7月30日，在东京赤坂区桧町“黑龙会”的会所，同盟会举行预备会议。会上通过了以孙中山提出的“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”口号，作为同盟会纲领，并根据黄兴提议，一致推举孙中山为同盟会总理。随即，8月20日同盟会正式大会举行，正式通过会章，决定设总部于日本东京，总部下设“执行”、“评议”、“司法”三部，由黄兴、宋教仁、陈天华、马君武等人主持，为了向国内各地发展力量，组织革命活动，又推定各省区的“主盟人”
即任分会长；并另举廖仲凯为天津部负责人、蔡元培为上海部负责人。这样，过去各自分散的革命团体，从组织纲领上结合为全国范围的革命政党。中国资产阶级民主革命进入到一个新的阶段。
秋瑾是在病床上听到这些消息的，当她病愈之时，同盟会成立大会已结束十多天。这时，青山女校已经开学近一个月了，秋瑾便匆匆忙忙地投入到青山女校的学习中去，她进的是师范科。这个班由驻日中国留学生总监督范濂和日本近代女教育家、青山实践女校校长田歌子发起合办，修业期为三年，除国文教员是章士钊外，其他都是日本教员，上课都有专门翻译。
实践女校校规很严，单独外出或单独与人会见，必须有保证人，这给秋瑾联络革命同志带来很多不便，为了在学习同时进行革命工作，秋瑾坚持住在留学生会馆，每日奔波好几里。
一天傍晚，当她拖着疲惫的身子回到寓所时，发现自己门口站着一个人。等走近了，那人已喊了起来“秋女士，近日可好啊？”
“啊！冯先生，”秋瑾喜出望外，“你怎么来了？”
“我怎么就不能来？”冯自由笑着说，“我这次可是有要事找你啊！”
秋瑾赶忙开门，把冯自由让到屋里坐下。
“秋女士，你怎么步行回来？！这么晚，也不叫辆车。”冯自由问道。
“唉，囊中羞涩啊。”秋瑾笑着答道：“自从家父去世之后，家中一日不比一日，只能省着点啦。不过这也好，可以练练脚力，以后好为革命奔走嘛！”
说着，两人同时笑了起来。
“秋女士，”冯自由接过秋瑾端来的茶，说道：“同盟会成立，想必你也听说了。我们‘三合会’也接受了同盟会领导，各会党也都正组织在一起，准备反清大业。”
“三合会加入同盟会，那，那我们怎么办呢？”
“我也正是为此事而来。”冯自由呷了口茶，接着说：“我已跟同盟会联系好，正逐步把三合会的弟兄介绍加入同盟会。9月4日，你跟我去见见黄兴，加入同盟会。”
“那可太好了，我这几天还正为此事发愁呢。”
秋瑾兴奋异常，她从抽屉里拿出几块钱，对冯自由说：“走，今天我请客，咱们喝一杯去。”
同盟会成立之后，各省留学生要求参加者络绎不绝。在同盟会第一次大会召开半个月后，秋瑾在黄兴的寓所里参加入会仪式。她举起右手宣誓道：“联盟人浙江省会稽县人秋瑾，当天发誓，驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权，矢信矢忠，有始有卒，如或渝此，任众处罚。”誓毕又接受了同志相见的握手暗号和三种秘密口号。秋瑾成为浙江籍留日学生中加入同盟会的第二人。
随着同盟会的不断壮大，在秋瑾入会后的几天，同盟会召开第二次大会。
这天上午，秋瑾急匆匆前去找黄兴，以联系有关浙江同盟会会员之事。当她踏进房门时，看见屋里还有一个人。那人花白短发，梳得很整齐，一双眼睛炯炯有神。
还未等秋瑾开口，那人已伸出一双大手。爽朗地笑道：“不用猜，来者一定是‘鉴湖女侠’了。”
秋瑾迟疑了一下，说：“您是孙先生吧？”
“在下孙文。”那人答道。
“真没想到能在这儿碰到您，”秋瑾显得异常激动，“这可真是太好了。”她说着回头冲黄兴笑了笑。
“孙先生，您看同盟会现在该做些什么呢？”秋瑾迫不及待地问道。
“那您看呢？秋女士。”孙中山反问道。
秋瑾想了想说道：“我看同盟会人员增多，我们不妨在各地策划起义，从各地暴动然后全国起义，推翻清政府。”
“鉴湖女侠果然雷厉风行，所言甚是。只是现在同盟会的组织大都在国外，国内还没有像样的团体。
再者现在也没有足够的军备。我正准备同黄兴到南洋去，寻找爱国华侨，在他们支助下，从南洋打回广州，在广州建立政府，与北京抗衡，指挥全国革命。”
“那，那我们能做什么呢？”
“秋女士，你不用着急。”孙中山又笑了起来，“有工作会马上找你们的。好了，我还有事，你们慢慢谈，我告辞了。”
说着，孙中山便起身往外走。黄兴和秋瑾一直把孙中山送到门外，等孙中山上了马车，才一道回来。
很快，同盟会第二次大会召开，秋瑾被推举为同盟会浙江主盟人和评议员，主持本省留学界入会事务这时，她不仅到青山女校上课，还经常到东京麴町区神乐坂武术会练习骑射，学习制造炸药，翻译密码，战地救护，陆军编制等等，以便更好领导今后的起义她刚回到寓所，就听楼下几个女同学议论纷纷，她上去一打听，原来国内革命党人吴樾，为了抗议清廷的立宪骗局，怀揣炸药，前去车站，想行刺五个出国“考察”的大臣。不料人多拥挤，怀中炸药爆炸，吴樾壮志未酬，不幸牺牲，而五大臣中仅有两人受轻伤。
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