琴米的出生地朋松布海峡住下。马太传教士打算同他们一起留下，以便教化他们的同胞。挑选送给马太的东西都是奇特的，显然这是由英国的某个传教士协会随同马太一块发送出来的。达尔文认为，挑选如下东西就证明这是一种最大的犯罪行为，是丧失理智和轻率的表现：酒杯、奶油瓶、茶具、汤盆、桃花心木的衣柜、细白的麻布、海狸皮帽子等。达尔文说：“用耗费在这些东西上面的钱，一定可以买到大批对不开化的人真正有用之物”。
为了到达朋松布，菲茨·罗伊决定乘坐三只捕鲸船和一只舢板，渡过他上次航行时所发现的贝格尔河，进行一次探险。参加这次探险的共有二十八人。探险是以一些小港湾作为落脚点，沿着贯穿在风景秀丽地区的贝格尔河进行的，那里周围都是高达千米的群山，山峰峻峭，呈犬牙状，阴森森的密林一直覆盖到半山腰。
用船送来的火地岛人和传教士决定在伏里阿港住下。给他们盖起了三座大棚屋，把他们的家具用品搬运上岸，开辟了两个花园，并且播下了种子。港口周围一共住有大约一百二十名土著人。菲茨·罗伊和伙伴们把这几个移民留下来；一部分人返回到“贝格尔”号上，而另一部分人（包括菲茨·罗伊和达尔文在内）去考察贝格尔河的西段。在天黑下来的时候，菲茨·罗伊和达尔文所在的那批人在一个大海湾的岸边支起帐篷，身边有干燥而松散的卵石，随着身体的压力而活动，这是最好的卧铺，身体躺在上面，就象躺在床垫子上那样，浑身各处接触到卵石的地方，都感到一样的松软舒适。这天达尔文应该值班到半夜一点钟。在这里的夜景中，他感到有某种庄严，因为他这时明显意识到，他正处在地球上的某一个地方。只有酣睡的水手们的鼾声和夜禽偶而的鸣叫声，才打破黑夜的寂静。而这处偶然传来的狗吠声，才使人想起这是野人居住的地方。
当探险队进入北边支流时，地形开始变得更加壮观。支流北岸耸立着高达两千米左右的群山。其中一座叫萨尔明托山，菲茨·罗伊把另一座山叫作达尔文山，用来纪念自己这位旅伴。欣赏一些溪流如何把自己的水象瀑布一样直泻到下面狭窄的河道里，然后再穿过森林流去，一些碧绿色的美丽冰川又是如何从山坡上一直通到水面，而各个山峰却为皑皑白雪所覆盖，观赏这些景象是十分有趣的。看到一大块冰由冰川上掉下来，象一座冰山那样落到了河里。正如菲茨·罗伊所指出的那样，达尔文和水手们马上奔向要被落到河里的冰山所激起的巨浪卷走的几只小船。其中有一个水手被这滚滚的巨浪冲倒。这几只小船虽然三次被高高地悬空抬起，但却还是安然无恙地留在原地。因为武器和食品都留在这几只小船上，而“贝格尔”号又停泊在很远的地方，要是小船被卷走，那就糟了。探险队又沿着南边的支流返回到朋松布海峡，回到伏里阿港。
居住下来的火地岛人和传教士的处境相当悲惨。达尔文认为：“把火地岛人运到英国对他们有好处的说法，是特别值得怀疑的”。
早在一八三二年十一月，达尔文在蒙得维的亚就收到了汉斯罗寄给他的赖尔的《地质学原理》第二卷，根据达尔文本人在那一本完全陈旧的书上的题词就可以断定有此一事。据尚·沃尔德撰写的达尔文传推测道，达尔文在火地岛附近的某地阅读的这卷书，是他在恶劣的天气中不得不躺在船舱里的吊床上读的。阅读这卷书对达尔文来说具有特殊的意义。赖尔正是在第二卷中从第一章起就分析了后来很快就成为达尔文研究的基本课题——物种问题。赖尔认为，这一问题对于地质学家来说是特别重要的，所以他就在第二卷的各章里彻底分析了这一问题，探究了物种变异性的程度，物种间的杂交，由于受外部条件的影响而发生的变态的遗传性，作为对进化论的一些论证的胚胎阶段，叙述了拉马克的进化论，并对它进行了批判，提到了生存斗争，最后阐述了他自己对新物种产生和旧物种消失的见解。
赖尔是否同意进化论呢？在把已不复存在的奇异的力从无生界中排除掉后，只承认在目前仍起作用并可以看到的那些自然力的作用的同时，他自己的思想是否还是始终如一呢？他在各个时期写给曼捷利·赫瑟尔、威韦利和塞治威克（扎德和后来赫胥黎都指出了这一点）的某些信件中，可以认为他是同意把物种的“创造”解释为由于某些自然原因所致的，但是可以说，他是原则地谈到这一点的，因为他连一个这样的原因也举不出来，因此他认为物种起源的全部问题是秘密中的秘密，是最难以解开的谜。至于谈到进化或来源于其它的物种起源，他坚决反对这种推测。当他在批驳了居维叶的灾变说后，他揭示出了造成旧物种绝灭及消失的原因，但他在解释新物种出现之前，就已陷入进退维谷的境地。不管怎样，他要弄清楚最完善的进化论，即设想旧物种为新物种奠定基础的拉马克的理论。他在第二卷中最客观地阐述了拉马克的学说。赖尔不仅承认拉马克的思想是正确的（分类学家碰到的物种形态愈多，就愈难以确定物种界线，就愈能发现物种间的过渡现象），而且用了一些家畜和栽培出来的植物作为新的实例来说明这一论点。他欣然同意某些不同物种相互之间的差异要比另外一些物种相互之间的差异大。但拉马克许多论点没有证据使他大为恼火。拉马克在任何地方都不善于证明物种变化无常的无穷性。而这一点他认为，正是问题的核心。赖尔鄙视拉马克某些论点没有证据，并强调说，“拉马克认为，物种赋有使自己身体变形的无限能力”。“拉马克希望让一些物种蜕变为另外一些物种”。“这就是那些想象猩猩能变人的人们的幻想”等等。
