蒋介石发动“四·一二”反革命政变的消息传出，武汉怒吼，全国震惊。
4月17日，武汉国民党中央执行委员会和国民政府发布命令，严斥蒋介石的反革命罪行，宣布开除其党籍，免去其本兼各职，下令全国将士及革命群众团体将蒋捕获归案，按反革命罪惩治，所部第一集团军改归军事委员会直辖。
湖北省党部、汉口市特别党部、黄埔军校学生和各民众团体都纷纷发表通电宣言，拥护国民党政府拿办蒋介石之命令。4月22日，宋庆龄、吴玉章、林伯渠、邓演达、毛泽东、董必武、何香凝、徐谦、汪精卫、朱培德、顾孟余、谭平山、于树德、经亨颐、恽代英、彭泽民、孙科等共40人，以国民党中央执行委员、候补执行委员、国民政府委员、军事委员名义，发表了《讨蒋通电》，号召全国民众、全体党员，尤其是革命军人，依照中央命令，去此总理之叛徒，本党之败类，民众之贼。4月23日，30万人在武汉召开大会，掀起了声势浩大的群众性反蒋高潮。
蒋介石从上海来到南京，又开始酝酿下一步的反革命计划，把部分国民党中央执行委员、候补执行委员召来南京。张静江、白崇禧、蔡元培、吴稚晖等均在“四·一二”政变的次日来到南京。4月15日，蒋介石在南京举行谈话会，决定全面清党和奠都南京。17日，蒋介石在南京召集所谓的“国民党中央政治会议”，会议决定建立“南京国民政府”，推胡汉民为国民政府主府，蒋介石为军事委员会主席兼军队的总司令。
国民党宁、汉对立的局面终于形成。从此，中国出现了武汉、南京、北京三个中央政府，出现了3权鼎立的局面。
蒋介石暗中加紧同英、美、日帝国主义勾结，并通过帝国主义谋求与张作霖的联合，双方互派代表，共同进行协商，联合起来反共反苏。南方的蒋介石屠杀共产党人，北方的奉系军阀张作霖亦不甘落后。3月1日，武汉国民政府苏联顾问鲍罗廷的夫人布朗乘俄轮“巴来亚列宁那号”，由汉口经过浦口时，与同行的苏联通讯员3人被直鲁军捕去，尔后解往北京审理。张作霖在北方开始捕杀共产党人。
4月初，李大钊避居在北京东交民巷苏联大使馆，经常在夜间写文章，作报告，被法国医院值班人员发现，并通过法国使馆与日本使馆取得联系，通知张作霖。4月6日，张作霖指使奉军、警察厅出动数百人，强行搜查苏联大使馆及俄国兵营，捕去了苏联使馆工作人员16人，以及共产党员和国民党左派革命人士35人，李大钊也被逮捕。除苏联大使馆外，中东路局驻京办事处及远东银行也被搜查，奉军乘机劫走了一些生活用品。奉系军阀和教唆者英、日帝国主义者，不再谈国际公法、“条约神圣”、“使馆界不可侵犯”的鬼话。许多洋人围观称快，有的摄取镜头。
搜查俄使馆事件发生后，苏联政府和苏联代办提出抗议，对此，中国驻苏代办郑延禧敷衍道：“中国政府决不会干这样的事，想必是土匪所为。”
这句话传到北京，生平最忌别人提“土匪”的土匪出身的张作霖，不由得暴跳如雷地大骂：“外交人员怎么如此混蛋！”吓得内阁总理顾维钧急忙发电严斥郑延禧：“何得不问情由，擅发荒谬议论。”
张作霖本要撤换大发谬论的郑延禧，但又怕苏联乘此承认南方政府而不再承认北京政府，因此这一“外交官失言案”便不了了之。苏联代办切爱尔尼克率全体大使馆官员30余人回国。
张作霖在法、日帝国主义的怂恿下，组织了一个军事特别法庭，派何丰林为审判长，安国军军法处长颜文海为主席法官，4月28日判处李大钊、谭祖尧、谢伯俞、邓文辉、郑培明、莫同荣、李昆、姚彦、张伯华、阎振三、杨景山、范鸿、谢承常、路友于、莫华、吴平地、陶永立、方伯务、李银莲（女）、张挹兰（女）24人以绞刑，即日执行。另有4人被判处12年徒刑，6人被判处2年徒刑。李大钊临刑神色不变，和他一同牺牲的同志也都表现了舍身成仁的伟大气节。
