日伪对蒋介石的反革命罪行拍手称快。汪精卫在南京开了庆祝大会，他说：“蒋介石盲目抗战数年，只做了皖南事变一件大好事！”伪国民政府宣传部发表谈话说：“救国必须和平，和平必须反共”，并呼吁重庆方面“明智之士”能同汪伪“同立于统一领导、统一国策之下，共同奋斗，使全面和平得以早日实现”。可见，皖南事变是日、伪、蒋勾结，共同反共的铁证。
苏联政府对蒋介石发动皖南事变，十分不满。苏联外交部副部长对国民党驻苏大使邵力子说：“苏联人决不做可使敌人快心的事。请问大使阁下，日本人对此高兴否？请转告贵国政府勿做敌人快心之事。”崔可夫在重庆向何应钦、白崇禧提出质问：“是否在和新四军的冲突中使用了苏联提供的武器？何以要打自己人，要屠杀自己的士兵和军官呢？”苏联驻华大使潘友新对蒋介石说：“对中国来说，内战将意味着灭亡。”
美国总统特使居里在重庆对蒋介石说：“美国在国共纠纷未获解决前，无法大量援助中国，中美之经济财政问题不可能有任何进展。”英国发表评论说：“解散皖南新四军事件，只有日本最为兴奋。”
局势发展出乎蒋介石的意料之外。蒋介石在国内外一片责难声中和英、美、苏3国政府的外交压力下，突然发现，自己在政治上已陷入异常孤立和被动的境地。
1月20日，中共中央革命军事委员会发布命令，重建新四军，任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政委，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。新四军军部即在苏北盐城成立。全军7个师1个独立旅，9万余人。第一师由苏北指挥部所属部队编成，师长粟裕，政委刘炎；第二师师长张云逸兼，政委郑位三，副师长罗炳辉；第三师由八路军第五纵队编成，师长兼政委黄克诚；第四师由八路军第四纵队编成，师长兼政委彭雪枫；第五师由豫鄂挺进纵队编成，师长兼政委李先念；第六师由江南指挥部所属部队及江南人民抗日救国军编成，师长兼政委谭震林；第七师由无为游击纵队、第三支队挺进团、皖南突围部队编成，师长张鼎丞、政委曾希圣；独立旅旅长梁兴初，政委罗华生。
同时，毛泽东代表中共中央革命军事委员会发表谈话，提出关于解决时局的12条办法：
第一、悬崖勒马，停止挑衅。
第二、取消1月17日的反动命令，并宣布自己是完全错了。
第三、惩办皖南事变的祸首何应钦、顾祝同、上官云相3人。
第四、恢复叶挺自由，继续当新四军军长。
第五、交还皖南新四军全部人枪。
第六、抚恤皖南新四军全部伤亡将士。
第七、撤退华中的“剿共”军。
第八、平毁西北的封锁线。
第九、释放全国一切被捕的爱国政治犯。
第十、废止一党专政，实行民主政治。
第十一、实行三民主义，服从《总理遗嘱》。
第十二、逮捕各亲日派首领，交付国法审判。
毛泽东又说：“如能实行以上12条，则事态自然平复，我们共产党和全国人民，必不过为己甚。否则，‘吾恐季孙之忧，不在颛臾，而在萧墙之内’，反动派必然是搬起石头打他们自己的脚。那时我们就爱莫能助了。我们是珍重合作的，但必须他们也珍重合作。老实说，我说的让步是有限度的，我们让步的阶段已完结了。他们已经杀了第一刀，这个伤痕是很深重的。他们如果还为前途着想，他们就应该自己出来医治这个伤痕，‘亡羊补牢，犹未为晚’。这是他们自己性命交关的大问题，我们不得不尽最后的忠告。如若他们怙恶不悛，继续胡闹，那时，全国人民忍无可忍，把他们抛到茅厕里去，那就悔之无及了。”
蒋介石陷入了空前孤立的境地，他不得不在第二届国民参政会上保证说：“以后亦绝无剿共的军事。”国民党发动的第二次反共高潮宣告破产。
中共中央对皖南事变作了检查总结，作出《中央关于项、袁错误的决定》，指出：
