应桂馨、武士英二犯落网后，袁世凯惶恐万状。3月29日，他密电程德全说：“连接南方私人来电，宋案牵涉洪述祖，是否确实，究何情节，宜速查复，以为凭核。”接着，他又电催程德全报告“证据”，以谋对付办法。他的机要秘书张一麟也多次密电程德全，要他把牵涉中央的证据向英厅索取，派人送京，并特别叮咛说：“可不作正式报告。”但是，袁世凯当时还不能完全控制江苏和上海一带。
4月16日、17日，上海公共租界会审公堂先后将应桂馨、武士英二犯解交上海地方当局。18日，公共租界会审公堂又将英、法总巡在应犯家中搜获的凶器五响手枪1支，密电码3本，封固函电证据2包，皮箱1个移交上海地方当局。公共租界捕房总巡也当堂移交在应犯家内搜获的函电证据5包。这些罪证都由程德全、应德闳同上海地方检察厅长陈英检查验收。经过整理后，将有关紧要各证据共同盖印，并拍照片。在孙中山和黄兴的强烈要求下，4月25日，程德全、应德闳不得不将查获的函电证据公诸于世。其中最重要的有以下各件：
1913年1月14日，赵秉钧致应桂馨函中有：“密码送请验收，以后有电直寄国务院可也”等语，外附密码1本，上注“国务院‘应’密”。
1月25日应致赵秉钧电：“国会盲争，真相已得，洪（指洪述祖）回面详。”
2月1日，洪述祖致应桂馨函：“大题目总以做一篇激烈文章，方有价值也。”
2月2日，应致赵秉钧电：“孙、黄、黎、宋运动激烈，民党忽主宋任总理。已由日本购孙、黄、宋劣史，……用照辑印10万册，拟从横滨发行。”
同日，洪致应桂馨函：“紧要文章已略露一句，说必有激烈举动。弟（指应）须于题前经电老赵，索一数目。”
2月4日，洪致应函：“冬电到赵处，即交兄手面呈，总统阅后颇色喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行。”
2月8日，洪致应函：“宋辈有无觅处，中央对此似颇注意。”
2月12日，洪致应电：“来函已面呈总统、总理阅过，以后勿通电国务院，因智（赵秉钧字智庵）已将应密本交来，恐程君不机密，纯令兄（洪自称）一手经理。”
3月10日，应桂馨致洪述祖电：“八厘公债，在上海指定银行，交足六六二折，买350万，请转呈，当日复。”
3月13日，应桂馨致洪述祖函：“《民立》记遁初在宁之演说词，读之即知近来势力及趋向所在矣。事关大局，欲为釜底抽薪法，若不去宋，非特生出无穷是非，恐大局必为扰乱。”
同日，洪述祖致应桂馨电：“‘川’密‘蒸’电已交财政总长核办，债止六厘，恐折扣大，通不过。毁宋酬勋，相度机宜，妥筹办理。”
3月14日，应桂馨致洪述祖电：“梁山匪魁（指宋教仁），四出扰乱，危险实甚，已发紧急命令，设法剿捕之，转呈候示。”
3月18日，洪复应电：“寒电立即照办。”次日又电：“事速照行。”
3月21日凌晨2时，武士英刺杀宋教仁后不到4小时，应致洪述祖电：“24分钟所发急令已达，请先呈报。”同日又电：“号电谅急，匪魁已灭，我军无一伤亡堪慰，望转呈。”
3月23日，洪述祖致应函：“号、个两电悉，不再另复。
鄙人于4月7日到沪。”