李大钊等20余人遇难的消息传到潼关，在潼关督师的冯玉祥放声大哭，他电令各部队、各地方机关举行追悼活动，下半旗一日，中级官长以左臂带黑纱一周。冯在电文中说：“李同志为中国自五四运动以来新思想界的泰斗，对于共产主义素有研究，并为中国共产党发起人之一。”冯玉祥在电报中号召全军继承李大钊等革命者未完成的事业：“讨伐张作霖即是实行李大钊等20位同志未竟的志愿”，“继死者的革命精神而奋斗！”冯在潼关为李大钊等20位遇难者树立一纪念碑，用诗歌形式撰写碑文。
冯玉祥在得知李大钊被捕的消息时曾通电营救：“本总司令对于张作霖此项禀承帝国主义意旨所出之空前横野行为，殊为愤慨。李大钊系国民党党员，本总司令所辖之第二集团军系国民党党军，李大钊等数十同志之生命即本军，30万将士全体之生命，誓必竭力保障，不容任何人擅加危害。”
武汉国民政府在军事上处于奉系军阀与南京蒋介石政府的两面夹攻之中，蒋介石还联合四川军阀杨森进攻湖北。武汉政府陷入四面受敌的险境，北有奉系军阀；东有蒋介石；南有受南京政府节制的两广；西有四川军阀杨森。在经济上蒋介石和各国帝国主义对武汉地区采取了物资封锁政策，国内的资产阶级也采取了现金逃避的手段。武汉政府被迫颁布了“现金集中”命令，禁止现洋、现银出口，试图挽救日益严重的财政危机，这一措施立即引起了武汉地区金融阻滞，汇兑不通。商业纷纷停闭，物价疯狂上涨，日用品缺乏，失业工人人数骤增，5月间，武汉市失业工人达12万人。与此同时，两湖地区工农运动持续高涨，特别是湖南省的农民，已开始自动插标分田，猛烈地冲击着封建土地制度。
陈独秀在《汪陈宣言》发表后不久，便离沪去汉，于4月15日到达汉口。中共在武汉成立了临时中央局，连电催陈独秀去武汉。中共中央常委张国焘、彭述之、蔡和森、瞿秋白都已在汉口，陈独秀是最后一个到汉口的。
陈独秀到达武汉后，他和一批年轻的中共领导人面临的革命形势愈来愈险恶。年幼的中国共产党面临着一场冷酷而严峻的挑战。中共中央机关在汉口四民街61号临街的一幢三层楼洋房内，中央5位常委都住在那里，陈独秀的办公室由任作民、任秀兰和黄文容3人组成。任作民、任秀兰是任弼时的弟弟和妹妹。
对中共制定决策有重大影响的是苏联政府代表、国民党顾问鲍罗廷、共产国际首席代表罗易、中共中央总书记陈独秀。他们苦心焦虑，议论纷纷，为制定革命决策一再地发生争论。
4月2日，罗易来到武汉，他和鲍罗廷及晚到汉口的维经斯基与中共中央局举行会谈，讨论革命形势问题。会议由瞿秋白主持，陈独秀到达汉口后，由陈独秀主持。对于蒋介石发动的“四·一二”政变，共产党应采取的革命策略问题，发生了争论。有4种意见：（1）东征讨蒋；（2）南下重建广州政府；（3）与国民党一起举行第2期北伐；（4）在两湖地区开展土地革命。
鲍罗廷和陈独秀都反对立即东征讨蒋，而主张北伐，认为东南帝国主义势力强大，无产阶级力量薄弱，蒋介石可能联合张作霖。如果帝国主义再干涉，则革命无法坚持。北伐可以与冯玉祥部会合，打通苏联通道。罗易则认为当前主要任务是通过土地革命和巩固两湖根据地。
鲍罗廷说：“如果你们决定反对北伐，我就马上辞去国民党顾问职务，并电告国际这种意见是错误的。”
鲍氏不惜以掼乌纱帽坚持自己的主张，加上国民党的汪精卫、谭延闿、唐生智等也力主北伐，反对东征，这样，立即东征的主张被放弃了。
武汉政府于4月19日誓师继续北伐，向河南的奉军进攻，准备由冯玉祥指挥第二集团军东出潼关，沿陇海铁路东进，和武汉北伐军会师郑州。
