待徐树铮一走，他却颓然坐倒在椅子里，陷入了深深的烦恼之中。为了配合日本欲出兵西伯利亚的需要，他在上台的第二天，就秘密签署了《中日共同防敌协定》的换文。又在5月16日和19日，两次签订了《中日陆军共同防敌军事协定》和《中日海军共同防敌军事协定》。这些谈判都是在极其保密的情况下进行的，他也有难言之隐，这又要扯到去年的那次“西原借款”。
他以再造共和的名义赶走张勋后，为了对付孙中山的南方政权，推行武力统一政策，扩充皖系实力。苦于经费短缺，也只好饮鸩止渴，指使曹汝霖、章宗祥、陆宗舆等亲日派，以各种名目向日本大借款。总数竟高达三亿八千万日元，其中由西原龟三经办的八笔借款就占了一亿四千五百万日元。正如西原龟三所说，日本的目的自然是为了组织中日两国经济圈，在战后的竟争中排挤英美势力。正由于此，人们把“西原借款”戏称为“西原贿赂”。这些钱到手后，几乎全用在编练和装备他的军队，组织“安福俱乐部”等皖系事业上去了。
东京留学生请愿团如神兵天将，终于冲破重重关卡，出现在北京。一下火车，就直奔北大等学校点火串连。这天晚上，蔡元培正在寓所与汤尔和、沈尹默喝茶聊天，忽见他的私人秘书范文澜冒冒失失地闯了进来，气喘吁吁地说：
“蔡先生，北大全体学生正连夜召开大会，决定明天一早上总统府请愿呢。我也参加了，但考虑再三，还是先来报告校长一下。”
“为何要罢课请愿？为什么不事先征求我的意见就擅自决定了？”
他这温文儒雅的风范怎么不见了，像点燃的爆竹突然蹦跳起来，声色俱厉地质问起范文澜。
范文澜先是有点害怕，但很快就镇静下来。他相信蔡校长一定会理解学生的爱国热情，便轻声介绍起情况。眼前又浮现出那幕惊心动魄的大场面，他仿佛又亲临其境，回到了马神庙，脸上充溢出动人的血色。
傍晚时，几十名头围白布条的留日学生，突然出现在北大的各个角落。一边奔跑着，一边痛哭流涕地大声疾呼：
“同胞们！快行动起来救我中华。段祺瑞已把中国出卖了！日本的军队很快就要开进吉林，开进黑龙江了……”
最令人感动的还是一位东北籍留学生，披麻带孝地跪在大操场中央，声嘶力竭地哭喊着：
“同学们！国亡了，我们全体留日学生已全部回国请愿了。中国之大已放不下一张安静的课桌，快随我们去制止总统盖印吧！快去救我中华，救我同胞！……”
他面向苍天哭着喊着，最后竟因激动昏厥过去。
北大人震惊了，感动了。虽然他们从未遇见过这种事件，但一种蕴藏在血液里的天生的叛逆精神，突然萌发出巨大的爱国热情。他们决定行动了，立即放下手中的书卷和饭碗，自发地拥向大操场。又是好样的傅斯年、罗家伦、许德珩、张国焘、谭平山、段锡朋等挑头，临时决定由段锡朋担任总召集人。见他大声地宣布：
“先安排请愿团吃饭休整，晚上七时正，全体北大学生在法科大讲堂开会，研究明天的行动方案。”
宁静的校园沸腾了。这天晚上，法科大讲堂里灯火辉煌，挤满了一千多名热血青年。一个可怕的现实终于使他们清醒过来，人人切齿唾骂，愤怒得恨不能马上就采取极端行动。段锡朋和傅斯年等商量后，又公推“傅大炮”上台演讲。毕竟他是学生们公认的无冕之王，口才又好，在这关键时刻，他的话大家格外中听。
傅斯年真有点豁出去了。见他双目精光四射，神情悲愤地说：