赖尔通过分析物种的变异性得出的结论是，物种在外部条件的影响下能发生变化，但只有在某些范围内才能发生变化；各种物种所发生变化的限度也很不相同，也就是这些变异性的范围足以包括各种物种；动物变异的极端偶然性最常见于家畜方面，并取决于人的干预，而且这样的变异在一定的范围内还是可以遗传的（他认为由于经常使用而得到的变异是没有遗传性的）。但他坚持说，不管外部条件发生什么变化，还是有着物种所无法逾越的某些界限。他认为，异种互相杂交，永远也不会产生出繁殖力强的后代，即使借助于人的帮助，也丝毫无法产生出经久不变的种族。看来，这种规则中的所有某些例外情况，只不过是杂种与纯亚种杂交所出现的偶然现象罢了。所以，物种所经受的各种变化也都没有超出本身的范围之外，所以赖尔作出的结论是，“物种实际存在于自然界之中”和“每一物种在其形成时就赋有它现在所具有的机体的特征”。他在另一处说：“每一物种都起源于简单的一对或一个体（仅一个就足够了），而且物种都是在一定的时间和一定的地点内才能继续不断地形成，这些时间和地点能使物种在指定的时期繁殖和继续生存下去，并在地球上占有一定的位置”。这种思想更加明确地表现在以下这段话中：“我们应推测到，当自然界的创造者创造也动物和植物时，就已预见到这些动植物的后代要生息于其中的一切环境，规定并赋与它们能永久保存物种的机体。”
这就不太象他所理解的“形成”是指自然界的“自然过程”而言这一论点了！在这里公开谈到了神奇怪事，谈到能预见到一切情况的创造者，谈到了一般造化论者所说的创造。
赖尔在这里批驳的只是生物界成群创造论，不承认灾变说，但却保留了物种神秘的创造观点，认为上帝不是一下子，而是用某种不知不觉的方法，一个一个地创造出新的物种，来代替已死绝的物种。赖尔明显地主张物种不变性，并援引了当时寥寥无几的古生物学资料来加以证明。他后来在自己的一封信中写道：“埃特纳火山的外壳至少有十万年了，经过这么多世代也完全没有改变其形状。按拉马克的定理究竟需要多长时间才能使猩猩变成人呢？”
所以，我们既不赞同扎德的观点，也不赞同赫胥黎关于赖尔承认物种起源的“自然”方式的观点。即使他有时也坚决主张过这一点，那也只是在口头上说说而已；他在精心研究了全部问题和作出某些结论的第二卷中，首先明确地表示反对进化论，反对近期物种起源于早期物种；其次，他运用了已明确表明赖尔认为物种是由创造者为了一定的目的而创造出来的某些术语和说法，表达了自己对物种出现的概念。
《地质学原理》这卷书对于达尔文及其思想的发展是否起了作用呢？当然起了作用。至于达尔文，大概是在旅行的第一年年末或第二年年初，阅读了这卷书，这一点是无庸置疑的。至于谈到他很精心地阅读了该书一事，若是知道他当时对赖尔有着几乎是敬佩之至的心情的话，那么也就不必再有所怀疑了。可是他阅读了这卷书给他带来了什么效果呢？显然，这卷书向他广泛展示出物种起源的理论问题。物种变异性的界限，相近物种彼此之间的关系，物种和变种之间差别的实质，现代物种的形态与已绝种的物种形态之间的关系，家养形态和野生形态变化的大小，生存的斗争，变化的遗传性——所有这些问题都已由赖尔提了出来。但不应认为达尔文对赖尔的所有论断都信以为真。当达尔文搜集各种各样的物种时，就在确定各物种之间的界限上产生了实际困难，这种困难大概不止一次地迫使达尔文不能不对赖尔的基本论点的正确性发生怀疑，他发现，好象每一物种的变异都有一定的限度似的。而他在彭塔阿尔塔所进行的考察，已使他产生了可以用血缘关系把现代贫齿类与古生树懒科联系起来的想法。从此，达尔文就把注意力和思考力都用在只有使他才能弄明白的物种起源问题，物种不变性或可变性的那些问题上。
二月二十六日，“贝格尔”号出海了，冒着大风向福克兰群岛驶去。菲茨·罗伊和达尔文来到路易港后，惊异地得知英国为了不让从布宜诺斯艾利斯来的殖民者占领这些岛屿，已经把它们占领了。最近法国人、西班牙人和英国人，都在觊觎这些从前无人居住的岛屿，虽然，岛屿上的全体居民是由几年前就居住在这里的一名（！）英国人、二十名西班牙人，一名西班牙女人和两名女黑人组成，然而英国的旗帜却已飘扬在岛屿的上空。
