袁世凯在1913年6月14日下令撤免胡汉民广东都督兼民政长职务，调充所调“西藏布政使”，任命陈炯明为广东都督，陈昭常为民政长。如何回答袁世凯这一公开挑战，军政府内部意见分歧。朱执信向胡、陈献策说：“此时欲讨袁必先简选革命之劲旅，今在粤之第1师为钟鼎基，第2师为苏慎初，第1兵中无革命党人，第2师之中虽有而不多。今若新编革命军1师，则第2师当然可互相提携，第1师亦不敢有所变化，此上策也；其次则余辞去一切名义中之职务，专选优秀同志在粤军各军中宣传革命之理论与讨袁之大义，以坚将士讨袁之心，此又一策也。”
陈炯明曾高唱“军人不党”，使国民党在大难当头之时，却失去了对军队的控制。朱执信所献二策，都有“亡羊补牢”的深意，但陈炯明听不进去，不予采纳。胡汉民则无实权在手，茫然失措，灰心丧气。有人向胡建议，要求袁世凯收回成命，但胡已丧失斗争信心，去志甚坚，终于在6月20日弃职赴港。临行前，他不无沮丧地对陈炯明表示：他到上海后，将与叶夏声等人组织报馆，决不再入政界。
袁世凯以陈炯明取代胡汉民，其用心十分阴险毒辣，不但加剧了胡、陈之争，而且以都督为诱饵，将陈炯明收为己用。如果陈炯明不俯首听命，袁世凯则以龙济光为广东护军使，分割广东军政大权；以陈昭常为广东民政长，分割民政大权。军政、民政大权旁落他人之手，“都督”也就徒具虚名了，陈炯明在龙济光、陈昭常的牵制之下，无所作为。袁世凯如此煞费苦心，其目的就在于控制陈炯明，进而控制广东全省，斩断国民党的退路。
广东远离全国政治中心，袁世凯对它鞭长莫及，只能实行间接控制。而国民党在广东却有深厚基础，所以广东可以成为武力讨袁的根据地。孙中山等决定武力讨袁，对广东自然特别重视。胡汉民被免职后，孙中山和黄兴力促陈炯明立即就职，保住广东这块地盘，以便据以反袁。但陈炯明始以“内部不一致，兵力还薄弱”为借口，拒绝参与。孙中山亲自去澳门，约陈炯明在军舰上会面，促陈“四省独立，广东同时宣布”。
陈炯明对都督职位早就梦寐以求，但此时接任，却面临两种选择：或者按照孙中山的意图，实行武力反袁，这就会招致袁世凯的军事镇压；或者不反袁，国民党人必不容他。因此，陈炯明煞费踌躇，举棋不定。
陈炯明举棋不定，引起同志们的疑虑。黄兴从上海一连发给陈炯明3个电报，请“接任都督，宣布独立讨袁”；希望他“联合讨袁，切勿再延”；最后一电更愤然指出：“再不接任都督，独立讨袁，党人将不能相谅。”
袁世凯也逼着陈炯明表态，他通过他的秘书长梁士诒向陈炯明递交“最后通牒”，胁称：如果3天内不就职，一周之后，将改派龙济光接任。袁世凯的部队已大举南下，江西、安徽、江苏奋起讨袁已如箭在弦上，形势非常迫人。陈炯明至此已别无选择，只好于7月8日宣布正式就职。
陈炯明不甘心听任袁世凯摆布，让袁世凯的亲信龙济光等人架空自己。他在就职前向袁世凯提出，不得任命政府私人为粤省护军使及民政长，从中牵制一切。就职后，又一次要求袁世凯取消护军使的设置，从而垄断广东兵权。在陈炯明授意下，广东掀起一股拒陈风潮，吓得袁世凯派来的民政长陈昭常不敢南下。陈炯明趁机向袁世凯提出“暂时”兼任广东民政长，以10个月为限。袁世凯无奈，只好默认。于是袁世凯利用龙济光、陈昭常架空陈炯明的计划落空。
