后来，贺龙在一次全国性的会议上进一步指出：在军队建设的系列工作中，重点要放在基层、放在连队。连队是军队战斗力的基础，是战斗中的尖刀，任何高明的战略战术，任何优良的武器装备，都要通过连队在战场上应用，才能发挥作用。所以同机关建设比较起来，连队建设更为重要。领导机关的工作，要为连队服务。把连队建设好，这是军队建设中最普遍、最大量、最起作用的事情。连队基础打好了，就能经得起任何考验，在战时就一定能过硬。
对于军队各级领导机关的建设，贺龙认为：领导机关“是军队行动的指南”。如果领导机关搞不好，“就要打瞎仗、走瞎路，无指针可依。”因此，也要认真抓好，这是军队建设的另一头。他多次主持军委常委会议研究军兵种和大军区领导班子的配备，亲自到一些军兵种、大军区机关视察，抓思想和作风建设。
贺龙从1962年12月起，就按当时军委分工亲自抓了海军机关的建设。他找海军主要领导人和海军党委的一些常委谈话，了解情况，听取意见。在调查研究的基础上，1963年1月中旬，他主持军委常委会议，专门研究海军存在的问题和解决办法。贺龙在会上对海军领导班子出现的不团结问题，特别是对李作鹏等人打击贬低别人、标榜抬高自己的恶劣行为，作了严肃的批评。刘伯承、徐向前对海军的建设也谈了许多重要意见。会后，军委就海军问题向中共中央、毛泽东写了报告。毛泽东对此作了重要指示。
海军根据军委指示，召开党委扩大会议，通过批评和自我批评，检查海军贯彻军委扩大会议决定的情况，肯定成绩，总结经验教训，使海军的工作在1963年有了明显的转变。
1964年3至6月，贺龙多次对海军司令员肖劲光、政委苏振华等表示他对海军的进步深感欣慰。贺龙指出：海军过去工作中之所以出现一些问题，主要是对军委指示没有认真贯彻，过分强调海军特殊。你们海军有特点，其他军兵种也有自己的特点，特点并不是海军特有的。最根本的、共同的是要学好毛泽东思想，坚决地、具体地贯彻军委指示。要使中央、毛主席、军委的指示结合实际具体落实，而不是借口特殊，不认真执行上级指示。针对海军机关的实际情况，贺龙要求：“首先要把班子搞好。领导机关要解决的问题很多，要抓住关键。关键就是要把班子配好，搞好党委团结，这在什么时候都是第一条。大庆油田为什么工作好，就是班子强，团结好。要搞好党委团结，一是要实行民主集中制，自觉地搞好团结，搞好集体领导。但团结是有原则的，在原则问题上不能让步，非原则问题应相互谅解。这一点很重要，要向大家讲清楚；二是要把批评和自我批评开展起来。这个问题，正、副司令员，正、副政治委员都有责任。政治机关是党的机关，要敢于坚持真理，敢于明辨是非，敢于起来斗争。要把正气扶起来，把邪气压下去。有的人‘老虎屁股摸不得’，一‘摸’就不高兴。我是主张‘摸’的。党章规定，党员有权利在党的会议上批评党的任何组织和任何工作人员，对中央委员也可以批评。过去海军批评和自我批评开展得不够，现在要很好地开展起来。对过去批评和处分错了的，领导上应当很好地进行自我批评，向他们道歉，把问题谈清楚，把这些同志的积极性调动起来，大家团结一致，同心协力，把工作搞好。”
贺龙还向肖劲光、苏振华提出，你们应该下去，蹲到舰上去、岛上去，到连里、班里呆一呆。好好把情况摸一摸。下去不能搞官僚主义，要了解问题，解决问题。下去一趟，怎么都要搞点东西出来，对下面有点帮助。海军机关要为基层服务。要把机关搞精干一点，有些领导干部身体不好，不能做工作的就离职休养，挑选一些年轻力壮的优秀干部上来工作。不是要搞接班人吗？我们要搞子孙万代么！舰队、舰艇和院校也都应该是这样。
9月中旬，贺龙在听取副总参谋长张宗逊汇报时，再次指示要抓好领导机关的建设。他说：首长对司令部要很好地抓，使司令部成为能干的司令部，成为自己的得力助手。司令部要战斗化，做到一声令下立即出动。根据东南沿海战备行动的经验，司令部组织上一定要精干，政治上一定要强，业务上一定要精通。不能成为官僚机构，浮在上面。
在这一年中，贺龙在视察广州军区、空军、工程兵时也都一再强调抓好“两头”的重大意义。“抓两头”，是贺龙在担任中共中央军委副主席期间一直努力贯彻的一个重要思想。
贺龙一向注重干部的培养。他认为军队是人和装备的有机组合，而在“人”的方面，主要的又是干部。因而，他在主持中共中央军委日常工作期间，对干部培养、军队院校建设，投入了很多精力。
1964年3月27日，他在听取张宗逊汇报时说：要很好抓高等军事学院和军事学院的工作，这两所学院办得好不好，培养出来的干部好不好，关系重大。学校是基本建设，关系军队的建设、国家的安危只能搞好，不能搞坏。你们应该亲自到那里去住，去听课，细致地摸一下。
9月中旬，贺龙在听取政治学院领导汇报时说：政治学院要研究思想政治工作。毛主席现在一周找政治局同志谈一两次话，就是讲的这方面的内容。你们自己要把毛泽东思想学好、贯彻好。党委一定要在原则的基础上搞好团结。党委要以身作则，言传身教，自己上课教书，给学员讲为人民服务，特别要强调走社会主义道路，解决人生观问题。
10月12日，贺龙主持第四十九次军委常委会，专门研究院校问题。叶剑英汇报了在长沙政治学校召开的院校工作现场会议的情况以及对院校进行整风的意见。贺龙发言说：“办军事院校，必须贯彻以我为主的方针。全军所有院校，包括高等军事学院，都应该贯彻以我为主的方针。以我为主，最根本的是要用毛泽东思想作指导。因为我们的党、我们的军队，都是用毛泽东思想武装起来、建设起来的，毛泽东思想是我们建党建军的根本。”“办学数量，应根据需要，抓住重点。需要培训多少干部，就办多少学校，不十分需要的学校，应当合并、取消一些。对全军几所重点院校，要好好抓，领导要亲自抓，要花一些力量把这些学校搞好。高等军事学院、政治学院更要抓好。”“领导干部要发扬光荣传统，培养好接班人。我们要把我党我军的好传统、好作风，一代一代传下去，就需要培养接班人。但是，要下一代接好班，首先要求我们这一代人交好班，你交班都交不好，人家怎么接好班呢？”
1964年11月22日，在高等军事学院学习的福州军区副政委廖海光和浙江省军区副司令员张秀龙来看贺龙。贺龙热情地接待了他们，亲切地询问他们学习的情况。对他们说：毛泽东思想是系统的东西。学习毛泽东思想，就要学习党的优良传统，发扬党的优良传统。主席不是讲要培养接班人吗？老干部首先要搞好自己，同时要注意培养接班人，苗子要选对选好……
廖海光、张秀龙向学院领导汇报了贺龙的谈话。学院组织大家进行了热烈的讨论，并于30日专门派宣传部的梁唐向贺龙汇报情况。
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