一月十二日和十三日，“贝格尔”号曾遇过的飓风在这里又刮起来了；停泊在这里的一艘法国捕鲸船，在挣断了三个锚后而遇难。法国人是乘着舢船逃生的，并抢救出了储备食品。后来菲茨·罗伊舰长把这只船上的三名军官接收到“贝格尔”号上来，以便把他们送到大陆去。
在这个为长在泥炭土壤中的硬草所覆盖的阴森森的岛屿上，达尔文作了长时期的散步，走遍了全岛。岛上根本没有树。大概他这时正在海岸上进行有趣的观察，数一数巨大无毛海生蛞蝓属和白色海牛属所产的卵子；它们一次就产卵约六十万粒。虽然产下这么多的卵，但长大的海牛属动物还是特别罕见。达尔文虽然专门寻找长大了的海牛属动物，但只不过找到了七个要使如此稀有的长大了的海牛属动物保存下来，得死多少卵子或胚胎呢？也许，他这时正对那些海生苔藓虫类群体中的奇异的个体感兴趣，因为海生苔藓虫类很象一个长着针状小嘴的鸟头（它们现在被叫作“鸟头体”），从卵子中伸出头来时张着很大的颚，摇摇晃晃；达尔文进行了观察，并且用细针去触动它们的小嘴，它们常常紧紧地咬住针尖不放，也就是说小嘴起着苔藓虫类群体保护或清洗的作用。
当“贝格尔”号停泊在福克兰群岛时，达尔文收集了为数不多的动物，射猎田鹬，寻找贝化石和进行地质勘测。暴风雨仍在继续：一艘英国纵帆船被抛到岸上，而比“贝格尔”号晚到几天的一艘法国考察船被迫下了四个锚，以免遭到同样的命运。暴风雨把一只用锁链锁在“贝格尔”号上的小船刮了下来，后来却又顺利地被拉到岸上，但还是损失了一些索具和船帆。
“海豹捕猎者”也到达了，它是一种适用于捕猎海豹、贩卖奴隶和在海上进行动掠的船只，并把在火地岛海岸被一月十三日的大暴风雨打碎的船只上的全体船员运来了。菲茨·罗伊为了进行测量，从一个外貌很象海盗的“海豹捕猎者”船长洛乌那里，买了一只纵帆船。四月四日，这只纵帆船就被派往里奥内格罗，加入为了测量而留在那里的一些小船之列。
一天后，“贝格尔”号也往那里驶去。
不过，“贝格尔”号于十一月十三日到达那里后，并没有找到这些小船。“贝格尔”号从迎面来的一舰商船那里打听到这些小船继续往南向圣约瑟湾驶去，它就也往那里驶去，可是到达圣约瑟湾后，这些小船已经离去。最后舰长放弃了寻找这些小船的尝试，又往北向里约普拉塔驶去。“贝格尔”号停泊在马尔多纳多。在那里，达尔文离开船搬到市里去住。
达尔文在这个僻静的小城镇住了两个多月。他经常游览判帕斯草原，这是一些覆盖着绿草地的草原，放牧着无数群牛羊。只有恶劣的多雨天气和“贝格尔”号上的同事对他的拜访，才使他所进行的博物学家的工作中断。例如，有一次海军练习生金克在拜访他时告诉他一个消息，说菲茨·罗伊未找到的那些小船到底被专门派来的一只纵帆船在里奥内格罗找到了。尽管这些船有很多处被一月十三日的暴风雨击破，并且里面经常进水，但是这些船上的繁重的测量工作却仍在继续进行。所以哪位军官和水兵如有一件干衬衫或一床干被褥，就被认为是足够阔气的了。
达尔文对马尔多纳多四郊的飞禽走兽和爬行纲了解的特别清楚。除了他本人带来的外，还有该市的孩子们为他服务，而这些小孩子们为了挣得几个小钱，几乎每天都给他带来一些有趣的生物。
他在这里猎获了几只鹿，并注意到了雄鹿身上发出的一种非常强烈而又持久不散的气味。这些鹿与我们这里一贯怕徒步而行的猎人而却不注意骑马的人或坐车走近的人的动物和鸟类不同，它们不让骑马的人靠近，但却对步行的人产生好奇，原因是当地高楚居民就是这样习惯于骑马来回走动的。达尔文在这里观察了少量被吓破了胆的长着大颚的最大啮齿动物水豚。不过引起他特别注意的却是在土中乱拱的具有鼹鼠习性的小啮齿动物——吐科鼠，它在地下通道的某处经常断断续续地发出哼哼声，并以他们发出之声而得名。许多吐科鼠眼全瞎了，大概这是由于瞬膜发炎的结果而引起的。吐科鼠的眼睛比我们南方地下的鼢鼠大，鼢鼠和鼹鼠一样，但又象吐科鼠一样以食植物根部为主，比栖身在洞中的两栖动物盲螈的眼睛大：这两种动物的眼睛几乎都是处在发育不全的状态，并且被一层皮肤从外面盖住。看来，吐科鼠虽然眼瞎，但这在它本身的生活方式中，并没造成任何不便之处。
应该认为，这种动物当时已使达尔文想起拉马克的思想：器官不使用就要导致衰退和毁灭。后来达尔文在《日记》中描述吐科鼠时说：“如果拉马克在想出鼢鼠和盲螈两种动物如何逐渐取得瞎眼的特性的设想时知道了这一事实，那么拉马克就会对这一事实非常赞赏……。拉马克恐怕就会说道，吐科鼠现在正在转入鼢鼠和盲螈所处的那种状态”。