陈炯明就任都督后，并未下定决心讨袁。他在给孙中山的电报中，仍然坚持己见：“广东兵力单薄，不能首先发难。”他还致电袁世凯政府，希望调停“北赣两军冲突”，“使赣军晓然于中央用意所在，不至铤而走险，贻患大局。”
江西李烈钧反袁态度最为坚决。江西军队号称2师1旅。5月中旬，当袁世凯的北洋军第6师进驻兴国、蕲春、田家镇一线，随时准备向江西进攻时，李烈钧毫不示弱，立即在湖口、九江沿长江一线加强战备，将所属第1师、第2师及炮兵团、护卫军尽数开往九江、湖口、马当、关城、德安、沙河、江北瑞昌、武穴等处，沿长江布防，准备随时迎击袁军南犯。并断然拒绝袁世凯通过黎元洪要他“洁身引退，举贤自代”的劝告。李烈钧的态度虽很坚定，但江西1省毕竟兵力单薄，在缺乏其他各省配合的情况下，李的处境不免孤立。
李烈钧与袁世凯发生尖锐冲突是在江西民政长问题引起的。李烈钧是最早坚决反对“军民分治”的，自然被袁世凯视作眼中钉。他更针对袁世凯的“中央集权”，提出“地方集权”的口号。李烈钧的“地方集权”得到国民党人的支持，国民党人马君武称李为本党主张的第一贤豪。袁世凯更加愤恨李烈钧。
共和党曾拉拢李烈钧入党，举李为共和党江西支部长，李辞不就，引起共和党人不满。后来共和党人在江西活动，同李烈钧的江西都督府不断发生矛盾。李烈钧为了加强在江西的政权建设，在许多方面实际上实行了革命的专政。诸如在禁烟、国民捐和筹饷等问题上，都采取了严厉的手段来对付当地豪绅。这更激起了共和党人的愤怒，把他称为“江西王”，并从各方面帮助袁世凯铲除李烈钧。
1912年12月10日，在袁世凯指使下，由原江西第3旅旅长余鹤松在南昌发动兵变。余原为李烈钧的同学，和李关系甚好，由于李将余部编入其他军队，委余为省府顾问，余心不愿，遂跑到北京谒袁，辞令之间，对李颇露不满。袁知可利用，遂给以咨议名义，月支300元叫他到赣便宜行事，只要能够倒李，就任他为江西都督。于是，余返回南昌运动旧部，策动兵变。
在兵变发生前，李烈钧曾考虑缓和他同袁世凯之间的矛盾，推荐前清候补道、署理江西按察使汪瑞闿为江西民政长。汪曾任前清武备学堂总监，与李烈钧有师生之谊。李派人同汪联系，汪表示同意。但这本是李的一种考虑，并未正式提出。
兵变发生后，李烈钧迫于形势，致电袁世凯，对兵变引咎自责，又在都督府会议上决定实行军民分治，并向袁世凯推汪瑞闿为江西民政长。
李烈钧请简民政长的电报刚刚发出4个小时，就接到了袁世凯发布任命汪瑞闿为江西民政长的命令。这种怪现象不能不引起李烈钧的怀疑。他本来是反对军民分治最积极的人，只是由于兵变的压力，才不得已把不久前设想让汪瑞闿出任民政长一事正式提出。袁世凯这么异常任命汪瑞闿为民政长，袁、汪是否勾结？李本打算给汪以民政长虚职，如果袁、汪勾结起来，对李十分不利。
实际情况是：汪认为李既叫他任省长，江西方面已不成问题。惟闻袁和李极不睦，专凭李荐，袁未必允，若先到北京和袁接洽妥当，岂不更好。遂进京谒袁，述李荐他为省长固然好，但甚愿谓大总统径行任命，不由地方大吏推荐，这不是表示中国更统一么！
袁见汪主动上门，正可借他来牵制李，所以在李请简汪任民政长的电报后，立即给予任命。这时，李烈钧才发现自己上了大当，但事已无可奈何，只好暗中布置抵制。