这些确凿的宋案证据公布后，舆论哗然，证据再明白不过地暴露了袁世凯是暗杀宋教仁的元凶。在孙中山、黄兴的要求和舆论的压力下，程德全、应德闳在公布宋案证据的同时，以案件牵涉到国务总理赵秉均，提出组织特别法庭审理此案。接着，孙中山和黄兴也在4月26日联名通电，要求严究宋案主名，他们所说的“主名”指的自然就是袁世凯。通电说：
宋案移交内地以后，经苏程都督、应民政长会同检查证据完毕。凡关于应桂馨、洪述祖、赵总理往来通电，已于有日摘要报告中央，并通电各省都督在案。此案关系重大，为中外人士注目，一月以来探询究竟者，无时不有。今幸发表大略，望即就近向都督府取阅原电。诸公有巩固民国，维持人道之责，想必能严究主名，同伸公愤也。孙文、黄兴。宥。
配合着程德全、应德闳对宋案罪证的公布和孙中山、黄兴要求严究宋案主名的通电，国民党人对袁世凯展开了更加猛烈的抨击。
孙中山自日本返沪的当天晚上，在黄兴寓所会商宋案对付办法。在座的有陈其美、居正、戴天仇等人。当时已经弄清刺宋由袁世凯指使已无疑问，孙中山对袁世凯的幻想完全破灭，主张速战，他语调低沉而缓慢地说道：
“袁世凯之出此，天性恶戾，反复无常，固其一端；他之所以敢于如此胡作非为，一是因为革命方略不行，这其中，我将临时大总统一职让袁，乃是我犯下的最大的政治错误；二是因为在中国，专制之毒麻木人心，习于旧污者，视民主政体为仇雠，伺瑕诋隙，思中伤之以为快，这些封建遗老和崇尚旧习者趋重于袁世凯，将挟以为推翻民国之工具，而袁世凯亦利用之以自便其私。积此两方面原因，袁世凯便有了铲除南方党人势力之计划，推倒民治，恢复帝制之野心，狙杀钝初只不过是他的阴谋的第一步，向五国借款，便是第二步，往后，还有更狠毒更嚣张的第三步、第四步……看起来，我们南方革命党人非用武力倒袁不可了。”
孙中山说罢，看看在座各位，催促道：“诸位，有何见解，请发表吧！”
黄兴道：“上海及南方各省党人均持以法律斗争为主的讨袁对策，况且目前凶犯捕获在押，罪证确凿，法律斗争极为有利，攻势也强。”
孙中山不以为然，他语气平缓而坚定地说：“不不，依我之见，对袁世凯是非用武力不可，我们应该立即组织军队。宋案证据确凿，人心激昂，民气奋发，正可及时利用，否则时机一纵，后悔终嗟无及。”
黄兴迟疑了一下，不紧不慢地说道：“我也曾闪过一念，想趁党人和国民无不激愤之时，兴师问罪，兴兵讨伐。可是，本党所掌握的军队不仅数量少，且有一大部分尚在训练之中，势薄力单，实在难以与北洋六镇作战。民国既已成立，法律并不是没有效力，而且南方武力不足恃，苟或发难，必致大局糜烂。”
孙中山情绪有点激动地说：“袁世凯两面三刀，阴险狡诈，豺狼之性终不可移，杀害钝初，又要私借外债，以一己之私为天下之公，此逆迹已彰。本党一方面应利用当前国人之义愤，外联日本，以孤袁贼之势；另一方面，应立即动员南方五省宣布独立，起兵北上讨袁，先发制人，方可取胜。错过目前之时机，后果将难以预料，我打算近日再次东渡日本，联络日方军政界朋友，以期得到日本的援助。日本与我国乃一衣带水之近邻，日若助我，我则胜；日若助袁，袁则胜。所以，对日方的力量应积极争取，切不可等闲视之。”黄兴的情绪也有点急躁，道：“恕我直言，若用武力倒袁，一来难以得到国人谅解，二来袁世凯正可以此为借口，向欧美乞怜求助，其结局更是不堪设想。如今真理在握，罪犯在押，铁证如山，我仍主张法律惩袁，逼袁下台。”
