蒋介石无法创造“剿共奇迹”，遂令陈布雷把他的“加强剿共，有我无匪”的决心三令五申传达给国民党高级将领。7月中旬，蒋介石集中兵力向华东解放区的苏中、淮北、淮南、鲁南、胶济路等地区发动大规模进攻。其中进攻苏中解放区的主力为5个整编师，15个旅，约12万人。国民党京沪绥靖司令汤恩伯驱使他的部队，浩浩荡荡，来势凶猛地向苏中解放军扑来。
粟裕、谭震林率领的华中野战军只有3万多人，粟裕选择在江都至如皋一线与敌人决战，而且改变传统的“诱敌深入”的战法，乘敌正在实行战略展开之际，在苏中解放区前部地区给敌以打击，打乱其部署，暴露敌弱点。敌人恃强，以大军向解放区进攻，以为解放军不敢撄其锋，粟裕恰恰在此时此地主动向其反击。7月13日，粟裕以六比一的优势兵力，在宜家堡、秦兴一带，痛歼敌整编第83师第19旅的两个团、1个炮营及1个步兵营，共3000余人，首战告捷。尔后又进行了如皋南战斗，李堡战斗，丁埝、林梓、东陵战斗，如皋、黄桥公路战斗，海安和邵伯两次防御战，七战七捷，共歼敌6个旅，5个交警大队，共计5．3万人。敌人遭到沉重打击以后，那种不可一世的气焰被打消，敌军行动彷徨、畏缩，一旅人不敢走路，两旅人走路也是提心吊胆。
粟裕、谭震林率部向北转移，逐步进行防御作战。刘伯承、邓小平领导的晋冀鲁豫解放军向陇海路开封至徐州一线的国民党军队进行分路出击，歼敌1．6万人，攻占城镇10余座。尔后又以劲旅深入豫东敌后作成，迫使蒋介石仓促地从中原、华北调出7万兵力前去增援，以22个旅分兵两路向刘邓大军扑来，刘邓集中优势兵力打击来自郑州一路敌军，在定陶附近歼敌4个旅。又以远距离奔袭鄄城，再歼敌1个旅。
这样，在不到3个半月内，共歼敌9个旅，近5万人。
蒋介石手令北平行辕及第十一、第十二战区部署对张家口进攻。张家口是晋察冀解放区的首府，聂荣臻统率晋察冀解放军奋起自卫，歼敌2万多人，尔后主动撤离，在平汉线上出击。
山东、山西、东北各解放区的人民解放军，都有力地歼灭了敌人的有生力量。
从6月至10月，4个月内，国共两军作战80余次，解放军歼敌33个旅，计29．8万人。国民党作战部队，除傅作义、程潜、马鸿逵等部没有受到解放军歼灭性打击外，杜聿明、汤恩伯、顾祝同、薛岳、阎锡山、胡宗南、王耀武等部队，都受到了初步的或相当严重的打击。国民党军虽然占领了承德、淮阴、张家口、安东等105座城池，但每座城池都须有重兵把守，这样，国民党的兵力越来越分散，能用于进攻的兵力也就越来越少，战线太长和兵力不足的矛盾，日益尖锐。
蒋介石已意识到中共以消灭国民党有生力量为主的方针，他提醒将领们说：“共产党现除了在政治经济上多方扰乱的阴谋之外，其在军事方面的作战纲领，主要的是消耗战。其目的就是要消耗我们的兵力，使我们的兵力逐渐削弱，而他们的兵力逐渐强大，到了他们的兵力和我们平衡以后，再来和我们作主力决战，以期一鼓击溃我军，消灭我军。”
尽管如此，蒋介石仍然相信他的实力。他说：“比较敌我的实力，无论就哪一方面而言，我们都占有绝对的优势，军队的装备、作战的技术和经验，匪军不如我们，尤其是空军、战车以及后方交通运输工具，如火车、轮船、汽车等，便完全是我们国军所独有，一切军需补给，如粮秣弹药等，我们也比匪军丰富10倍，重要的交通据点，大都市和工矿的资源，也完全控制在我们的手中。无论就哪一方面的实力来比较，共产党绝对不能打败我们。”
