宋教仁征得孙中山、黄兴的同意后，在北京着手把统一共和党、国民公党、国民共进会、共和实进会、同盟会5党合并成立国民党。
宋教仁为什么要把同盟会与其它政党合并改组为国民党呢？原因是南京参议院经过一场风波而北迁后，同盟会已不能控制参议院中的多数议席。5月中旬，共和党成立后在参议院的势力大增。在唐内阁风潮中，它同袁世凯狼狈为奸，宋教仁等深感要坚持责任内阁，就必须实行政党内阁，而要实现政党内阁，就必须组成强大的政党，而要组成强大的政党，同盟会就必须联合其他政治力量，特别是当时在参议院占有相当席位的号称第三党的统一共和党。
同盟会改组为国民党，宋教仁、胡瑛、魏宸组、谭人凤、刘揆一、张耀曾、李肇等最积极，但屡次开会研究，均无结果。因为多数同盟会会员反对改组，他们认为“现值党争剧烈之时，本党若稍有动摇，恐他人利我改名而分势，其危险而不堪设想者”。田桐、白逾桓等人反对尤为激烈，他们“痛陈同盟会系数十年流血而成，今日当以生命拥护，此名与民国同体，奈何提及改组？”蔡元培也表示“不能舍己从人，名称万不能改”。
但是，由于袁世凯使用武力威胁参议院通过陆征祥任国务总理，统一共和党在陆内阁风潮中和同盟会一起受到共和党和军警的攻击，多数人异常激愤，于是终于决定和同盟会合并。同盟会为了增强在正式国会竞选中同共和党的竞争力量，也同意同统一共和党合并。
统一共和党的代表、参议院议长吴景濂向同盟会提出两党合并的3个条件：（1）变更同盟会的名称。（2）废除民生主义。（3）改良内部组织。
吴景濂字莲伯，奉天宁远州人。1907年毕业于京师大学堂优级师范科后，留学日本。1909年回国任奉天谘议局议员，旋任议长。1912年任南京临时政府参议院参议员，后任北京参议院参议员、议长。
8月5日，以岑春煊为首的上海国民公党得知统一共和党和同盟会合并的消息后，派代表到京，表示愿意参加，除同意统一共和党所提出的合并3条件外，又提出取消同盟会纲领中的“男女平权”的要求。
岑春煊原名春泽，字云阶。广西西林人，光绪举人。1898年任广东布政使，旋调甘肃布政使。1900年率兵护送慈禧太后与光绪帝至西安，升陕西巡抚，次年3月调山西巡抚。后历任四川、两广总督，残酷镇压人民反清斗争。1907年调任邮传部尚书，因与奕劻、袁世凯争权而解职。1911年武昌起义爆发后，又被起用为四川总督，见清廷大势已去，未赴任。
同盟会为了达到改组扩大的目的，接受了统一共和党和国民公党所提出的条件，但坚持在党纲中必须保留“民生”两字。
8月7日，三党代表开会，又有北京的共和实进会和国民共进会派代表参加。提出参加合并。他们就党名党纲达成最后协议，推定宋教仁、张耀曾和国民公党代表杨南生负责起草宣言。
8月11日，同盟会代表宋教仁、统一共和党代表谷钟秀、国民公党代表虞熙正、国民共进会代表徐谦、共和实进会代表许廉举行正式筹备会议，宋教仁被推选为临时主席。会上，通过了内部组织和“宣言”。两天后，五党联名正式发布了国民党成立宣言：
共和之制，国民为国主体，吾党欲使人不忘斯义也，故取其名曰国民党。党有宗旨，所以定众志。吾党以求完全共治。众志即定于内，不可不有所标帜于外，则党纲尚焉。故斟酌损益，义取适时，概列五事，以为揭橥：