孙中山道：“在今日之中国，对于袁世凯这样一个独揽军、政、财大权，能翻手为云、覆手为雨的大盗逆贼来说，法律是制裁不了他的，甚至是动不了他的一根汗毛的。历史，我没有看准，可还是有人看准了，去年柳亚子君在报上撰文写道：‘孙退袁兴，旧势力完全存在，革命实在太不彻底，且卧榻之旁，任人鼾睡，必无佳果。’说得好，真是一针见血，入木三分啊！”
黄兴又提出：“以其人之道，还治其人之身，用暗杀手段，省事免牺牲。”
孙中山一向不赞成暗杀，亦不认为能用法律解决问题。道：“总统指使暗杀，则断非法律所能解决，所能解决者只有武力。”
孙、黄二人争持甚烈。
4月中下旬，革命党人在上海召开了第一次秘密军事会议。安徽都督柏文蔚，江西都督李烈钧及广东、湖南省代表周震鳞、覃鎏钦参加了会议。会上李、柏两人皆主战，柏文蔚表示：“愿首在皖发难。”
孙中山、黄兴仍争论不决，结果采纳黄兴建议：分电广东、湖南两省，征求胡汉民、谭延闿意见，再行决定。电报发出后，旋得复电，皆主张法律解决。
因此，会议的结果仅议定进行全面布置的准备工作，并没有制定出兵讨袁的计划。孙中山又提出联日计划，拟再东渡，争取日本的支持，黄兴以中国内务不便乞外援相劝阻。
孙、黄二人各自坚持自己的主张，相持不下。孙中山一面派人赴各省联络军人，一面派陈其美、戴天仇与黄兴辩论，往往争论激烈，不欢而散。
在国民党内，也就形成了主张武力解决和主张法律解决的两种不同意见。大体说来，原来的激进派都主张武力解决，原来的稳健派多主张法律解决。新当选的国会议员也多主张法律解决。在国民党掌握的各省中，江西、安徽两省倾向于尽快出兵，湖南因立宪派谭延闿做都督，广东由于胡汉民和陈炯明内部争权，矛盾重重，都主张先争取法律解决，福建都督孙道仁则患得患失举旗不定。在国民党所控制的南京各军中，中下层军官比较积极，上层则多取观望态度。
国民党内部尽管存在分歧意见，一时做不出全党统一的决策，但在揭露和谴责袁世凯罪行方面，态度是一致的。宋教仁被刺后，国民党人掌握的报纸，都以大量篇幅报道宋被刺的经过和各地的强烈反映，对袁世凯、赵秉钧表示强烈的声讨。
4月13日，国民党上海交通部在张园举行追悼宋教仁大会。追悼会在上午10时开始，由居正主持，陈其美代表黄兴主祭，徐血儿报告宋教仁的生平，马君武代表孙中山讲话，吴永珊代表北京国民党本部演说。出席追悼会集中在会场上的有万余人，在场外有万余人，乘车前来静安寺参加追悼会的人，挤满了每辆电车。在会上发言的还有于右任、沈缦云、黄郛、陆颂橘。所有发言，都把矛头直指主凶袁世凯。
有关袁世凯、赵秉钧主谋刺杀宋教仁的材料逐渐透露出来，袁世凯、赵秉钧手忙脚乱，甚恐此种铁证即日公布后，政府中人变为国民公敌；袁世凯惊恐焦虑过好些日子，他深怕南方国民党人趁民愤鼎沸之时举兵北伐逼他下台；后得知国民党领袖们关于起兵一事尚在争论之中，他又暗自庆幸，急忙部署对南方异动的措施。4月初，袁世凯收到孙中山发去劝他下野的电报，他拿着电报杀气腾腾地对手下人说道：
“你们听听孙文在说些什么‘公今日舍辞职外，决无他策’，还有‘若公必欲残民以逞，善言不入，文不忍东南人民久困兵革，必以前次反对君主之决心，反对公之一人，义无反顾’。孙文还想下定决心跟老子干呢！你们可以告诉国民党人，我现在已下决心。孙文右是捣乱，左是捣乱，他除捣乱外再无别的本领了。我袁世凯就不能听人捣乱，他孙文若敢动枪动炮，或另行组织政府，我就发兵征伐，而绝无姑息养奸之余地。”
