反对南京临时政府和孙中山的恶浪，一浪高过一浪，在定都之争之后，紧接着又掀起参议院风波。
南京临时参议院议员中，同盟会会员居绝大多数。江苏、湖北两省便以种种借口去搞垮参议院，另立一个能为他们控制的参议院，进而否定南京参汉院所制定的《临时约法》，为袁世凯效劳。
江苏省籍的参议员杨廷栋、陈陶怡、凌文渊首先发难，他们借口南京临时政府未遵循法律程序，擅用汉冶萍公司与轮船招商局的资财抵借外债和威逼参议员，蹂躏参议院，提出辞职。湖北籍参议员时功玖、刘成禺、张伯烈在参议院审查通过一项向道胜银行借款合同，发生激烈争论后，便通电辞职。
江苏、湖北两省议员辞职，黎元洪控制的民社机关报《民声日报》发表《足以亡国之参议院》一文，公开号召取消参议院，另立国民议会。它指控南京参议院犯有“借款”、“争都”、“变乱政体”、“暴公肥己”四大罪状。并说“以上四罪仅犯其一，即足以亡国之祸，若兼而有之，其亡盖可立待”。
3月14日，湖北省议会发通电：以南京参议院是由各省军政府委员组成，不能作为人民的代表机关，近因南京临时政府以赋税抵借俄债，苏、鄂议员业已辞职，参议院人数不足，议案已难发生效力为理由，主张任用国务员一节暂由袁大总统独立主持，不必再征得南京参议院的同意。要求各省议会在3月底之前，另行选出参议员，组织临时中央议会，待临时中央议会成立后，袁世凯所任命的国务员，再行追交通过。
湖北议会又致电江苏议会，提议：“每省由议会或谘议局选举10人以上20人以下议员，于20日内齐集汉口，筹划一切事宜，如蒙赞成，恳即先行告知本议会为盼。”
江苏议会立即通电响应：“敝会本日开会，尊议极赞成，惟拟修正三事：一、正名为临时国会；二、每省由议会或谘议局选举7人；三、齐集临时政府所在地。贵会如表同情，拟请续电各省议会或谘议局，倘得多数赞同，仍由贵会挈名，电请袁大总统认可，共和肇建，事机万紧，伫盼赐复。”
湖北黎氏集团原打算在汉口组织临时中央会议，以便控制。现在江苏提出不同意见，只好复电说：临时国会地点，原以汉口为齐集地点，俟首都决定后，即行移往，现事机紧迫，凡在长江流域以南各省均齐集汉口同往北京，长江流域以北各省经往北京集会，限15日务各达到往在地点。他们的倡议已得到皖、粤、浙、闽、吉、奉、江、直、豫、晋等省来电赞同，要求江苏速选议员，如期集会。
湖北议会不但不承认南京参议院，而且否认南京参议院所制定的《临时约法》。在3月17日的一份咨文中说：“自上月28日后，苏、鄂议员辞职，各省议员相继辞职者甚多，所余仅23人，已不足法定人数，断难开会，即令该院违背法律，任意开会，揆之法律决难发生效力，勿论该院所决《临时约法》为何项性质，人民决不承认，本议会除电恳袁大总统主持外，相应咨请贵军政府通电袁大总统及各省都督督抚，不以该院决定之《临时约法》为有效。”
湖北议会利令智昏，它支持袁世凯集权，主张国务员的任命，不必再征参议院同意，由袁世凯独立主持，又要废除对袁世凯的权力有所限制的《临时约法》。但是，他们却忘记了临时大总统袁世凯和副总统黎元洪是由参议院选举出来的。若废除《临时约法》，袁世凯的临时大总统和黎元洪的副总统，也就失去了合法性。
南京参议院致电湖北议会，批驳其另立国会的主张：
昨接袁总统寒电，转达贵会通电各省发起临时国会，已得11省回电赞成，不胜骇异。本院之成，根据临时政府组织大纲，现公布之《临时约法》，亦载明10个月内召集国会，当此参议院既成立之后，国会未成立之先，乃以一省议会名议，辄召集临时国会，不知何所依据？若不承认，临时政府皆将无效，民国之基础于以动摇。且今日以一省议会反对参议院而召集临时国会，他日将又有一省议会反对临时国会而召集第二临时国会，起覆纷纭，事权不一，民国前途，将何以赖？方今国基初肇，所赖以维持培植者，端在守法，参议院为法定机关，万不可任意破坏。至于参议员本应依约法选派，规定选派方法，权在各省，或民选或公派，一惟各省自定，万不能执民选二字反对参议员，因以反对参议院。且全国各地未设省议会或谘议局者有之，即现时省议会，亦多因仓卒成立，并未经正式选举。贵会所提断不能完全实行，非徒无益，实生纷纠，本院公认此举当然无效。