在北伐的同时，要不要解决土地问题，怎样解决土地问题，又发生了争论。
国民党中央于4月2日成立了土地委员会，由邓演达任主任，毛泽东、谭平山、徐谦、顾孟余为委员。土地委员会为制定解决土地问题草案，曾经连续举行会议，4月19日到5月6日又召开了扩大会议。国民党中央执行委员、中共中央常委、一些军事将领等都参加了会议。会上就解决土地问题是政治没收，还是经济没收，没收后的土地给谁和关于保护小地主及革命军人的土地等问题展开了争论。
与此同时，中共第五次全国代表大会于4月27日在汉口召开，对土地问题进行了讨论。会上作出《解决土地问题决议草案》，规定“没收一切所谓公有土地以及祠堂、学校、寺庙、外国教堂及农业公司的土地，交诸耕种的农民”、“无代价的没收地主租与农民的土地”，但属于小地主和革命军人的土地可以不没收等等。
共产党内部已出现了对陈独秀批评的态度，陈独秀在“五大”上的报告中，不得不检讨了自己的一些错误，主要是退出国民党，对北伐态度消极等，陈独秀的检讨是笼统的，轻描淡写的。陈独秀对一些有争议的策略上的错误，谈了自己的意见，例如对中山舰事件，采取退守让步的策略，是正确的；上海武装起义吸收某些资产阶级分子是必要的等等。对无产阶级领导权问题，陈独秀也没有正确的认识，说无产阶级还没有可以用来夺取政权的武装力量，军队不是来自革命群众，而是来自旧军阀的部队，应把左派和共产党员派到军队里去做政治工作，让大多数工农加入军队，改变它的社会成分。陈独秀没有提出建立工农武装力量的任务，没有夺取部队领导权的近期方案，也没有提出无产阶级争取领导权的切实步骤。作为总书记，他的理论、政策水平，已显得不称职。
陈独秀在“五大”召开的那些日子里，晚上回到自己的房间里，转来转去直转到深夜一、二点钟。“五大”的《政治形势与党的任务决议案》内，不指名地批评了陈独秀某些右倾错误，他思想很苦恼，心情不安得很。
陈独秀是这样，其他中央领导人的心情也不轻松，共产党领导人之间，虽然有这样那样的不同意见和争论，但对握有国民党中央大权和国民革命军大权的资产阶级及地主势力，仍抱有幻想。国民党中央否决了解决土地问题的决议时，也没有进行坚决斗争。对国共两党关系不久破裂，缺乏思想准备和应变措施，因而没有形成一条正确的路线。
“五大”选出31名中央委员，14名候补中央委员。五届一次全会选出中央政治局委员陈独秀、蔡和森、李维汉、瞿秋白、张国焘、谭平山、李立三等7人，政治局候补委员苏兆征、张太雷、陈延年、周恩来等4人。政治局常委由陈独秀、蔡和森、张国焘、瞿秋白组成，陈独秀任总书记。
国民党中央政治委员会对于极敏感的《解决土地问题决议草案》，在5月9日和12日进行了讨论和表决。国民党的主要头领们，有的花言巧语，有的经过刹那间的犹疑之后，便立即采取否决态度。在表决时，只有共产党人林伯渠、吴玉章和国民党左派邓演达举手赞成，但他们是少数，《草案》被打入档案库，束之高阁。
5月13日，唐生智节制的第14师师长夏斗寅发出反共通电，诬蔑工农运动使“商叹于市，农怨于野”，共产党“借口总理容共，而喧宾夺主，以暴君政治扰乱我两湖”。夏斗寅率领叛军，乘唐生智、张发奎两部北伐，武汉空虚之际，进兵沙市、嘉鱼、咸宁、汀泗桥，18日，直逼武汉附近的纸坊、土地塘一带。
武汉危急，国民政府派由共产党员叶挺所部第24师，以及由中央军校学生组成的独立第11师，前往镇压叛乱。叶挺的铁军在保卫大武汉战役中又一次显示了战无不克的威力，夏斗寅的部队留下几百具尸体而溃散。