三年以来，项英、袁国平对于中央的指示，一贯地阳奉阴违，一切迁就国民党，反对向北发展与向敌后发展，反对扩大新四军。反对建立抗日根据地，坚持其自己的机会主义路线。……此次皖南部队北移，本可避免损失，乃项、袁先则犹豫动摇，继而自寻绝路，投入蒋介石反共军之包围罗网，……由于项、袁领导错误，事先既少精神上之准备，临时复无机动作战之指挥与决心，遂至陷于失败，此次失败，乃项、袁一贯机会主义领导的结果，非寻常偶然的战斗失败可比。
皖南事变不能不使毛泽东深思，实践证明，革命力量的发展，与客观条件有关，但主要取决于正确路线，取决于正确路线的贯彻执行，党内存在的“左”右倾错误，影响了革命的发展。项英、袁国平领导的新四军，部队力量的发展比八路军慢得多，八路军发展了5倍，新四军才发展1倍，项英不听从中央指示，最后在皖南事变中，投入蒋介石的罗网。在党内，王明的机会主义错误还没有彻底清除，共产国际关于中国革命的错误指挥，通过王明等人还在起作用。王明在1940年3月公然再版了他在1930年11月写的《两条路线》（再版时改为《为中共更加布尔什维克而斗争》）的小册子，主观主义、宗派主义和党八股还在毒害一些人。抗战以来，党吸收了70万新党员，他们大部分出身于农民和小资产阶级，虽然有革命热情和愿意接受教育的愿望，但其中不少人把个人主义、自由主义等非无产阶级思想带到党内，组织上入了党，思想上并没有完全入党。这常常成为不正之风滋长和蔓延的条件。为了解决这方面的问题，毛泽东考虑有必要进行一次大规模的整风运动。
1941年5月19日，毛泽东在延安干部会议上作了《改造我们的学习》演讲，为整风运动作了思想动员和理论准备。9月10日至10月22日，中共中央政治局召开扩大会议，讨论党的历史，特别是土地革命战争时期的历史问题。
毛泽东在9月10日的发言中，详细分析了王明“左”倾冒险主义的错误及其根源，指出，过去党内很长时期为主观主义所统治，立三路线和土地革命战争后期的“左”倾机会主义都是主观主义。土地革命战争后期的主观主义表现更严重，它的形态更完备，统治时间更久，结果更悲惨。这是因为这些主观主义者自称为“国际路线”，穿上马克思主义的外衣，是假马克思主义。
会议确认在土地革命后期，王明、博古等人领导党的中央所犯的“左”倾错误是“路线错误”，一些受王明影响而犯过错误的同志作了自我批评，但王明却千方百计地推卸责任，拒不承认错误。
毛泽东4次找王明谈话，任弼时、王稼祥参加了前两次谈话，陈云和康生参加了后两次谈话。他们同毛泽东一起对王明进行了严肃的批评，并希望王明检查和改正自己的错误。
毛泽东在同王明谈话中，批评了王明以下几个问题上的错误：
（1）在形势估计问题上表现盲目乐观。
（2）在国共关系问题上，忽视在统一战线下的独立性与斗争性。
（3）在军事策略问题上，王明助长了反对独立自主的山地游击战的方针。
（4）在组织问题上，王明在担任中共长江局书记时，常用个人名义打带有指示性通电给中央与前总，擅自用中央名义发表许多文件。
王明没有接受毛泽东对他的批评。他解释说，他的路线是对的，个别问题有错误。王明在10月12日突然宣布有病，从此便长期不参加中央会议和整风运动。
中共中央政治局会议确认王明有以下路线错误：
（1）第二次国内革命战争后期的“左”倾错误，从中共六届四中全会就开始了，从“九一八”以后则发展为路线错误。
（2）以博古为首的临时中央的组成，王明负有重要责任。
（3）王明到苏联后，虽然一些具体政策问题上和博古为首的临时中央有不同看法，但在形势的分析和政治路线上是完全同意的，并且一直给予了很大的支持。
（4）抗日战争期间，王明在负责中共长江局工作期间，在组织上闹独立性的错误。
中共中央成立了高级学习组，主要任务是研究马克思列宁主义理论和总结党的历史经验，以克服主观主义、形式主义等错误思想。
全党整风从1942年初开始。2月1日，毛泽东在中央党校开学典礼上作了题为《整顿党的作风》的讲演，向全党发出“反对主观主义以整顿学风，反对宗派主义以整顿党风，反对党八股以整顿文风，这就是我们的任务”的号召。
2月8日，毛泽东又在延安干部会议上作《反对党八股》的演说。尔后中共中央成立了以毛泽东为首的“总学习委员会”作为整风运动的领导机关。