蒋介石改变全面进犯解放区的作法，改为重点进犯，其战略为：
1、在东北方面，以主要都市及铁路为中心采取防守和持久的态势。
2、进攻延安、夺取共产党的军事、政治神经中枢。
3、在山东方面，集中兵力歼灭共军，并向黄河以北推进，平定平、津、保三角地区，以统一河北平原。
蒋介石因刘峙打了败仗，勃然大怒，褫夺了刘峙所任各职。
刘峙原由何应钦向蒋介石保荐，担任了郑州绥靖公署主任，辖河南、陕西两省，指挥第一、第五两个战区的军队。刘峙坚辞不就，这是因为，第一战区司令长官胡宗南虽然曾是他的学生和旧部，但此时声望远远超过了自己，因此，他向蒋介石苦苦哀求，不肯就职，声称：“在胡宗南的头上，硬加上一顶退了色的旧帽子，实在没有必要，纵然胡宗南一向很尊敬我，但我总觉得如芒刺背。”蒋介石反复劝慰，刘峙方才就职。
蒋介石令刘峙沿平汉路北线进犯解放区。刘峙来往驻马店、南阳指挥军队进行围攻。当围攻部队开往陕、鄂边境，豫省空虚之时，刘伯承、邓小平率大军渡过黄河像一把锋利的尖刀，直插中原。刘峙急忙回师考城进行拦截。其部在攻至鲁西砖庙附近，第3师赵锡田部战线超前，被刘邓大军包围，全军覆没。
刘峙被撤职后，带着三姨太狼狈飞往南京，被蒋介石训斥了一顿，随即闲居上海，过起“悠闲”的寓公生活。他牢骚满腹，逢人便讲：“孙总理是天下为公，委员长是天下为私。”
是时，蒋介石与何应钦的关系，亦发生微妙变化。美国总统曾派人去重庆，询间中国继承人的问题，蒋介石以自己体力还健，尚未考虑回答。日本投降后，美国总统又派人到南京重提旧事，蒋介石不得已姑以何应钦应之。何以为蒋介石“圣心”回转，同意他继承“大统”，高兴起来，就忘乎所以了，想在黄埔系中“自成体系”，还要搞什么“何氏内阁”。结果，触到蒋介石痛处，蒋介石便派他往联合国安理会去，担任联合国安理会军事参谋团中国代表团团长。何被蒋一脚踢到地球那一边，闲置起来。
蒋介石接受美国军事顾问团团长巴达维的建议，将原军令部、军政部和陆军总司令部一概撤销，职权统一划归国防部。经过激烈的角逐，白崇禧出任国防部长、陈诚出任参谋总长。国防部下设陆海空及联勤总司令部，顾祝同出任陆军总司令，桂永清出任海军总司令，周至柔出任空军总司令，郭忏出任联勤总司令。
蒋介石当务之急是尽快“戡平中共势力的扩张”，需利用李宗仁、白崇禧桂系为其反共战事效力，故对李、白羁縻、拉拢，期收为己用。李、白表面上对蒋极为恭顺，蒋、桂之间暂时相安无事。李宗仁被蒋委任为北平行营（后改为北平行辕）主任，辖第十一、第十二两个战区和河北、山东、察哈尔、绥远、热河、北平、天津、青岛5省3市。但李宗仁并没有实权，第十一战区司令长官孙连仲所部，全是由空运或海运而来的“中央军”；第十二战区是傅作义的部队，与李素无渊源，华北各机关都直接听命于中央主管官署的命令，各自为政，行营对此莫之奈何，就连北平市市长一职的任命和调职，事前事后并不通知李宗仁一声。
白崇禧任国防部长，其海军总司令桂永清、空军总司令周至柔、联勤总司令郭忏均为陈诚亲信。蒋介石给国防部规定的组织纲要、国防部的职掌，只是审定参谋总长所提关于国防需要之军事预算及人员物资之计划，本身不能决定任何问题。而参谋总长却集中大权于一身，直接秉承国府主席的命令，统率陆海空军，可不受国防部长和行政院长的节制。国防部长一职形同虚设，蒋介石亲信陈诚参谋总长的权限之奇特，报界称为中外古今所无。
