少年李时珍按照父亲的意愿，虽然讨厌成天关在屋里读死书，讲什么“起承转合”，但不能违抗他父亲的意志，只有刻苦地埋头攻读沉闷的时文。
公元1531年，李时珍在父亲的陪伴下来到黄州参加了科举考试，一举中了秀才。这一成功使李言闻心中的希望变得更加强烈：将来乡试中举人，进京会试点翰林，一个接一个闪闪发光的灿烂前途，都将属于我的儿子李时珍。
“李时珍中了秀才！”这一消息在熟识李言闻的人中传颂，“秀才”当然不算什么了不起的功名，但是却是攻克科举道路的第一道关口；不少读书人应考多年，考到三四十岁，有的甚至50多岁了，也还是一个没有考取秀才的童生。而李时珍这时才14岁，小小年纪就中了秀才，这在当时也是相当不容易的。
不仅李言闻为李时珍考中秀才而高兴，连蕲州城的世家大族顾敦也对李时珍未来的科举道路的成功充满了希望，顾敦特地邀请李言闻和李时珍去家里做客。
顾敦对李言闻说：“我看这孩子天庭饱满，像貌非凡。
这么小的年纪就中了秀才，将来一定前程无量。”李言闻对顾家这位在蕲州老百姓眼中高不可攀的贵人的话感到欣喜，连忙说：“老太爷过奖了，这小子托老太爷的福，侥幸中了秀才，今后还望老太爷多多教诲。”
顾敦说：“今后时珍就随时来我这里看书吧，我这里藏书很多。”顾敦的话坚定了李言闻要儿子走科举道路的信心。顾家的大量藏书也为李时珍的学习提供了不少方便。
李时珍遵从父亲的意愿，日夜刻苦攻读《四书》、《五经》，揣摩八股文的章法和句法。
按照明朝考试制度，每逢子、午、卯、酉年举行乡试，即每三年举行一次，乡试都在武昌举行。李时珍对八股取士那一套并不感兴趣，他的思想总是同科举考试格格不入，在前两次的乡试中接连失败。在参加第二次乡试之后，李时珍的身体累垮了，得了一种可怕的病——骨蒸病，长期处于高烧状态，病魔几乎夺走了他的生命，幸得他的父亲李言闻对他的精心治疗和护理，用一味黄岑汤灌服才将他从病魔之中解脱出来。同时也使李时珍感受到了医中奥妙。李时珍经过两次科举考试的失败，在父亲的鼓励下，依然拖病苦读，幻想着在下一次的乡试中，取得优异的成绩，实现父辈们对他的希望。
嘉靖十九年（1539年），李时珍抱着极大的希望，第三次在父亲的陪伴下来到武昌参加乡试，结果依然名落孙山。这次考试的落榜，对23岁的李时珍是一次极大的打击，多年来的“进士”梦彻底破灭了。
李时珍的三次乡试不中并非偶然，其原因不是他没有用功的学习，而在于他所发表的议论和提供的时务对策，完全不符合封建统治者的意志。在李时珍的时代，统治者推行的是一套窒息人们创造精神的思想教育制度。科举考试是把年轻人的思想紧紧束缚在儒家经典的思想牢笼中，不容许有任何自由。八股文，就是强调儒家经典，其实质就是强迫学子谨守儒家的处世为人准则，遵从三纲五常名教，死心塌地为封建统治者服务。而与此同时，资本主义已在中国萌芽，在商品经济发展的情况下，为适应广大农工商贾强烈的文化生活要求，民间文化生活活跃起来，人民对封建统治思想逐渐发生动摇，封建统治思想的叛逆者应运而生。受统治者不甘于长期处于被压迫、被愚弄的状态。李时珍是受剥削、压迫的平民子弟，不愿意昧着良心去为封建统治者出谋献策。他熟读四书五经，精研各种典史，所想到的是如何为人民做点事，解除贫苦大众的痛苦，因此，他在乡试中的答案一次又一次地不能入选。
榜上无名之后，李时珍放弃了多年的八股文生活，向父亲学习医术。
在李时珍开始学医的前几年中，社会上发生的几件大事，坚定了李时珍专心医学和医疗实践的信念。
1540年，明朝嘉靖皇帝为了长生不死，祈求上天的赐福，决意炼丹成仙，同时，奸臣严嵩为了讨好皇帝，特地请来了真人陶仲文大建雷坛，昼夜设立道场，为皇帝求神祝福。嘉靖皇帝干脆不理朝政事务，专心炼丹。为了皇帝能够早日成仙，各地地方官府奉命搜寻各种灵丹妙药，强迫老百姓上山采灵芝，捕梅花鹿，进献给朝廷。在这种情况下，在全国各地建造了大量的雷坛、修道院，以供炼丹和求药，广大老百姓遭受着这场痛苦的大灾难。官府强迫民众运送檀木、进献灵芝和梅花鹿，不少人受逼而死于非命。而那些受到朝廷宠信的道士和方士们，在地方上十分猖獗，更加愚弄人民。在李时珍的家乡，李言闻和李时珍父子行医治病的场所玄妙观，也被改建为雷坛，道士们耀武扬威，将李时珍父子赶出了玄妙观。
在这人为的灾祸残酷地折磨广大人民的同时，天灾也降临了。1545年，蕲州发生了一次重大水灾，江水倒灌入蕲河，淹没了两岸的田地，人民流离失所，衣食无着；灾后可怕的瘟疫大肆流行，许多人相继死亡。双重灾难降临在人民的头上，有病无钱医，尸横遍野而无人掩埋。官府设立的“惠民局”并不能给予人民任何恩惠。
李时珍看到这种情况，悲天悯人，毅然走出家门和父亲李言闻一道，全心全意地为人民治病防疫，经过他们的救治，救活了无数人的生命，深受广大人民的爱戴。
这件事不仅使李时珍接触到了许多疑难病症，促进他认真钻研医术，精益求精，在中医学的理论和实践中都得到了提高，同时坚定了他一心学医，为了广大人民服务的信念，从科举考试中完全解脱出来了。
在李时珍26岁时，他开始正式独立行医，为人民治病，成为“千里就药于门，立活不取值”的名医。
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