曾国藩务饬各营预为布置，以防轰扑。并着李鸿章于沪上及沿江隘口，严密搜查，毋令洋人卖给粤匪枪炮，以断该逆接济。
逆首毕萃金陵，苏、常等处，贼势必单，李鸿章正可乘机克复苏、常，为步步进逼之计。
金陵贼势穷蹙，官军攻剿吃紧之际，该逆困兽犹斗，势必拚死抵拒。
曾国荃所奏，旬日间战守各情，诸军将士皆能奋勇倍加，喋血苦战。曾国荃现在调集江浦、浦口之萧庆衍七营过江，驻扎七瓮桥河边，扼守秣陵关小河进城之路，并以金陵城，尚须添募万人，以翼合围，克期扫荡。惟江浦、浦口等处防兵，亦不可过于单弱，着曾国藩与曾国荃妥筹，相机办理，仍须谋出万全，以期必胜。
八月一日，李鸿章攻克江阴。太平军忠王李秀成带大军救援苏州，金陵空虚。
慈禧太后指示：着曾国藩督饬曾国荃乘机进捣。
金陵城东还有数处关隘没有攻下：近城的是中和桥、双桥门、七壅桥，稍远的是方山土山、上方门、高桥门，迤南的是秣陵关等地。曾国荃下令猛攻，并派将夺取东路关隘。太平军真的拿出了秘密武器：洋枪队数千人，疯狂扫射，激战几昼夜。
曾国藩上书：
金陵一城，面面布置，据有重险，为洪逆坚不可拔之基。自克九伏洲、江东桥数隘，而西南一面已为我有。兹又克七瓮桥、秣陵关等隘，而东南一面又为我有。现令萧庆衍进扎孝陵卫，经营城北，渐成合围之局。
慈禧太后大喜，多日一直悬着的心，终于可以放下来了。但是，她是一位冷静的女人，她的眼光总是放在未来：平定金陵之后，如何奖赏、安置曾氏兄弟和这些汉人精英？庞大的湘军、淮军是保留还是裁撤？要不要将曾氏诸将召来北京？朝廷大臣们敬佩曾氏诸人，但他们为何千方百计阻止他们入京？
慈禧太后笑了笑：这个曾剃头，一定要好好见见，城破之后，召他们进京。
十月二十五日，李鸿章克复苏州省城。十一月初五日，曾国荃面对固若金汤的金陵城，下令挖地道攻城。
十二月一日，慈禧太后降谕：现在金陵业经合围，着曾国藩饬令曾国荃密集围攻，断不可令忠逆（李秀成）乘隙他窜。
曾国藩兄弟依旧在作充分准备，步步为营，稳扎稳打。
同治三年一月二十一日，曾国荃攻克天保城，驻兵太平门、神策门。这样，金陵城已经完全合围。
六月十六日，在逐一削平金陵城外围的所有太平军重要据点之后，曾国藩命令曾国荃，开始正式进攻金陵城，取得空前大捷。六月二十七日，天王洪秀全服毒自尽。太平军拥立洪福 为幼主。曾国荃就使用地道战进攻：挖掘30余处地道，曾国荃亲自来到地道口指挥埋药，数次拼死争夺，最后终于引爆。霹雳一声，火光冲天，烟尘蔽日，瓦石土块漫天如雨。
城破之日，幼主秘密逃走，天王之兄洪仁达、忠王李秀成等人被俘。金陵宫中，数百名宫女自缢身亡，护城河内浮2000余具。三天三夜，火光不绝。曾国荃下令闭城搜杀，太平军十余万人被杀，包括太平军王、大小将领3000余人。缴获太平天国金印一方，银印二方。
慈禧太后接到报捷，欣喜若狂：咸丰皇帝一直忧心如焚的东南危局，在自己手上彻底扭转，皇朝粮仓的江南富庶之地，尽数收复！
她想到了她小的时候，最害怕也是最厌恶的就是洋鬼、长毛鬼，她不禁破涕为笑：洋鬼，不在话下！长毛鬼，毛全拔光了！
慈禧太后不知道太平天国天王洪秀全已经去世，降谕嘉奖诸将，活捉洪秀全：
逆首洪秀全等以数万逆众，久踞金陵，负隅死守。
曾国荃等督兵围攻，所部不满五万，两载以来，将城外贼垒悉数扫荡。兹于炎风烈日之中，伤亡枕籍之余，并力猛攻，克拔坚城。非曾国藩调度有方，曾国荃及各将士踊跃用命，不能建此奇勋！披览之余，曷胜欣慰。
