至1950年6月份，解放军人数已经达到540万的庞大数字。随着大规模战争的结束及经济建设的需要，除了保证有足够的力量解放台湾、西藏，巩固国防及镇压反革命，经毛泽东批准，准备在1950年下半年复员140万人，使部队保留400万兵力。
此时，发生了朝鲜战争，金日成的部队和李承晚的部队在三八线激战。驻日本的美国远东军总司令麦克阿瑟兼任朝鲜战场联军总司令。6月25日，蒋介石收到麦克阿瑟从东京发来的急电，询问蒋能否派一个军赴朝作战。蒋介石立即召开紧急会议研究出兵赴朝问题，并通过了出兵朝鲜的决定。蒋介石拍板出兵后，立即向李承晚驰电声援，其中包括派遣主力52军附加第13师共3．3万人出兵朝鲜，准备经空中和海上将部队运到朝鲜战场。
台湾当局的“外交部长”叶公超授意驻美“大使”顾维钧及在美文化名人胡适赴白宫拜会杜鲁门总统，面交了蒋介石向杜鲁门建议派52军驰援南朝鲜的电报副本，以示台湾方面的诚意。
杜鲁门召集美国军事与外交的高级官员会议，国务卿艾奇逊提出了经国务院与国防部官员讨论的对朝鲜战争的3项建议：（1）向南朝鲜运送军援计划外的武器装备；（2）动员空军掩护美国侨民撤退；（3）命令驻菲律宾的第七舰队向北移动，以阻止中共军队进攻台湾。并希望第七舰队实行双向封锁，阻止任何一方对另一方的攻击。艾奇逊认为蒋介石诡计多端，居心叵测，只是想达到要美援的目的。
艾奇逊劝阻了杜鲁门不要让蒋介石的军队卷入朝鲜战争。他说：“接受蒋介石的军队就有把中共引进朝鲜或者台湾的危险。此外，蒋介石如果派军队到朝鲜，势必会削弱保卫台湾的能力，共产党人就会乘虚而入，迫使美国在干预朝鲜的同时决定是否干预台湾。”
美国三军参谋长们也明确表示避免蒋介石卷入。此外，已经开始中英建交谈判的英国表示，不能和台湾军队一起并肩作战。美国权衡利弊，也只能采取取英舍蒋的方案，拒绝了蒋介石的援军。
6月27日，杜鲁门政府下令第七舰队进入中国台湾海峡。两天后，第七舰队的6艘驱逐舰、两艘巡洋舰和一艘运输舰，开始在台湾海峡巡戈。7月，美国又增派13航空队常驻台湾。
蒋介石派兵参加朝鲜战争，其目的是直言不讳的：他期望通过赴朝作战，就可以从北朝鲜进攻东北，或者在东南沿海开辟第二战场，实现其反攻大陆的如意算盘。蒋介石提出的出兵建议无效后，于1950年8月又通过麦克阿瑟，提出派1．5万人的“志愿军”的名义入朝，结果又遭到美国拒绝。美国认为起用国民党军队只能有一点表面价值，却会遭到英国等盟国强烈反对，还有引发同中国的全面战争的危险，所以认为，即使暂时无兵可派，也不能引蒋入朝。当蒋介石第3次提出出兵朝鲜的时候，杜鲁门却越来越清楚地看清了蒋介石参战的用心，是在于挑起美国和新中国之间的大战，因此杜鲁门不能让蒋介石通过出兵朝鲜来达到其企图。最后，杜鲁门不但拒绝了蒋介石出兵的要求，还干脆以指挥权调整的名义，把朝鲜战争与台湾问题截然分开。蒋介石为此对杜鲁门抱怨甚深。
为配合美帝国主义发动的侵朝战争，蒋介石发出“反攻大陆”的疯狂叫嚣，在台湾孤岛发起了所谓“国民党改造运动”。蒋介石强调，改造国民党是救亡图存的唯一途径，首要的任务是检讨过去，反省缺点，必须从痛苦经验中寻求教训，以沉重的心情赎罪。在消极方面，要检讨过去的错误，反省自己的缺点：（1）要把失败主义的毒素彻底肃清；（2）要把派系倾轧的恶习痛切悔改；（3）要把官僚主义的作风切实铲除。在积极方面，首先要确定国民党的组织原则和工作方向。
国民党中央“改造委员会”于1950年9月1日宣布《本党改造纲要》，同时宣布“现阶段政治主张”，提出所谓的“4大主张”：