从此，袁世凯的活动更为频繁，加快了各方面的部署，差人到上海把凶手武士英、应桂馨等除掉，来个杀人灭口。以后又命赵秉钧辞职，以段祺瑞兼任总理，组成军人内阁，组织军政力量，以便对国民党进行武力镇压。
赵秉钧辞职后便去了天津。
赵秉钧字智庵，河南临汝人，他本是袁世凯的心腹大员，善于逢迎诌媚，深得袁世凯的器重，在清末当过民政部侍郎和尚书，民国时代他又爬上内阁总理的高位。
在程德全、应德闳将宋案证据公布后的第2天，即4月26日夜，袁世凯为准备对南方用兵，因苦于财力不足，为解决军费问题，不惜辱国丧权，命赵秉钧领财政总长周学熙、外交总长陆征祥，完全接受英、法、德、俄、日五国银行团的苛刻条件，签订了2500万英镑的借款合同，即所谓“善后借款合同”。
与此同时，袁世凯对南方革命党人又采取拖延的手法，以掩护他暗中积极备战的行动。他以司法总长许士英拒绝副署为理由，反对成立特别法庭审理宋案。黄兴为此以个人名义，致电袁世凯，指出中国司法不独立，稍有常识者皆知，况宋案词连政府，国务总理赵秉钧且为暗杀主谋之犯，法院既在政府藩篱之下，此案果诉至该院，能否望其加罪，政府无所阻挠，此更为一大疑问。并说：“司法总长侧身国务院中，其总理为案中要犯，于此抗颜弄法，似可不必。”
袁世凯接到黄兴电报后，竟在复电中为应桂馨辩护，说：“赵君与应直接之函，惟1月19日致密电码一本，声明有电直寄国务院绝无可疑，如欲凭应、洪往来函电遽指为主谋暗杀之要犯，实非法理之凭。”他借口立宪国司法独立，表示对许士英的反对成立特别法庭，“未便过于摧抑”。
由于特别法庭在袁的阻挠下不能成立，宋案就只能由上海地方审判厅审理。5月8日，上海地方检查厅发出传票，票传赵秉钧到庭受审。但是，赵秉钧在袁世凯的支持下，拒不到案。
赵秉钧辞去总理职务，到天津做直隶都督。宋案发生后，赵秉钧曾在北京《新纪元报》上发表谈话，把自己说成是宋教仁最好的朋友，企图为自己解脱嫌疑。
袁世凯看到报纸后，就怀恨在心，对儿子袁克定说：“看来赵秉钧胆怯了，其实他越是想避嫌疑，这个嫌疑就越会洗不清。”
赵秉钧得知应桂馨从狱中保释出来后被人杀死，知道是袁世凯所为，便给袁世凯打电话，埋怨袁世凯不该拉完磨杀驴，并说：“应桂馨如此下场，以后谁还敢替总统办事！”
袁世凯便对赵秉钧起了杀心，派了几个心腹拱卫军到天津去执行。
赵秉钧独自在天津督署内厅踱步沉思，忽然又忆起一桩往事：辛亥年武昌爆发革命，清廷重新起用袁世凯。就在袁入京组阁之前，曾邀请他在密室里共商谋取清室而代之的策略。他俩又仿照三国里诸葛孔明和周瑜比智的办法，各自在巴掌心上写四个字互相对照。袁世凯写的是“两面威吓”，他写的是“两利俱存”。袁世凯一看发现赵的计谋比自己高出一筹，就冷笑三声。
赵秉钧想起袁世凯的那三声令人毛骨悚然的阴险奸猾的冷笑，顿觉一股寒气吹往脑门上来。他正想回卧房躺躺，突然闯进来几个彪形大汉，拦住他的去路。一个大汉走过来对他道：
“袁总统听说你近来身体不适，特命我送点药来。”
赵秉钧低头一看那来人手里拿着的两颗药丸，脑子“轰”的一胀，眼睛直了，脸色铁青，嘴唇发乌，方才那股寒气从头顶吹到脚跟。那人催促道：
