被守城军队抛弃了的该城居民决定向蒙古人投降。由一些伊玛目和知名人士组成的代表团前来见成吉思汗，表示愿意献城投降。于是，公元1220年2 月10日至16日，蒙古人陆续开进不花刺市。但是，城堡仍有400名骑兵把守。蒙古人宣布，不花刺城内全体持有武器的居民都必须自首，违者格杀毋论，尸体将被填入城堡周围的壕沟。接着，蒙古军队在城堡周围架起投石器，瞬时巨石纷纷飞向城堡，打开了一些缺口。蒙古军从这些缺口冲了进去。城堡内的军民全被斩尽杀绝，无一存活。
城堡陷落以后，全城居民被迫出城，除了随身穿的衣服以外，其他财物概不许携出。赶出城内居民以后，蒙古军即纵兵洗劫，所有尚呆在城里的居民全被杀死（尽管他们也进行了抵抗）。伊玛目阿里。宰的看到古兰经被蒙古战马践踏在地，便对另一位知名人士鲁克那丁。伊玛目——扎答表示自己的愤怒之情。扎答回答说：“别出声。这是真主吹动的愤怒之风。我们这些被此风吹散的稻草无权发言！”
不久，一般人也这么看待蒙古人的所作所为。据一篇富有浪漫色彩的文字记载，成吉思汗本人的讲话也表达了这种观点。这篇文字记载说：世界征服者成吉思汗跨马进入这座城市时，经过大礼拜寺前。他问这是否苏丹之宫殿。有人便回答说此乃真主之殿堂。成吉思汗听后，便在祭坛前下马，踏上讲坛的台阶，大声地说：“野草已除，田野中无足够之草料。就在此给朕喂马！”
市民们忙去寻来谷物饲料。蒙古军将装古兰经的书椟取来置于大礼拜寺庭中，以代马槽，穆斯林们的圣经古兰经则被扔弃于地，任马匹践踏。接着，这些蛮人置酒囊于寺中，开怀畅饮。他们还把不花刺城内的舞者歌女拉到这里，令她们歌之舞之。蒙古人自己也放声唱歌，声彻四壁。他们在这里大吃大喝，纵情娱乐，而城内多数居民、律师，学者和教长等此时则在为他们执奴隶之役，为他们护视鞍马。
狂饮作乐之后，成吉思汗前往祈祷场（在伊卜拉伊姆门附近）。这是市民平时举行盛会时相聚祈祷的场所。此时，居民们已奉成吉思汗之命聚集在祈祷场上等待他训话。成吉思汗登上讲台，问众人中哪些人最殷富。众举出280人，其中90人是外国富商。成吉思汗叫这些人上前，听他训话。他首先回顾了他们的苏丹的种种挑衅行为，说正是这些挑衅行为迫使他不得已而对苏丹用兵。接着，他又对这些人说：“应知汝曹己犯大过，而众民之长官负罪尤重。设若汝曹问朕此言有何为据，朕可答汝曹：朕即真主之长鞭！如若汝曹无大罪过，真主不致降朕于汝曹之首而命朕惩罚汝曹。”
成吉思汗还补充说：“凡地上财宝，朕自会取之，勿劳汝曹奉献。然所有地下伏藏之财，汝曹应速告朕知。”成吉思汗命令所在各位殷富者指出其管家之仆。他强迫这些管家交出其主人所匿藏之财宝。
以上这几段富有浪漫色彩和小说化了的文字出自一位波斯历史学家之手。其他的历史学家没有记载过这一情节。可以肯定地说，当时的情景是十分令人痛心的。阿西尔曾写道：这是恐怖的一天。男人、妇女和孩子都在哭泣，呜咽之声充塞于耳。他们正处于生离死别的时刻，因为蒙古人要把他们分而据为己有。蛮人当着这些不幸者的面侮辱妇女，而这些不幸者对此却毫无办法，唯有以泪洗面而已。有少数人宁愿死也不愿目睹这一惨景，例如撒都鲁丁罕，鲁克那丁。伊玛目——扎答及其儿子，他们不忍视此，遂同蒙古人拼命，被杀。
蒙古军队在洗劫的同时，纵火焚烧不花刺城。大火几乎烧毁了整个城市（该城建筑多用木材），只剩下了几个诸如大礼拜寺和几座宫殿那样的砖石结构的建筑物。
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