曰保持政治统一，将以建单一之国，行集权之制，使建设之事纲举而目张也。曰发展地方自治，将以练国民之能力，养共和之基础，补中央之所未逮也。曰励行种族同化，将以发达国内平等文明，收道一同风之效也。曰采用民生政策，将以施行国家社会主义，保育国民生计，以国家权力，使一国经济之发达均衡而迅速也。曰维持国际平和，将以尊重外交之信义，维持均势之现状，以专力于内治也。凡此五者，纲领略备，若夫条目，则当与时因应，不克图定。
国民党成立宣言发布的同一天，孙中山、黄兴便通电国内外同盟会各支部，通告同盟会改组为国民党。
8月25日，国民党在北京湖广会馆召开成立大会。到会者2000余人。张继为临时主席，报告五党合并经过以及政纲的起草经过。因为国民党政纲是由同盟会政纲演绎而来，但国民党政纲里取消了男女平权一条，于是，参加大会的同盟会女会员唐群英、沈佩贞等人大怒，她们围着宋教仁严词诘问，其中一个女会员怒不可遏，一把抓住宋教仁的头发，左右开弓，打了他几个嘴巴，使会场大骇。继而，为国民党政纲中是否补入“男女平权”一条，主席主持以举手形式表决。
结果，举手者未过半数，仍然没有通过。
接着，大会发选票选举理事和参议。不久，大会开检选票，选出孙中山、黄兴、宋教仁、王宠惠、王人文、王芝祥、吴景濂、张凤翙、桑贡纳尔布九人为理事。孙中山又被推为理事长。
国民党内部组织分为总务、政事、交际、文事、会计5部和政务研究委员会。总务部主任干事魏宸组、殷汝骊，干事任鸿隽等；政事部主任干事谷钟秀、汤漪。政事部下又设有选举科，主管干事杨永泰，干事张东荪、沈钧儒、徐傅霖、罗文干、刘盥训、张耀曾、伍光建、文群、仇鳌等。交际部主任李肇甫，干事覃振、顾维钧。文事部主任干事杨光湛。政务研究委员会主任干事张耀曾、刘彦，干事冯自由、石志泉、吴铁城等。
大会选出参议：胡汉民、柏文蔚、陈锦涛、李烈钧、张继、蒋翊武、唐绍仪、孙毓筠、谭延闿、尹昌衡、于右任、马君武、田桐等29人。名誉参议钮永建等7人。
孙中山来到会场，全体与会代表起立，脱帽向孙中山致敬。然后，孙中山发表演讲，他说，“中国当此危急存亡之秋，只宜万众一心，和衷共济。五党合并，从此成为伟大政党，或处于行政地位，或处于监督地位，总以国利民福为前提，则我中华国民将可日进富强。故兄弟于五党合并，有无穷之希望。……政党之必有两党或数党互相监督，互相扶助，而后政治方有进步。故政党者虽意见之不同，行为之不同，要皆为利国福民者也。今五党合并，诸君皆当持此观念，则民国前途永无危险之象。……同盟会素所主张者有三主义，一民族主义，二民权主义，三民生主义。今民族、民权已达目的，惟民生问题尚待解决。……男女平权本同盟会之党纲。此次欲组织坚强之大政党，既据五大党之政见，以此条可置缓图，吾人以国家为前提，自不得不暂从多数取决。然苟能将共和巩固完全，男女自有平权之一日。”
孙中山语声刚落，群情振奋，欢声雷动，在奏乐声中，孙中山退出会场。
同盟会改组为国民党后，孙中山仍要宋教仁直接负责，他委托宋教仁为代理理事长，并一再表示，不多问党事。他认为政治革命的任务已经完成，中国的社会革新，比党务与政治问题更重要。他说：
“现在我正在集中我的思想与精力于从社会、实业与商务几个方面重建我们的国家。对于西方国家劳资间的不协调以及劳工大众所处的困境，我所见已多，因之，我希望在中国能预防此种情形的发生。由于实业的发展，生产必将增加，而此种情形的变化，必将有加深劳工阶级与资本所有者之间分野的危险。我希望看到人民大众的生活状况获得改善，而不愿帮助少数人去增殖他的势力，直至成为财阀。”
