大军到了高平，会合了窦融的部队，便向隗嚣发起了进攻，真是势如破竹，隗嚣退守天水，略阳也平安无事了。光武帝本想一鼓作气彻底消灭隗嚣，这时，洛阳传来急报，原来颍川农民造反，河东守兵也反汉了。刘秀禁不住叹息，他懊悔地说：“我悔不该听郭宪的话，现在才知道费事了。”于是率领大军，马不停蹄，昼夜东归。但他对留下的众将消灭隗嚣很有信心，他在半路上给将军岑彭写了一封信，说：“如果打败隗嚣，就率大军向南攻击公孙述。人生最辛苦的是不知足，已经得到了陇，还望着蜀，每发一次兵，我的头发就白了不少，不知道什么时候能肃清天下。”
刘秀回到洛阳后，派将军寇恂前往颍川平叛，很快河东安静。
不久将军冯异和祭遵病殁军中，刘秀听说禁不住叹息。
不久，刘秀决定再次西征，车驾到了长安，寇恂劝阻道：“长安道路方便，皇上宜驻军城中，安定陇西。敌人闻说皇上驻在长安，必然害怕，自会望风来降，如果以皇上万乘之躯，亲自到危险的地方去，实在不合适。上次颍川事件，就是前车之鉴，不可忘记。”
但是，刘秀没有采纳，亲自进驻前线。
公元35年，陇西彻底平定，刘秀立即派大军进攻巴蜀的公孙述。
征南大将军岑彭准备以水军进攻蜀军，将军吴汉认为进攻蜀军水军无用，只是多费粮食，不如遣散。
两人为此发生矛盾，刘秀听说后，下诏说：“大司马（吴汉）惯用步兵和骑兵，不熟悉水战，进攻蜀军，就请听征南公（岑彭）的，大司马不要掣肘。”
大军进展顺利，但是公孙述却派人相继刺死了汉将岑彭和来歙。刘秀于是把平蜀的事情交给了吴汉。
吴汉率大军进攻成都的时候，在距城十里的地方扎营，他与部将隔江立营，刘秀得到奏报后，大惊失色，他亲自写信给吴汉：“你怎么遇事这样慌乱呢？
已经是孤军深入，现在又隔江立营，如果敌人分头进攻，你能顶得住吗？希望你快快退回广都，不要急于攻击。”书信还没有到，公孙述却正如刘秀所说，发起了进攻，吴汉的部队吃了一个大亏。公元36年，吴汉攻破了成都，杀光了公孙述全家，然后纵兵大肆掳掠。
刘秀听说后，派人责备吴汉，副将军刘尚是宗室，他责备尤其厉害，他对刘尚说：“城已经攻下来了，老百姓都屈服了，那些老人和小孩有上万人，你们却纵兵掳掠，杀人放火，你们竟能忍心？你是我刘家的子孙，也曾经做过官，为什么还这样的残暴？你们看看天，再看看地，天地能放过你们吗？这不是我当初出兵的意思。”
公孙述消灭后，天下基本平定。
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