袁世凯采取收买分裂革命党的策略，革命党人武力倒袁的主张一再受挫，法律解决的希望全属幻想，袁世凯的态度又日趋强硬起来，一部分人主张调和，呼吁和平的声浪又高起来。在革命党人中首先出来进行调停活动的是谭人凤。他于4月底到5月初和王芝祥一起在上海积极奔走，联络在前清与袁世凯齐名的一些督抚和在社会上有影响的人物，如岑春煊、李经羲、伍廷芳、温宗尧等人出来主持公道。
岑春煊以恐其不听辞。谭人凤加以激励说：“公等与袁资望平等，听不听由他，言与不言则视公等之爱国心如何也。若坐视南北决裂，不出赞一词，人将不蔑公等乎？”
岑春煊、李经羲乃慨允。岑领衔，伍廷芳、李经羲、谭人凤、温宗尧、王芝祥、高而谦、蓝建枢、杜锡圭、张其锽等10人签名致袁世凯和各界通电说：“政府与人民未能相见以诚，一事发生，是非各走极端，相持益急，纷扰日甚。祸机既伏，大局垂危，国事如斯，安忍坐视。”他们提出引渡洪述祖、赵秉钧出庭对质，大借款交国会通过、政府不得干涉宪法的制定，作为南北妥协的条件，希望袁世凯能够采纳。
又有于右任到京，自称为孙中山、黄兴全权代表，谒见袁世凯，提出调和3条件：其一、宋案要求赵秉钧到案；其二，要求撤回派往军队；其三，组织国民党内阁。并谓此为国民党最后之忠告。
袁世凯回答道：“宋案尚未水落石出，究竟赵秉钧有无关系，并不能确定，自当保全赵之人格，无到案之理由。至于所派往军队，究何所指。如指张勋、倪嗣冲之兵，则张、倪两军本驻扎该处，并非派往，武胜关以南之军队，则系黎副总统电请派往，镇压地方，黎副总统未请撤回，中央不能卸责。惟政党内阁一层，毫无疑义，盖议会中谁党占多数，即以谁党组织内阁，实属当然之事。”
显然，袁世凯的态度已十分蛮横。他又复电岑春煊等，断然拒绝他们所提出的调和条件，他说：“当宋君被刺之始，尚未获凶，即有人预设成心，诬指政府。继又凭影射之词，牵混之据，断章取义之电文，预侵法官独立职权，实为文明国所未有。即就所呈证据而言，赵秉钧尚无嫌疑可说。设将来法庭判决，应行备质，政府断无袒护理由。但未经判决以前，无论何人不得妄下断语，判决以后，当事亦何得抗不受理。”袁世凯对岑等电文所提出的借款、政府干涉制定宪法问题，逐条强辩。
那些拥袁的各省都督和北洋将领，紧密配合袁世凯，对革命党人开展猛烈抨击，并发出战争叫嚣。背叛同盟会的陕西都督张凤闿、山西都督阎锡山，联合直隶都督冯国璋、奉天都督张锡銮、山东都督周自齐、河南都督张镇芳、甘肃护都督张炳华等通电责骂黄兴、李烈钧、胡汉民等：“不惜名誉，不爱国家，谗说殄行，甘为戎首，始以宋案牵诬政府，断以借款冀逞阴谋。”声称：“自今以后，倘有不逞之徒，敢以谣言发端，以奸谋破大局者，定当戮力同心，布告天下与国民共弃之。”
袁世凯对态度缓和的黄兴也不留情，他悍然发布命令，取消黄兴陆军上将军衔。
谭人凤的调停活动仍在加紧进行。他和王芝祥进京会见袁世凯，袁态度极为强硬地说：“并非南北有意见，乃地方不服从中央，中央当然惩治，无调停之可言。人谓我违法，我丝毫不违法。宋案候法庭裁决，借款听国会解决。国会议决要如何便如何，我何违法之有？宋案证据有黄克强盖印，黄克强既非行政官，又非司法官，何能盖印？即此已违法，尚责我乎？”袁世凯痛诋黄克强种种“违法”行为，切齿咬牙，大有欲得而甘心之意。