参议院又通电各省说：
鄂省临时议会发起临时国会为不正当之举动，经本院皓电通告，谅已达鉴。参议员能否代表人民之意，乃参议员之选派方法问题，非参议院可否消灭问题。若谓都督选派之议员不足代表人民，尽可按照《临时约法》第18条规定选派5人之数，尽由民选，选定后，即可陆续来院与该省前派之参议员实行交替。《临时约法》规定选派方法由各省自定，各省如何选派，其权皆在各省。各省主张民选，应依约法选举参议院之议员，方不失为正当。参议院为行使立法权之机关，若不承认，则根本破坏中华民国，前途不堪设想，恐非真心爱国者所出此。总之，参议员可以全体改选，参议院为法定机关，断不能改。鄂省之发起临时国会实为非法举动，当然无效。
袁世凯出于维护自身的合法地位，于3月22日给南京参议院发出祃电说：“所论极为正当，《临时约法》既经议决公布，自为今日办事之唯一之依据。”但袁世凯又支持江苏省议会改选全体参议员的主张。把参议院中占大多数的同盟会籍议员改选掉，以达到能够控制参议院的目的。
袁世凯下令各省以临时省议会为选举参议员的机关。又通令各省，除已将谘议局改为省议会的省份外，所有未经设此项议会之省，应各就原设谘议局名称撤去，改称临时省议会。那些谘议局议员本是满清时代之议员，袁世凯只不过是让他们穿新鞋走老路而已。这样的议员改造，势必有许多原立宪派人成为议员，从而改变参议院中力量的对比，削弱同盟会在参议院的力量，增强参议院中拥袁势力。
袁世凯在3月28日通令各省由临时议会选举参议员，限于电报到达后一个月内办理完毕。但时间刚刚过去8天，袁世凯便迫不及待地再电各省，以“现在统一政党业经成立，非有正当立法机关相为对待，于一切进行，殊多窒碍”为由，要求各省所选出的参议员，必须于4月20日以前，一律起程赴京。
4月下旬，一些省份按照袁世凯的通令，由临时省议会新选出的参议员，陆续到达北京，南京参议院也已迁往北京。这就在参议院中，出现了所谓“官派”与“民选”参议员同时并存的局面。以至当4月29日参议院举行议会时，发生了新旧议员冲突的场面。会议刚刚开始，便有一新议员大呼：“今日为民选参议院开幕，林议长擅将官派而来未经民选参议员，滥列位次，殊为违背约法！”从而和者十数人，一时甚为叫嚣。
弄得林森议长无法出席主持会议。
由于出现争吵，便改为开谈话会，新议员又当面质询林议长，会议无结果而散。次日上午，民选议员仍在议场开谈话会，公推汤化龙为临时主席。江西议员李国珍、湖北议员张伯烈等人相继演说，认为所有各省官派之参议员自经改选之后，即当取消，万无再加入本院之理。
那些官派议员便站起来保护自己。杨廷栋对约法第18条原文作两层解释：“各省议员由各地方选派，选派方法由各地方自定，既谓自定，自不限定民选，但得地方上之承认，即为当选。今日各省改选之参议员亦不尽由省议会选出。”
双方各持理由，争论不决，当日主席宣布表决，凡赞成官派议员一律退院者请起立，起立者仅21人，表决无效。
最后议决，凡民选参议员未到省份，暂由官派议员充数，俟民选议员到一人后，即将官派议员取消。
5月1日下午，参议院开会改选正、副议长，吴景濂以46票当选为议长，汤化龙以44票当选为副议长。又选出谷钟秀为参议院委员长。参议院下设法制股、惩罚股、请愿股、财政股。
新的参议院议员主要有同盟会、共和党、统一共和党等党派的议员组成，其中同盟会33人，共和党26人，统一共和党13人，共和建设讨论会1人，还有12人无所属。
共和党是由原立宪派人发起支配和领导作用的政党，支持袁世凯实行中央集权，与同盟会对立。统一共和党是介于同盟会和共和党之间的政党。
同盟会在新的形势下，出现了严重的思想混乱，那一度担任同盟会庶务干事并代理总理职务的重要人物刘揆一，继章太炎提出“革命军起，革命党消”的口号之后，发表《布告政党请取消从前党会名义书》，提出同盟会、宪政公会、宪友会、辛亥俱乐部应一律取消的主张。同盟会机关报《民立报》也发表文章说：只有解散同盟会，才能救党派分歧之中国。同盟会在上海的一些领导成员宋教仁、张继、景耀月、陈其美、谭人凤等，也声言将选择同盟会中稳健分子，集为政党，变名更署，与同盟会分离。又有同盟会会员景耀月、胡瑛、王宠惠、陈其美、钮永建、汪精卫、马君武、于右任等，联合立宪派人伍廷芳、张謇、唐文治、赵凤昌等，发起成立“共和统一会”。许多同盟会会员，要求同盟会变为公开的组织。