陈诚被称为“小委员长”，权力的巅峰令其陶醉，也使他失去理智。他在北平中外记者招待会上宣称：“国防部组织健全，各部队多系美式装备，实力强大，与共军决一雌雄，3至5个月便能解决。”他先后9次离开南京，飞赴郑州、徐州、济南、青岛、沈阳、归绥、太原、苏北、张家口等地，策划指挥。规定参谋部官兵一律实行“新生活运动”。鉴于国民党军队的腐败，他大张旗鼓地标榜“刷新军政”，整顿军纪，严惩违令。兵团司令陈明仁在四平街战斗立下战功，但因擅自动用救济总署物资，被他革职查办；鲁南战役中，非嫡系部队司令黄伯韬作战有功，他特颁“青天白日勋章”和奖金；而对嫡系部队将领邱清泉援黄不力，予以撤职留用处分，以示不分亲疏，赏罚严明。陈诚的这一套办法，颇能迷惑一部分人，对维系军心也起了一定的作用，但战局的发展，却完全出乎陈诚的意料。
毛泽东于11月21日在延安枣园邀集刘少奇和刚从南京返回延安才两天的周恩来会商，一同对比分析了此时与抗战初期国民党和共产党力量的变化，认为1年的谈判教育了全国广大人民，使他们看清了国民党蒋介石是发动内战的罪魁祸首，从而使共产党赢得了人心。结合着战场上的胜利，便下定决心，作出“争取3—5年打倒蒋介石”的决定（暂不对外公布）。中共中央随即举行会议进行了传达。毛泽东提出的宏伟纲领是：1年内线，2年外线，3—5年打到南方去。但是，要打倒蒋介石，必须首先取决于军事上的胜利，取决于打大歼灭战，整旅整师地消灭国民党正规军中的中央嫡系。
毛泽东的决策给人民解放军全体将士极大的鼓励。
1946年11月至1947年2月，国民党军继续向苏北、山东、晋冀鲁豫、晋察冀、东北等解放区进攻，而主要战场则在苏北和东北。
1946年12月中旬，国民党徐州绥靖公署主任薛岳指挥25个半旅，分4路从峄县、宿迁、淮阴和东台向解放区华东战场扑来。陈诚不无自信地宣称：“两个月内消灭苏北共军！”国民党将军见华东解放军不论在数量上还是战略位置上都处于明显的劣势，他们自恃优势，急于见功而忘乎所以。徐州绥靖公署副主任吴奇伟，亲自督率其中路宿迁一线的7个旅，越众出班，浩浩荡荡地向沭阳、新安镇攻来。
是时，中共中央军委已将山东野战军和华中野战军合并为华东野战军，由陈毅任司令员兼政委，粟裕任副司令员，谭震林任副政委。陈毅、粟裕等判断：国民党军4路进攻，战线长，间隙大，应援不便，而宿迁一路孤立突前，便于我军围而歼之，可以先予以歼灭。经报请中央军委批准，决定集中24个团的兵力，分割包围并歼灭由宿迁进犯之敌。苏北大地，已是衰草枯黄，芦花飞白，满目肃杀气氛。
12月14日晚，战幕拉开，华东野战军8师奉命首先攻取敌军据守的峰山，那是苏北战场上独耸的制高点，又是敌69师左翼预3旅旅部驻地晓店子的正面屏障，是敌军设防的要点。战斗打响后，双方争夺十分激烈，战斗打得十分残酷，次日天亮之前，解放军先头部队终于攻占了峰山之顶。尔后勇猛攻破晓店子，一举歼灭预3旅。敌69师在解放军强大火力的攻击下，全部被歼。整个宿北战役于12月19日结束，共歼国民党第69师师部及3个半旅，共计2．6万多人，师长戴之奇在大势已去的绝望时刻，举枪自杀，为蒋家王朝殉节了，副师长饶少伟却没有步师长的后尘，老老实实地俯首就擒，作了俘虏。
1947年元旦刚过，陈毅便对粟裕说：“蒋介石派军队侵占我解放区，奸淫烧杀，无恶不作，搞得人民流离失所，苦不堪言。现在倒好，26师师长马励武回到峄县过快活年去了，老子偏不让他过，你看怎样？”