谭人凤见难再多说，只得告辞。第二天谭人凤去武昌前向袁辞行。袁世凯和颜悦色地说：“先生此来甚好，民国疮痍未起，诚不愿再见动乱，兵队可否撤退，还清与黎副总统相商。赣督去留，我亦尚无成见。但须劝彼等以国家为前提，勿蓄意谋乱方好。不然，我受国民付托，不得不以土匪目之矣。”
谭人凤抱一线和平希望来到武昌，会见黎元洪，告诉他在京与袁所谈之事。黎断然说：“李烈钧跋扈桀骜，中央即允留，尚有13省都督不承认，势非撤不可。赣省大小军官与各机关人员，多已来鄂接洽，李烈钧已成独夫矣。”
袁世凯做好了经济、军事、政治上的准备，便于5月21日召见梁士诏、段芝贵、曾彝进时说：“现在看透孙、黄除捣乱外无本领，左又是捣乱，右又是捣乱，我受4万万人付托之重，不能以4万万人之财产生命听人捣乱。自信政治军事经验、外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，亦未尝不愿，但今诚未敢多让。彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之。国民党诚非尽是莠人，然其莠者吾力未尝不能平之。”袁世凯要求把他的话传给国民党人，并说这是他负责任的话。
袁世凯、黎元洪又加紧收买、分化李烈钧的部下，逼李自动下台。黎元洪密电驻守九江的赣军第1师师长欧阳武，暗示以推荐他代李烈钧出任江西都督，要他退军撤防。第2师师长刘世钧、江西沿江炮台上三台总台官陈廷训也先后被袁世凯收买，与袁私通款曲。袁又买通众议员欧阳成，由欧阳成向他弟弟欧阳武策反。欧阳武遂电李烈钧，要求撤退前沿部队，以利和平解决。
黎元洪派黄祖徽到南昌会见李烈钧协商调停办法。李烈钧迫于内外压力，不能不表示退让，他通过省议会提出双方将军队后撤，中央实行责任内阁制，省长民选，不得撤换赣督等4项妥协条件。
袁世凯和黎元洪不接受这些条件，黎元洪向李烈钧提出最后方案：“（1）请公开声明服从中央；（2）欢迎赵民政长，实行军民分治；（3）九江镇守使由中央简员充任。”限李10日内答复。
李烈钧自然不会接收，他通过江西省议会加以拒绝。
一波未平，一波又起。正当江西局势紧张的时候，5月29日凌晨，在上海发生了攻打制造局的事件。这次事件是由参加辛亥革命的一些会党领袖发动的。其中有江苏都督府顾问、共进会副会长、铁血监视团发起人张尧卿，广东绿林改进团领袖柳人环，上海工党成员、铁血监视团成员韩恢等人。5月中旬，张尧卿、柳人环等到上海，以孟渊旅社为据点，用黄兴、陈其美的名义，运动混成第3旅下级军官，密谋起事。又联络上海籍工党领袖徐企文，由于徐熟悉上海情形，请他出面组织。张尧卿等在夜间摆花酒7台，号召本埠之军官赴宴密议。伪称张为黄兴代表，柳念陈其美代表。此事被第3旅旅长李英石知悉，电告程德全，程复电要求立即将张尧卿等人拿解南京究办。
赴宴之军官中有数人与陈其美相识，便去访问陈其美，曰：“昨夕曾蒙招饮，感谢之至。先生与张、柳诸君所议之事，我等大表同情，请随时指挥可也。”
陈其美立即表示：“余并未摆酒议事，黄克强先生亦未有此举，请速关照昨夕赴宴之人及各营同志，万勿为他人所愚。
当此建设伊始，国民元气未复，我人须以大局为前提。”
来人恍然而退。黄兴、陈其美得知张、柳等以他们的名义策动起事，便派黄郛去南京直接向程德全报告，又告知制造局督理陈榥戒备。陈榥得知情报后，派间谍打入内部进行侦察，并做了周密的布置。