“请吧！这是袁总统特制的‘安神大补丸’。”
“不！不不！”赵秉钧脑子迅速记起袁世凯命蒋自立去杀武士英时，交给蒋的正是两颗“安神大补丸”，不由自主地惊叫起来，“我没病！没病！不吃药。”
“不准喊叫。”那彪形大汉喝了一声。
赵秉钧明知道躲不过，但又哀求道：“那就请你转告袁总统，就说我说没病，谢谢他的关切。”
“没病也得吃下去，这是袁总统的命令。快吃！”
赵秉钧仍不甘心，妄想死里逃生，唤家人搭救，高声嚷道：“好，好，我差人倒杯水来，我就服下。”
“不必叫人取水，这里就有。”那人从腰间取下一只水葫芦，递给赵秉钧。
赵秉钧这才向周围看看，见门已被关严，屋里几个大汉一齐掏出手枪和匕首，都对准他。他颤抖的双手慢慢抬起，接过那两颗药丸，眼睛射出悔恨、凄楚、绝望的暗淡的光，在枪口和匕首的威逼下，吞服下那两颗“安神大补丸”，顿时七窍出血，凄死在地上。
那几个大汉，见赵秉钧横尸于地，便扬长而去，回京向袁世凯交令去了。
袁世凯将赵秉钧毒死灭口，顿觉心情舒畅，便邀新上任的内阁总理段祺瑞、总统府军事处的心腹大员唐在礼、段芝贵、陈宦等人在中南海乘画舫饮宴取乐，并叫来那给赵秉钧送毒药的领头军官，叙说赵秉钧服毒经过。那唐在礼见状，便明白了袁世凯的用意，他心里暗自说：“人都说袁世凯对付政敌有两件法宝，黄金和白刃。我看他对自己人也有一套戏法：
既要怀之以德，又要临之以狠。”
袁世凯早就察觉到，他在北洋军内部的基础并不稳实，许多将领并不是真心实意为他效力卖命，他们只不过是利用他的权势作为个人取得功名富贵的阶梯，这和他自己要利用这些将领们去拼杀，作为扩大势力、巩固他的统治地位一样，一旦目的达到，这种相互利用的“心腹”也就变成互相攻击的政敌。尤其是当袁世凯看到眼下南北交战已不可避免，而南方革命党人内部意见分歧，四分五裂，南北开战，他们注定是要失败的。他疑虑在击败南方国民党之后，北洋派将领的个人力量必然会发展起来，将会养成“尾大不掉”和增长不利于他的趋势，特别是象“段虎”这样的人，目下虽是自己的“第一号心腹大将”，也口口声声说袁对他“私恩极重”，可是在袁世凯看来，段也是一个不好摆弄的人物，因为他有好几次发现，段祺瑞虽说目下不敢公开抗拒他的命令，但是段对下属却非常专横武断。段现在已是总理，日后如果权势再大，必然也会对他来像对待赵秉钧那么一手。
袁世凯对他的“心腹”都不放心，他视段芝贵私心重，视陈宦是黎元洪的人，视唐在礼心直口快，不易为他所用。他让人叙述赵秉钧被迫服毒的过程，目的是让这4个心腹大员知道，要他们永远俯首贴耳，不然的话，他袁世凯会毫不留情地将其除掉，就像除掉赵秉钧那样。
席上再也无人敢张声，再也无人敢举杯动筷。袁世凯沉思片刻，然后长叹一声，对儿子袁克定说道：
“拿文房四宝来，念在智庵跟随我多年，有功还得记住，我给他写副挽联，明日你亲自送往天津。”
“是！”那袁克定说完取来纸笔墨砚，摆在一旁小长桌上。
袁世凯挽起袖子，挥笔写下：“弼时盛业追皋益，匡夏殊勋懋管萧。”
站在一旁观看的唐在礼心中暗自说道：“这袁宫保真会做戏，红脸白脸花脸全是他自己一人唱。”
