朱棣打入南京，朱允炆或死或遁，下落不明，朱棣打算借重号称“读书种子”的著名文士方孝孺起草即位诏书。他们之间进行了一场辩论。朱棣说：“我法周公辅成王耳。”方孝孺质问道：“成王安在？”朱棣说：“伊自焚死。”方孝孺说：“何不立成王之子？”朱棣回答：“国赖长君。”方孝孺说：“何不立成王之弟？”朱棣辞穷，说：“此朕家事耳！先生毋过劳苦。”干脆说朱家的天下，朱家子孙坐，你管不着。当然，我们并不能以君主宗法制的礼法定是非。不过，从这对话中不是可以看出朱棣的无赖相吗？朱棣命人强授方孝孺笔札，说：“诏天下，非先生不可。”方孝孺说：“死即死耳，诏不可草。”朱棣见方孝孺不为所用，便以诛九族相威胁。方孝孺说：“便十族奈何！”于是酿出了一场杀十族的惨祸。朱棣命人“以刀抉其口两旁至两耳”，并将其投入狱中，接着便大肆搜捕他的门生以成“十族”。“每收一人辄示孝孺”，在精神上折磨他。朱棣所开创的亘古未有的杀十族的酷刑，使“坐死者八百七十三人，摘戍绝徼者不可胜计”。其他，如对兵部尚书铁铉，“割其耳鼻，爇其肉，纳铉口中，令啖之”，还问他“甘否”。铁铉说：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”“至死犹喃喃骂不绝。”户部侍郎卓敬不屈，临刑，神色自若，也被灭三族。礼部尚书陈迪不屈，朱棣把他的儿子捉来杀掉，并割其鼻舌，强塞给陈迪吃。陈迪“唾，益指斥”，终于被凌迟死，宗族遣戍者一百八十余人。刑部尚书暴昭不屈，朱棣命人“先去其齿，次断手足”，暴昭“骂声犹不绝，至断颈乃死”。左佥都御史景清，因刺杀朱棣不成，被“抉其齿，且抉且骂，含血噀御袍。乃命剥其皮，草椟之。”“碎磔其骨肉”。右副都御史练子宁，被逮语不逊，朱棣“命断其舌，磔死，宗族弃世者一百五十一人，又九族亲家之被抄没戍远方者又数百人”。其他不一而足。这些人的死，不仅是出于对封建礼法对建文帝殉节，更重要的，他们是出于拥护建文帝的宽仁之政，从而反对朱棣“恢复祖宗旧制”的政治立场。对此，前文已有论述。
最野蛮的，莫过于朱棣对这些殉难者家属的处置了，且不说他下令在郡县穷治建文“奸党”，以致“疏族远亲莫不连染”的所谓“瓜蔓抄”，即从一段朱棣口诏的实录，便足以看出他的流氓嘴脸。
永乐元年正月，校尉刘通等赍帖为奸恶事：“一将刑科引犯人张乌子等男妇六口，又引犯人杨文等男妇五百五十一名。”奉钦依“连日解到的都是练家的亲。前日那一起还有不识气的，在城外不肯进来，嗔怪催他，又打那长解”。锦衣卫把这厮都拿去，同刑科审。亲近的拣出来，便凌迟了，远亲的尽发去四散充军。若远亲的不肯把亲近的说出来，也都凌迟了。”
二月，解到邹公瑾等男妇四百四十八名口。同年十二月十二日教坊司题：“有奸恶卓敬女杨奴，牛景先次妻刘氏，合无照前例；谢升父旺年七十四，男唆儿年二十。”俱奉钦依“发金齿卫充军，妻韩氏送淇国公处转营奸宿。茅大芳并男顺童、道寿，幼男文生，俱典刑”。“妻张氏发教坊司病故”。左韶舞安政等官奏，奉钦依：“著锦衣卫分付上元县，抬去门外，著狗吃了。”
十一年正月十一日，教坊司等官于右顺门口奏：“有奸恶齐泰等姊并外甥媳妇，又有黄子澄妹四个妇人，每一日夜二十馀条汉子看守，著年小的都怀身孕。除生子令做小龟子，又有三岁女儿。”奉钦依：“由他不的，长到大便是个淫贱材儿。”
又奏：“当初黄子澄妻生一个小厮，如今十岁也。”奉钦依：“都由他。”
永乐九年四月廿一日，某司奏：“浣衣局副使张琳奸恶妇人一名。”“著教坊司领刺了。”
这仅仅是大量事实中的极少一点材料，是《奉天刑赏录》、《钦录簿》中的数百字，但是它们实在太生动了，无须再加解释，便将朱棣的嘴脸暴露无遗。朱棣分明是一个顶着皇冠、披着黄袍的流氓头子！
近人鲁迅对朱元璋、朱棣父子的残暴深恶痛绝。他说：“自有历史以来，中国人是一向被同族和异族屠戮，奴隶、敲掠、刑辱、压迫下来的，非人类所能忍受的楚毒，也都身受过，每一考查，真教人觉得不像活在人间。”