达尔文也注意到与椋鸟相似之处的牛背黄鸟，这种鸟和杜鹃一样，把蛋下到别的鸟巢里，喜欢停歇在马和牛背上。他在《考察日记》中指出，在北美洲有另一种牛背鸟属，它的颜色略有不同而且体形也较小。因此，这里最有趣的是在同一洲的不同地方却发现了同一属的两种相似的鸟。达尔文还指出，牛（背黄）鸟属按其身体构造来说远不同于真正的杜鹃，但却练出了最强的适应力。达尔文确认，美洲鸵鸟属的雌鸵鸟自己不孵卵，而是经常把蛋下到同类的其它雌鸵鸟的巢里，而由雄鸵鸟来孵卵，所以，有时雄鸵鸟就不得不孵由各个雌鸵鸟下在一个巢里的卵。
达尔文也注意到大批的美洲白兀鹫，这种鸟在南美洲是很普遍的，它们在美洲所起的作用相当于我们的乌鸦、大乌鸦和喜鹊。白兀鹫（正如达尔文后来才得知的那样，它是牺居在巴塔哥尼亚沙漠的）在拉普拉塔热带干草原里多得不可胜数，被人们称之为巴西卡拉鹰，因为巴西卡拉鹰经常和齐孟哥鹰、以及同分布很广的、体形不大然而胆大又惹人讨厌的巴西白兀鹫在一起，成群地聚集在屠宰场和村镇附近。相反，大兀鹰本来分布在马尔多纳多以北，看来在拉普拉塔附近出现为时并不太久。美洲兀鹰则分布在合恩角至北美洲一带。在这里，这一类到处都可看到而在欧洲却根本见不到的各种大量的鸟，当时就已使达尔文注意到，某些巴西白兀鹫在往南移时就逐渐消失，而代之以其它种类的鸟。而分布在大陆上的那些鸟中的巴西卡拉鹰，以及齐孟哥鹰，在福克兰群岛上却都看不到（而只能看到美洲兀鹰）。所有这些独特的分布群使达尔文很感兴趣，也许他为了阐明这些事实，就不得不对整个鸟类的总起源加以推测。
当地农村居民，甚至连大庄园主和拥有几千头牲畜的牧主，所表现出的愚昧无知使达尔文感到吃惊。他们对达尔文能用使他们感兴趣的罗盘来确定方向感到惊异，因为在单调的草原上能不迷失方向是具有很大意义的。他们向达尔文提出各种问题：是地球还是太阳在运动；往南去更暖和些还是更冷些；他们分不清英国、伦敦和美国，或以为英国、伦敦和美国是一个地方，或说英国是伦敦的一个大城市；他们对船上的人每天洗脸一事也感到惊奇……
六月，达尔文一次就收到许多家书。凯瑟琳是二月八日给他写的信，苏桑娜是三月三日给他写的信，卡罗莉娜和父亲也写了附言。达尔文高兴得几乎哭了。看来父亲的附言对于他来说是更加珍贵的，他大概总觉得自己前来旅行是违背了父亲的愿望的。他把系统记的并证明他在旅行期间时光过得多么有益的详细日记寄到家里。他在五月二十二日至六月从马尔多纳多写给苏桑娜的回信中，述说了他在旅行中所收到的某些成果及今后的计划。可以看出，这几行字是写给父亲的；他尽力设法要阐明关于博物学家工作重要性的思想，并表明乔赛亚·韦季武德舅舅劝说达尔文医生准许儿子去旅行是正确的。他写信告诉姐姐说：“我满有把握地认为，在这次航行中所花的时间，如果说用在其它一切方面都是浪费的话，那么对博物学来说将会是卓有成效的，而且在我看来，为了丰富总的科学宝库，我们所能做到的那么一点事情，就会同任何其它目标一样，也是值得重视的人生的目的。这些想法所产生的结果连同对未来的美好展望——在我们过了麦哲伦海峡后，我们面前就会呈现出一个美丽如画的世界——要比目前的愉快感更能促使我下定快心把这次航行继续下去。想一想安第斯山脉、瓜亚基尔的茂盛的森林、南海中的岛屿以及新南威尔士吧！我们将要看到的壮丽而富有特色的风景是多么多啊！奇异的部落是多么多啊！对于地质学和无穷的生物研究来说，这是一些多么好的机会啊！这种展望难道不可以重振最颓丧的精神么？如果我错过这个机会。我想我在坟墓中也不会得到安息的。我的确会变成一个幽灵并且出没于‘英国博物馆’之中……”
在给苏桑娜的这封信中，有几行字专门论述了黑人奴隶制度。查理写道：“如果英国将是完全废除奴隶制度的第一个欧洲国家的话，那么对她来说，这是多么值得骄傲啊！在我离开英国以前，有人曾对我这样说，在奴隶制国家住过以后，我的全部观点就会发生改变；但我所觉察到的唯一改变就是：我学会了对黑人的性格作出更高的评价。看到一个黑人而不对他发生亲切感是不可能的；他们有着那样充满着愉快、坦率、诚实的表情和那种肌肉健壮、富有优美感的体格”。他在从马尔多纳多给友人赫伯特的信中表示希望“诚实的辉格党党员”能攻击“我们著名的自由上面的那个巨大污点——殖民地的奴隶制度”。