5月28日晚，陈其美得悉张尧卿等准备动手的消息后，即用电话通知陈榥。
29日凌晨1时，张尧卿自任总司令，会同徐企文、柳人环等率100余人，打着“中华民国国民军”的旗帜，分3批冒大雨进攻制造局，遭到有准备的阻击。徐企文被诱捕，起事者，除少数人被捕外，多数人逃散。
张尧卿等起事失败后，陈其美赴制造局，会见陈榥，并发表谈话，暗示此次事件系内务部勾结“南方败类”冒名捣乱。陈其美的这行径，受到激进分子何海鸣的谴责，何就此事说：
“徐企文之失败，系前沪军都督告密所致。事后，且诬柳人环、徐企文等为袁之侦探。自残同类，如此其剧。”
柳人环失败后，带10多人跑到江西，想投靠反袁最为坚决的李烈钧。他们来到南昌求见李烈钧，不料遭到李烈钧的断然拒绝。李致电程德全，询问是否予以拘捕。程回电说：“张尧卿，柳人环假克强名在外招摇，克强迭有函电来请拿办。近来臆度造谣者多，必将张、柳拿办，以表白克强之心，以见执事之力维大局。”
李烈钧派军警逮捕了柳人环、文仲达、卢汉生等13人，准备将柳、文、卢等人解往江苏交程德全处理。当时担任李烈钧秘书的铁血监视团团长何海鸣，向李力争，要求释放，但李不听。何海鸣见革命党人自相残杀，十分痛心，愤而离赣赴沪。
后来，柳人环被解赴北京，于9月8日，与徐企文等同日被处死。徐、柳等人表现得相当英勇。徐企文公开承认参与起事，“专以巩固共和，声讨民贼”为目的。唐尧臣在被讯时声称：“因观时局艰难，刻下虽称共和，实与专制无异，是以此出。”临刑时，立而不跪，声称“起事之事，系我威逼士兵而去，兵士实出无意”。
反袁坚决的李烈钧也同样为了保全自己而出卖了同类。但是，在他逮捕了柳人环等人4天后，袁世凯便把他免职了。
从欧洲刚刚回国的汪精卫和蔡元培，仍对袁世凯报有幻想，他们同胡瑛通过赵凤昌请程德全、张謇致电袁世凯，进行调解，并要求袁世凯暂不撤换国民党都督。袁世凯不予理睬，于6月9日突然下令免李烈钧江西都督职务，任命黎元洪兼署江西都督，并任命欧阳武为江西护军使，贺国昌为护理民政长，陈廷训为江西要塞司令官。欧阳和陈都是李烈钧的部下，贺国昌是李烈钧都督府的顾问。袁世凯企图利用他们来稳住江西，作为控制江西的过渡。
李烈钧决定同袁世凯斗争到底，有人问李烈钧反袁的结果如何？李回答说：“一定打仗。”
问：“打仗胜负如何？”
李答：“国民党一定失败。因为国民党虽有5省（江西、安徽、江苏、广东、湖南），但一盘散沙，互无联系，很容易被各个击破。孙、黄二人意见又不一致，孙中山的话很多人都不听。”
问：“如果打败，都督又何以自处呢？”
李说：“打不赢也要打，打败了就走路。我没有第二条路好走，我不是北洋派，我只有打，这是我的人格问题。”
孙中山在袁世凯宣布解除李烈钧的江西都督职务后，决心不顾一切举兵讨袁。当日本驻上海总领事有吉明去见孙中山和黄兴时，孙断然表示：“本人无论如何将以冒进主义一举去袁。”
为了起兵讨袁，孙中山派南下参加讨袁的参议院议长张继和马君武、白逾桓、邵元冲4人到南昌对李烈钧进行动员。
孙中山发表宣言，指出：
袁氏专为私谋，倒行不已，以致东南人民荷戈而逐，旬日之内，相连并发。大势如此，国家安危，人民生死，胥系于袁氏一人之去留。……全体国民一致主张，令袁氏辞职，以息战祸。
孙中山同时向参议院、众议院、国务院、各省都督、民政长官、各军师、旅、发出通电：