（1）坚持反共抗俄战争，恢复“中华民国”领土主权的完整。
（2）实行民生主义的社会经济措施。主张配合国家建设计划，使一般民众不受垄断投机的操纵，各行各业者有均衡合理发展的机会；国营企业应加整顿，民营企业应加扶植，以求生产的加速增进，对外贸易尽量发展；更主张历行所得税、遗产税、财产税，以平均社会的财富。
（3）完成三民主义的民主政治。主张本着“宪政”的精神，贯彻为民主政治而奋斗的决心，保障人民基本自由，推行地方自治，为民主政治树立坚实的基础。
（4）积极准备“反攻大陆”。
国民党“改造运动”的重点是党员归队和党员整肃。
1950年9月29日，国民党中央“改造委员会”发布《党员归队办法》，号召党员归队。国民党败退台湾之初，只见党部，不见党员，组织系统完全涣散。掀起党员归队运动后，办理党员归队，使脱离组织的党员再度纳入组织，并趁此机会清除所谓的“动摇腐化、信仰不坚定分子”。
国民党整肃也有标准，根据《改造纲领》的规定，凡有下列情形之一者，均为整肃对象：
（1）有叛国通敌之行为者。
（2）有跨党变节之行为者。
（3）有毁纪反党之行为者。
（4）有贪污渎赃之行为者。
（5）生活腐化，劣迹显著者。
（6）放弃职守，不负责任者。
（7）信仰动摇，工作弛废者。
（8）作不正当经营，以取暴利为目的者。
国民党员整肃的程序，初步以小组为基本单位，互相检讨。对被检举人应作调查，被检举人可提出申辩，并将检举书、答辩书及调查报告，逐级转呈国民党中央核定。干部的整肃，由其所任职务单位的“改造委员会”或区党部及小组办理。干部的整肃，即可由下而上，也可由上而下进行。
在“整肃运动”的同时，“国民党中央改造委员会”指导各级组织进行层层“改造”，重建国民党的各级党部和组织系统。其党的组织，在小组之上，便是区党分部及县（市）、省等地方党部。地方党部直接与当地民众接触，参予地方公职人员的选举与地方自治的推行。除省、市、县等地方党部之外，又有职业党部及知识青年党部和海外党部。
国民党改造运动的另一个重点，是协调党政关系与开展民运社调工作。关于党政关系，其基本精神是：以主义制定政策，以政策决定人事，以组织管理党员。并规定：在民意机关如国民大会、立法院、监察院以及省、县议会、乡镇民代会，保民大会中建立党团或党部，而在政府机构如行政院、考试院、司法院、省、县政府、乡、镇公所中，则成立党员的政治小组，原则上实行党政分开。关于民运工作，则向国民党全体党员提出一些冠冕堂皇的口号，如号召党员“深入民众，使党的政策能代表民众利益，党员能为民众利益而奋斗，藉以巩固党在民众中之组织与领导”等等，并制订了“中央民运工作会报简则”，提出国民党的“民运工作”实施措施：
（1）为广大农民利益而努力。
（2）为广大劳工利益而努力。
（3）妥善照顾“全国”青年。
（4）提倡女权，团结“全国”妇女。
国民党在改造过程中还提出“沟通全党思想，发展群众路线”，开展“社会调查”等任务。
1952年2月，国民党又掀起了所谓的“反共抗俄总动员运动”，发表了《反共抗俄总动员运动纲领》，其主旨是所谓“联合党、政、军3方面的力量，发挥全国人力、物力，建设台湾基地，俾早日光复大陆，争取反共抗俄战争的胜利。”
为促进“总动员”运动的实施，分别大力推行经济、社会、文化、政治4大“改造运动”。“经济改造运动”的主要内容是加强互助合作，调整经济结构、维持币值稳定、保障投资安全、促进劳资合作、发展出口创汇、厉行增产竞赛等；“社会改造运动”则主要是转变社会风气、培养“民主法治”习惯、厉行战时生活、加强民众组织等；“文化改造运动”主要是进行“青年救国运动”，筹组“青年救国团”，创造三民主义的“新文化”等活动；“政治改造运动”则包括实行行政三联制、充实地方自治等政治方面的“改革”。