达尔文在六月末携带自己全部小野兽，又搬到“贝格尔”号上来住，开始整理自己从马尔多纳多四郊获得的宝物，并对此作了简要的说明。他特别高兴地得知，菲茨·罗伊打算在即将来临的夏季（在南半球相当于我们冬季的几个月）绕过合恩角，转向美洲西海岸去工作。七月八日，“贝格尔”号终于起锚扬帆自马尔多纳多启航。不过想把舰长在福克兰群岛购买的纵帆船装备起来还需要很多时间。“贝格尔”号完成了装备工作，并把书信以及仔细包装好的达尔文的搜集物交付邮船后，于七月二十四日在闪电中向南沿着至里奥内格罗的航线驶去。在那里，“贝格尔”号已在八月初终于遇见了斯托克斯进行测量所乘坐的那只小纵帆船；达尔文同他一起度过了一个有趣的夜晚，交换了自己的感想，听他讲述了关于乘坐这种在公海上曾不止一次地经受住了暴风雨袭击的小船如何进行工作的困难情况。
里奥内格罗河口当时位于南美洲东海岸的最南部，居住的都是白人；里奥内格罗河口屡遭印第安人（阿拉乌康族人）的侵犯。达尔文在这里见到几处被印第安人所破坏的牧场，听到了关于击退印第安人进攻的故事。巴塔哥尼斯市座落在通往大海的里奥内格罗河口不太远的地方，这里的居民除了西班牙人以外，还有和平的印第安人。
达尔文考察了海岸的地质情况，对一些看来是从遥远的安第斯山脉冲到这里的巨砾感到惊奇，参观了可以采取大量优质纯盐（居民生活日用品）的盐湖，观赏了湖上的火烈鸟，考察了盐湖里的淤泥并看到了盐湖上的富裕居民。达尔文在这里，即在里奥内格罗附近，从高楚人那里听说有一种鸵鸟新种代替了普通南美鸵鸟。
后来取名为达尔文鸵鸟的这种新种，个子较小，两腿较短，腿上长着比较短的羽毛，全身羽毛颜色较深。
达尔文决定开始从里奥内格罗向北旅行到布兰卡港，可是后来却到达布宜诺斯艾利斯。沿途都是覆盖着枯萎的黄草丛和多刺灌木的凄凉荒野。这里唯一的一棵罕见的树被印第安人看作是神坛，树上挂满了吊挂在线上的祭品：香烟、面包、一块块布和肉，树周围都是用来作为祭品的那些已经发白的马骨头。高楚人捉住了一头迷途的母牛，然起了火，在平原上做了一顿晚餐，然后宿营。达尔文在日记中写道：“这是我在野外露宿的第一夜，用马具充当自己的卧铺……。平原上一片死寂，猎狗，那些象吉普赛人一样躺在篝火旁睡觉的典型高楚人，——这一切都深深印在我的脑海里……”
达尔文在途中间或碰见野生美洲驼——羊驼或鹿，也经常碰到接连不断地在草原上迅速跳跃的当地啮齿目刺鼠。由于逐渐靠近科罗拉多河，荒漠开始换成绿色草原，而蜿蜒的河流的两岸长满了柳树和芦苇。
达尔文驰过了一个沙丘地带（可能是科罗拉多河的旧河床），在驿站稍事休息又继续前进了。达尔文由于在布兰卡港呆了一段时间，所以深信，印第安人只是以残暴行为来回答西班牙人屠杀印第安人各部落的残暴行为。
在离布兰卡港不远，达尔文最喜欢的地方就是彭塔阿尔塔，但他又没有想到要出发到这个地方去。他现在与“贝格尔”号失去了联系，当然，他等到了“贝格尔”号的到来。
“贝格尔”号于八月二十四日到达布兰卡港，过了一星期，它又向拉普拉塔驶去。达尔文则留下来，以便继续前进，走旱路到布宜诺斯艾种斯去。不过他还是用了一些时间在彭塔阿尔塔收集化石。他在约有一点五平方公里的地方继续勘察，所以，在这里挖掘出的化石搜集物大大增多，他在这里至少挖掘出了不下五种贫齿类即巨大的树懒科化石：大懒兽、磨齿兽、臀兽、巨树懒等。正如古生物学家奥温后来在整理他的搜集物后所判明的那样，这些大小同大象或犀牛一样的动物，未必能象现代树懒科一样爬上树去，但它们能用后肢站立起来，能靠象三角架一样的一对粗厚的脚踵和一个大尾巴的支撑抱住树，把树垂倒在地，然后再去吃树上的叶子。他在这里发现了一只披有骨质甲片的大犰狳的遗骸。同现代南美洲犰狳一比，这就算是真正的庞然大物了。达尔文与向导在从海岸返回布兰卡港的途中，抓住了一只犰狳，并把它连甲烤熟，但它太小了，连两个人都不够吃。
这些发现使达尔文发生兴趣不是没有原因的。使他感到惊异的是，恰恰是在南美洲这个现在依然生存有树懒科和犰狳的地方（尽管它们现在的体形已经很小了），找到了树懒科和犰狳的化石。对此应该补充说，在这里挖掘出的贝壳，一部分是现代贝壳的样子，另一部分则接近于现代贝壳的样子。而根据所挖掘出的臀兽骸骨来判断，这些遣骸还是新鲜的，并且在和许多贝壳一起沉积到砾石里面去的时候，还被韧带连系着。因此，应该认为，这些遗骸是属于很晚的第三纪期的。
达尔文在给汉斯罗寄去一箱化石时，特别注意把这些搜集物依次编上号，并加以完善保存。他后来给汉斯罗写道：“我被您把所有的骸骨都清除干净这句话弄得惊惶不安，因为害怕把印在遗骸上的编号弄掉了。为什么我这样耽心呢？因为一部分骸骨是从含有现代贝壳的砾石中挖掘出来的，而其它的骸骨是在完全另外一些地层中挖掘出来的。刺鼠的骸骨也是与现代形状的贝壳在一起的，我认为，这是一种只有美洲所特有的动物，而且我也有兴趣来证明，该属性物种之一在大懒兽时期就有；这些地点和其他许多地点都取决于细心地把编号保存好”。
