蒋介石于1949年1月22日下午4时10分乘“美龄号”专机离开南京。飞机起飞后，绕南京城一周，望着巍巍钟山，浩浩长江，想到江山依旧，人事已非，蒋介石不禁悲从中来，老泪纵横。1个半小时之后，专机降落在杭州笕桥机场。浙江省府主席陈仪同机到杭。冬日苦短，暮色苍茫，杭州已是万家灯火。蒋介石一行驱车沿西湖前行，来到坐落在西冷桥畔的“楼外楼”。陈仪在这里设宴为蒋介石接风洗尘，以尽地主之谊。出席作陪的，有同机到达的蒋经国、陈诚、俞济时，以及奉召赶到的汤恩伯。
“楼外楼”有一道名菜叫“西湖醋鱼”。上桌前临时从西湖的鱼池中抓来活蹦乱跳的鲜鱼，立即宰杀，加上烹调别具特色，使这道名菜誉满中外。过去，蒋介石每次到杭州，都要品尝这道富有家乡风味的佳肴。但今天却不同，心事满腹，食不甘味，面对着刚刚端上桌的“西湖醋鱼”，蒋介石连筷子也没有动一下。
善于察言观色的陈诚、俞济时等人，劝蒋吃菜喝酒时都说些阿谀奉迎、讨蒋介石喜欢的话。但陈仪心直口快，常常口不择言，在劝蒋吃鱼时说：“蒋先生，俗话说：拿得起，放得下。来，尝尝西湖醋鱼的味道吧！”不料，陈仪的这句话却戳到了蒋介石的隐痛处，只见他脸上由青转红，由红转白，一怒之下，拂袖而起，说声“不吃了，走！”就悻悻然离席而去，并且不到他经常下榻的西湖岸边的“澄庐”去住，而以第二天乘飞机方便为借口，改住在笕桥空军军官学校，以为离陈仪远一些，一来可扫除心头的不快，二来这儿也比较安全可靠。
陈仪原名陈毅，曾是光复会会员，和徐锡麟、秋瑾等相熟。1905年光复会和华兴会合并成立同盟会时，陈仪便是同盟会会员，蒋介石加入同盟会比陈仪晚好几年；陈仪和蒋介石都是日本士官学校毕业，蒋介石又比陈仪晚5期，所以蒋介石对陈仪很尊重，有时称陈仪为老师，以师礼相待。陈仪从20年代、30年代，直至40年代，在长达30多年的民国史上，是一个风云人物。他早在北伐时期就是师长、军长，后来成了国民党中声名显赫的二级上将。陈仪早就预言蒋介石必败，共产党必胜，然而他没想到共产党会胜利得这样快，蒋介石会失败得这么惨。陈仪参加了“逼蒋和谈”及“逼蒋下台”的大合唱，还竭力劝蒋“急流勇退，出国一游”。蒋介石恨一切逼他和谈、下台的人，对陈仪同样也是怀恨在心。
陈仪秘密接受共产党的策动，毅然转向人民，他效法傅作义和平解放北京的榜样，暗中准备在京沪杭地区和平起义。殊不料，凡事不密则成害，他秘密谋划的这件机密大事，被最亲密的人汤恩伯出卖。汤恩伯是他一手提携，情同亲子侄，汤恩伯原名“克勤”，陈仪对他有知遇之恩，情同父子，恩重如山，便将“克勤”改为“恩伯”。陈仪从不相信汤恩伯会出卖他，他想在历史转折的关头再拉汤一把，对汤再提挈一次，哪知汤恩伯却向蒋告密。蒋介石免了陈仪浙江省主席职，秘密押送到台湾枪毙，演出了一场恩将仇报的恶作剧。
蒋介石在一群高官的护送下来到溪口，他虽不作总统，但仍是国民党总裁，主持中常会，凌驾于李宗仁之上。李宗仁没想到蒋介石百足之虫，死而不僵。蒋介石下野后两个多星期，南京国民政府就土崩瓦解。
李宗仁于1月24日举行总理纪念周那天，正式上任，举行了“代理总统”的就职仪式。然而京城已人去楼空。行政院院长孙科避去上海，中央各部则奉命搬家，总统府各局官员也早迁到广州，偌大一个南京变成一座“空城”。