此次立功诸臣，将伪城攻破，巨憝就擒，即行渥沛恩施，同膺懋赏。
其洪秀全及著名巨酋，必须悉数擒获，毋使兔脱。此外，被胁难民，仍着设法安插，以示宽大之仁。
金陵巢穴已复，各路余匪自必闻风丧胆。着左宗棠、李鸿章乘此声威，迅克湖郡。杨岳斌计已行抵南昌，即着迅将江右逆氛扫荡。俾东南数省咸就肃清，登吾民于衽席，有厚望焉！
克复金陵，曾国藩也十分兴奋，但他不以大功自居，特地请湖广总督官文居首，连衔上书，以六百里加紧红旗奏捷。
慈禧太后特降圣谕，奖励曾氏诸将：
曾国藩着赏太子少保衔，锡封一等伯爵，并赏双眼花翎。
记名提督李臣典，于枪炮丛中抢挖地道，誓死灭贼，从倒口首先冲入，众军随之，因而得手，实属谋勇过人，着加恩锡封一等子爵，并赏穿黄马褂，赏戴双眼花翎。
萧浮泗督办炮台，首先夺门而入，并搜获李秀成、洪仁达巨逆，实属勋劳卓著，着加恩锡封一等男爵，并赏戴双眼花翎。
慈禧太后考虑周到，这次大捷，共有120余位文武大臣论功嘉奖。除蒙古僧王之外，特别重赏汉人：
钦差大臣、科尔沁亲王僧格林沁，加赏贝勒；
钦差大臣、大学士、湖广总督官文，锡封一等伯爵，世袭罔替，并将本支内务府旗籍抬入满洲正白旗，赏戴双眼花翎；
江苏巡抚李鸿章，锡封一等伯爵，赏戴双眼花翎；
陕西总督杨岳斌、兵部右侍郎彭玉麟，均赏给一等轻车都尉（世职），赏太子少保衔；
四川总督骆秉章，赏给轻车都尉（世职），并赏戴双眼花翎；
浙江提督鲍超，赏给一等轻车都尉（世职）；
西安将军都兴阿、江宁将军富明阿、广西提督冯子材，均赏给骑都尉（世职）；
署京口副都统魁玉，赏给骑都尉（世职）；
漕运总督吴棠，赏给头品顶戴。
闽浙总督左宗棠、杭州将军国瑞、江西巡抚沈荷桢，奉旨褒奖，等候平定浙江、江西之后再行加恩封赏。
六月二十五日，曾国藩亲自视察金陵。二十八日，巡视城垣。二十九日，亲自审讯洪秀全侍女黄氏，随之从天王皇宫之中，挖掘出洪氏尸体：遍体金黄，黄色龙袍金光闪烁，满眼都是黄绸陪葬品；洪氏秃顶，几乎没有头发，胡须花白。曾国藩下令戮尸之后，放火烧毁。
攻克金陵，满洲大臣们高兴之余，没有忘记提醒太后：遣散汉人，裁撤湘军。
慈禧太后得知太平军还有一股在山东活动，有数十万之众，十分强悍，称为捻军。慈禧太后就命曾国藩率领胜利之师前往征讨，接替征讨多年没有成功的僧格林沁。
僧王性情刚烈，一直想彻底消灭捻军。他一次次地重整旗鼓，长途奔袭。
曾国藩听说僧王轻骑追击，一日一夜三百余里，叹息说：这是兵法大忌，必损上将军！
果然，不久传来消息：僧王战死于曹州。
慈禧太后听到这些消息，非常吃惊：曾国藩真的如此料事如神？
曾国藩奉旨征剿捻军，采取与僧王完全相反之策：临海关、周家口、济宁、徐州各处，把守重兵，设立四镇。一处有急，三处救援。坐以待劳，伺机歼灭。
慈禧太后深为佩服，细看其奏折：
今贼已成流寇，若贼流而我与之俱流，必致疲于奔命。故臣坚持议，以有定之兵，制无定之寇；重迎剿，不重尾追。
慈禧太后击节称赞：好个曾剃头！好个以有定之兵制无定之寇！
曾国藩以筑长城、开壕堑之法，最终剿杀了捻军，为大清王朝彻底消除了隐患。
同治六年六月，慈禧太后授曾国藩大学士，仍任两江总督。七月，授体仁阁大学士。
同治七年四月，慈禧太后授曾国藩武英殿大学士。七月，调任直隶总督，负责京畿防备。
曾国藩上书慈禧太后，请求陛见。
慈禧太后高兴地批复：着来见。
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