在李烈钧策动下，江西广饶协会等团体纷纷发表通电，历数汪瑞闿在前清时的种种劣迹，对他出任民政长表示极力反对，誓不承认。国民党江西支部则以“省长简任须经民选”等理由，要求袁将简任民政长之成命收回。
袁世凯态度十分强硬，通令声称：“民政长一职由国家设置，汪瑞闿到任后能否任职，国家自有法令，功过原无所逃，该协会等种种指陈，无论虚实，既有溯及既往之谈，尤属党同伐异之见。至于所称誓不承认一语，查任官依照约法并无须某会承认之条，似此未免弁髦约法。”袁饬李烈钧“传知该协会等，嗣后务遵法律，各守范围，勿得自滋纷扰。”
江瑞闿由于有袁世凯撑腰，有恃无恐，便乘船到南昌上任，受到共和党人和当时共和党人占优势的江西省议会的欢迎。李烈钧表面上也表示欢迎，隆重接待，并在都督府政务会议上，表示将贯彻军民分治，但暗中则积极布置驱汪。
南昌军警两界数千人召开拒汪大会，有人提出武力驱汪，也有人主张“举代表告汪，速离省城，否则人民激于义愤而有暴动，我两界难负保护之责。”汪瑞闿即逃离行馆，于第二天函告李烈钧，声称赴沪就医。同时致电袁世凯，称病辞职。李烈钧表面派人挽留，汪在当天下午乘船离南昌，经九江，前往武汉。
袁世凯电准给汪病假20天，责令李烈钧从速筹划分治事宜，敦促汪民政长迅行调治，刻期赴任，以专责成而清权限，毋再延缓。李烈钧复电，表示将接受军民分治，但又说：“烈钧承乏江右，本由省议会所公举，大总统所任命，重以乡梓义务，未敢告劳。现在正式议会形将成立，于此数月内，拟即勉为其难，于军民要政担任完全责任。一俟正式国会、省议会成立后，即当呈请大总统分别简任贤能，以期共臻郅治。”
他在这份电报中，实际上拒绝让汪瑞闿返任。
汪瑞闿被逐后，共和党人开展了更加猛烈的反对李烈钧的活动。共和党人派人在浔游说各界，逐日集议主张推翻李督，派谢熊赴汉联络汪瑞闿同谋进行。共和党人发动江西各团体以“李烈钧违法殃民”联合赴京请愿，并公布李烈钧的14条“罪状”。是时谣言四起，人心恐惶。舆论哄传有中央派兵送民政长重行至赣之说，又有派张勋或岑春煊为镇守使之说，形势颇为紧张。
此时恰好李烈钧从日本先前订购的步枪700支、子弹300万发，由英国商船运抵九江。袁世凯得到这个消息后，立刻命令参谋部和陆军部以这批军火未经陆军部批准为由，密令此时已投靠袁世凯的九江镇守使戈克安予以扣留。戈克安扣留这批军火后，又害怕李烈钧以强硬手段进行报复，便致电陈宦、段祺瑞，要求调张勋部和海军兵舰到九江一带接济。不久，就传出从下游来军舰8艘停泊九江，2艘停泊湖口，张怀芝将来江西镇抚的消息。
李烈钧通电陆、参二部，说明这批军火是经过合法手续的，要求发还。段祺瑞复电，诈称“此项枪弹已分给各水兵师军队”，拒绝李的要求。李当即通电再次坚决要求发还。
黎元洪的暗探程守箴、邓汉祥将在南昌了解的情况报告给黎，黎便向陆军部密报：“赣省刻下群情愤激，对于中央颇起恶感的原因，在于李督以中央之防赣省，几如寇敌，人情觉不能忍。”他主张陆军部将所扣军火放行，并说：“即令李督有如何野心，此区区军火，亦何济事！窃视李督似非甘冒大不韪者。”至于所传中央有派张勋或岑春煊任江西镇抚之说，他主张“果有其事，即令取消，否则请设法和解”。
