现在的难题来了，慈圣太后固然要“暂免行刑”，明天子也不再“振提纲维”，怎么办呢？居正立即上疏。他说：
夫春生、秋杀，天道所以运行，雨露雪霜，万物因之发育。若一岁之间，有春生而无秋杀，有雨露而无雪霜，则岁功不成而化理或滞矣。明王奉若天道，其刑赏予夺，皆奉天意以行事。书曰：“天命有德，五服五章哉，天讨有罪，五刑五用哉。”若弃有德而不用，释有罪而不诛，则刑、赏失中，惨、舒异用，非上天所以立君治民之意矣。臣等连日详阅法司所开重犯招情，有杀祖父母、父母者，有殴死亲兄及同居尊属者，有杀一家非死罪三人者，有强盗劫财杀人者，有斗殴逞凶，登时打死人命者。据其所犯，皆绝灭天理，伤败彝伦，仁人之所痛恶，复载之所不容者，天欲诛之，而皇上顾欲释之，其无乃违上天之意乎？……今圣母独见犯罪者身被诛戮之可悯，而不知被彼所戕害者，皆含冤蓄愤于幽冥之中，明王圣主不为之一泄，彼以其怨恨冤苦之气，郁而不散，上或蒸为妖沴氛祲之变，下或招致凶荒疫疠之灾，则其为害，又不止一人一家，受其茶毒而已。独奈何不忍于有罪之凶恶，而反忍于无辜之良善乎？其用仁亦时矣！况此等之人，节经法司评审，九卿大臣评鞫，皆已众证明白，输服无辞，纵使今年不决，将来亦无生理，不过迟延月日，监毙牢狱耳。然与其暗毙牢狱，人不及知，何如明正典刑，犹足以惩奸而伸法乎？法令不行，则犯者愈众，年复一年，充满囹圄，既费关防，又亏国典，其于政体，又大谬也。伏愿皇上念上天之意不可违，祖宗之法不可废，毋惑于浮屠之说，毋流于姑息之爱，奏上圣母，仍将各犯照常行刑，以顺天道。若圣心不忍尽杀，或仍照去年例，容臣等拣其情罪尤重者，量决数十人，余姑牢固监候，俟明年大婚吉典告成，然后概免一年，则春生秋杀，仁昭义肃，并行而不悖矣。（奏疏五《论决重囚疏》）
这个奏疏上去以后，文书官口传圣旨：“先生说的是，今年照旧行刑。”居正认定“杀以止杀”；惟有严厉执行法律，民生才可以安定，国家才得到保障。统治阶级为了维持他们底统治起见，有时必须严厉执行维护本阶级利益的法律。这里看到他们的面貌。
第十一章 从夺情到归葬
万历三年神宗忽然问起左右的人来：“张先生底父母还在吗？”“先生底父母已经七十几岁了，”大家说，“还是好好的。”
神宗高兴得很，吩咐准备赏赐，一面亲笔写信给居正：
闻先生父母俱存，年各古稀，康健荣享，朕心喜悦。特赐大红蟒衣一袭，银钱二十两；又玉花坠七件，彩衣纱六匹，乃奉圣母恩赐：咸宜钦承，著家僮往赍之。
大致是万历五年夏间，文明病了，有时连走路都困难，居正准备请假省亲，偏偏神宗大婚的问题来了，后来婚期决定在万历六年三月，居正看到暂时走不得，索性定在大婚以后再行回去。他在给王之诰的信上提起：“老父顷患甚剧，今虽暂愈，然闻动履尚属艰难，桑榆暮景，风烛可虞。颛拟主上大婚后，乃敢乞身。（“乞身”二字不可信。文集十《先考观澜公行略》作“拟俟大礼告成当请告一省觐，”语较翔实。）今定婚期于来岁三月，则陈情之举，当在夏初矣。遥望此期，以日为岁，奈何？”（书牍九《答司寇王西石》）
文明这一年七十四岁，疾病缠绵，（敬修《文忠公行实》言“不谓一日晨出登王粲楼，蒙犯霜露，寝疾十有一日，遂卒。”与居正《答王西石书》不合。）终于在九月十三日逝世了。那时从江陵到北京，交通困难，九月二十五日，居正才得到讣闻。内阁同僚吕调阳、张四维奏明神宗，神宗颁赐御笔给居正说：
朕今览二辅所奏，得知先生之父，弃世十余日了，痛悼良久。先生哀痛之心，当不知何如里！然天降先生，非寻常者比，亲承先帝付托，辅朕冲幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父灵，必是欢妥，今宜以朕为念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。（见奏疏六《闻忧谢降谕宣慰疏》）
神宗赐银五百两、纻丝十表里、新钞一万贯、白米二十石、香油二百斤、各样碎香二十斤、蜡烛一百对、麻布五十匹。两宫皇太后也是照样赐唁。二十八日礼部奉圣旨，文明“著照例与祭葬，仍加祭五坛，”身后恤典，一切从厚。
但是重大的问题来了。明代内外官吏人等有丁忧的制度，在遇到承重祖父母，亲父母底丧事，自闻丧日起，不计闰，守制二十七月，期满起复。英宗正统七年令，“凡官吏匿丧者，俱发原籍为民”；十二年令，“内外大小官员丁忧者，不许保奏夺情起复”。“丁忧”指亲丧二十七个月中，必须解职的事；期满而后，照旧做官，称为“起复”。在二十七个月中，由皇上特别指定，不许解职，称为“夺情”。夺情之事，平常很少见，但是在军队中，尤其是在作战的时候，原谈不到“丁忧”，这一类的事，古人称为“墨绖从戎”，又称“金革之事不避”。在宗法社会里面，政治就是教化，官吏就是师长；主持教化的师长，在教忠、教孝的社会里，自己先行履行对于亡父、亡母的义务，不能不算是一种合理的行为。
居正照例咨行吏部，题请放回原籍守制。吏部随即奉到圣旨：
朕元辅受皇考付托，辅朕冲幼，安定社稷，朕深切依赖，岂可一日离朕？父制当守，君父尤重，准过七七，不随朝，你部里即往谕著，不必具辞。（见奏疏六《乞恩守制疏》）
居正九月二十五日得讣，这道不许守制的上谕，也在九月发下，一切都是四、五日间之事，没有回旋的余地。本来居正夺情的事情太严重了，居正身后，经过神宗十年到四十八年这个很长的阶段，一般人因为后来神宗对于居正的反感，无从追求正确的结论；等到神宗死后，讨论可以自由的时候，夺情底经过已经成为长远的过去，时日不清楚了，事实不清楚了，伪造的根据，曲解的现实，到处作祟。于是夺情的是非，遂成为一个谜。
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