孙中山不同意马上将同盟会改组为公开的政党。他说：“临时政府刚刚成立，中国无所谓政党，同盟会趁革命成功之势，若及时扩充规模，改组政党，则风靡全国，亦意中事。同人等屡以是劝，而鄙人不为稍动者，知政府之进步，在两党之切磋。一党之专制，与君主之专制，其弊正复相等。”孙中山反对将同盟会改组为公开党，目的是为了避免出现“一党之专制”。孙中山的这种主张显然是错误的，在这种思想指导下，同盟会必然思想混乱，并屡受挫折。
1912年2月底3月初，中国出现了组党热潮，在涌现出来的许多政治团体中，以立宪派人为主体，吸收部分旧官僚和从革命派中分离出来的革命党人所组成的政团，它们的基本立场是拥袁反孙，对同盟会十分不利。袁世凯取得临时大总统，同盟会又成为在野党。这时，孙中山、黄兴等才深感加强同盟会的组织建设，使它成为全国性的大党，十分必要，他们指定居正等负责改组大会的筹备工作。
3月3日，同盟会在南京三牌楼第一舞台召开本部全体大会，四五千人到会，选举孙中山为总理，黄兴、黎元洪为协理，并选胡汉民、汪精卫、张继、宋教仁、刘揆一、平刚、田桐、居正、马君武、李肇甫为干事，宣布同盟会正式改组为公开的政党。
同盟会改组后的宗旨是“巩固中华民国，实行民生主义”。决定大为扩张，以完成民国之最大政党，号召各地支部实力推广，以张党势。
孙中山又指定汪精卫、张继为总干事，马君武、田桐任文书，居正任财务。
同盟会改组为公开政党后，在组织上得到迅速发展。不数月间，会员增至十数万人，支部遍于18行省。但是，改组后的同盟会，在思想认识上，仍存在着严重分歧意见，会员既有激进派，又有稳健派。这两派各自利用自己掌握的报纸，进行着公开激烈的论战。同盟会组织迅速发展，一批官僚，政客和投机分子被拉入会内，如黎元洪被选为协理，造成组织严重不纯，孙中山并没有觉察。他在1912年4月初，应黎元洪的邀请，偕同胡汉民、汪精卫等人乘船到达武汉，黎元洪派孙武、蒋翊武乘小轮至孙中山座舰迎请登岸，黎元洪则率文武官员在都督府门前脱帽站立迎候，他是第一次见到这位蜚声中外的革命领袖。孙中山力赞黎元洪为中华第一伟人；黎元洪复颂孙中山功成身退，决非当今俊杰所及。孙中山当面敦请黎作同盟会协理。黎心中不愿，但仍未置可否。
显然，黎元洪借孙中山抬高了自己在革命党人的威信，但他不久便利用革命党人内部矛盾，去屠杀革命党人。但总的来说，同盟会改组有重大的意义。
其地位仅次于同盟会的共和党于1912年5月9日在上海张园正式成立，它是由统一党、民社、国民协进会、民国公会以及国民党（江浙从事教育和地方公益的学士所组织的政团）5政团合并而成。选举黎元洪为理事长，张謇、章太炎、伍廷芳、那彦图等4人为理事，并选出干事54人。
他们是立宪派达半数，因此，共和党的基本力量是原立宪派人。共和党成立后，其本部机构与各地支部、分部迅速发展。在本部先后设置了参议员讨论会、政谈会、政务研究部等机构，又设置交际员100余人。共和党共有支部34个，其中国内支部27个，国外支部7个。随着组织的发展，党员人数迅速增加，全国人数不低于10万。
共和党的扩张方针是：在中央，努力向权力机构渗透。先后成为阁员的有：熊希龄、范源濂、张元奇、应德闳、章宗元。在地方，参加共和党的都督有黎元洪、蒋尊簋、朱瑞、庄蕴宽、吕公望、赵惟熙、杨增新、胡景伊、程德全等人。
共和党以国权主义来抵制同盟会的民权主义，以国家社会政策来抵制同盟会的民生主义。共和党与袁世凯结盟，与同盟会革命党人处处作对，想托庇于袁世凯以发展自己的势力，待自己力量壮大后，来实现自己独立执政的素志，或者取得与袁世凯联合掌权的资格。但这不过是一种不切实际的幻想。
民国初年，中国有两大政治力量相互对立，即以袁世凯为首的封建买办势力、以张謇等原立宪派人为主体的共和党的拥袁势力为一方；以孙中山，黄兴、宋教仁为代表的资产阶级革命民主派为一方。