国民党的“改造运动”，从表面上看，大有“脱胎换骨”
的气势。历时2年又3个月的改造活动，在蒋介石看来，取得了一定的成果。
通过“改造运动”，重新整顿了国民党的组织，稳定了国民党的内部，并相对扩大了国民党的社会基础。国民党在“改造”运动中吸收了大批所谓“爱国的革命分子及优秀青年入党”，又从本地人口中吸引新党员，增加了党员人数，特别是知识分子党员的比例大幅度增加，给国民党充实了一定的新生力量。1951年国民党知识分子党员占61％，农民党员占37．7％，而30岁以下的青年党员占41％，初步实现了国民党的知识化和年轻化。同时，有计划地训练了国民党的高、中级干部，确定了各级党部的监察制度等。
蒋介石通过“改造运动”，对国民党加强了控制。其腐败混乱的情况有所改变，在岛内民众中的声誉也有所好转。由于强化了组织，国民党对岛内的统治能力也有一定程度的提高。在“四大改造运动”中贯彻实行的经济、文化、政治，社会各方面的方针、政策，初步确定了台湾社会经济及政治发展的方向。然而，国民党在本质上仍未发生任何变化。
1952年10月，国民党“七大”召开，蒋介石连任总裁，陈诚、蒋经国、张其昀等32人为中央委员，陈诚、蒋经国等10人为中央常委。同时，设立国民党中央评议委员会，一批失去权势的国民党元老何应钦、于右任、阎锡山、胡宗南、陈济棠等48人被任命为评议委员。
随着美帝国主义在朝鲜战争中的失败，蒋介石集团“反攻大陆”最终成为泡影。但通过“改造运动”，蒋氏家族在台湾的统治逐渐形成了一种新的政治格局。蒋经国为首的“太子系”逐渐崛起，成为台湾“政坛”最有潜力的政治集团。
蒋经国1910年3月生，是蒋介石的长子。1925年进入莫斯科中山大学，之后滞留在苏联13年。1937年回国，出任江西省政府保安处副处长，1938年6月加入国民党。“改造”之初，蒋经国只有12年党龄，便被蒋介石委任为“中央改造委员”。在“七大”会上，他又当选为中央常委，进入国民党组织最高权力阶层。
蒋经国“太子系”的班底是“三干一俄”。“三干”是指他担任赣南专员时的干部如王升等，战干团的学生以及1952年开办政工干校的干部；“一俄”则是指留俄时的同学。在“三干一俄”中，赣南时的干部和战干团的学生位卑名微，“一俄”则为蒋介石所忌讳。政工干校蒋经国则下了大力经营，俨然是他的黄埔，“太子系”门生多出于此。
1952年10月，“中国青年反共救国团”宣告成立，蒋介石兼任团长，蒋经国任主任。“救国团”是三青团的借尸还魂，是国民党的预备队，而蒋经国则利用“救国团”作为培植私人政治资本的工具。
无论是中央“改造委员”，还是中央常委、“救国团主任”，都是明是一盆火；而蒋经国的权力，远超过其公开的职衔，又暗是一把刀。他以“国防部总政治部主任”，调查官兵思想行为，监察官兵思想，检举动摇分子，实权超过三军统帅；又以“总统府机要室资料组”名义，操纵台湾特务机构，逐步掌握台湾的特务情治系统，其权力凌驾于一切行政权之上。
蒋经国在国民党组织系统内的地位迅速上升，为日后蒋经国的上台，实现蒋介石的“家天下”作了组织准备。
既然“改造”的意图是重新分配统治权力，调整上层统治结构，就难免充满着人事倾轧的意味，虽然元老派大都已经降伏，然而国民党内新起的政治势力却并不都一心情愿地拜伏在蒋氏父子的脚下。集权的背后，反抗独裁、向往民主的思潮，逐渐在孤岛内外知识分子阶层兴起。于是，便发生了“吴国桢事件”和“孙立人兵变案”。
