“蔡先生认为‘五四’以来，学界牺牲极大，现在我们提出的要求，基本得到了解决，所以他希望全国的学生尽快地上课，以慰国民之望。我这次来不是代表北京大学校长，仅代表蔡先生个人，为他个人的监印者。蔡先生有三件事托我转告诸位。一是各界代表多次来杭州探望，请代他向各界致谢。二是他已有回校之决心。三是大学的责任，他愿意继续完全担负起来。我今天初来北大，深感校园处处弥漫着蔡先生的精神。也想谈谈对蔡先生那种伟大精神的几点感悟。一是他身上集古代圣贤温、良、恭、俭、让各种美德，具备了中国人最好的精神。二是他重美感，具备了希腊人最好的精神。三是他注重平民意识和平民生活，在蔡先生眼里，似乎个个都是好人，又具备了希伯来最好的精神。然而蔡先生恐怕不会承认我的话，因为他自己是不知不觉的。但是我相信大家一定会赞同我的看法。诸位是深受蔡先生精神感化的北大人，所以你们的这次爱国行动，不但感动了全国，还感动了世界。大家可能会问，蔡先生的这种精神是从哪里来的呢？我以为是从学问中来的。所以蔡先生才会吁请我们，救国不忘读书，读书不忘救国！我和你们一样，都是蔡先生的学生，还希望大家都能听蔡校长的话，尽快地恢复正常的教学秩序。”
蔡元培是9月10日离开杨庄，悄然回京的。他不想惊动北大师生，同行者除了在法国留学归国省亲的儿子蔡无忌外，还有罗家伦等少数几位贴心朋友。他乘坐的火车是9月12日午夜抵达北京的，在站台上迎接的只有女儿蔡威廉和内弟黄世晖。当他望着离别四月，含泪拥抱自己的威廉时，觉得女儿一下子长大了，成熟了，像一株挺拔的小白杨在夜风中婆娑起舞。罗家伦惊羡地盯着这位美丽而圣洁的少女，突然暗生出一丝朦胧的爱慕之情。
蔡元培一回家就发现黄钟玉更加憔悴了，皮肤枯燥，面色蜡黄，也许又是为自己担惊受怕的缘故吧。他的心一阵酸楚，加上旅途的劳累，胃疾又复发了。第二天上午，蒋梦麟、马寅初、胡适等先后上门拜访，议决北大于9月20日正式开学。待来访者散尽，蒋梦麟悄然出示了一份孙中山先生的来函，不解地问：
“学生有一事不明，为何孙先生有些话不对蔡先生明说，而要对学生说呢？”
蔡元培一见孙中山手迹，只觉得心头一阵血涌，脸上顷刻泛出了羞色。
孙先生显然是有点急不可待了。
率领三千子弟，助我革命！
蔡元培深深地叹息了一声，内疚地说：“孙先生恐怕见我老是向军阀政府高喊教育独立和不合作主义，便不好意思明说了。唉！作为一位老同盟会员，我对他的关心和支持确实是太少了！”
蒋梦麟犹豫片刻，又谈了些安福系的动态，原来他们一直没有停止过阻挠他重返北大的行动。先是在夏天，通过胡仁源用金钱收买了少数北大学生，企图推翻北大学生干事会，假借北大全体学生名义，通电“迎胡拒蔡＂。没想到这伙人正躲在法科秘密开会，就被发现了。当场拥来二百多学生包围了会议室，抓住了来不及逃走的五个人，其中一个还是安福国会的职员。在众人的盘问下，他们不但低头伏罪，具悔过结，还将安福系策划丑剧的经过和盘托了出来。这一阴谋败露后，他们又抬出一位被北大开除的教员徐某，在《公言报》上连载题为《息邪》的长文。其中有《陈独秀传》和《蔡元培传》等，攻击陈独秀“少无赖，为乡里所不齿”。丑化蔡元培为“居德五年，竟识字至百余，逋法三载，又识字十余”。后发现在舆论上扳不倒蔡元培，北京的军阀政府又企图出尔反尔，中途换马。一面表示挽留蔡元培，还故意假惺惺地催其北上，另一面又偷偷地想任命蒋观云为北大校长。没想到蒋观云不但坚辞不就，还公开在报纸上登出一则《入山明志》的启事，以表明其气节之高。弄得北洋政府洋相百出，狼狈不堪。
蔡元培这次倒显得很冷静，不但不恼，反而沉下心，坚定了办好北大的信念。他透过自己的去留问题，看到了新旧思潮斗争的继续，看到了究竟要在中国维持一个什么样的大学的问题。看到了自己如能坚守在这里，就等于保住了一个生气勃勃的北京大学，保住了教育改革的成果和新文化运动的阵地。
北京各校师生以最热烈最诚挚的感情欢迎蔡元培的归来。9月20日上午，北大全体学生和全体教职员分别召开了欢迎大会。先由方豪代表全体学生向他致热情洋溢的欢迎词。方豪说：
“当此秋光宜人之际，我们有幸会聚一堂，重睹我校长慈蔼之容涌现于讲座之前，实抱无量之欢欣也。今日我们欢迎先生，乃欢迎国家新文化，国立大学之新纪元，全体学生之新生命。我们将以无穷之欢乐，无限之兴奋，敬祝先生之健康！敬祝北京大学万岁！”
而马叙伦先生代表全体教职员的发言，更让蔡元培热泪盈眶，无限安慰。他说：
“今天我们欢迎蔡校长有两层意思，一是欢迎校长胜利回校，二为欢迎蔡先生这个人。蔡先生学问道德之高尚，世所公认。我们欢迎他，就是欢迎他伟大的精神。我们欢迎他，就是欢迎正义终于战胜了强权和黑暗！”
19
就在蔡元培抵京后的第四天，陈独秀终于出狱了，胡适连忙赶去箭杆胡同看望。几个月的监狱生活，陈独秀明显消瘦了，但个性似乎更加强悍。见他睁大一双小而尖锐的眼睛，笑着嘲讽胡适说：
“别人坐牢，你倒落得在一旁打秋风啊。”
胡适张了张嘴，一时不知所云。见陈独秀举起了手中的《每周评论》，才恍然大悟，两人一齐笑了起来。原来，陈独秀被捕半月后，胡适在《每周评论》上发表了《爱情与痛苦》的随笔。胡适在文章里说：
《每周评论》第二十五号里，我的朋友陈独秀引我的话“爱情的代价是痛苦，爱情的方法是要忍得住痛苦。”他又加上一句评语道：“依我看不但爱情如此，爱国爱公理也都如此。”这句话出版后的第三天，他就被北京军警提去了，现在已有半个多月，他还在警察厅里。我们对他要说的话是：“爱国爱公理的报酬是痛苦，爱国爱公理的条件是要忍得住痛苦。”
陈独秀很喜欢同一期上李辛白的小诗和一篇杂感。庶务主任李辛白也是安徽人，长他四岁。当年陈独秀在芜湖创办岳王会时，李辛白也参加了。李辛白的诗写的很有思想：
依他们的主张，我们小百姓痛苦。
依你的主张，他们痛苦。
他们不愿意痛苦，所以你痛苦。
你痛苦，是替我们痛苦。
陈独秀眼里闪出狡黠的目光，嘲讽地说：“堂堂胡适之，还不如辛白写的好，真不知你是怎样想的？哎！这篇《是谁夺了我们的光明》，怕是守常所为吗？”
胡适笑着点点头说：“他是自己来信自己回答。”
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