粟裕微笑着答道：“乘敌不备，攻则必胜。”
国民党第26师是蒋介石嫡系中的嫡系，蒋介石从其二公子蒋纬国为团长的战车团拨出数十辆坦克，为该师配备了一个战车营，该师还有一个装备重榴弹炮24门的榴炮团，一个装备各式汽车300余辆的汽车团，两个从蒋介石的外甥俞济时旅中拨来的步兵团，该师是薛岳手中的王牌。
陈毅、粟裕趁敌人过年而疏于戒备，发起鲁南战役，率部猛攻，敌人猝不及防，陷于混乱状态。蒋介石派几十架飞机助战，也无济于事。解放军破坏了道路和桥梁，埋了地雷，挖了反坦克壕，使敌人坦克、车辆行动受阻，乱作一团。解放军抓住时机，紧缩包围圈，并歼敌于突围途中。敌26师残部和快速纵队余部脱离阵地，向西突围。解放军分兵多路对敌猛追，愈打愈勇，敌军斗志全失，争相奔逃，漫野遍地，豕突狼奔。至4日下午3时，战斗基本结束，进至傅山口到卞庄一线的国民党军第26师包括第一快速纵队共3万余人，全部被歼灭在兰陵以北的原野上。此役，解放军又在峄县、齐村、枣庄全歼第51师，整个鲁南战役共歼敌5．3万余人，缴获全部美械装备。包括24辆坦克，89门重榴弹炮、野炮、山炮，474辆汽车，以及其他大批火炮、机枪等武器，全部成为解放军的战利品，活捉了敌26师中将师长马励武和敌51师中将师长周毓英。
蒋介石恼羞成怒，调集31万大军，分南北两线进攻山东解放区，南线突击集团由8个整编师组成，分3路沿沂河、沭河北犯；北线由第二绥靖区副司令李仙洲指挥的3个军组成，由济南南下莱芜、新泰。蒋介石亲自到徐州指挥，并制定了从陇海、胶济两线南北夹击山东解放军的作战计划。又派陈诚坐镇徐州督战。
1月31日和2月2日，蒋军分别从陇海线和胶济线南北夹击，直扑山东解放区首府临沂，妄图在临沂及其以北地区歼灭解放军华东主力。蒋介石来势汹汹，咄咄逼人，陈诚扬言：“党国成败，在此一役，只许成功，不许失败。”
中共中央军委命令新四军军部改为华东军区，山东野战军和华中野战军统一编组为华东野战军，新四军军长陈毅任华东军区司令员、华东野战军司令员兼政委，并任党的华野前委书记，饶漱石为军区政委，张云逸为军区副司令员，黎玉为副政委，粟裕任野战军副司令员；谭震林任野战军副政委，华东军区共约30万人。毛泽东电示陈毅等：“敌愈深入愈好，我愈打得迟愈好。只要你们不求急效，并准备于必要时放弃临沂，则此次我必能胜利。”
毛泽东的电示正合陈毅本意，于是便于2月6日晚命部队先歼灭叛军郝鹏举部。那郝鹏举原是被国民党收编的伪军，郝本人原是国民党反动军官，他反复无常，看风使舵，搞政治投机。在1946年1月9日，在我强大的军事压力和政治争取下，他率部在台儿庄宣布起义，表示反对蒋介石打内战，受到山东军民的宽待。时隔一年，1947年1月27日，当蒋介石南北夹击山东解放区时，他背叛人民，又投靠蒋介石，得了第四十二集团军的番号，配合李仙洲的南线左路，担任侧翼掩护。经过一昼夜战斗，于2月7日黄昏，解放军将郝鹏举总部及其2个师全部歼灭，活捉了郝鹏举。陈毅得到报捷，作诗一首：
教尔做人不做人，教尔不苟竟狗苟。
而今俯首尔就擒，仍自教尔分人狗。
