蔡元培静听着他的鼓噪，脸色苍白地躺在床上。心想他怎么会有那么多的消息哩？待沈尹默一走，他就唤来了夫人和内弟，公布了一个重大的决策。他吃力地说：
“我必须马上辞职，并离开北京。现在政府把全部仇恨都集中到北大，归罪于我一人。学生的情绪又过于激烈，我不走，学校必然遭殃，后果将不堪想……象……”
黄仲玉也感觉到危险的逼近，又担心他病恹恹的身体，愁苦地说：
“避一下也好，只是我分身无术。唉！不跟你去实在不放心，想陪着你两个孩子又放不下……”
她悲哀地望着先生，眼泪无声地流了出来。
蔡元培有气无力地说：“我先去天津小住几天，待病好些再回杭州……”
他又布置内弟，明天将校长室有关文件书籍整理一下。不能透露丝毫风声，到夜里再设法取回来。
其实他早想离开这是非之地，只是苦于学生没有救出不忍放手。他绝对不能再做这不自由的大学校长了，但想起两年半来整治北大付出的心血，又哀叹自己的生不逢时。这一夜，黄仲玉见他呓语不断，满身虚汗，到天亮时人才入静睡去。中午时，林长民先生也赶来看他了。又讲起马其昶可能要来的消息，蔡元培已恨不能立刻离京，否则自己和整个北大都将丢尽了面子。
待客人一走，他就伏案给徐世昌和傅增湘写了一份辞呈。想想又怕北大师生误会，引起激变，干脆再扶病写了一份《辞北大校长职出京启事》。然后，叫来极亲密的总务处职员段子均，向他透露了整个计划。并请他去办好明晨五点半去天津的火车票，由他陪同悄然离京。
第二天一早，总统府和教育部分别收到了蔡元培的《辞北大校长职呈》。傅增湘大惊，急忙赶去恳求徐世昌挽留。徐世昌却看着辞呈冷笑道：
“鹤卿倒还算识相，否则真令我为难了。拿去见报吧。”徐世昌说完，又冷冷瞪了一眼这位老给他惹是生非的总长，不悦地下了逐客令。
天津的《益世报》抢先刊登了这份辞呈，顿时引起全国学界的关注。
而蔡元培悄然出走时留给北大师生的那份启事，却颇费猜测，误传出许多种解释。
我倦矣！“杀君马者道旁儿”。“民亦劳止，讫可小休。”我欲小休矣。
北京大学校长之职，已正式辞去。其他向有关系之各学校，各集会，
自五月九日起，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。
幸亏报纸上很快登出了那篇《由天津车站南下时的谈话》，师生们总算明白了蔡校长出走的真实原因。
本埠确实消息：蔡孑民已于十日乘津浦车南下。登车时，适有一素居天津之友人往站送他客。遇蔡君，大诧异曰：君何以亦南行？
蔡君曰：我已辞职。
友曰：辞职当然，但何以如此坚决？
蔡曰：我不得不然。当北京学生示威运动之后，即有人频频来告，谓政府方面之观察，于四日之举，全在于蔡，蔡某不去，难犹未已。于是有焚烧大学、暗杀校长之计划。我虽闻之，犹不以为意也。八日午后，有一平日素有交谊、而与政府接近之人又至一警告，谓：君何以尚不出京！岂不闻焚烧大学、暗杀校长等消息乎？我曰：诚闻之，然我以为此等不过反对党恫吓之词，可置不理也。其人曰：不然，君不去，将大不利于学生。在政府方面，以为君一去，则学生实无能为，故此时以去君为第一义。君不闻此案已送检察厅，明日即将传讯乎？彼等决定，如君不去，则将严办此等学生，以陷君于极痛心之境，终不能不去。如君早去，则彼等料学生当无能为，将表示宽大之意敷衍之，或者不复追究也。我闻此语大有理。好在辞呈早已预备，故即于是晚分头送去，而明展速即离校，以保全此等无辜之学生。
蔡曰：我尚有一消息适忘告君。八日午后，尚有见告政府已决定更换北京大学校长，继任者为马君其昶。我想再不辞职，倘政府迫不及待，先下一个免我职，我一人之不体面犹为小事，而学生或不免起一骚动。我之急于提出辞呈，此亦一旁因也。今我既自行辞职，而继任者又为年高德助之马君，学生又何所歉然，而必起骚动乎。我之此去，一面保全学生，一面又不令政府为难，如此始可保全大学，在我可谓心安理得矣。询以此后作何计画？
蔡曰：我将先回故乡视舍弟，并觅一幽僻之处，杜门谢客，温习德、法文，并学英语。以一半时力，译最详明之西洋美术史一部，最著名之美学若干部。此即我此后报国之道也。
蔡元培被迫出走的消息，终于在青年学子心中引起轩然大波。北大同学把他留下的条子油印散发到各大学校，开始有人因对引用的典故不解，望文生义说，君者指政府，马者指曹、章，路旁儿指各校学生，以为蔡先生有责怪学生之意。幸亏北大文科教授程演生及时回答了学生询问，指出这个典故的出处和含义。说贤者虽明哲保身，岂忍重责于学生？无非是说自己积劳成疾累了，想好好休息一下而已。
就在他离京后的第三天，北大同学又接到他途中的一封来信：
仆深信诸君本月四日之举，纯出于爱国之热诚。仆亦国民之一，岂有不满于诸君之理，惟在校言校，为国立大学校长者，当然引咎辞职。仆所以不于五日提出辞呈者，以有少数学生被拘警署，不得不立于校长之地位，以为之尽力也。今幸存教育总长、警察总监之主持，及他校校长之援助，被拘诸生，均经保释，仆所能尽之责，止于此矣。如不辞职，更待何时？
至一面提出辞呈，一面出京，且不以行踪告人者，所以避挽留之虚套，而促继任者之早于发表，无他意也。北京大学之教授会，已有成效，教务处亦已组成，校长一人之去留，决无妨于校务，惟恐诸君或不见谅，以为仆之去职，有不满于诸君之意，故特在途中，匆促书此，以求谅于诸君。
这封信仅署姓名，未注明发信处，借以表明去志之坚。但从字里行间，人们还是看出了他离京前的矛盾心情。富有爱国心和正义感的他，不能不同情和支持学生运动，而作为国立大学的校长，却又不得不在事后引咎辞职。
蔡元培被逼出走后的这些信函，犹如愤怒的火种，又一次点燃了北京大学这火药库。北京学界迅速兴起了“挽蔡斗争”，与那场“五四”爱国学生运动一起，汇聚成声势更为浩大的反政府行动。
就在他出走的当天，北京各校代表开会决定，先由北大全体学生名义呈请政府多方挽留。如无效果，再由各校同盟罢课后援。于是，北大学生向全国各界发出通电，请求声援。他们一针见血地点明了蔡校长是受外界胁迫辞职而去的，现群情惶惑，恐酿大变。
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