海军楚谦舰奉命提取枪械，赣军蔡锐霆部屯扎岸上，声言如敢装运，立即开炮还击。双方剑拔弩张，冲突一触即发。此时，黎元洪发的调解赣事通电到达，戈克安派人登舰请楚谦舰长王克熊上岸协商，由于王克熊电陆军部：“查浔、赣各有军队保护军火，内地毗连租界，若果强取，必动武力，实与大局有关。因此未敢妄动，听候中央和平了结。”
李烈钧的强硬立场，使袁世凯终于不敢强行提取这批军火。
黎元洪提出的调解条件是：发还军火，以平赣人之疑虑；迎回汪民政长，惩办生事之人，以重政府之威信，黎元洪想以政府放行军械的微小让步，来换取李烈钧对汪端闿回任民政长的同意，这自然对袁有利。
李烈钧通电拒绝了黎元洪所提出的撤兵、迎汪、惩凶三个条件，理由是：“湖口设局征兵，属永久计划，汪公未来之前。即已实行；反对民政长属于舆论，确非少数人民意思；汪公当日去赣，并无个人胁迫之行为，即无从根究。”李烈钧愤然表示：“烈钧奔走国事将近10年，乃不意昔日以革命不能见容于满清者，今共和告成，转不能见信于民国政府。”
黎元洪调解未成，袁世凯不再让步，他发出通电，坚持“由都督、议会公派代表迎汪民政长莅职”，并强硬表示：“苟反乎此，则国法具在，断不敢博宽大之名，贻分裂之祸。”李烈钧也不退让，他多方布置，志极坚定。
正当李烈钧同袁世凯矛盾日趋尖锐的时候，江西省共和党籍参议员郭同等串通民主党人，用江西临时省议会、教育总会、商务总会、共和党、民主党5团体的名义，在汉口密电袁世凯，要求袁“迅派镇抚使率兵莅赣协助李督剪除凶暴，而靖地方”。共和党人梅光远也以江西公会名义，由上海致电袁世凯，要求袁“迅派威望素著大员为镇抚使，偕民政长莅省慰众庶之渴怀，宣中央之威信，正纲纪而戢奸谋。”
郭同等在汉口用5团体名义发给袁世凯的那份要求武力解决江西问题的密电，被李烈钧派驻北京的俞应麓所探获，乃撮抄原电告李烈钧，请其饬各机关速电中央解释。于是，李烈钧乃将俞电油印数函分发省议会及各公团，附以最猛厉之辞，要求各团体自行再电中央取消前电。于是，江西各团体纷纷通电指责郭同的捏名窃发的行为。江西凡有血气者，闻请派镇抚使带兵来赣之电，莫不怒发冲冠。而商务总会、教育总会各公团被盗名尤属无辜受屈，经详细调查，确系郭同所为，是可忍，孰不可忍。江西教育总会、商船总会、工商勇进会、铁道协会、国民会、社会党等10余团体，亦通电声明：“此次赣省反对汪瑞闿实出于各界公愤，并非一二怀私报怨者之所为，且非以中央简民政长而反对，实反对汪瑞闿不能任民政长，同人等宁可牺牲性命而决不能听汪瑞闿贻害江西。”
南昌各团体召开江西公民联合会大会，反对汪瑞闿返赣及中央违法颁布省官制，有数千人参加大会。会议通电各省：“吾赣自不认汪瑞闿为民政长以来，一二怀私挟怨之不肖赣人，如郭同、李国珍、梅光远等，在京沪间散布谣言，构成疑窦，遂致外间腾喧沸之声，内部兆恐惶之象。而陆军部扣留江西军械，海军部派赴九江兵舰之事，亦因之前后发生。同人等窃为此惧。……而又适值临时省会已停，正式省会未立，机关不备，维系无人，爱于本月三号，集会全省各界，各公团并请李都督暨各司长莅临开联合大会。当经议决，凡属赣省大事，对内、对外代表，暂以本会为总机关。除电请袁大总统将江西民政长汪瑞闿成命收回，并祈命陆海军部掷还军械，退去兵舰，暨电请参议院提出质问外，尤不能不环告同胞。……再前月八号，大总统乘参议院休会期中，擅以命令颁布省制，以及各种文武官制，显系出于专制，实有背于共和。吾民若不抵死力争，则约法几等弁髦，民国将成泡影，履霜坚冰，宜防其渐。伏冀共表同情，感伸公论，以维政体而巩民权。幸甚！”