朱棣为什么要进行这样残暴的屠杀，一言以蔽之，即为满足自己的权力欲望，坐稳皇帝的宝座，为此，一切武的反抗、文的抵制都在扫荡之列，为此，一旦得胜，便必欲用一切手段处置反对派以浅愤。姚广孝不愧为朱棣的重要谋士。他们二人的心是相通的。他的一段话无异于朱棣夫子自道。在处理建文忠臣卓敬的问题上，姚广孝说：“陛下虽天下已定，然兵革方殷。若欲返驾燕都，不杀敬始可。方今楚王尚强，蜀王富盛，敬虽一介书生，实英雄才略也。今若生之，则彼得行其志，移檄诸王，声扬大义，据东南之饶，限长江之险，鼓舞豪杰，起兵北来，陛下未可安枕也。岂非养虎自遗患耶？”
在这种公开的屠杀和污辱外，朱棣还用各种阴谋手段杀人。为什么一个大权在握的皇帝还要阴谋杀人？为了把自己打扮成不计前嫌的宽仁大度者，对那些不便公开下手的便只能阴谋杀害。对于得罪自己的人，在朱棣心中绝无容忍的余地。请试举两例。
一是解缙。解尝于洪武中以才见称于太祖。建文中一度谪为河州卫吏，后被荐为翰林待诏。朱棣即位，缙被擢为侍读，与黄淮、杨士奇、胡广、金幼孜、杨荣、胡俨并直文渊阁，参预机务，寻进侍读学士。朱棣标榜偃武修文、优礼文学之士，集人编篡各种大型图书，重修《太祖实录》，编篡《永乐大典》等均以解缙为总裁。但解缙在修《太祖实录》、定储之议及谏止出兵安南方面均引起朱棣的不满。关于修《太祖实录》前已论及。关于立储，解缙主张立长子朱高炽，深为有靖难功的朱高煦所恨。时朱高煦宠益隆，“礼秩逾嫡”。解缙又以进谏不可启争触怒朱棣，被斥为“离间骨肉”。永乐四年赐黄淮等五人二品纱罗衣，竟不及缙。但朱棣并不以此坐缙罪，却以廷试读卷不公谪广西布政司参议。既行，又被劾怨望，改交阯，督饷化州。朱棣亲征漠北，缙恰入京奏事，谒皇太子而还。结果被朱高煦说成“私觐太子”、“无人臣礼”，竟逮缙下诏狱，“拷掠备至”，一旦而为阶下囚。永乐十三年，朱棣查看锦衣卫囚籍，见到解缙的姓名，说：“缙犹在耶？”纪纲遂令缙饮酒至醉，埋积雪中，立死。
另一是梅殷。梅殷是朱棣的姐姐宁国公主的丈夫，最为朱元璋所喜爱。朱元璋见诸王强盛，曾密托他辅佐朱允炆。“靖难”兵起，他以总兵官身份镇守淮安。朱棣的军队南下，借进香之名，要穿过梅殷的防地。梅殷说：“进香，皇考有禁，不遵者为不孝。”朱棣大怒，写信给梅殷说：“今兵兴诛君侧之恶，天命有归，非人所能阻。”梅殷把使者的耳鼻割掉，放其回还，并说：“留汝口为殿下言君臣大义。”朱棣绕道打下南京，梅殷尚拥兵淮上。朱棣强迫宁国公主“啮血为书”，召梅殷还京。对于这样的人，朱棣当然不能容，但碍于皇亲不便公然下手。永乐二年，都御史陈瑛报告说梅殷“蓄养亡命”，“诅咒”朱棣。朱棣不动声色，说“朕自处之”。他下令户部考定公侯驸马伯的仪从人数，借此命锦衣卫将梅殷家人执送辽东。第二年十月，梅殷入朝，前军都督佥事谭深、锦衣卫指挥赵曦把梅殷挤到笪桥下淹死，随后向朱棣报告说梅殷投水自杀。宁国公主找到朱棣，朱棣假意要捉拿凶手，并以安排她的两个儿子做官作为安抚。不料凶手被人指出，朱棣不得已要治其罪，而二人说：“此上命也，奈何杀臣！”一下露了马脚。朱棣大怒，立命力士“持金瑵，落二人齿，斩之。”此二人亦惨矣。如果他们不供出指使者朱棣，或许还可以活命吧？不过，朱棣要杀人灭口，亦未可知。这件事足可以看出朱棣的阴险残刻。
有时，朱棣对得罪自己的人要故作宽大，并不马上治罪，而以后必借他故而杀之。永乐初，北京刑部尚书雒佥，向朱棣建言“朝廷用人，宜新旧兼任。今所信任者，率藩邸旧臣，非至公之道”云云，结果被认为“语涉怨诽”。朱棣把奏疏出示群臣，群臣皆言“宜正其罪”。朱棣却故示开明宽大，说：“朕为天下君，政欲日闻直言，姑宽之。”实则朱棣内心并未赦其罪。果然，永乐三年二月，朱棣竟以“居官贪婪暴虐”、“擅作威福”等罪名将雒佥处死。这种政治现实使许多人感到失望而为之悲叹。永乐初曾任翰林检讨，最为解缙所重，亦卒为解缙事牵连致死的诗人王偁写道：
有泪莫泣鲛人珠，有足莫献荆山玉。
赤心徒使按剑猜，至宝翻令笑鱼目。
更为恶劣的是，朱棣恢复了锦衣卫狱。
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