李立三和蔡和森提议：由叶挺率本部及中央军校全部武力立即占领粤汉铁路，兜剿夏斗寅，同时发动工农群众作殊死战，乘机扩大工农纠察队，并开赴前线助战，积极准备武力对付，以暴动对付暴动。但他们的建议没能在中共中央政治局里通过。罗易和瞿秋白都认为“现在中心问题还不是军事问题，乃是与左派关系的问题，只有与左派弄好关系，一切政策才有中心。”陈独秀和鲍罗廷都同意这个意见。蔡和森和李立三也就没坚持自己的主张。
夏斗寅师由纸坊沿粤汉路南退后，蒋介石即收编为新编第10军。
当叶挺率部狙击叛军的时候，武汉国民党中央发布了一系列的压制工农运动的训令。美其名曰“制裁工农越轨行动”，对“侵犯”乡里“公正富裕之户”的，“即无异反革命”。
压制工农运动的训令刚刚发表，何键的35军33团团长许克祥部在长沙发动了武装叛乱，历史上称为“马日事变”。
35军大部分军官都是湖南人，从军长何键到参谋长、秘书长、参谋处长全是醴陵的阀阅世家。当农民起来革命时，他们的家庭首当其冲。
何键曾在中央调查土地问题特别委员会的会议上，同全国农民协会总干事毛泽东发生过尖锐的冲突，毛泽东赞扬农会，他热情洋溢地说：“从前拜倒在绅士权力之下的，现在却拜倒在农民的权力之下。”
何键却愤怒地把农民政权斥为痞子政权，他说：“在这个政权的压力下，湖南农民也已经喘不过气来了。”
毛泽东用浓重的湘潭口音反驳说：“恰恰相反，是土豪劣绅、不法地主喘不过气来。”
何键咆哮如雷：“革命军寄回家的薪饷被农会没收了，革命军的家属被农会抓去戴高帽游街了，再这么下去，政府也不理，我的军队就没办法控制了，他们只有造反了！”
何键决定让他驻在湖南的5个团长：许克祥、周荣光、李殿臣、王东原、张敬兮歃血为盟，发动叛乱。33团团长许克祥是行伍出身，性格粗犷，他的妻子是脱籍妓女，靠和川、黔、滇的贩土客商分利置了几百亩田地，许克祥早就对共产党和农民协会不满，他得到何键的旨意后说：“什么共产党，什么农协会，我许克祥不怕，我杀他个鸡犬不留！”
5月21日深夜，大雨纷纷，许克祥部以白袖章符号为标记，以“土豪劣绅”为口令，分头抢掠和封闭了湖南省总工会、省农民协会、左派国民党省党部，解除了工人纠察队和农民自卫军武装，释放了所有被监禁的土豪劣绅，在长沙等地连续屠杀革命志士和工农达7天之久，100多名共产党员和革命群众被杀害，大批共产党员被逮捕。
急剧恶化的革命形势，迫切要求共产党制定决策。中共中央政治局5月24日会议，再次发生争论，鲍罗廷发表长篇演讲，说：“现在国民党左派还是好的，一切错误都是工农运动过火；我们必须向国民党让步，继续与他们合作，现在与他们决裂，中国革命便会完全失败；因此中共中央及一切工会农会团体应发表宣言，拥护国民党中央最近公布的取缔农民运动过火的命令。”
罗易发表演讲，反对鲍罗廷，他说：“蒋介右脱离革命以后，封建资产阶级的代理人仍然留在武汉国民党里，并继续担任中央领导，他们否定土地改革的措施，导致国共两党关系的危机。共产党应动员广大的国民党党员推翻现在的中央，这并不等于两党关系决裂或政变，而是使国民党民主化。中共中央应发表宣言反对国民党所公布的一切反动法令。”
蔡和森接着发言说：“老鲍把一切罪过通归于工农运动过火，教我们去拥护咒骂民众运动的人，这还有什么原则，罗易所说的一些原则都是很对的，很可宝贵的，只可惜没有说出办法，每次开会都像上课一般，只是空空洞洞的教我们一些原则，这是不够的。现在要一声呼喊与国民党中央决裂，事实上不是政变也要发生政变的，但我们对左派群众的工作还是一点没有准备。”