南京临时政府北迁之后，革命党人努力保留南京留守这个中心。黄兴改任南京留守，统辖南洋各军。他便成立留守府，以李书城为留守府总参议，府内设政务、军务两厅，以马相伯为政务厅厅长，张孝准为军务厅厅长，陈嘉会为秘书长，何成浚为总务处处长，耿觐文为参谋处处长，曾昭文为军需处处长，陈登山为军法处处长，赵正平为军学处处长，林虎为警卫团团长。
黄兴着手整编军队。他将在南京的各省民军编为5个军，即柏文蔚的第一军，徐宝山的第二军，王芝祥的第三军，姚雨平的第四军，朱瑞的第五军。
黄兴在任留守的第6天，驻宁赣军因军饷不足发生兵变，焚掠白门桥、太平桥一带。兵变发生时，黄兴正在上海同唐绍议洽商公务，闻讯急忙搭夜车回宁，到南京时已经天明，兵变已被驻宁各部平定。
南京临时政府撤销后，袁世凯借口经济困难不发给军饷。南京10余万军队，军费没有来源。熊希龄在上海时曾许诺待到北京就任财政总长职以后，即拨汇军费给南京，但他就职以后，分文不给，虽多次函电催促，仍置不理。南京留守府总参议李书城，公开指摘他失信，他还是不理。李书城不得已，只得把南京军队的伙食从于饭改为稀粥。以后连稀粥也不能维持，留守府便将南京城的小火车向上海日商抵借20万元，暂维现状。南京留守府所属军队，每月饷银约需200万元以上，抵借20万元显然不足维持数日。某夜，江西军俞应麓所部突然哗变，在南京城内肆行抢劫。经请广西军王芝祥军长派队弹压，到天晓才平定。除由军法处将罪据确凿的犯兵予以惩处外，其余均遣送回籍。
这次兵变后，黄兴向袁世凯提出辞职。但袁世凯还要利用黄兴去稳定南方局面和遣散南京的军队，不准其辞职。
南京留守府的辖区只不过是南京周围的那么一小块地区，而且南京又是江苏省的辖区，南京留守府的上司是江苏都督程德全。4月14日，袁世凯颁布《南京留守府条例》，规定留守府直隶大总统，有维持整理南方各军及南京地面之责，留守府管辖范围内所需的款项，由留守咨商财政部筹解。
但是，财政总长熊希龄在袁世凯的授意下，对留守府所需军饷置之不顾。黄兴函电交加，熊仍置若罔闻。过了半个多月，袁世凯才让熊希龄去宁，会商解决。熊到南京后，口头上允拨款百万，但离开后仍一再拖延不拨，迫使黄兴天天发表演说，以革命大义来动员军队解散。
袁世凯一方面不给革命军军饷，迫其解散，另方面又制造谣言，攻击黄兴留守权力太大，存割据东南之心。黄兴忍辱负重，他在5月12日致电唐绍仪、熊希龄说：“此间经济又告罄，千方罗掘，敷衍至今。日来奇窘之状，几乎不敢告人。不但各军积欠饷项无从发给，即目前伙食已无术支持，告急之声，不绝于耳。似此情形，一两日内必有绝大险象。务恳无论如何，请尊处火速电知中国银行，立拨百万元以救眉急。万分危迫，立盼电复。”
过了两日，黄兴又去电催问：“告急一电，谅邀鉴察。未蒙赐复，五内焦灼。前尚可靠军钞救济，今则坐困穷城。此间军队伙食已数日不能发给，今日有数处竟日仅一粥，每日索饷者门为之塞。危险情形，日逼一日。加以急报密陈，日必数十至。哗溃之势，已渐发端。二日内倘再无款救宁，大乱立至。”
袁氏政府对此仍置若罔闻，不给予接济。黄兴因军饷无法解决，又受不住拥袁报纸的流言舆论压力，于5月13日通电要求销职。由于南京所属军队大多裁撤，袁世凯表面上装着挽留黄兴，暗中却着手准备结束留守府。
5月18日，袁世凯电告张謇，准备派陆军次长蒋作宾去南京与黄兴面商留守府结束事宜，要求张謇和江苏都督程德全（袁世凯窃国后，程德全再任江苏都督）会商接收留守府军队的办法。张謇因病以密电告程。程德全害怕操之过急会发生变故，便密电袁世凯说：“在宁亲见克强办事情形，实系处处力求收束，并无积极思想，即使三月不能完竣，大概五月为期总不无不了之局。蒋次长到宁，实于各方面均有裨益，但虑蒋君一到，留守即将各事立即交出，失之太骤，非事势所宜。可否密谕蒋次长于抵宁之日宣布钧意，以此番来宁为抚慰赞助起见，并非交接，闻克强与蒋君至好，必乐引为己助，似此一面可以促事实进行，一面可以释军心猜虑。”
程德全此招确实巧妙。袁世凯接受了他的建议，以挽留黄兴为名，派蒋作宾前往南京。
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