袁世凯对国民党人采用金钱收买。在国会召开前，受袁世凯收买最先出来另外组织小政党的是曾任安徽都督的孙毓筠。孙毓筠纠合王芝祥、林述庆等人发起成立国事维持会，并接受袁世凯的重金，派人到南方从事解散欢迎国会团的活动。国会召开后，国民党议员受袁世凯收买，脱离国民党，另组7、8个政党，其中有陈家鼎等人组织的癸丑同志会，刘揆一发起成立的政团俱乐部，景耀月、孙钟等集合西北国会议员80余人组织的政友会，刘揆一和陈黻宸担任正副会长的相友会，司徒颖、陈垣等人发起成立的潜社，夏同和等人发起成立的超然议员社，郭人漳组织的大公无我俱乐部，黄赞元和赵炳麟等人组织的国事商榷会，张汉杰等人组织的调和党，广东议员暗中筹建的第三党等等。
袁世凯对国会虽无兴趣，但根据约法，要有正式国会，尔后才能建立正式政府，选举正式大总统。袁世凯为了成为正式大总统，在刺杀宋教仁的前一天，就发布定于4月8日召开国会的命令。
4月8日，中华民国第一届国会在北京新建的众议院会场举行开幕典礼。临近各街道，张灯结彩，以示庆贺。那些参、众两院议员，均着新制礼服陆续进入会场。国务院总理和各部总长，以及内外来宾多人列席会议。
由于“宋案”关系，国民党与袁世凯关系紧张。一些国民党籍议员声言：国会一经召开，临时政府就不复存在，如果袁世凯到会，仅视为一般来宾，不以总统之礼相待。袁为避免出现被动局面，未出席开幕典礼，仅派总统府秘书长梁士诒作代表前往祝贺。
上午11时，筹备国会事务局委员顾鳌宣布开幕典礼开始，鸣礼炮108响致敬。接着由筹备国会事务局委员长施愚报告国会召集经过，随后公推最年长的云南参议员杨琼为临时主席。杨就席后，由筹备参议院事务处筹备事务员林长民宣读四言颂辞，梁士诒代表袁世凯致贺词说：“我中华民国第一次国会正式成立，此实4000余年历史上莫大之光荣，4万万人亿万年之幸福。世凯亦国民一分子，当与诸君子同深庆幸。”最后高呼：“中华民国万岁！民国国会万岁！”
袁世凯虚伪地赞颂国会，却使不少国民党议员增添了“法律解决”宋案的幻想。
在古老的中国第一次召开具有资产阶级共和国象征的国会，引发出多数国民对国会的善良愿望，当时有一篇时评这样说：
“今日多数人之希望，国会开后，公平以举议长、安稳以选总统，建设真正善良之政府，维持有秩序之议会，欢迎各国一致承认，此第一步也。
公人专心于国事，军队一志于国防，政党以光明之手段竞争，议员以正大之问题辩难，政治能任艰难之责任，各省力谋地方之治安，外交有方，法律不敝，此第二步也。
教育得以普及，少年以力学为荣，生计得以扩张，人民无失业之患，财政不求借债，军器不藉乎外来，言论不事夸张，而自有价值，人才不相嫉妒而各放光华，些第三步也。
三者能如愿，中国之民国固矣。由斯以进，富强幸福不难也。”
但是，国会开幕后，没有满足人民的愿望，首先没能“公平以举议长”。以国民党为一方，共和党、民主党、统一党三党为另一方，就如何选举两院正、副议长问题上，展开激烈争斗。国民党为防止敌党分化、拉拢国民党的议员，预防党员投机取巧，主张记名投票，而共和、民主、统一3党则反对记名投票，经过多次预备会议，双方仍争持不下。一直闹了半个月，才商定同时举行两院第一次正式会议，讨论议事细则、旁听规则及正副议长选举规则等案。
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