这份通电发出后，政治上拥袁的云、贵、川、桂四省都督，蔡锷、唐继尧、胡景伊、陆荣廷联名发出声讨“阴谋窃割”的通电，其电说：“近闻有奸宄之徒，阴谋窃割，乘机思逞，大江以南，恣情鼓煽。……缔造方新，岂堪再有破坏？万一见诸事实，则扰乱治安，即为国民公敌。吾辈责任所在，惟有尽力所能，声罪致讨，必不令奸谋得逞，致蹈危亡！”矛头直指李烈钧。
共和党籍参议员郭同、李国珍、陈国祥、籍忠寅等24人，在参议院向袁世凯政府提出质问书，列举李烈钧武力驱汪、越权调动军队、擅自扩大军队编制、下令征兵、私购军火等5大罪状，质问袁世凯政府为什么“任其帝制自雄，不加惩究”。旅居京、沪的江西籍共和党人梅光远、吴宗慈、陈三立、谢远涵等则联名通电，宣告李烈钧“罪状”，“痛陈李烈钧祸赣之实情。”一时，声讨李烈钧之声，甚嚣尘上。
袁世凯看到他不仅有共和党、民主党，而且有掌握实际军政权力的西南4省都督的支持，气焰更加嚣张。他阅4都督声讨电，益形愤慨，当即拟一长电，他致4都督及各省长官，表示“本大总统若再曲予优容，非惟辜负众望，实亦矛盾初衷，惟有牺牲一身保全大局，竭我绵力，殄此么魔。”接着，国务院传出大总统以除暴安良为天职的通电，表示“一息尚存，总以除暴安良为天职”，摆出一副即将出兵镇压的架势。
李烈钧面对袁世凯和拥袁势力，坚决进行反击。他用“江西全省公民联合会”名义发出通电，指责袁世凯简放汪瑞闿为民政长，是既无择贤之哲，又无体察民意之诚，不知共和国政府以人民为主。指责旅京、沪的江西绅耆的通电攻讦，是一小撮奸佞僻拗之人贪个人私利置地方于不顾，颠倒黑白，吹毛求疵，适于江西大多数人民公意相反；批评袁世凯扣留军械，派军舰驻扎九江等种种不当行为。李烈钧在军事上则加强吴城、姑塘、湖口、德安一带的布置，严密监视戈克安控制下的九江，同停泊在长江中的军舰对峙，形势日趋严重。
在这种情况下，程德全、柏文蔚、朱瑞、黄兴、谭延闿等纷纷出面调解，主张和平解决。这时袁世凯鉴于正值召开正式国会，选举大总统的前夕，而且还没有得到银行团的“善后大借款”，发动内战的时机尚不成熟，于是委任隶籍国民党并同南方军人有关系的王芝祥为镇抚使兼理江西都督，准备调李烈钧入京。但王芝祥立即识破袁世凯挑动国民党人内讧的阴谋，便以“不宜纯用手段，反启纷争”为由，拒绝上任。袁只得改派王芝祥为“查办使”，南下查办江西事件。
王芝祥离京南下的消息传出后，共和党人认为王是国民党人，必然偏向李烈钧，群起而反之。袁世凯看到共和党对王芝祥赴赣有所误会，赶忙电告共和党理事长黎元洪说：“铁珊（王芝祥字）此行不啻代表鄙人与赣中人士握手，掬诚相见，该省人民或不知中央之用意，不免又生误会，请贵处速派人员，前往开示此意，以释赣人之疑虑。”共和党人反对王芝祥到江西的活动方才停止。