陈毅率主力北移，同时令第2、第3纵队，使用各个纵队番号，伪装华野全军，制造敌人错觉，并以寡敌众，顽强阻击。2月15日，南线敌人占领临沂城，蒋介石、陈诚得意忘形。但在济南的国民党第二绥靖区司令官王耀武得到解放军主力北移的情报，急令李仙洲全线后撤。陈诚大为不满，以参谋总长的身份严词命令王耀武：“着该司令官派1个军进驻莱芜，1个军进驻新泰，诱敌来攻，勿使其继续北窜。”蒋介石亦命令王耀武：“切勿失此良机。”
心烦意乱的王耀武，虽然执行了蒋介石和陈诚的命令，但当他看到解放军有围歼李仙洲部的意图时，又不顾违抗蒋介石和陈诚的命令，急令46军从新泰撒到颜庄，193师从颜庄撤到莱芜，同时命令驻在胶济线上张店的73军77师立即经博山南援莱芜。但已为时过晚，陈毅率领的主力已在莱芜东西地区形成对李仙洲部的战役包围。2月20日，陈毅命令部队向敌人发起全面攻击。
李仙洲不断向陈诚告急，但陈诚并不派兵解围，王耀武考虑再三，与其在莱芜被歼，不如坚决突围，于是便命李仙洲：“全军经吐丝口向明水突围。”蒋介石看到王耀武的突围决定，半天说不出话来，最后只得向王耀武发出话来：“祈求上帝，保佑我北撤部队的安全和胜利。”
李仙洲派出的突围先头部队刚走出莱芜北门，就遭解放军痛击。一场血战在鲁中展开，小小的莱芜城内，几万蒋军惶惶不安。李仙洲下令突围，先头部队还没有突围出去，后卫部队便仓皇撤离矿山和莱芜城，去追赶北撤的部队，也钻进了解放军预先设计的“口袋”。解放军立即封死了敌人的归路。李仙洲集团4万多人困在东自芹村，西到高家洼，南自南白龙，北到周家高庄，东西只有六七里，南北不过十来里的狭长地区内。2月23日下午，解放军以排山倒海之势，同时从东西两面向敌人发起大规模冲锋，敌左右侧卫的两个师被解放军斩成几段，尔后被全歼，敌军的两个师长肖重光和海兢强被俘。
蒋介石命空军副司令王叔铭调集几十架战斗机和轰炸机到莱芜上空作战。但仍无济于事。李仙洲集团已成落网之鱼，几万人马乱作一团，各自逃命，呈作鸟兽散。李仙洲左腿中弹负伤，挣扎着继续向北逃跑。敌73军军长韩浚侥幸带了1000多人同李仙洲一直乘混乱之机突入口镇，同口镇守敌第36师残部会合在一起，共5000余人，向博山方向逃窜，刚到青石关即被华东野战军九纵全歼。李仙洲夹杂在俘虏群中，头戴一顶掩耳的棉帽，换上士兵军服，但他身躯肥大，服装窄小，被解放军战士识破。
莱芜战役前后不到3天，共歼敌5万多人，除46师师长韩练成事先放弃指挥，脱离部队外，19名国民党将军被俘，1名将军被击毙。
蒋介石从南京飞到济南，把王耀武大骂一顿：“你们只是在莱芜战役就损失了两个军和1个师，又损失了很多轻重武器，这仗以后就更不好打了。”
东北野战军至1946年9月已发展到23万人。10月下旬，国民党军集中8个师10万多人，分三路向南满进攻。东北野战军四纵队于本溪东南，将分路冒进的敌52军第25师合围于宽甸新开岭地区，经过3天激战，于11月2日将敌自诩为“干里驹”的全美械装备的第25师8000余人全部歼灭，敌师长李正谊、副师长段培德被俘。
1947年初，北满野战军三下江南，寻机在运动中歼敌。野战军一纵渡江西进，在二纵、四纵配合下，于3月12日断敌退路，将敌88师大部、87师一部及军部特务团、工兵等堵截于德惠、农安间之郭家屯，激战一昼夜，88师除少数逃脱外，全部就歼，此战役一举歼灭敌2个主力师之大部，取得重大胜利。
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