无庸置疑，这些化石由于与研究物种起源问题有关系，所以当时就已使达尔文感兴趣。古生物学的各种发现，说明对物种的可变性很有利，所以不得不对赖尔关于有机世界论断的正确性产生特别怀疑。
此外，达尔文又开始指出证明拉马克想法是正确的所有事实，拉马克的想法是：在更加深入研究和认识物种的新的形态之后，各动物类群和物种之间的许多空白点常常被填补。关于箭齿兽化石，他后来说：“从它的身体大小来看，它有象那样大；从它的牙齿构造来看，它和啮齿目动物是亲缘；从某些特征来看，它又和厚皮类动物相类似；根据它的眼睛、耳朵和鼻孔的部位来判断，它大概是水生动物，其部位和儒艮或海牛一样”。因此，有那么多目的动物的特征兼容于该动物的身上。他连忙指出说，在沙漠里最常见的诺丘鸟，按其习性和外貌来说象田鹬和鹌鹑①。当这种鸟紧贴地面蹲伏着时，就很难从它周围的地面背景上辩认出它来。我早就指出过，他觉得连尾上有一个与响尾蛇发音器相似的装置的毒蛇也是一种过渡形态。他开始注意到了一些彼此相似的物种，例如，他注意到了在拉普拉塔常见的灶巢鸟，它的颜色、叫声和跳跃式的奔跑，与在布兰卡港见到的同一属的另一种鸟都很相似，但体形稍小一点。它们的不同之处仅在于前者用泥巴和干草在高处筑起外形象炉灶或蜂窝一样的巢，而后者则是把巢筑在通入地下六米之深的筒形洞穴的底部。
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①现在人们认为诺丘鸟（象田鹬一样）属于行鸟形目，但决不认为它（象鹌鹑一样）属于鹑鸡目。
达尔文在这里认识了三种现代犰狳。而第四种他只是在布兰卡港以北的地方才碰见过。这三种中的每一种都要比其它种分布在南方更远的地方。因此，他在从北到南和从南到北的往来旅途中，发现哺乳动物和鸟类，无论是灶巢鸟，还是鸵鸟或犰狳，它们相似的形态都是互相更替出现的。而有关这些近似物种的总起源的想法一定不止一次地在查理的脑海中隐约出现过。不过这些事实都是分散的、零星的，所以，即使这种想法在他脑海中浮现过，但却丝毫没有在他的《航海日记》中反映出来。
当然，达尔文必定注意到了各种动物都长有不同类型的保护生命的东西。所以，被当地居民称作“美达柯”的三绊犰狳的披甲片，分成三条能使身体弯曲的绊带，一旦遇到危险它就象刺猬一样蜷缩成一团，任何一条猎狗都不能用嘴把它那光滑的披甲衔住，只能使它象球一样在地上滚动。另一种犰狳即“小犰狳”，一旦遇到危险就非常迅速地钻进土里，要捕捉住一只小犰狳，就必须在一瞧见它时就马上跳下马背，否则它就会马上钻到松软的土里。他还碰见过蜥蜴，这种蜥蜴栖息在接近海岸的沙滩上，它身上有各种颜色的斑点，这是一种极好的保护色，使它在沙滩上也不易被发现。为了使自己不被发现，它就紧贴在沙面上装死。假使在这种情况下还会受到惊扰的话，那么它就采取小犰狳的办法：非常迅速地钻进沙里。
冬眠也是动物忍受一年中最困难的几个月一种独特的适应方法，所以达尔文指出，在布兰卡港地区，也就是在气候比靠近拉普拉塔的马尔多纳多略微寒冷的地区，冬眠状态是在温度比马尔多纳多低的情况下结束的。
九月八日，达尔文在一名高楚人向导的陪伴下离开了布兰卡港。一开始就不得不沿着荒凉的平原走。不过引起达尔文注意的是文塔那山脉，这是一群高一千米左右、从几乎全是平坦的平原上兀起的未曾勘查过的僻静的山崖。登上文塔那山脉后，他很累而且兴致也不高。接着他们从一个驿站走到另一个驿站，有时碰见安分守已的印第安人，有时同一小队猎捕鸵鸟、鹬鸵鸟、鹿、犰狳、美洲狮及其它野兽和鸟类的罗萨斯的士兵同行。旅途中有一个印象特别使达尔文感到惊讶。
在他们到达塔巴尔康山脉的山麓那天的前夜，在山麓下不大的一块地方上降下了一阵冰雹。冰雹有小苹果那样大。士兵们一下子就找到了被冰雹打死的二十头鹿。十五只鸵鸟。达尔文也看到了刚刚扒下来的鹿皮。冰雹还打死了许多小鸟、野鸭、鹞和雷鸟。
在接近萨拉多河彼岸的布宜诺斯艾利斯时，达尔文走进了铺满碧绿如毯的良草的地方。人们向他解释说，这种草总是生长在放牧家畜的地方，因为家畜以它们的粪便来加肥土地。瓜尔基亚位于德尔蒙特这个优美的小城镇附近，可以观察到河沟边沿上分布着大量的归化的欧洲植物，例如茴香。不过与朝鲜蓟相似的西班牙蓟在南美洲繁殖得特别多。从萨拉多河起，当地植物在某些地方就完全取代了西班牙蓟灌木丛。因此，达尔文看到了赖尔在他的《地质学原理》第二卷中所说的“人类在扩展某些植物的地界线方面是最主要的活动者”这句话的具体的证明。
