李时珍的《本草纲目·凡例》中阐明自己设立8个栏目，其指导思想是，各种药品，首先要有个名称，一个正确的名称。其次是集中解释，说出它的产地、形状，如何能采集到，再以辨疑，纠正其错误之处。
然后说明如何炮制。再说出它的“气味”，说明它的属性。次予以“主治”，它主要能治何病，有何功效。
再以“发明”，发现还能用于治何病，最后“附方”写出药方，说明它的用处。
李时珍选作范本的《证类本草》，载药1746种，其中有的一药两名，有的有名未用。去其重复与未用者，两相比较，《本草纲目》实际比《证类本草》新增药物374种。金石部增加26种，草部增加86种，果部增加34种，虫部增加26种，鳞部增加28种，其他各部所增数种或十多种。这些新增加药物，有的考自历代本草中有其名未列专条论述者；有的直接从民间收集而来。李时珍所增加的药物，有一些已成为今天的常用药，如土茯苓、淡竹叶、丝瓜、三七、番红花、樟脑、白腊、曼陀罗花、九仙子等。
他对这300多种新药的研究论述，有首创之功。
李时珍有丰富的医药实践经验；同时善于作理论分析和探讨。《本草纲目》不少地方对药性理论有重要发展。李时珍根据自己的实践经验，对古代名家在药性论断上的矛盾，详加分析订正；对有些药物的气味，前人未加论述者，作了弥补；对有些药物的功效，根据新经验作了新规定。特别发展了药物归经理论，用自己的临床经验，确定或补充了药物在六经中所归之经，并重视属气、属血之区分。还总结药性升降浮沉的变化规律，强调人们可以通过改变药物的升降浮沉之性，以适应临床需要。李时珍对药性的充实与发展，大大提高了本草著作的临床指导作用。
《百病主治药》是一部独立的医学著作，前代医家曾有研究，李时珍加以扩充完善，列为《本草纲目》第三、四卷的内容。李时珍所以将这一部分编在《本草纲目》正文的前面，主要是为了促进医药结合。《百病主治药》同样运用纲目结合的原则，主病症为纲，列主治药物为目。共立113项病症，包括内科、外科、儿科、妇科、五官科等；每项病症下面列举数种以至数十种主治药物，以供医家临床选用，按病查药，一目了然。可供研究，可应急需，科学性与实用性紧密结合。它同《本草纲目》的体系相为表里。《本草纲目》的论述方法是就药论经，以药为纲；《百病主治药》的记述方法是就病症论药，以病症为纲。二者结合，就药论治，按症寻药，确实是一部非常完整的医药著作。
李时珍结合本草研究方剂，每味药物之后，特辟“附方”一栏。《本草纲目》较之《证类本草》，新增了单方、验方8000多个。李时珍在访药过程中，同时注意采方。他走到哪问到哪，渔夫、车夫、猎夫、村野老妪，收集他们所知道的单方、验方。传说他给穷苦人治病时，可以不收钱，患者如果向他提供一二个单方，就认为是最好的报酬。李时珍编成一部方书叫做《濒湖集简方》，就是将他所收集到的药方汇集在一起的。不幸的是，此书已失传，但《本草纲目》“附方”一栏，可以说将其内容基本上保留下来了。
《本草纲目》共附11000多方，比附有3000多方的《证类本草》超出两倍以上。其中包括的方剂可大体分为4类：一是张仲景《伤寒论》、《金匮要略》等古代经典方书中所载的“经方”；二是金、元以后流行方书中所载的“时方”；三是更多地广泛流传民间、治疗某种疾病的常用“单方”；四是临床应用有特效的“验方”，乃至民间祖传“秘方”。李时珍出身平民，与各方面群众有广泛联系，能征集到民间大量单方、验方，将其集中起来写成书。所以《濒湖集简方》的一大特色是以单方为最多，经方、附方所占比例极小。书中所列的1万多个药方，可说是我国劳动人民数千年来同疾病作斗争经验的结晶。此书作为16世纪以前医方的巨大成效，具有极大实用价值，有些方剂至今仍是制造各种中成药的根据。
历代名医，不一定都是本草学家；著名的本草学家，大都是名医。李时珍首先精通医术，有着丰富的临床经验，后用更大精力从事本草研究，处处结合论述医理来阐述药物特性，并通过大量医案、医话阐发医学奥秘。李时珍在编撰《本草纲目》的同时，还劳心苦思，写成了6部医学著作。关于脉学的有《濒湖脉学》、《奇经八脉考》、《脉诀考证》；关于三焦、命门理论的有《三焦客难》、《命门考》；还有关于临床医疗经验的《濒湖医案》。现只存前面3部著作，后面3部著作虽已失传，但其部分内容可从《本草纲目》中考知。《本草纲目》所包含的医学思想，虽不像药物学那样容易为人掌握，但它包含的医学理论却是十分深刻的。李时珍还特地编纂《序例》两卷，冠于全书，就是让人们在研究药物学时具备必要的医学知识。《序例》的内容，可以从两个方面研究。从本草学方面来说，它引导人们研究药物的采集、修治方法，了解药物的性味、归经，及如何改变药性方法，注意相反诸药，及各种药物的禁忌等。从医学方面来讲，它引导人们紧密地结合药物的基本特性，正确地辨症施治；论述用药的基本理论。《序例》不少地方作了创造性发挥，但主要还是以简要地论述前人经验为主。总之，《序例》要求良医须是随症施药，知药论医得心应手的行家。《序例》从形式上看，它是摘取前人医药理论的精华，实际上却凝聚着李时珍医学心得结晶。
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