李宗仁便将蒋介石的悍将权臣暂放在一边，利用“代统”职权，恩威并重，逐步去销蚀蒋与其亲信的联络，把权力一步步夺到自己手中。李上台伊始，即以“早启和谈”为第一要务，视事当天，即对外正式宣布愿与中共就“和谈”问题开始洽商，并电邀李济深、章伯钧、张东荪等为之斡旋。又派邵子力等先后赴沪，分晤宋庆龄、章士钊、颜惠庆、黄炎培、罗隆基、张澜等民主人士、社会名流，请他们为促进和谈有所赞助，李宗仁特饬行政院办理下列各事：
（1）将各地剿匪总司令部一律改为“军政长官公署”。
（2）取消全国戒严令。
（3）裁撤戡乱建国总队。
（4）释放政治犯。
（5）解除报章杂志禁令。
（6）撤销特种刑事法庭。
（7）通令停止特务活动。
李宗仁以“代统”名义和亲笔信指示参谋总长顾祝同，负责释放张学良、杨虎城两人，但蒋已把张学良押解台湾，软禁在新竹上井温泉。
李宗仁派程思远专程赴台与陈诚交涉，结果得到的只是蒋介石托陈诚之口向李宗仁传达的训示：
“我们宪法所实行的是‘责任内阁制’，行政院长尽管由总统提请任命，但前者应向立法院负其责任，所以国家元首有什么决策，应提请行政院协商。”
杨虎城由军统特务秘密监禁在何处，外人不得知晓。李宗仁的命令对蒋介石的特务系统，形同废纸，没有蒋介石的手令，什么事情都办不成。
孙科内阁是以“举党一致”自诩的“巨头内阁”，它包揽了吴铁城、陈立夫、朱家骅等太子系、政学系、CC派显要领袖在内的各式人物，却偏偏没有桂系的人。李宗仁亲赴上海与孙科晤谈，要其速返南京，府院一致，共支危局，但未有结果。后来孙科在蒋授意下，于2月4日擅自将内阁迁往广州。国民党当局出现了“一国三公”的局面，即溪口的蒋介石、南京的李宗仁和广州的孙科。
孙科率行政院到达广州，要占用迎宾楼，便不客气地把戴季陶赶到条件较差的东园招待所。戴气愤不过，大骂孙科。他见国民党政府已是死亡在即，回天乏术，大批国民党军政要员匆匆如丧家之犬，急急如漏网之鱼，纷纷逃往台湾，广州城里乱作一团。有人劝戴去台湾，他十分坚决地说：“不必去！”他想共产党定会取得胜利，会统一中国，他以前接触过马列主义，接触过共产党，他不相信共产党会把他怎么样，决意离粤赴川，回老家去。当时他的儿子戴安国任交通部航空署长，已备好了专机，因气候恶劣未能成行。2月11日晚，戴季陶服安眠药死去。
戴季陶的把兄弟、称戴为“畏友良师”的蒋介石闻耗悲痛，中夜唏嘘，发出明令褒扬，谓戴季陶为“才识恢宏，勋尤懋著”云云。
李宗仁决定采取以柔克刚之策，以虚怀若谷之举，争取舆论同情，拉拢中间力量，分化蒋、孙势力。他首先竭尽全力把尚留在京的监察院院长于右任和立法院院长童冠贤争取过来，仰赖于、童之襄助尽快使立、监两院复会，以此向孙科的行政院施加压力。又以“于此飘摇之际，肩起责任”相号召，召集在京国大代表餐叙。餐叙会上，李氏夫妇一唱一和，诉陈“苦衷”，以博“国代”对“代统”的同情和声援。尔后又让复会后的监察院及临察委对孙科之“渎职”提出弹劾。除此之外，李宗仁派黄绍竑、黄旭初携带李、白给粤籍军人余汉谋、张发奎、薛岳等人的亲笔函入穗。二黄积极活动，果然不辱使命，粤、桂两系军人开始尽释前嫌握手言欢。新任海南区行政长官李汉魂受余、张、薛之托，专机飞汉与白晤面，随后又转京晋谒李宗仁。李当即命李汉魂为总统府参军长。
李宗仁又亲自出马，于2月20日飞往广州，李态度谦恭，对孙科尤甚，左一个“拜望孙院长”，右一个“务请返京主持一切”，使孙科极为尴尬被动。李宗仁又驱车去薛岳官邸，与张发奎、余汉谋、薛岳等“叙旧言欢”。“南天王”陈济棠做寿之际，李宗仁借机前往庆贺，手书“如冈如陵”寿屏一幅。陈济棠被蒋介石搞垮之后，只存国民党中委空衔。然陈虽羽翼被翦，实权被夺，但在粤仍为一元勋，粤将余汉谋、徐景唐、李杨敬、李汉魂等都出其门下，李宗仁看准了这一点，同陈济棠闭门深谈。李请陈出任海南行政长官，接任李汉魂遗缺，陈慨然应允。粤将张发奎等一向同蒋有矛盾，同李宗仁极易合拍。