正是基于这种认识，他才大力宣传民生主义，鼓吹发展实业，把兴办铁路作为他工作的中心。
孙中山表示不多问党务，并不是不问，对于国民党的思想建设和组织建设等重大问题，他仍以国民党理事长的威望和权力，给予指导。
国民党成立后，为了扩大声势，争取多数，到处拉人加入。国民党对“青年之士子，跋扈之武人，市侩之商贩，皆搀杂于其中，对于大官阔佬，则不问其是否同情，预写文凭，强之加入”。
孙中山、黄兴都同意大批发展国民党党员。黄兴一到北京，一心一意扩大政党，他在北京逢人便动员其加入国民党，上至袁世凯，下至一般君主立宪派分子、旧官僚以及前清遗老，都是黄兴动员的对象。孙中山、黄兴极力邀袁世凯加入国民党，作为国民党首领。袁世凯内心不愿加入，他根本反对资产阶级民主革命，但他为了拉拢孙中山等人，态度暧昧，虚与委蛇，使孙中山、黄兴存在种种幻想。后来袁世凯向国民党参议柏文蔚解释说：“入甲党，则乙党为敌，入乙党，则丙党为敌，实不敢以一己之便安，而起国中之纷扰。”
黄兴到京后，袁世凯举行了欢迎黄兴的公宴，袁世凯再一次亲自到场主持。因为有孙夫人参加，所以政府方面除了国务院各总长、次长及总统府各重要大员七八十人为陪宾外，其夫人也都参加。
晚宴在居仁堂大殿举行。袁世凯讲了欢迎词后，孙、黄答谢，态度毫无拘束。然后便是陪宾们依次致辞。
军事处副处长傅良佐坐在西南角，他在致辞时，从恭维孙中山、黄兴，自然地转向恭维袁世凯，出于本性，继而不自觉地牵涉到政治，批评国民党说：“共和是北洋之功，同盟会是暴徒，只会乱闹……”
有人开始响应，高声叫喊：
“孙中山一点力量也没有！”
“孙中山是孙大炮、大骗子！”
晚宴骚乱起来，有人偷看孙中山，见他态度从容如常，若无所闻。黄兴虽然有些坐立不安，但见孙中山如此，也稳定下来，不为所动。
袁世凯见火候到了，该出来压一压了，便站起身来，用拳头猛砸桌子，众人立即寂静下来。袁世凯怒叱道：“我们今天欢迎孙先生、黄司令，不要说那些题外的话！”尔后，他拱手向孙中山、黄兴说：“北洋军人都是老粗，程度不太够，望孙先生、黄司令海谅！”
孙中山气量宽广，面带微笑点头，他见袁世凯坐下，便站起来，举杯道：
“我与黄兴相约，皆放弃正式总统的竞选，让项城作总统10年，练兵百万。我经营铁路设计，把铁路线延长20万里，民国即可富强！”
孙中山的这一席话，正中袁世凯下怀，他站起来大呼：
“孙中山先生万岁！”
孙中山接着呼喊：“袁大总统万岁！”
黄兴本对袁世凯产生怀疑，尤其是张振武被杀案，使他不想北上进京与袁世凯会谈，后经孙中山说服，消除了对袁世凯的疑虑，他到京便说：
“定当调和一切，使我同胞无稍隔阂，和衷共济，以巩固民国基础。”
孙中山和黄兴利用一切场合呼吁停止党争，劝说革命党人平和对待政府。孙中山在国民党成立大会上，还告诫革命党人，要破除党界，勿争意见，勿较前功，即有他党反对，我党亦宜以和平对付。他不顾袁世凯屡用军警干涉政治的严重事实，要革命党人相信，此次共和既由军人赞成，则军人决无破坏共和之事。他还邀集原同盟会在京各报负责人座谈，要求他们勿猛烈攻击袁世凯。黄兴北上途中，在天津演讲宣称：“以化除党见，统一精神为第一要义。”到京后更提出“以和缓手段，对待婴儿之政府”，要求报界诸君，须牺牲党见，共维大局。孙中山反对革命党人对袁世凯采取激烈态度，他说：“国民对袁总统万不可存猜疑心，妄肆攻讦，使彼此诚意不孚，一事不可办，转至激迫袁总统为恶。”
