自强，同州人，嘉靖三十二年进士，万历三年为吏部左侍郎，九月升礼部尚书，是一个老成干练的人物。平时自强底主张，和居正不一致，所以这次入阁，自强觉得有些出于意外，因此对于居正，十分感激。时行，长洲人，嘉靖四十一年进土第一，万历三年为詹事府少詹事兼翰林院侍读学士，后来升吏部右侍郎。这一位苏州状元，在万历十一年至十九年间，曾任八年有余的首辅，此时只是后生新进，经过居正两次推荐，所以对于居正，更是非常亲近。万历六年的内阁，一切只是居正底局面。六年七月，调阳病重回籍，十月自强病卒，于是内阁只剩居正、四维、时行三人，一直维持到万历十年。
居正回籍的日期决定在三月十三日。神宗赐路费银五百两、纻丝六表里，仁圣太后赐银三百两、纻丝六表里，慈圣太后赐银五百两、纻丝六表里。之外，神宗又给“帝赍忠良”银印一颗，另赐手谕：
朕大礼甫成，倚毗先生方切，岂可一日相离？但先生情词迫切，不得已，准暂给假襄事，以尽先生孝情。长途保重，到家少要过恸，以朕为念，方是大孝。五月中旬，就要先生同母到京，万勿迟延，致朕悬望。又先生此行，虽非久别，然国事尚宜留心，今赐先生“帝赍忠良”银记一颗，若闻朝政有阙，可即实封奏闻。（见奏疏七《谢赐敕谕并银记疏》）
司礼监太监王臻到居正宅中，口传圣旨，着居正于三月十一日到文华殿面辞。这一天居正到文华殿，神宗在西室里坐着。居正面奏道：
“臣仰荷天恩，准假归葬，又特降手谕，赐路费银两、表里及银记一颗。臣仰戴恩眷非常，捐躯难报。”
“先生近前来些，”神宗吩咐道。
居正向前挪近几步。
“圣母与朕意，原不肯放先生回，”神宗说，“只因先生情辞恳切，恐致伤怀，特此允行。先生到家事毕，即望速来。国家事重，先生去了，朕何所倚托？”
居正叩头称谢，又说：“臣之此行，万非得已。然臣身虽暂违，犬马之心实无时刻不在皇上左右。伏望皇上保爱圣躬。今大婚之后，起居食息，尤宜谨慎。这一件，是第一紧要事，臣为此日夜放心不下，伏望圣明，万分撙节保爱。又数年以来，事无大小，皇上悉以委之于臣，不复劳心；今后皇上却须自家留心，莫说臣数月之别，未必便有差误。古语说：‘一日、二日万几，’一事不谨，或贻四海之忧。自今各衙门章奏，望皇上一一省览，亲自裁决。有关系者，召内阁诸臣，与之商榷停当而行。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。
“臣屡荷圣母恩慈，以服色不便，不敢到宫门前叩谢，伏望皇上为臣转奏，”居正说。
“知道了，”神宗说，一边又叮咛道，“长途保重，到家勿过哀。”
居正感动的了不得，伏地呜咽，话也说不得了。
“先生少要悲痛，”神宗安慰他，但是神宗也呜咽了。
居正叩头，退出西室，在他退出的时候，听得神宗和左右说：“我有好些话，要与先生说，见他悲伤，我亦哽咽说不得了。”（奏疏七《召辞纪事》。对话用原文。）
一直到十六岁，神宗还是一个天真的孩子。他看到这个当国多年的老臣，长长的一络长须，现在精神困惫，形容摧朽，（居正居丧中情状，见书牍十四《答徐存斋二十四》）眼看又要回去，固然二、三月以内，居正还要回朝，但是神宗心里，毕竟有一点恋恋不舍。居正辞出以后，神宗再着文书官孙斌等赐居正食品八盒。慈圣太后也派慈宁宫牌子太监李旺赐居正银八宝豆叶六十两，途中赏人。李旺口传皇太后圣谕道：“先生行了以后，皇上无所依托。先生既舍不得皇帝，到家事毕，早早就来，不要待人催取。”（见奏疏七《召辞纪事》及《谢召见面辞疏》）
三月十三日居正出京，神宗特着司礼监太监张鲸，到郊外饯送，又赐甜食二盒、干点心二盒。文武百官一概出郊远送。
据王世贞底记载，居正这一次回去，真有些威风。轿子是特制的。前面是起居室，后面是寝室，两廊一边一个书僮焚香挥扇。三十二名轿夫抬着一架大轿，赫赫煊煊地从北京南下，一路还有蓟镇总兵戚继光派来的铳手、箭手随同保护，沿路巡抚和巡按御史出疆迎送，府、州、县官跪着迎接，开路办差，更加忙得不亦乐乎。三月十九日过邯郸，随后入河南界，开封城内的周王已经派人迎到界上，礼物奠品，一齐送上，居正收了奠品，其余一概璧谢。渡过黄河，路经新郑，高拱住在这里，这是二十年来的旧交，六年以来的政敌。高拱有病，带病出来迎接。他病得太厉害了，说话都不十分清楚，这两个敌对的政治家，只有对面痛哭。居正记得上年嗣修匆匆南归的时候，曾派他到高拱那里问候，彼时已经听说有病，真想不到竟是这样地狼狈。
三十二名轿夫底膂力，就在四月初四日，把这一位首辅送到江陵了。到家以后，他有一封信给高拱：
相违六载，只于梦中相见，比得良晤，已复又若梦中也。别后归奔，于初四日抵舍。重辱遣奠，深荷至情，存殁衔感，言不能喻。使旋，草草附谢，苦悰痛切，不悉欲言。还朝再图一披对也。（书牍十四《答中元高相公三》）
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