在讨论过程中，大多数同志的意见认为：第一条路比较长，比较曲折，究竟怎么搞，也很难具体设想；而第二条路则比较短，也比较直，不仅有世界先进科学成就可资借鉴，而且可以争取当时对我们友好的国家给以帮助。所以，经过讨论，大家同意了第二条道路。认为这是追赶世界科学先进水平的符合多快好省精神的正确方针。
关于规划的原则，各方面的意见分歧也比较大，主要是两种意见，一种是按任务来规划，另一种是按学科来规划。按任务规划，就是根据国民经济和国防建设对于科学技术所提出的任务来进行规划，目标方向明确，可以密切配合国民经济和国防的发展。按学科规划，也有它的长处，科学家可以很容易按照自己学科的专长和已有的科研机构进行规划。
但在我国当时的条件下，这个办法会出现两大缺点：一是大多数科学家还不系统了解国家对于科学技术的需要，因此，这样的规划，不能使理论和实际很好地结合，也可能得到一批单项的科研成果，但综合起来却解决不了经济和国防建设中需要解决的科学技术问题；二是中国科学现状很不平衡，重要的缺门和薄弱环节很多，如果有什么科学家、有什么机构就规划什么学科，结果许多缺门和薄弱环节就不可能得到填补和加强。当然我们也指出，以任务带学科是我国科学规划的基本原则，但也不排除一些探索性、理论性的课题可以按学科和已有的研究机构来规划。事实上，当时中国科学院的不少课题就是按学科来规划的。
经过充分讨论，最后确定了接任务带学科作为这次规划的基本原则。但这样就引起一部分科学家的思想波动，以为我们轻视理论了，后来经周恩来同志指示，加了一章“现代自然科学中若干基本理论问题的研究”，对基础学科的研究工作作了比较恰当的安排，并且把它列为重点之一，这才使这场争论平静下来。
经过大家认真负责的讨论，制定规划的方针、原则就这样确定下来了。
制定这样一个规划，是一项非常艰巨、非常细致的工作，如果没有一个好的办法和步骤，就会事倍功半。为此，大家花费了不少精力。最后比较一致的意见是，先由中国科学院、各高等院校、产业部门和国防部门分别制定出各自的规划，然后交国务院汇总，由集中起来的一批专家，对各部门的规划初稿进行审查综合和汇编。当时集中了六百多名国内各方面的科学家和技术人员，住在北京专门进行这项工作，前后搞了四五个月。他们真可以说是做到了废寝忘食的程度，大家吃在一起，住在一起，谈论的都是怎样使国家进步强盛起来。回忆起当时的气氛，至今仍然令人振奋。
另外，我们也邀请了一些苏联专家当顾问，帮助拟订和审议规划。首先来的是十个人的科学家小组。他们走后，经常同我打交道的是苏联专家组负责人马里采夫和拉扎连柯。当时到中国来的专家，还是热情认真的，在制定规划过程中，他们付出了辛勤的劳动。
制定这样一个全国性的长远科学规划，核心的问题是怎样引导我国的科学技术更快地赶上世界先进水平。所以，我们一方面要了解当时国际上科学技术发展的现状和趋势，另一方面又要考虑到本国的实际能力和可能。否则每个学科就无从制定他们的研究方向，各产业部门也无从确定他们的基本技术政策。
根据周恩来同志确定的总的指导思想，又经过周密的调查研究，我们对规划的内容确定了这么几个重要方面：
一、必须建立世界上已有的，又为我国国民经济和国防所必需的尖端学科，如喷气技术、计算技术、原子能和无线电电子技术等。
二、基于我国的特点，需要进行综合性研究的大问题，如长江、黄河的综合治理、综合开发等。
三、在国民经济建设方面和科学技术发展方面急需研究的关键问题，如农业、冶金、能源开发等。
四、各业务部门在当前和不久的将来在实际生产中和基本建设中需要解决的较大的科学技术问题。
除此而外，我们还制定了培养科学技术人才和设置科学机构的规划。对我国科技发展的进度，科学机构的布局和分工配合等一系列问题也进行了研究。