今袁氏种种违法，天下所知，东南人民迫不得已，以武力济法律之穷，非惟其情可哀，其义亦至正。……当此存亡之绝续之际，望以民命为重，以国危为急，同向袁氏说以早日辞职，以息战祸。
对此袁世凯发表命令：捉到黄兴赏洋10万元，捉到陈其美赏洋5万元。
张继等人奉孙中山之命来到南昌，动员李烈钧起兵讨袁。
李烈钧并没立即举兵讨袁，而是通电下野。
李烈钧接到解职令，召集部下商讨对策，一些将领建议“即行通电否认此乱命”。赵正平觉得事体重大献上一计：“不如先行电询湘、皖、粤诸省，再行决定。”并当即起草电稿，用密电急发，不一日，而复电都来。湘督谭延闿主张从众意；皖督柏文蔚主张不如大家撒手；粤督胡汉民且言他不久到沪，可在沪相见；闽督孙道仁也含糊。
李烈钧反袁的主张得不到同盟者的积极响应，因而有所顾虑，再者袁世凯收买了他的部下，他感到内部不稳。在京议员徐秀钧密电李烈钧：“赣省上级军官悉与中央通，多不足恃，须从速计划。”李闻之胆落。第2师刘师长等指天誓日，议决派张鲁藩、陈泽霈、周斌到浔游说欧阳师长，勿为中央毒计。那欧阳已被袁提为护军使，趋向已定，张、陈、周探知后电李，李乃悔用人不当，兵权旁落，且财政又极支绌，便打起退堂鼓，决定下野。
李烈钧宣布下野后，于6月15日离开南昌前往上海。路过湖口时，约见耿毅、李明扬、周璧阶、卓仁机等一群英俊青年军官，大家都主张立刻兴兵讨袁，并说：“再延时日，袁定派大军压境，欧阳武为了清理内部，也会收拾我们。”
李烈钧说：“外面局势实在弄不清楚，到上海后再和孙、黄诸要人商议，并询各省意见，再行发动，如现时不发动，我定电知你们，大家到外国观察一时，将来总有事做。”
李烈钧途经安庆，同柏文蔚会晤后，由柏派军舰护送至南京，改乘火车到沪。这时，孙中山因女儿病危，已由沪赴港、澳，李烈钧便留滞上海。
欧阳武在李烈钧离开南昌的当天，即致电黎元洪报告筹划江西军政事务的打算，并表示：“誓矢血诚，拥护中央，保卫地方，鞠躬尽瘁，至死靡他。”接着，他就任护军使，并根据黎元洪的要求，代理江西都督。
欧阳武从九江前往南昌，道经湖口时，下令遣散李烈钧命水巡总监蔡锐霆将内河水巡炮船之兵调集湖口训练的调训团。他抵南昌接管了都督印信后，即着手破坏李烈均的备战措施，将沿江部队撤回腹地，并下令取消军政司，裁撤总务厅，停止征兵，解散兵站，使江西的防务受到削弱。
李烈钧、胡汉民相继被免职，使革命党人内部武力讨袁的主张逐渐占了上风。坚持法律倒袁但也未放弃为讨袁做准备的黄兴，在李烈钧被免职的第3天，便着手规划讨袁的实际部署，并把重点首先放在湖北。
黄兴早在3月下旬就派田桐拿着他给湖北革命党人的信去武汉。田桐在武汉先与季雨霖晤面，又由季召集黄兴信中所致诸人，在武昌昙华林举行了秘密会议。经讨论，议决先以宴会方式召集各方面，以言语暗中打动，联络有志于反袁倒黎的同志。
季雨霖和田桐在汉南旅馆宴请各部队团以上、宪兵司令部营以上，以及政界人士，共约四五十人。宴罢，一部分人作了秘密商谈，决定组成改进团，以改进湖北军政，继续革命事业为宗旨；以推翻今政府为主义。推季雨霖为团长，设秘密机关于汉口碧秀里，武昌中瀛街、大朝街、抚院街、巡通岭、鸿翔巷等处。改进团的主要成员采用喝酒、叙旧情等方式，联络军队中的党人，以他们所掌握的部队为基本力量，酝酿起事。由于湖北军队大量裁减，属于革命党人掌握的军队已经很少，改进团便广泛招纳退伍和失意的闲散军人，同时联络会党群众。旬日间达数万人。