整风运动共分发动、学风学习、党风学习、文风学习，总结党的历史经验5个阶段，历时3年多，至1945年夏才结束。毛泽东提出，整风运动的方针是“惩前毖后，治病救人”。这个方针同王明“左”倾机会主义的“残酷斗争，无情打击”有根本的区别。毛泽东是用解决党内矛盾的方法，用开展批评与自我批评的方法和弄清思想路线是非的方法，帮助犯错误的同志，改正错误，达到团结同志的目的。“左”倾机会主义是用解决敌我矛盾的方法，对待党内持有不同意见的同志，那是宗派主义的表现。
1942年5月，毛泽东又发表了《在延安文艺座谈会上的讲话》，提出了革命文艺的根本方向，革命文艺的创作理论和文艺批评的标准，对文艺界进行了思想上和组织上的整顿。
中共中央西北局在1942年10月19日到1943年1月14日，召开了高级干部会议，着重检讨了陕甘宁边区党的历史，批评了在王明“左”倾冒险主义影响下陕北党内一些同志所犯的错误，特别是肃反扩大化的错误，对闹独立性和官僚主义等倾向，开展了批评和自我批评。加强了党的领导，对边区政府工作、经济工作和财政工作进行了讨论。毛泽东在会上作了《抗日时期的经济问题和财政问题》的演说，提出了“发展经济，保障供给”方针，号召开展全边的军民大生产运动，把大生产运动当作巩固根据地的重要措施。毛泽东要求党政工作人员在财政问题上，应以90％的精力帮助农民增加生产，然后以10％的精力从农民取得税收。他说凡是不注重研究生产，不用主要精力帮助农民解决“救民私粮”，只顾向农民要“救国公粮”的，就是沾染了国民党的作风，沾染了官僚主义的灰尘，就不是好领导者。凡是不注意生产反而好吃懒做的，不算好军人，好公民。
当时，日伪军对根据地的“扫荡”、国民党对根据地的封锁，再加上连续遭到水、旱、虫等自然灾害，根据地几乎到了没有饭吃，没有衣穿，没有纸、没有菜，战士无鞋袜，工作人员冬天无被盖的境地，人民群众的生活很贫苦。
1942年8月的一天，陕甘宁边区政府小礼堂召开由各县县长参加的征粮会议，天下着大雨，突然一声巨雷，把礼堂的一根木柱子劈断，有一位县长当场被雷电触死。这件事很快传出去了，有个别群众说：“为什么雷没有劈毛主席？”
话传到毛泽东的耳里，毛泽东没有追问是谁说的，更不准别人去抓什么“反革命”，而只是向干部了解说这话的原因。通过了解才知道，政府下达的征粮任务太重，群众有意见，便借“雷劈”发泄不满情绪。这引起了毛泽东的重视，他指示有关部门将征收20万担公粮的任务，减至16万担。毛泽东这样处理和解决问题，使党群关系更加亲近了，毛泽东在群众中的威信更高了。
毛泽东发动部队，机关、学校开荒种地。他召集延安的各单位负责人开会，非常简单明确地说：“国民党不发军饷了，我们怎么办？等着饿死吗？我想大家都不会同意的。解散回家吗？我想大家也不会同意。那么怎么办呢？只有大家动手，开荒种地，解决困难。”
众人赞同毛泽东的意见。毛泽东当场表示，他自己也参加开荒种地。多数人认为，毛泽东的工作太忙，不必参加开荒。有人提出为毛泽东代耕，毛泽东说：
“我一定参加开荒。地点就选在我门口。只开一亩地，不多也不少。我还能自己动手，坚决不要人代耕。”
毛泽东果然在自己门前选了一块空地。他白天工作一会，去那里劳动一会，夜间还要通宵工作，没过多久，他根据少年在家种田的经验，认为差不多了，让人认真丈量，果是一亩多地。他在那里种了蔬菜和庄稼，长得很好。
中央其他领导人都亲自参加大生产运动。王震率领八路军359旅，开赴荆棘丛生、野狼成群的南泥湾，开荒26万亩，把荒无人烟的南泥湾，变成平川稻谷香，遍地是牛羊的“陕北江南”。全旅的经济、物资不仅能全部自给，而且达到了“耕一余一”，向政府交了1万石公粮。