李宗仁莅穗2天，瓦解孙科在粤势力的工作进行得颇为顺手，粤籍大员纷纷附李，要孙返京。孙科不得不向李低头，答应把行政院搬回京城。
孙科在未返京之前，立、监两院在李宗仁的默许下，开始对孙科群起责难，孙科与蓝妮之颜料案又被旧话重提。待孙科灰溜溜从穗来京后，又受立、监两院鸣鼓而攻，指责为“和平之障碍”、“民国以来最恶劣无能之内阁”等等。孙科无招架之力，乃于3月8日向李宗仁提出辞呈，孙阁至此倒台。
蒋介石本来怂勇孙内阁南迁，现见舆论对孙不利，怕引火烧身，便见好就收，示意阎锡山出面“协调府院矛盾”，又暗示：继任行政院长人选让李自行决定。
被解放军围困在太原的阎锡山看到这个机会，即指使在南京的太原绥靖公署主任杨爱源，在李宗仁面前巧于周旋，意图是请李宗仁发表阎锡山为行政院长，李宗仁便命人打电报给阎锡山，称阎名望很高，不敢以行政院长一职委屈。不久，李宗仁又打电报给阎锡山：“党国大事，诸待我公前来商决。”阎锡山正欲逃离太原，接电报后，任命了个5人小组负责太原所有事务，自己匆忙登上飞机去了南京。
李宗仁同白崇禧几经商量，认为何应钦有利用之处，便竭力相邀何应钦出任行政院长。何应钦正在战战兢兢不敢拜命之时，蒋介石却深知何应钦有利于他对桂系的控制，劝何组阁。于是何立即提出以蒋之亲信黄少谷为行政院秘书长，表示愿接受蒋的监督。
3月23日，何应钦正式就职，他回到家中，便有蒋邦特务头子谷正纲在他家“恭候”多时，声言要与何“好好谈一谈”。在此情况之下，何应钦对蒋奉命惟谨，动辄向蒋请示，不敢越雷池半步，李宗仁交办的事，何阁却无一实现。李宗仁向行政院提出免去参谋总长顾祝同职务，换由白崇禧继任，何则向蒋请示。溪口复电：“参谋总长顾祝同不能动，白崇禧千万不可用。”李宗仁提出要把蒋运到台湾去的大量黄金拿出部分支配，何亦向蒋请示，得复电：“台湾金子李宗仁不能管”，何都不敢违命，白崇禧愤而怨何“为人懦弱，没有魄力”。何反唇相讥说：“你们不怕同蒋介石闹翻，我却不能这样。”
李宗仁悉心组织颜惠庆、章士钊、邵力子、江庸4位老人为“上海人民和平代表团”，在桂系人员黄启汉的陪同下北上。李宗仁让黄启汉携带他给毛泽东的亲笔信，并嘱口头向中共领导人转达6点意见：
（1）希望能实现全面和平，倘有局部反对，再合力以政治、军事力量对付之。
（2）和谈以毛泽东提出的8项原则为基础，但战犯问题之处理，最好留待新政府成立之后。
（3）绝不期望以外援进行内战，只要答应进行和谈，可作公开声明。
（4）希望能及早派定代表，开始商讨和平方案。
（5）对蒋介石本人如认为他留在国内于和谈有碍，可提出使之出国。
（6）对国际关系，希望中国成为美、苏友好关系的桥梁，不希望依附一国反对另一国，美、苏两国的友谊，均须争取。
代表团到北平后，又专程赴西柏坡，拜访毛泽东。毛泽东对李宗仁愿与中共就和谈进行协商的姿态抱欢迎态度。
2月底，代表团带着毛泽东给李宗仁的信南旋。毛泽东要他们转告李宗仁：“中共方面对他上台后有无实际谋和能力最初是很抱疑问的，现在和谈之门既启，能否成功则取决于南京国民党政府是否真正能以民族利益为重，以人民利益为重。如果李、白果有反蒋、反美、接受中共方面8项要求的真意，即应迅速与蒋分裂，逮捕蒋之嫡系将领顾祝同、汤恩伯、俞济时、陈大庆及特务头子毛人凤、郑介民、叶秀峰、郭紫峰、毛森等人，方能站稳脚跟，进行和谈。否则李、白不扣复兴、CC，结果必为复兴、CC暗算，弄得身败名裂，两头失踏，中间道路是万万走不通的。”