改进团制订了几套打倒黎元洪的方案，其一是打算利用原季雨霖的1团和都督府的60名校尉队，通过召开军事会议，劫持黎元洪，铲除顽固派，并宣布彼等造反，破坏革命，这样便从中取得实权，更利于以后行动。其二是先挑起吴醒汉所统之兵与蔡汉卿部下冲突，牵扯蔡部力量，并可乘混乱之机冲击都督府，推倒黎元洪。拟以蔡济民为都督，詹大悲为民政长。计划于4月6日起事。
3月28日，黎元洪侦悉改进团的活动，他发现改进团分送各军的宣言书，大为骇异，悬赏万元捕拿张统，熊自豪2首领。在大智门某旅馆内将2人捉获，立即斩决。
黎元洪将江南留鄂第1师黎天才部调入城内，负责各处巡哨查缉。为了捕获在租界活动的党人，黎又照会驻汉口各国领事，要求：（1）租界内如有匪徒，经鄂政府查悉，鄂政府得直接派兵会同当地巡捕捕拿。（2）捕匪军队因为防范匪徒拒抗起见，得持械前往。（3）捕获匪徒即照引渡犯人之规定，不必经捕房之审问，可直接带回鄂政府讯办。（4）如因捕匪，租界内受有损失，鄂政府担任赔偿。这样，黎元洪便无所顾忌地在武汉三镇，包括租界内外，大肆搜捕改进团党人，缇骑四出，军警密布，拿获之犯，日有所闻。
黎元洪乘改进团重要成员、碧秀里秘密机关负责人、第5旅中校参谋官容景芳等在汉口如寿里宴客联络时，派军警逮捕了在座人员，同时破获碧秀里机关。容景芳供出改进团发起人季雨霖、曾尚武，以及改进团活动计划。幸运的是，季雨霖、曾尚武、熊秉坤、詹大悲等主要成员已闻讯逃往上海。黎元洪下令通缉季、曾等，令以10日为限，自行回鄂投案对质。黎元洪还两次致电袁世凯，报告破案情形，要求袁饬令院部及各省都督、民政长、交涉使，通饬所属军警，悬赏缉拿，按律治罪。
季、熊、曾均为首义功臣，黎元洪发出告示：“能生获季雨霖赏银10万；生获熊秉坤、曾尚武各赏银5万。”这引起革命党人的强烈反对。安徽都督柏文蔚发表通电，对黎元洪通缉季雨霖等提出抗议，责其轻听人言，误伤士类，要求黎立将佳电取销，并通告海内，以前此误听之故。
黎元洪气急败坏，发电痛驳柏文蔚，斥其诬毁个人名誉，贻误国家全局。袁世凯配合黎元洪的行动，发布大总统令，将陆军中将勋二位季雨霖、陆军少将勋五位熊秉坤、步兵中校曾尚武、容景芳一并先行停职，归案查办，季雨霖、熊秉坤并褫夺勋位，即由该省组织军法会审，分别惩办。
10日期满，黎元洪复又将期限延长10日。又10日满，黎元洪宣布将季雨霖、熊秉坤、曾尚武3人实行缺席审判。同案被捕的容景芳，王子英、管心源被判绞刑。容景芳虽然叛节，亦不能免；另有王神斧在审讯中变节，具吐实情，仍被判绞刑。临行刑前，赣、湘、皖、粤4省都督李烈钧、谭延闿、柏文蔚、胡汉民所发抗议通电到鄂，电文曰：“湖北乃首义之区，彼辈皆系革命志士，拥公而建立民国，勿能杀戮。”黎迫于舆论，未敢即杀，但直到袁世凯死去，方予以释放。
在通辑季雨霖等人时，黎元洪对改进团党人进行残酷屠杀，大有血染长江之势。在3月25日至4月6日，10天内斩决共120名，拘禁未行刑者尚有百余人。这些还不包括军法局秘密斩决的数字。军法局秘密处决者已成一大片血场，其中19人系军政学各界知名人士。
6月，袁世凯解除李烈钧等人职务，决心发动全面内战。面对这种局势，黄兴再次指示湖北党人，立即起义，先发制人，打乱袁世凯以及湖北为根据地进攻江西的部署。季雨霖、詹大悲、宁调元，熊越山等率同志多人先后由上海返回武汉，以季、詹、宁、熊住处以及汉口国民党交通部、《民国日报》社为机关，定名“临时鄂军机关部”，使用国民党的名义，决定联络军队及退伍士兵于6月25日夜发动起义，放火为号。