在大生产运动中农民积极参加“变工队”、“扎工队”，提高了劳动生产率。到1942年底，全边区共开荒180万亩，增产细粮47万石。学校、机关、部队做到粮食、经费自给或半自给。与此同时，边区的工业、手工业也有了很大发展。全边区有62个公营工厂，职工近4000人，年产土布10万匹，这些工厂不仅能炼油、炼铁，而且能修理机械、制造军火。全边区的公粮任务，由1942年的16万担，到1945年减至12万担。群众增加了生产，又减轻了负担，生活得到了改善和提高。毛泽东总结了大生产运动的经验，题了八个大字：“自己动手，丰衣足食。”
1943年3月16日到20日，中共中央召开政治局会议，讨论通过了《中央关于中央机构调整及精简的决定》。会议推选毛泽东为中央政治局主席；中央书记处由毛泽东、刘少奇、任弼时3人组成，毛泽东任中央书记处主席。主席有最后决定之权。中央成立宣传委员会和组织委员会，毛泽东任宣传委员会书记，王稼祥任副书记，刘少奇任组织委员会书记。中央任命毛泽东为中央党校校长，彭真为副校长，任命刘少奇为中央研究局局长，杨尚昆为副局长。
毛泽东身居显位，能够保持着谦虚谨慎的作风。他说：“群众是真正的英雄，而我们自己则往往是幼稚可笑的，没有满腔的热忱，没有眼睛向下的决心，没有求知的渴望，没有放下臭架子，甘当小学生的精神，就不能得到起码的知识。共产党员要倾听人民群众的意见，要联系人民群众，而不要脱离人民群众，应该站在民众之中，而决不应该站在民众之上。”
王明曾在延安“泽东青年干部学校”开学典礼作《学习毛泽东》的演讲，说：“青年干部学校既然以毛泽东同志的光辉名字来命名，那就要名符其实，就是要学习毛泽东同志的生平事业和理论。”“毛泽东同志则如鹤立鸡群一样英勇坚决地继续革命工作。”王明又说，要从5个方面学习毛泽东，即学习毛泽东始终一贯忠于革命的精神，勤于学习的精神，勇于创造的精神，长于工作的精神，善于团结的精神，王明把他的《学习毛泽东》的讲演稿拿给毛泽东看。毛泽东看后说：
“我的理论一点也不好，不要发表。”
毛泽东在致中央宣传部副部长何凯丰的信中说：“我的思想（马列）自觉没有成熟，还是学习时候，不是鼓吹时候；要鼓吹只宜以某些片断去鼓吹（例如整风文件中的几件），不宜当作体系去鼓吹，因为我的体系还没有成熟。”
毛泽东在写给延安大学校长、延安鲁迅艺术学院院长周扬的信中说：“把我那篇讲话配在马、恩、列、斯……之林，觉得不称，我的话是不能这样配的。”
1943年4月，中共中央开始普遍的审查干部。在审查干部运动中曾一度出现了偏差，对敌情作了过分的估计。总学习委员会副主任、中共中央社会部长、情报部长康生，在延安干部会议上作《抢救失足者》报告，搞起“逼、供、信”的过火斗争，在10多天内便弄出大批冤假错案来，还在报纸上公布了一个所谓的大特务案，案件中的“主犯”已判死刑，即将枪毙。
毛泽东很快发现了错误，即批评道：“简直是风声鹤唳，草木皆兵，特务如麻，闹得人人自危。我们党的历史上，在王明、张国焘错误路线下，搞审干肃反，伤害了很多好同志。特别是随便杀人，杀戒一开就难以收住，错杀了很多好同志，有血的教训。只要有人在，错了好纠正；人杀了，头是不能再长出来的，真正的特务也一个不杀。”
延安行政学院被审查的人很多，他们不服，说道：“毛主席、周副主席知道了，一定会给我们平反。”不少人写信给毛泽东申诉，说他们不是特务，不是国民党，不是三青团，但挨了整，被戴上特务、国民党、三青团的帽子，要求党给他们作出实事求是的结论。
毛泽东看了申诉信，亲自到行政学院，在教职员工和学员大会上讲话，说：“在审干中伤害了不少好同志、冤枉了好人，这像洗澡，为了消毒，在水里放些灰锰氧，但放多了烧坏了皮肤，这很快会好的。有些好同志被错戴了帽子，我们党是实事求是的，帽子戴错了就要把它摘下来，有反必肃，有错必纠，这就叫做实事求是。”
毛泽东提出，审干运动必须坚持一个不杀，大部不抓，反对逼供信，重证据，不重口供的原则，中共中央又发出一系列甄别平反的指示。
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