三个月后，红四军在福建上杭县城召开第八次代表大会，致信毛泽东要他出席会议。毛泽东这时对于主持前委工作的陈毅颇有意见，拒绝与会。他在回信中说：“我平生精密考察事情，严正督促工作，这是陈毅主义的眼中钉，陈毅要我做‘八边美人四方讨好’，我办不到；红四军党内是非不解决，我不能随便回来；再者身体不好，就不参加会议了。”回信送到上杭后，前委觉得毛泽东态度成问题，又给了他一个党内“警告”的处分。毛泽东只得坐着担架赶到上杭，等他赶到时，会议已经结束。大家见他病得实在厉害，让他继续养病。
红四军八大开得很不成功。红四军代理军委书记熊寿祺在给中央的报告中写道：由于实行所谓“由下而上的民主制”，开会就得争论半天。大大小小的问题，事先没有准备意见，就拿到会场上来争，往往争论到最后还得不出一个结论。举个例子，为了确定红军法规中党代表权力问题，讨论了整整两天仍旧没法解决，结果还是决定请示中央。八大在熙熙攘攘中吵了三天，毫无结果地结束了。这次会议用事实证明，削弱党对军队的领导、实行极端民主制后，即使是像红四军这样的雄师劲旅也会变成一支没有统一意志和铁的纪律的“乌合之众”。
红四军党内的争论引起了党中央的重视。陈毅奉命赴沪汇报。在上海，周恩来、陈毅起草了《九月来信》，要求派人请毛泽东重新主持红四军工作。在嗣后召开的红四军第八次代表大会上，朱德对毛泽东的离职也深感不便。“朱不离毛，毛不离朱，朱离了毛，过不了冬”，朱德与同志们一起联名写信给毛泽东，请他病愈后即回红四军前委主持工作。战友之情，溢于字里行间。
当时担任第四纵队参谋主任的罗瑞卿这样回忆当时的情景：
参加红四军党的第七次代表大会，听到了四军党内的一些争论，也听到了对当时中央那封来信的讨论，有所谓“留毛还是留朱”的问题。当时自己不理解，觉得党内怎么会有这样严重的斗争。足见我当时的幼稚和无知。
关于部队的行动问题，一些人当时不听主席的意见，坚持主张分兵去闽西，结果二、三纵队出闽中，一、四纵队留闽西。听说当时主席有病，留闽西永定养病，并指挥一、四纵队在闽西做巩固和扩大赤区，进行分配土地、建立政权的工作。当时第一纵队司令员是林彪，二纵司令员是刘安恭，三纵司令员是伍中豪。
去闽中的二、三纵队打了败仗，又不得不折回闽西。……在上杭，又召开了红四军党的第八次代表大会，红军党内广大干部和党员要求主席回来，在大会上有很强烈的反映。以后，主席回来了，听说是坐担架回来的。主席回来后发了一封告党员干部的信，批评了某些犯错误的人及其错误主张。
但是部队的行动问题，仍然不听主席的意见，仍然按着中央来信的精神，于是又把红军的三个纵队拉去打广东的梅县。二纵队在广东边境打虎头沙时，纵队司令员刘安恭牺牲。这是一次血的教训。
在汀州，我被调到纵队司令部任宣传科长。部队向上杭、龙岩地区前进时，主席召开了纵队党代表以上干部调查会。每天都开，行军时则一到宿营地就开。主席亲自手写口问，并与到会人展开讨论，会议空气十分活泼、自然、愉快。这就是有名的红四军第九次党代表大会的准备。
1929年12月，在闽西古田村，主席亲自主持了红军第四军第九次代表大会，亦即历史上著名的“古田会议”，并为大会起草了决议。这个决议对于军队的建设起了划时代的作用。
在红四军第七次党代会上发生过的争论只不过是历史长河中的一朵浪花，朱毛之争也不过是他们漫长合作过程中的一段小插曲。但是在朱毛之争中，林彪却获得了巨大的政治资本，毛泽东对林彪在患难时挺身而出，全力支持自己十分感激，他更加信任和重用林彪。
在这以后的一段时间，林彪也曾受到过毛泽东的严厉批评。
1928年5月，林彪自从登上井冈山以后，眼见敌强我弱，环境险恶，前途渺茫，心存许多疑虑。担任了第一纵队司令员后，他还曾多次散布，“现在边界很困难，只有红米饭、南瓜汤是不行的，一定要打出山去，否则没法维持”。