九月十二日，达尔文又来到了布宜诺斯艾利斯。一星期后，他开始沿着巴拉那河到圣菲镇去进行一次新的旅行。他不得不在被淫雨完全冲毁的恶劣道路上行走。在这里，在这些草原上，鼫是主要的啮齿动物，它与住在它的洞里的小猫头鹰是形影不离的伴侣。鼫通常总是把各种各样的东西拖到洞口，人们认为它这样做也许是为了在单调的草原中好辩认自己的穴洞。鼫往南只分布到里奥内格罗，因为这种啮齿目动物比刺鼠更需要丰富的植物，在粘土或沙土中挖掘洞穴。但是在土壤和植物与布宜诺斯艾利斯的土壤和植物差别很少的马尔多纳多四郊，却根本看不到鼫，因为乌拉圭河是鼫分布的终止线。在巴拉那河与乌拉圭河两河之间的地带，能经常碰见鼫，可是在乌拉圭河以东就完全没有了。所以在这种个别情况下，动物种类是为一定的环境、一定的地点而产生的看法是不正确的，因为乌拉圭河以东的条件对鼫至少要比其它地方有利。这一情况之所以使达尔文觉得很有意义，还因为他看到了限制物种散布的障碍所起的作用。不过，后来大概当他考察巴拉那河西岸地区时也会想起这些结论的。
沿途他常碰见茂密的大飞帘丛林，可是这些大飞帘还没有长到能把骑马者掩藏起来的高度，而且要想穿过大飞帘丛林，只有走过去人们踩出的小径。当地强盗曾利用这些丛林来袭击走在这些秘密小道上的旅行者。所以，对达尔文提的“这里强盗是否很多”的问题，人们给予奇怪的回答：“飞帘还没有长高”。
达尔文有时从桥上，有时搭乘大桶做成的渡船，渡过了几条小河，即巴拉那河的支流，并在去圣尼科拉斯途中的第三天，初次看到了壮观的巴拉那河及其浑浊的河水。他在提尔西罗河一带找到了一些分散的骨骼和一些巨大的箭齿象牙齿化石。船工们早就发现了这些突出地面的骨骼，但由于不会解释这种现象，就作出结论说，箭齿象是一个跟鼫一样的穴居大型野兽。从科伦达到圣菲的路上全是穿过森林。一些遭到洗劫并被毁成瓦砾和抛弃的房屋，一具吊在树上的印第安人的干尸表明，最后这段路是不安全的。达尔文于十月二日来到圣菲。他马上就感觉到这里的气候比较暖和，长满着观赏树叶的商陆树在这里明显地高于一般，出现一些仙人掌和其它植物的新品种。能碰见不少新鸟类，而且这一带地方总的特征也还是那样。在炎热的天气里，土壤都非常灼热，一缕缕暖空气袅袅上升，而蜘蛛分泌出蛛网之后，就被这些正在上升的气流托起：可以看到许多附着蜘蛛的蛛网正在飘飞。
由于头痛，达尔文在圣菲躺了两天（当地治疗方法是在两个太阳穴上各贴上一片橙树叶或一半豆瓣），随后渡过巴拉那河到东岸的圣菲巴雅达，在那里逗留了五天，研究了该地区的地质情况。他深信，在不久以前，这里是一个半淡水的海湾，河水把动物尸体冲积到这里来，换句话说，就是南美洲东岸曾经受了一次剧烈的上升。他在动物遗骸中发现了一个巨大犰狳化石甲壳，箭齿象和柱齿象的牙齿，还有一颗马牙，后来奥温认为这种马是早在欧洲马运入美洲以前就已在美洲绝种的特种马。在这次旅行中，达尔文曾听到许多关于动物在一八二七——一八三○年间的大旱时期大批死亡的叙述。这就使他能够懂得，为什么他有时一下子就挖掘出这么多的被埋葬在一块的动物。人们告诉他说，在布宜诺斯艾利斯省的北部和圣菲省的南部，所有的植物在大旱时期都旱死了，所有的河流都干涸了。鹿都聚集在院子里的水井边找水喝；鹧鸪也已渴得几乎无力飞走。死了约有一百万头牛。几千头牛冲向巴拉那河，陷在巴拉那河的沼泽地里，在那条流经圣佩得罗的河流的支流里，积满了腐烂的兽尸。接着就是洪水泛滥，沙滩和淤泥上覆满了动物骨骼。达尔文听了这些叙述后想道：“人们并不认为这是由于大洪水的作用所造成的”。
十月十二日，头痛病又犯了，达尔文决定用最放心的办法，即搭乘一只小单桅船返回布宜诺斯艾利斯。他们路过了树木众多的群岛，这里有许多水豚和以食水豚为生的猛兽美洲豹。过去人们在旅途中谈论的话题是“印第安人的踪迹”，而现在人们谈论的话题是“老虎（即美洲豹）的踪迹”。这种动物在这里特别多，它们经常在树林里袭击马、牛和人，特别是樵夫。有人说，在圣菲有一只美洲豹钻进了教堂，咬死了二名到那里去的牧师。人们不得不从上面拆掉一个墙角，从那里开枪把这只美洲豹打死。美洲豹经常用爪子从树干上一块块把树皮揭下来（当地居民认为，它们是在把爪子磨利），而达尔文也看到了美洲豹在这里呆过的这些踪迹。
达尔文在这里看到了一种与燕鸥相似的鸟，叫作剪嘴鸟。它长着一个窄条形的嘴，下半片嘴比上半片嘴长得多。达尔文看到剪嘴鸟如何用下半片嘴贴着水面迅速地飞来飞去，灵活地把它的嘴所碰到的小鱼从水中叼出来。
只是在十月二十日，他才到达巴拉那河的河口，并离船上岸，因为他怕“贝格尔”号开过去。