一切布置均已成熟。
可惜又事先被黎元洪探得讯息。24日，黎元洪即派军警会同法国巡捕包围《民国日报》馆，搜出文电、布告多件，内有通告湖北独立、组织北伐军，请各省协应，并起义宗旨、军人条例等语。25日又探悉秘密机关多处，拿获改进团党人50余人，均立即处决。这时军队已处在黎元洪的严密控制之下，对反袁的二次革命，各部队官长为保全职位计，外表赞同，内实观望，内心抱定成功则从，事败则离的主意。有的看到形势不利，甚至杀掉前来联络发动的革命党人。如钟仲衡即因亲去发动驻汉口附近铁路沿线某团，而被该团杀掉。所以当6月25日夜预定起义时，武昌城内外仅有3处放火发难，但没有得到响应，很快被早有戒备的黎元洪镇压下去。26日，又在汉口德租界日本所开的富贵馆内将起义重要领导人宁调元、熊越山拿获，日租界松乃家、九原公馆以及法租界伊达医院等处机关亦先后被破获，季雨霖、蔡济民、吴醒汉、詹大悲、熊秉坤等领导人逃往上海，蒋翊武、杨王鹏、钟畸、温楚珩等逃往湖南。
驻天门县、岳口一带的章裕昆1营如期于6月25日发动，但很快失败。章只身逃走，黎元洪下令缉拿。驻沙洋之刘铁一团人迟于7月21日起兵，树“湖北讨袁军”旗帜，传檄各处，自称讨袁军鄂西总司令。黎元洪先后派出3个团又两个营的兵力往剿，刘铁部仅五六百人，寡不敌众。刘铁逃跑，黎元洪悬赏3000元捉拿，后袁世凯下令悬赏1万元捉拿。
刘铁逃亡日本。
改进团第二次反袁倒黎起事至此全部失败，黎元洪再次进行血腥屠杀。自6月24日以后，日日擒斩，连续不绝，每日多则10余人，最多的1天杀了48人，少则二三人不等。革命党人机关被破获，亦无日无之。至7月上旬，为时满1旬，诛戮者已不下300余人，捕拿者尤众。7月下旬到9月初的40多天里，又杀了300余人，而军法监狱囚犯，由800余人增至1000余人，几无隙地。9月份黎元洪又杀了革命党近50人。时人称湖北省城为“暗无天日之湖北”，“恐怖时代之武昌”，“鬼哭人号之鄂垣”。革命党人报《民立报》抨击黎元洪“外假书生文饰，以盗宽仁之名，内则任用宵小，以行险残之实”，“叹黎元洪之残忍，殆为各都督冠”，“屠户之类名，赵尔丰不能独有矣。”
在被杀的革命党人中，较著名的有宁调元、熊越山、蒋翊武等。宁、熊是被解至北京杀害的。蒋翊武在广西全州兴安县唐家冲被驻军统制秦步衢的部下所捕，由全州解桂林。黎元洪电袁世凯称：“蒋逆翊武……不予迅诛，终为巨患。可否饬陆都督从速执行，以昭显戮。出自钧裁。”袁世凯立即电陆荣廷，令其将蒋就地枪决。蒋翊武临刑前，从容不迫，仍向围观群众宣传革命。
首义功人王国栋、胡捷三，以及钟伸衡、罗云锦、彭志超等亦均同案被杀。参议员居正、胡秉珂，众议员杨时杰、田桐、白逾桓、刘英等，均以“照内乱罪”，革除其议员名义，有勋位及军职者，一律褫夺。谭人凤也被革去长江巡阅使职务。在逃的季雨霖、詹大悲、章裕昆等10余人也被袁世凯以大总统令通缉。
《民国日报》，《震旦民报》遭到迫害。《大汉报》编辑余慈舫，是国民党中坚分子，被捕枪决。
至此，湖北革命党人已被黎元洪摧残殆尽。
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