吴国桢1903年出生在湖北，1926年获美国普林斯顿大学博士学位，次年归国，历任国民党政府外文部秘书、科长、副司长、湖北省税务局长、汉口地政局长、财政局长，1932年任蒋介石侍从室秘书，不久改任江西盐务、汉口市长、重庆市长，1942年改任外交部政务次长、国民党中宣部副部长、上海市市长。吴国桢颇具才干，为蒋介石所赏识。又独得美国政府青睐，于1949年12月担任了台湾省“主席”。当时，蒋介石要吴接替陈诚台湾省主席职务时，吴国桢谦逊地说：
“陈诚将军不是做得很好吗？最好由俞大维担任，较为和陈合作。”
蒋介石说：“你很恰当，我要你今后全力争取美援。”
吴国桢就任“台湾省主席”的当天晚上，便举行记者招待会，提出4点施政纲领：（1）彻底反共，密切配合军事；（2）努力向民主途径迈进；（3）推进民生主义，为人民谋福利；（4）实行地方自治，发扬法治精神。他宣布起用台籍人士。
吴国桢认为蒋介石惨受大陆失败之教训，已锐意改革，故敢冒死犯险，竭智尽忠，以图报效。于是刷新吏治，厉行改革。一时间，台湾省“政局”也有些可观之处。他自恃有美国人作后台，有时难免恃宠而骄，同到处抓权的蒋经国发生冲突。
吴国桢同小蒋的不快可以追溯到1948年。那时吴任上海市长兼经济督导员，蒋经国奉命赴沪任经济副督导员，他用铁腕手段，全面打击投机商人，同吴发生意见分歧，引起正面冲突。吴国桢从经济的观点出发，认为用高压的政治手段，无法解决经济问题。吴亲赴南京，向老蒋力谏，剖陈利弊。小蒋则坚持“一路哭不如一家哭”的信念，认为只要争取上海民众的通力合作，施用铁腕手段，通货膨胀是可以控制住的，然而“扬子案”的风波，把小蒋那份声威志气一扫而光。“只打老虎，不拍苍蝇”变成了“只拍苍蝇，不打老虎”，小蒋以失败告终，乘兴而来，落荒而走。
到了台湾，蒋经国身为“太子”，“中华民国”当有其一半，而且以情治特务头子的身份，到处插手，凌驾于一切军政要员之上。吴国桢又是“难得糊涂”的角色，不愿意装聋作哑。于是，吴蒋潜在的矛盾逐渐表面化，冲突不断升级，形同水火。
蒋、吴冲突的焦点，首先在军事与治安权上。台湾省保安司令部司令一职，循例由省主席兼。陈诚任省主席时，因不能分出精力来兼管，一切都委诸副司令彭孟缉等去全权处理。吴国桢接任省主席，也兼任保安司令，但不得不因袭陈诚的旧规，保安司令部的事，基本上无从插嘴，而獐头鼠目的彭孟缉早已投效到蒋经国的麾下，同蒋经国互通声气，听其驱使，不把他的顶头上司吴国桢放在眼里。
特务机关毫无法制而言，抓人无正当手续，往往公民失踪，家属无法知道，就连吴国桢这位保安司令也茫然无知。于是他向蒋介石建议：任何机构不通过保安司令部，禁止随意抓人。逮捕后14天，一定要释放或起诉，然而蒋经国、彭孟缉根本不理睬。1950年某天，“省政府”召开资源方面的会议，有人报告台湾火柴公司总经理王哲甫被捕，抓人的又是省保安司令部。会后，吴国桢召见副司令彭孟缉，令其查明原委。
原来台湾火柴公司的总公司原设上海，上海解放后，董事长吴性栽留在大陆，于是保安司令部将吴列为“附匪商人”。吴在大陆从事电影事业，拍摄了一部《民国40年》的影片，其中有对国民党、蒋介石诸多“诋毁失敬”之处。蒋经国通过情扳机关获悉，勃然大怒。然而无奈吴性栽何，于是下令彻查台湾火柴公司，逮捕王哲甫。
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