达尔文由于在布宜诺斯艾利斯市没有等着“贝格尔”号，在那里呆了两个星期后，就搭乘开往蒙得维的亚的邮船。十一月四日，他在蒙得维的亚找到了“贝格尔”号，该舰为了画完所有的海岸图（海岸图的资料是由一些小纵帆船收集来的），把起航日期拖延到了12月初，所以达尔文再次登岸，决定再深入到当时叫作班达奥利恩塔耳、现在叫作乌拉圭（用注入拉普拉塔河的一条大河的名字而命名）的国家去旅行一次。他这次旅行用了两个星期，即从十一月十四日到十八日。他预定要去的一个地点就是位于蒙得维的亚以西的科洛尼亚·德尔·萨克拉明托城，而他也打算从那里沿乌拉圭河上流到乌拉圭河东支流的里奥内格罗河（这是同一名字的另一条河）沿岸的小村落梅塞德斯去，然后从那里径直返回到蒙得的亚。
刚一上路，他就不得不乘小船多次渡过流入拉普拉塔河的河水横溢的河流。使他感到惊奇的是，完全不习惯于游泳的马却很容易地游过了一些达五百米之宽的河流。由于最后几次在陆地旅行时所见到的平原都是极为平坦的，所以现在他看到的地方就呈现出高低不平的丘陵状。许多小溪和碧绿繁茂的草原使风景更增添了诗意。达尔文于第三天到达了科洛尼亚·德尔·萨克位明托。该城在乌拉圭为争取自身独立而同巴西作战期间受到了极为严重的破坏，变成了一片废墟。此外，这里曾经发生过大雷雨，毁掉了一些建筑物。在附近的畜牧场里，达尔文感到惊奇的是一种样子象狮子狗的本地牛“尼阿塔”。达尔文指出，属于这种奇特品种的动物只能食取长得很高的草类，所以在大旱期间，它们由于上唇短而不能食取长得很矮的草类，就轻易地死掉了。
达尔文在走到清澈的河水迅速驶向南去的壮丽的乌拉圭河岸时，便往北拐去。他在畜牧场里到处都可以遇见热情好客、彬彬有礼、但又愚昧无知得使他吃惊（例如他们不相信地球是球形的）的高楚农民。他不得不骑马穿过一望无际的、常常高过骑马者头顶的飞帘丛和有马背那么高的西班牙蓟丛。因为牲畜很容易在飞帘丛中丢失，所以这里特别好的畜牧场都密密地座落在没有飞帘的低湿河谷的地方。达尔文终于到了乌拉圭河的支流里奥内格罗河。从山上一眼望去，这条河流的风景美丽如画。它又宽又深，水流湍急，从悬崖峭壁的山麓绕行过去，在它拐弯处的外面有一条森林带，而在地平线的远处都是绿茵茵的草原。
达尔文在从梅塞德斯返回的途中，又偶然发现了一些古生物残骸：在这里他也挖掘出一部分磨齿兽的头骨、箭齿兽的头骨和几片大犰狳的甲壳。一些地方的名称——兽河和巨兽山也表明，整个国家都是这些绝灭动物的坟墓。
达尔文回到蒙得维的亚，一个星期后搬到“贝格尔”号，“贝格尔”号上完水并曳拖上从洛乌那里买来的“埃德文切尔”号纵帆船，于十二月七日往南朝巴塔哥尼亚方向驶去。
如果不把一望无际的无数群白蝴蝶向“贝格尔”号铺天盖地飞袭而来（因此，水手们说是“下了一场蝴蝶雪”）这件事算在内的话，那么可以说，这次航行是一帆风顺的，没有发生过特殊事件。在离哥连德角不远的地方，被达尔文撒到海里的一张小网捞取了计多在海中浮游的活甲虫，其中一部分是淡水栖甲虫，一部分是陆栖甲虫。达尔文把这种现象解释为，有一条来自淡水湖的小河在离哥连德角不远的地方流进海里。
十二月二十日，“贝格尔”号和“埃德文切尔”号驶进了希望港口，于是在达尔文面前展现出一片真正的荒漠，在荒漠的斑岩块体的上面展现出一片辽阔的平原，混杂有淡白色泥土的圆形砾石，长在棕袍色粗硬的草的寥寥无几的地块，多刺的灌木丛覆盖在它的上面。食物、植物和动物奇缺是该荒漠的主要特征。西班牙人当时想在这里定居下来的一切打算，都因遭到印第安人的反抗和自然界的“不好客”而落了空。从一些地方名字如“饥饿港”就已表明这一点。然而达尔文十月二十四日在这里的无数羊驼中还是射到了一只。这只羊驼除了内脏以外。净重七十七公斤。达尔文在《航海日记》中写道：“所以，我们就有了供大家过圣诞节用的鲜肉了。”
就这样，在“贝格尔”号上的旅行生活又过去一年。达尔文已茁壮成长为一个博物学家和旅行家，物种起源问题也就愈来愈广泛地在他面前展开了。恰恰在南美洲，有如此之多的贫齿目化石的发现，许多邻近物种的地理分布，对于动物的绝灭、动物的适应、动植物的相互斗争的观察，所有这一切都在为怀疑赖尔对物种所持的观点的正确性提供根据。达尔文在这一年仍继续研究南美洲的地质情况。他的研究工作经常是在困难的环境中进行的，要有十分耐心、孜孜不倦和坚韧不拔的精神，要有作出正确判断的卓越才能，要有善于博得当地居民信任的本领。如果说他在青年时代作为一个采集家、收藏家和猎人就已初步表现出了这些品质的话，那么现在他已锻炼成为一个善于思考、善于给自己提出问题、并且设法解决这样或那样问题的博物学家了。
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