“同学们！我们来北大求学是为了将来救国，现在国家需要我们献身的时候到了。这些卖国条约只要一盖印，日本不仅控制了中国的军队，掌握了全部的军事情报，而且中国军队也将成了东洋人的仆从军。他们的虎狼之师还将合法地开进东三省，在那里驻兵设警，干涉内政，为所欲为，无恶不作。我们作为炎黄子孙，能眼睁睁看着国家主权被人出卖吗？不！我们决不答应！留日学生已全部回国请愿，我们北大学生决定明天一早全体罢课，去总统府拼死阻止盖印。这件事有很大风险，所以我们刚才和各班班长商量决定，不惊动各科学长和敬爱的蔡校长。一切责任和后果，由我们临时成立的学生会全权负责。如同学们愿意迈出这勇敢的一步，请鼓掌通过。同学们，北大将永远走在与黑暗势力抗争的最前沿！希望这不是预言，而是行动！”
台下响起雷鸣般的掌声，傅斯年在嘹亮的北大校歌中庄严地向大家鞠躬。当他抬起头时，已热泪沾襟。他的眼前浮现起了十几年前“拒俄运动”时一幕感人的情景。大概也就在这个会场吧？一群京师大学堂留着辫子穿着官服的旧式学生，激昂地效仿古代的太学生向清政府“伏阙上书”，首开了全国学潮的先例。弄得那拉氏勃然大怒，多亏了张百熙从中周旋，才以输送三十多位捣乱分子出国而草草了事。他隐隐觉得在潜心学问之外，一种神圣的使命，一种新的人生之路降临了。他的心胸和视野突然开阔了起来……
这天夜里，蔡元培真是辗转反侧，难以入眠，好像心中撞翻了五味瓶，各种滋味搅在一起，真有种说不出的难受。干脆披衣起床，独坐在院子一角的石桌前发愣。说实话，他有点激动，也有点害怕，更有点担忧和生气。他毕竟是一位民国元老，当年在上海创办过《俄事警闻》，率领爱国学社的师生上街参加过“拒俄运动”。对学生的爱国热情自然心有同感，激动不已。但他又是北大一千多名学生的校长，对段祺瑞的残忍也早有所闻，万一出动军警，学生中有个三长两短，他如何向家长和社会交待呢？还有，在他的潜意识里，在他的性格深处，可能更多的是一种温情脉脉的善良愿望。他一直以为学生就应安心读书，不到非常时期不该闹学潮。罢课游行多了，人就容易心野，容易因虚荣心参与政治萌发领袖欲望而影响教育和人品。最后，他确实有点生气了。平时他以北大为家，几乎把学生当成自己的孩子百般爱怜。今天发生了这么大的事，他们竟连招呼都不打就决定了，根本不把他这校长放在眼里。如果说，这天夜里他只是有点伤心，觉得自尊心受到了挑战，那第二天清晨，当他情急急赶去劝阻请愿队伍时，他简直有点愤怒了。
他是七点左右赶到北大的，只见全体学生已浩浩荡荡地准备集队出发。也不知是谁塞给他一份全校学生的总请假单，他就捏着这张纸条，站在大讲台上望着群情激愤的人群，大声地劝阻起来：
“同学们！你们的行动为爱国而发，所以不能说不对。但这种方法，实属不当。平时你们每有事必举代表，来找我商量，请我签名。今天你们作出如此重大的决定，却一声也不来通报，更没有想到要来听听我的意见，这等于说是取消了我这校长的资格。我的意见是请各科各班推选代表，把所有要向总统转达的理由和要求告诉我。由我去代表北大向政府交涉，我一定会代表大家据理力争的。同学们！你们一定要相信我蔡元培。我们已朝夕相处了一年多，今后还要亲如家人般相处下去。北大不是我一个人的，是我们近二千名师生共同拥有的精神象征。我们一定要珍惜她来之不易的今天啊！如果你们连这一点都不相信我，那蔡某惟有向政府……辞……职……了……”
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