孙中山极力说服党内和平了结张、方案件，认为“弹劾大可不必，盖于事实毫无补救。”
孙中山在京近1月，先后与袁世凯晤谈13次，每次谈话均由梁士诒陪同。谈话自下午4时至晚10时或12时，有3、4次直谈到晨2时，所谈的都是国家大事，包括政治、财政、实业、外交、国防等问题。每次会谈，报纸上都有大体的报道，但没有记录发表。每次谈话，袁世凯都装出十分谦恭的样子，无论孙中山说什么，他都颔首：“所言极是。”就连孙中山提出的“耕者有其田”的激进主张，他也满口答称：“事所当然。”偶有异处，袁世凯也说“贵论宏大，可以参考”之类的奉承话。
某夜，孙、袁会谈结束后，梁送孙回行馆，孙问梁：“我与项城谈话，所见略同。我之政见，彼亦多能领会。惟有一事，我到今尚疑，君为我释之。”
梁问是什么事？
孙道：“中国以农立国，倘不能于农民自身求彻底解决，则改革匪易。欲求解决农民自身问题，非耕者有其田不可。我说及此项政见时，以为项城必反对。孰知彼不特不反对，且肯定认为事所当然，此我所不解也。”
梁士诒回答道：“公环游各国，目睹大地主之剥削，又生长南方，亲见佃者之苦，故主张耕者有其田。项城生长在北方，而北方多属自耕农，佃农者少之又少，故项城以为耕者有其田系当然也。”
孙中山推心置腹畅所欲言，袁世凯百般地曲意相从，二人谈得十分“投机”。当然，袁世凯的“谦恭”不过是为了骗取孙中山的好感，是要孙中山作出更大的让步。因此，谈话中袁总是“谆谆以国家与人民为念，以一日在职之苦”，“诉党派竞争之苦”，并表示：“俟国会召集，选出新总统后，鄙人亦可一息仔肩，退为国民，与诸君子共谋社会上之事业。”袁世凯百般地曲意相从，很快就骗得了孙中山“十年内，大总统非公莫属”的保证。
孙中山对袁世凯的话很满意，他后来曾说：“余在京，与袁总统时相晤谈，讨论国家大政策，亦颇入于精微。故余信袁之为人，很有肩膀，其头脑亦甚清楚，见天下事均能明澈，而思想亦很新。不过，作事手腕稍涉于旧，盖办事本不能全采新法。……故欲治民国，非具有新思想、旧经验、旧手段者不可，而袁总统适足当之。……今日之中国，惟有交项城治理。”
黄兴同袁世凯晤谈后，不止一次地对人说：“袁热心维持民国，实为今日第一人物。袁总统经营国事，不辞劳怨，实所钦服。”
袁世凯在发生内阁危机时邀请孙、黄北上，想请他们解决陆内阁的风潮问题。
8月20日，陆征祥提出辞职后，袁想让他的亲信赵秉钧担任内阁总理，但又怕参议院通不过，于是一面任赵为代理总理，一面声称内阁总理待孙、黄到京后协商解决。与此同时，又故意作出物色人选、改组内阁的姿态。他先是派范源濂、刘揆一动员宋教仁出任内阁总理，宋以仅换总理，阁员仍采各党混合，既不能组成强固的政府，又不合国民党政党内阁的主张，辞谢不就，并表示待孙、黄到京后再议。
孙中山到京后，28日同陆征祥会见时曾劝陆勿存退意。当袁向孙征求内阁总理人选的意见时，孙提议由宋教仁出任，黄兴也来电劝宋担任。宋以临时政府即将结束，所余时间很短，不能多所施展，调和南北感情须有威望素著者，始能得到人们信仰之理由，反过来建议由黄兴任内阁总理。
黄兴北上到天津，宋迎黄于天津时，又动员唐绍仪、陈其美共同促黄出任总理。以后袁、黄会晤，袁也作出动员黄为总理的姿态。黄兴以准备专心致力实业来谢绝。袁世凯就趁势提出在赵秉钧和国民党籍的沈秉坤两人选一人担任总理。袁提沈秉坤自然只是作为陪衬。黄兴认为沈、赵两人均可。宋教仁反对沈而赞赵，因为他认为沈若出任，必然破坏国民党政党内阁的主张。在京国民党人亦多认为国会大选在即，临时政府时间已不长，如沈勉强出任，万一短命，对国民党不利。
