中国儒学，不仅仅只有朱子学，还有阳明心学也传到了日本。虽然历史上没有心学传入时间的详细记载，但是在日本兴起阳明学派，是从17世纪的中江藤树开始的。
中江藤树本来是一个朱子学者，但他渐渐地对朱子学产生了怀疑。因为他这个人的学风就是不太重视记忆和背诵，而重视体察和内省。到了37岁的时候，中江拿到了王阳明的全部作品，读了后猛地省悟过来，于是“转了专业”——从信奉朱子学转而研习阳明学了。
在学问上，中江藤树接受了阳明关于“良知”的说法，并且用阳明心学把《大学》、《中庸》和《论语》贯穿了起来。在生活中，中江是一个孝子，所以他又非常推崇孝德，甚至把“孝”当作宇宙的本体。此外，中江还把他们本国的神道同这些儒家学说结合起来，形成了神儒合一的理论。而中江的后人，比如熊泽番山、渊岗山、佐藤一斋等人也都有这个特点。
所以，日本阳明学派虽然继承了中国的阳明思想，但有着日本人自己的思维特点。像这些日本学者，大都主张应该调和朱子学和阳明学之间的矛盾，把儒学和日本神道结合。而且在“知行合一”的问题上，他们把王阳明重实行的思想，同朱熹“格物穷理”的理论结合在一起，从而为吸收西方近代自然科学提供了一种积极的态度。这一点也可以为我们解释日本的思想界为什么能够迅速地接纳西洋的学术。
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