就这样，经过六百多名科学家、技术人员和一些苏联专家约半年的讨论，我们终于制定了这部《一九五六——一九六七年科学技术发展远景规划纲要（草案）》。在规划中，我们提出国家建设所需要的重要科学技术研究任务共五十七项，研究课题六百多个，整个规划连同它的附件，共六百多万字。其中重点任务是十二项，即：（一）原子能和平利用；（二）喷气技术；（三）电子学方面的半导体、计算机、遥控技术；（四）生产自动化和精密机械、仪器仪表；（五）石油等重要资源的勘探；（六）建立我国自己的合金系统和新冶炼技术；（七）重要资源的综合利用；（八）新型动力机械和大型机械；（九）长江、黄河的综合开发；（十）农业的机械化、电气化和化学肥料；（十一）几种主要疾病的防治；（十二）若干重要基本理论的研究。军工方面，由航空工业委员会、总参装备计划部、国防工业部的同志参加，共同拟定了武器装备发展规划，作为十二年科学规划的组成部分。
当时确定的初步目标有：在利用民用科研成果的基础上，准备开展地对空、空对空等各种防御性战术导弹和火箭的研究；原子能作为军用动力堆的研究；电子学方面进行提高雷达探测距离，武器装备自动化和通信装备小型化等的研究；喷气飞机提高速度、高度和其它性能的研究；潜艇、快艇等各型舰艇提高速度、续航力和装备系统自动控制的研究；坦克、火炮等进行减轻重量、改善越野性能和自行火炮的研究；军事医学科学方面进行防原子、防化学、防生物武器的研究。当然，限于当时的水平，这些项目一般只是提出了奋斗目标，各种要求和采取的措施，大多不是很具体的。张爱萍同志当时作为主管装备计划的副总长，参与了制定武器发展规划的领导工作。
规划中还有一部分国际科技合作的项目，象派留学生、研究生和研究人员出国学习、实习、考察，请一些外国科学家来华讲学、提供咨询意见，与苏联、东欧国家建立科学联系和共同进行某些研究项目等。当时主要是与苏联合作，为此，一九五七年十一月我国派出以郭沫若同志为首，有若干著名科学技术专家参加的中国科学技术代表团到苏联访问，确定了一百二十二个科技合作项目。
对规划纲要所规定的方针和重点，科学家们也进行了热烈地争论。例如，关于科学发展的方针问题，一部分专家不同意“纲要”所提出的“重点发展，迎头赶上”的方针，他们认为应该改为“重点发展，推动全面，加强基础，迎头赶上”。但当时大多数同志认为这种提法势必模糊重点，也会影响“迎头赶上”，还是以“纲要”中的提法为好。中央领导同志也觉得这样提法可能较为恰当，所以最后没有修改。
另一个争论的问题是规划的“重点”问题，有的同志不同意将“几种主要疾病的防治和消灭”与“自然科学中若干重要的基本理论问题”这两项列入重点。我说：“有几种疾病，如血吸虫病，严重地危害着几千万人民的生命与健康，不是件小事，应该是科学研究的一个重点问题。如果我们的医学科学不把解除亿万人民的病痛列为重点，那么我们的科学规划怎么能谈得上是造福人民的规划呢？”大多数同志同意这种意见。对于重要的基本理论研究列为重点，大多数科学家是同意的，只有少数同志不赞成，经过讨论，还是统一了意见。
还有尖端与基础的问题。有的科学家认为我们缺少搞尖端的科学家，也不具备条件，当时还是应该打基础，过一段时间再考虑安排尖端技术的科研工作。这种提法不符合“迎头赶上”的精神，同时尖端与基础也不应该对立起来。但为防止忽视基础的倾向，专门补充制定了一个“基础科学研究规划”，以加强对数学、物理学、化学、天文学、生物学、地学等学科的研究。后来的事实证明，这样处理还是适当的，对理论科学与应用科学、尖端和基础的发展都起了良好作用。
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