接下是瞿秋白发言，他说：“和森同志的批评是很可笑的，其实老鲍与罗易在根本原则上，并无不同……。”
两个外国人滔滔不绝地演说，蔡和森分别对他们提出批评，但自己也没有提出什么积极的意见。瞿秋白对两个外国人进行调和，并反驳蔡和森。
陈独秀再次提出退出国民党的主张。鲍罗廷回答陈独秀说“莫斯科必不容许这样做。”而陈独秀并没说退出国民党以后，该怎么办，会议以沉默态度答复了他的发言。中共中央已陷入了政治危机。
共产国际于5月下旬作出《关于中国问题的决议》，并向中共发出紧急指示，历史上称为“5月紧急指示”。6月1日，罗易收到这份电报。《指示》要求中共从下面实际夺取土地；吸收更多的工农领袖到国民党中央，革新它的上层；动员2万共产党员和两湖革命工农5万人，编成几个新军等。
但是，这个要中共建立军队的《指示》来得太晚，6月6日，本来以左派面孔出现的朱培德在江西宣布了“礼送”共产党员出境。这一天，陈独秀在中共政治局会议上，宣读了“5月紧急指示”。他提出许多疑问：国民党通常是在代表大会上确立领导成员，现在没有召开代表大会，怎么能增加它的领导成员？如果要建立一支独立的军队，问题是如何维持呢？怎样获得武器？在建立军队之前，我们得进行谈判，同反动军阀打交道，我们不得不支持现在当政的这些将军，否则就不可能有建立我们自己军队的机会，……陈独秀认为，国际这个指示不是言过其实，就是一种幻想。
政治局经过讨论，作出对国际“5月紧急指示”的答复：“中央全体同志都认为国际这些训令都是一时没有办法的办法。”
可是，国际首席代表罗易却想入非非，认为汪精卫是国民党主要领导人中唯一努力同共产党保持友好关系的人，是国民党领导机关中唯一的小资产阶级的代表。他背着中共中央和其他国际代表，把《指示》交给汪精卫，并以“开诚”相见的态度，劝汪：“最好是接受这个电报，不然国民党左派同C．P都完了。”
汪精卫毫不含糊地回答道：“这几条，一条也不行！我们不能牺牲国民党。”
罗易干的蠢事为汪精卫“分共”提供了话柄。6月13日，汪召集国民党将领，宣读了《5月紧急指示》，要求军队留心防范共产党的活动。
中共中央和国际代表幻想拉住汪精卫和唐生智东征讨蒋，不惜作出最大让步，于6月28日宣布解散湖北省总工会纠察队，把部分枪支交给国民党，部分枪支转移和隐藏起来。
陈独秀的秘书黄文容问陈独秀：“报上登了把枪都交给国民党，这件事你晓得吧？”
陈独秀大发脾气：“说你们小孩子晓得什么呵！现在形势多严重呵！国共两党关系快要破裂，交枪是表示合作的诚意。”
陈独秀虽是这么说，他心里也很难受，常一个人在房里自言自语：“究竟叫我怎么领导？我这个领导怎么领导法？”他陷入无限的怅惘与苦闷之中。
6月30日，中共中央通过了瞿秋白起草的国共两党关系11条决议案：承认国民党是国民革命当然的领导地位；参加政府的共产党为图减少政局之纠纷，可以“请假”；工农民众团体均受国民党党部之领导与监督等等。这是个右倾投降主义的纲领，把共产党仅有的工农团体的领导权也拱手交给了国民党。
7月中旬，鲍罗廷根据共产国际的电报精神，提议要陈独秀去莫斯科同国际讨论中国革命问题，指定张国焘、张太雷、李维汉、李立三、周恩来5人组成政治局兼常委。
陈独秀不愿去苏联，并消极地向中央提出辞职书，说辞职的主要理由是：“国际一面要我们执行自己的政策，一面又不许我们退出国民党，实在没有出路，我实在不能继续工作。”
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