居正追紧一步说：“皇上德意，臣民无不欣仰，即孙隆在彼，亦能仰体圣心，安静行事。但地方多一事则有一事之扰，宽一分则受一分之赐。今彼中织完，十未四、五，物料、钱、粮，尚有未尽征完者，灾地疲民，不堪催督，愿皇上且取回孙隆，其应天被灾稍轻，许坤仍旧可也。”
居正说话，追紧一步以后，随即放松一步。神宗有了回旋的余地，同时他也提出内库发出银五千两，不完全仰给江南钱粮。他说：“近降去花样，皆御前发出银两，并不加派扰民。此一件还着织完回京，其余则皆停罢可也。”
三位大学士叩头谢恩，神宗这才把工部复疏交给居正，他说：“先生将去票来。”说过以后，神宗看着三位大学士说：“君臣一体，今有司通不奉行，百姓安得受惠？”
居正代表内阁说：“诚如圣谕，臣等今日，亦无非推广皇上德意而已。愿皇上重惜民生，保固邦本，则百万生灵，仰戴至仁，实社稷灵长之庆。”（奏疏九《罢织造内臣》。对话用原文。）
叩头以后，三位大学士退至内阁拟票，取回孙隆。
事情算是有了一点头绪，但是没有结束。承运库太监孔成上奏，赏赐夷人，缺乏段匹，请行南京、苏松、浙江等处增织，又将上用袍服等项，并请织造，共该七万三千匹。奉圣旨：“工部知道。”工科都给事中王道成一看，知道情形严重，上疏请求酌减增造段匹。工科底奏疏发下拟票，居正才晓得从中又起了变化。“皇上为什么又要织造呢？”居正想。他看到现在只有再求酌减。在奏疏中，他提出祖宗朝一岁所造，原有定率；嘉靖年间，才有添织，但是只可偶一为之，说不得是常例。以后他更说到：
今查万历三年，该库已称缺乏，请于岁造之外，添织九万有余，其时以大婚礼重，赏赐浩繁，该部不得已，钦遵明旨，设法措处，然闻之各地方库藏，搜括已尽，经今四年，方得织完，而添造之旨又下。计该库所开数目，度其所费，非得银四、五十万，不能办此。索之库藏，则库藏已竭，加派小民，则民力已疲。况今岁南直隶、浙江一带，皆有水灾，顷蒙特恩，破格蠲振，又取回织造太监，疲困之民，方得更生，乃又重复加派，子惠之恩未洽，诛求之令即施，非圣慈所以爱养元元，培植邦本之意也。民穷财尽，赋重役繁，将来隐忧，诚有不可胜讳者。科臣所奏，宜留圣心。臣等看得该库偶因三卫夷人，缺少虎、豹一样服色，及近年北虏俺答款贡，岁增赏赉，溢于旧数，故题请添织，以上二项，委不可已。至于上供御用等项，则近年南京太监许坤，苏杭太监孙隆，织进御前者，已自足用，不必又取办于岁造矣。臣等愚见，伏乞圣明再谕该库查北虏俺答一宗赏赐，一岁约该几何，及三卫夷人虎豹服色缺少几何，照数行该地方添织，即作岁造之数，其余皆可停止。惟冀俯从科臣之言，一概减半织造，其支费银两，敕下户工二部酌处，免复加派小民，庶近日规恤之旨，不为虚文，罢极之民，少得苏息也。（奏疏九《请酌减增造段匹疏》）
疏上以后，神宗准如所请，但是事实上还是增造，神宗依然得到心理的满足。
万历七年十月，蓟辽总督梁梦龙得到消息，土蛮带领四万余骑，向辽东进攻，立即告急。东北方的边防，突然紧张起来。本来居正对付鞑靼的政策，是使他们从内部分裂走向对立的局势。俺答通贡，封顺义王，成为明朝的藩属；但是土蛮仍然倔强，屡次要求“贡市”，——其实只是通商，——但是居正认为在土蛮没有屈服以前，谈不到“贡市”。事情成了僵局，土蛮屡次引兵进攻，想用武力强迫中国通商，蓟辽方面的防务，永远不能松懈，其故在此。神宗在居正把辽东警报奏进以后，立刻吩咐内阁拟旨，谕兵部议进剿之策。居正面奏道：
“九月初间，有北虏俺答部下头目恰台吉，差人于土蛮营中，侦知土蛮欲纠众向辽，讲求贡市，臣即驰语总督梁梦龙，令其再侦的实，多方设备；传示辽东总兵李成梁，巡抚周詠，虏若纠大众至，勿轻与战，但坚壁清野，使之野无所掠，虏气自挫。又使梁梦龙亲率师东行，发劲兵二枝，为辽东声援。令蓟镇总兵戚继光，选精锐，乘间出塞，或擣其巢，或邀其归以挠之。今据报各官具如臣指：梁梦龙已东驻山海，遣参将许汝栗、杨继，出关截杀；戚继光移驻一片石，伺间邀击，辽东收保已毕。虏以十月初二日，至宁前向中所地方，此中地狭人稀，虏众无所掠，势不能久，旦夕必已退遁。今敕本兵姑议驱剿，以后相机别议。且彼中戒备颇严，谅无疏失，伏惟皇上少宽圣怀。”
在这一大片叙述里，居正把辽东的布置，完全说明。
神宗点头道：“先生费心处置，朕知道了。”（奏疏十一《送起居馆论边情记事》。对话用原文。）
经过这番布置以后，土蛮底军队退去了；后来土蛮和速把亥同驻红土城，分兵进攻锦州、义州，成梁出塞二百余里，直抵红土城，杀去四百七十余名鞑靼武士，这是所谓红土城之捷。
万历七年十月，总理河漕都御史潘季驯，漕运侍郎江一麟奏报河工告成。自从六年正月以来，居正把河、漕事务，完全交付吴桂芳，不幸就在正月，桂芳病殁。二月，居正起用潘季驯总理河、漕。四月，季驯疏辞总理河、漕事务，上谕不许。季驯这才放手做事，六月上疏条陈六事：“一曰塞决口以挽正河，二曰筑堤防以杜溃决，三曰复闸坝以防外河，四曰创滚水坝以固堤岸，五曰止浚海工程以免糜费，六曰寝老黄河之议以仍利涉。”
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