经过反复商议，多数国民党党员主张取放任主义，谓不如即用赵秉钧为总理，俾得组一纯粹的袁派内阁，黄兴便代表国民党正式向袁提出赵秉钧为总理，这当然正中袁世凯的下怀。9月24日，经参议院通过，赵内阁正式成立。
赵秉钧正式任内阁总理后，黄兴建议全体阁员加入国民党，以便实现政党内阁。狡猾的袁世凯见黄兴画饼充饥，极表赞成。于是黄兴、陈其美在六国饭店宴请全体国务员、国民党议员、国民党本部各部正副主任与新闻记者，正式宣布“欢迎新加入国民党的国务员诸君”。可是那些新加入国民党的国务员们在宴会上说了几句应酬话之后，根本不拿国民党当回事。内阁总理赵秉钧说：“我们并未理他。”范源濂、周学熙、朱启钤表示不承认。表示积极的惟有最热心做官之外交总长梁如浩，及以留学生一跃而至农林总长之陈振先。有人讥笑黄兴拉这些人入党实是“天然凑成一部一见哈哈笑耳。”也有人说忠厚老实的黄兴劝赵内阁加入国民党，变赵内阁为国民党内阁，是要用“化男为女”的玄想，去化旧为新。
孙中山一心扑在中国的实业上，在他的心目中，头一件大事，就是把中国的铁路搞上去。他到张家口视察了詹天佑设计修建的铁路，并游览了长城。孙中山希望自己铁路建设计划能够得到“参议院之赞同，政府之特许”。袁世凯表面上满足了他的这个愿望，正式任命他为全国铁路督办，全权督办全国铁路。孙中山预定的3大铁路干线是：由广州经广西、云南、四川，通入西藏、绕至天山之南。一由扬子江口，经江苏、安徽、河南、陕西、甘肃、新疆以迄伊犁。一由秦皇岛，绕辽东折入蒙古，直穿外蒙，以达乌梁海。资本定为60亿元，里程为20万里，期限10年。筹款方法是借债修路，允许外人承办，但限期若干年收归国有。
9月18日，孙中山离开北京，到各地考察铁路、矿务，结束了他这次北京之行。他在孔祥熙的陪同下，前往山西太原，去和阎锡山会面。
孙中山和黄兴在京热心调合南北，又公开表示信任、拥护袁世凯，为袁世凯施展诡谋提供了可乘之机。孙中山走后，袁世凯发表了自己拟定的袁、孙、黄、黎的共同宣言，即八大内政大纲。这共同宣言没有经过孙中山、黄兴的酌定。那黎元洪因为张振武案，回避与孙、黄见面，未入京，只列上了名。9月25日，“四大伟人”之协定政策予以公布，这“四大伟人”协定又称为八大内政大纲。其内容是：
（1）立国取统一制度；（2）主持是非善恶之真公道，以正民俗；（3）暂时收束武备，先储海陆军人才；（4）开放门户，输入外资，兴办铁路矿山建置钢铁工厂，以厚民生；（5）提倡资助国民实业，先着手于农、林、工、商；（6）军事、外交、财政、司法、交通皆取中央集权主义，其余斟酌各省情形兼采地方分权主义；（7）迅速整理财政；（8）竭力调和党见，维持秩序，为各国承认之根本。
孙、黄为除祛袁之猜疑心理，表示无意竞选正式总统，而黎元洪亦通电预辞总统：“沉机默运，智勇深沉，洪不如袁项城；明测事机，襟怀恬旷，洪不如孙中山；坚苦卓绝，一意孤行，洪不如黄善化（黄兴，湖南善化人）。”黎又另致共和党之私电，则仅推重袁世凯一人。南北表面上的谐和一致赖以铸成，实则袁、黎之间扭得更紧。
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