罗霄山脉高耸入云，红色区域与外界隔绝；还处于敌人的重重包围之中。在国民党的军事进攻和经济封锁下，部队中流行着一种内含悲观的拼命主义。战士们把武装带称作“牺牲带”，当谈论到革命的前途时，他们便把两眼瞪圆，不无凄怆地说，“牺牲的时候，革命可能就成功了”。
一种黯淡和悲观的气氛如同山中湿雾在井冈山蔓延散开。有的干部们就私下议论起“红旗能打多久”和“井冈山要守到何时”等问题。林彪也受到了这种情绪的感染。
毛泽东对此并不否认，他也感到寂寞和清冷。在《井冈山的斗争》一文中，毛泽东坦诚地写道：
我们一年来转战各地，深感全国革命形势的低落。……红军每到一地，群众冷冷清清，经过宣传之后，才慢慢起来；和敌军打仗，不论哪一军都要硬打，没有什么敌军内部的倒戈和暴动。马日事变后招募“暴徒”最多的第六军也是这样。我们深深感觉寂寞，我们时刻盼望这种寂寞生活的终了。
即令如此，毛泽东仍然没有放弃他那“留得五湖明月在，不愁无处下金钩”的信念，他要朝着工农武装割据，以农村包围城市，最后夺取政权的目标坚定不移地前进。
是坚持巩固的根据地，波浪式地向外发展，而使星星之火，形成燎原之势，还是分散出击，打到山外，闯州过府，形同流寇，这是当时的重大原则问题之争。林彪力主分散出击。
1929年就要过去了。在岁末“古田会议”结束不久，林彪给毛泽东写了一封长信，在信中坚持对形势的悲观估计，怀疑“井冈山红旗究竟能打多久？”
对于林彪提出的这个问题，毛泽东十分清楚它的代表性。1930年初，毛泽东整整花了五天的时间，给林彪写了一封长达六七千字的回信，并以《时局估量和红军行动问题》为题，印发各纵队、大队党支部，展开讨论。
毛泽东语重心长地写道：
林彪同志，我从前颇觉，至今还有些感觉你对于时局的估量是比较的悲观。去年5月18日晚上瑞金的会议席上，你这个观点最明显。我知道你相信革命高xdx潮不可避免的要到来，但你不相信革命高xdx潮有迅速到来的可能，因此在行动上你不赞成一年争取江西的计划，而只赞成闽粤赣交界三区域的游击；同时在三区域内也没有建立政权的深刻观念，因之也就没有由这种赤色政权的深入与扩大去促进全国革命高xdx潮的深刻观念。
毛泽东严肃地批评了林彪的悲观思想和流寇思想，他写道，“这是一个最根本的问题，不答复中国革命根据地和中国红军能否存在和发展的问题，我们就不能前进一步。”
在信的最后，毛泽东以诗一般的语言和激情勉励林彪振作起来，丢掉悲观情绪，迎接革命事业对他的选择，不辜负他本人对林彪的厚望。毛泽东写道：
……我所说的中国革命高xdx潮快要到来，……它是站在海岸遥望海中已经看得见桅杆尖头了的一只航船，它是立于高山之巅远眺东方已见光芒四射喷薄欲出的一轮朝日，它是躁动于母腹中的快要成熟了的一个婴儿。
1948年，中共中央决定编辑出版《毛泽东选集》，准备收入这封信。时在东北的林彪闻讯，急忙致电党中央和毛泽东，说“我同意在党内外公布这封信。为不致引起误解，我同意公布信的内容，而不公布我的名字”。毛泽东善意地答应了林彪的恳求，删去了林彪的名字和信中对林彪的批评部分，把题目改成《星星之火，可以燎原》。毛泽东怎么也不会想到，林彪却有不认账的时候。
1968年，林彪重返井冈山，远眺竹林云海，近聆流水潺潺，一时兴起，填下了一首《西江月·重上井冈山》的词，并送呈毛泽东阅：
繁茂三湾竹树，苍茫五哨云烟。井冈山搏斗忆当年，唤起人间巨变。红日光弥宇宙，战旗涌作重洋。工农亿万志昂扬，誓把敌顽埋葬。
四十年前旧地，万千往事萦怀。英雄烈士没蒿莱，生死艰难度外。志壮坚信马列，岂疑星火燎原。辉煌胜利尽开颜，斗志不容稍减。
毛泽东看后，微微一哂，用红铅笔在“志壮坚信马列，岂疑星火燎原”下面重重地划了二条粗杠，并打了一个问号，说道：“这是历史公案，不要再翻了。”
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