袁世凯又派耿毅作为王芝祥的副手。耿是革命党人，曾任同盟会广西支部长。南京临时政府北迁后，耿到北京在总统府任职。袁见耿同南方军人关系较多，准备加以收买利用，耿虚与委蛇。耿同李烈均关系素来密切，就利用王艺祥赴江西前先到上海会晤黄兴的时机，先王芝祥到南昌，同李烈钧密议对付袁世凯的策略。
王芝祥到南昌后当即表示：“汪民政长决不再来，将来由李督兼署或另简人，此时未能预定。军械扣留案，陆军部嘱兄弟看江西枪弹是否足用，是用则归中央，不足则发还江西。
此案政府已表示退让之意，当不难了结。”
袁世凯发布了如数发还所扣江西军火和任命赵从蕃任江西民政长的命令。李烈钧通电表示欢迎。袁世凯退让，除因发动内战时机尚未成熟外，英商向袁氏政府行索取“耽延赔偿费”，每天索价200两，从1913年1月28日算起，这使袁政府在经济上有颇大压力。因此，袁世凯令王芝祥解决赣事，“迅则妙”。
李烈钧并未就此罢休，江西省议会换届，使李烈钧在江西的处境改善，换届后的省议会不再是共和党人占优势，因此，省议会在李烈钧的支持和策划下，发出通电说：
本会前不承认汪民政长，纯为恪守约法起见。文电改委赵从蕃署江西民政长，窃地方官制未经参议院通过，民政长一职，在法律上无委署之依据，况正式国会成立在即，此次官制当俟议决践行。若于约法有效时期骤事变更，无论改委何人，赣民抵死不能承认。本会为人民代表，断难缄默。伏乞收回成命，以维约法而顺舆情。
省议会拒赵，袁世凯极为恼怒，立即致电黎元洪指责江西省议会“蔑视约法，莫此为甚”，扬言“该省会苟能幡然省误，自可勿庸置议；若仍借端反对，则惟有执法进行，以维大局。”
江西省议会毫不后退，针对袁电发出通电说：“民政长为大总统命令官制中之一，吾人民既绝对不承认此代法律之命令，即当然不承认此命令官制中之民政长。本省拒汪一案，业经电中央查照，讵中央复简赵从蕃为赣民政长，命令官制必欲实行，专制进步一日千里。本会不敢冒昧服从，躬为祸首，谨就事实，聊布腹心。”
李烈钧在接收了被袁世凯扣留两个多月的军械后，立即采取措施驱逐戈克安。他首先以“本省沿江炮台，共计6台，延长百余里，仅设总台官1员，指挥殊多不便”为由，下令改编金鸡坡炮台及驻浔上下两炮台为上三台，委任陈廷训为上三台总台官。湖口东、西两炮台及马当炮台，为下三台，委任陈传曾为下三台总台官，均归“本都督直接指挥”。并命令将戈克安所指挥的驻浔第9团编入第1师。这样就把戈克安作为九江镇守使的职权完全剥夺了。同时，李烈钧又命令第1师师长欧阳武，在沙河没司令部，向九江、湖口一线增兵，准备以武力解决，戈克安一日数电向北京告急。
王芝祥闻讯从南昌赴到九江调停。袁世凯只好下令：“戈克安着来京面询事件，其九江镇守使事务任命王芝祥暂行兼管。附近各军均归王芝祥节制调遣。”
李烈钧宣布：“现已奉令调戈镇守使入京，浔事由王上将暂行兼理。地方安宁，人心大定。”李烈钧与袁世凯的斗争终于取得胜利。这也是南京临时政府结束后，革命党人与袁世凯在许多问题上的斗争，赢得的唯一的一次胜利。这次胜利，由于李烈钧有一省作为据点，手中握有一定的武装力量，立场坚定，并在斗争中比较讲究策略。这是1912年底至1913年4月初的事。
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