但李宗仁的和谈目的是延缓共军进攻，阻止中共渡江，留下半壁江山给自己经营，日后徐图再举。他对其部属说：“我要做到划江而治，共产党总满意了吧？只要东南半壁得以保全，我们就有办法了。”蒋介石为了防止把桂系逼上与中共妥协之路，频频请人向李、白递言：只要李、白能“站稳本党立场”，与蒋目标一致、行动一致，蒋当竭力赞助李代总统备战谋和，自己则“愿意和平，愿意终老还乡”。蒋、李、白“备战谋和”是一致的，李、白演出了双簧戏，李宗仁在台上信誓旦旦主和，白崇禧在台下扩军备战。
何应钦就职次日，行政院召开政务会议，议决由张治中、邵力子、黄绍竑、章士钊、李蒸（后又加入刘斐）为代表组织南京政府和谈代表团，推张治中为首席代表，其余为随团工作人员、顾问等。何应钦又召集会议研究了和谈腹案等重大问题，写成一个腹案，作为和谈依据。国防部也依次拿出了一个“对于国共停战协定最低限度之要求”。此腹案由张治中带至溪口向蒋介石汇报，得蒋首肯。尔后由李宗仁提议在南京成立“和谈指导委员会”，以李宗仁、何应钦、于右任、居正、张群、吴铁城、孙科、吴忠信、朱家骅、徐永昌、童冠贤为委员。3月下旬，中共方面也发表了和谈代表团名单，以周恩来为首席代表，其成员有林伯渠、林彪、叶剑英、李维汉等，并确定了谈判日期。4月1日南京政府代表团及其随员、秘书以及顾问屈武等一行20人飞往北平。
人民解放军的力量日益壮大，1949年初，中共中央对部队进行了改编，将西北、中原、华东、东北野战军改为第一、二、三、四野战军。改编后的人民军队为：
中国人民革命军事委员会主席 毛泽东
副主席 朱 德 刘少奇 周恩来 彭德怀
总参谋长 周恩来
总政治部主任 刘少奇
副总参谋长 聂荣臻 叶剑英
总政治部副主任 傅 钟
秘书长 杨尚昆
中国人民解放军总司令 朱 德
副总司令 彭德怀
参谋长 叶剑英
第一野战军
司令员兼政委 彭德怀 第一副司令员 张宗逊
第二副司令员 赵寿山 参谋长 阎揆要
政治部主任 甘泗淇
辖第一、二兵团
第二野战军
司令员 刘伯承 政 委 邓小平
副政委兼政治部主任 张际春 参谋长 李 达
辖第三、四、五兵团
第三野战军
司令员兼政委 陈 毅
副司令员兼第二副政委 粟裕
第一副政委 谭震林 参谋长 张 震
政治部主任 唐 亮
辖第七、八、九、十兵团
第四野战军
司令员 林 彪 第一政委 罗荣桓
第二政委 邓子恢 副政委兼政治部主任 谭政
第一参谋长 肖 克 第二参谋长 赵尔陆
辖第十二、十三、十四、十五、十八、十九、二十兵团、
铁道兵团，其中第十八、十九、二十兵团、铁道兵团为总部直属。
地方部队
西北军区
司令员 贺 龙 政 委 习仲勋
副司令员 王维舟 参谋长 张经武
东北军区
司令员兼政委 高 岗 副政委 李富春
参谋长 伍修权 政治部主任 周 桓
华北军区
司令员 聂荣臻 政 委 薄一波
副司令员 徐向前 参谋长 唐延杰
政治部主任 罗瑞卿
华东军区
司令员 陈 毅 政 委 饶漱石
副司令员 粟 裕 张云逸 副政委 谭震林
政治部主任 舒 同
华中军区
司令员 林 彪 第一政委 罗荣桓
第二政委 邓子恢 副政委兼政治部主任 谭 政
参谋长 肖 克
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