明末的三大案是：梃击、红丸、移宫。
梃击的案子发生在万历四十三年(1615年)五月初四。有一个姓张名差的汉子，手中拿了枣木棍，闯进皇太子所住的慈庆宫，打伤守门的宦官李鉴，走近大殿廊檐，被捕。巡按皇城御史刘廷元，审了他，向神宗奏报：张差“按其迹若涉疯癫，稽其貌实系黠猾”。刘延元的真正意思，是说：“虽则张差有狡猾的面孔，但在行动上却是一个疯子，没有什么政治作用。”有一个提牢主事王之寀，私下探询张差的口气，查出来张差是受了“马三舅”与“李外父”的指使，从家乡蓟州来到京师，随了一个老公公走进另一个老公公的大房子，吃饭。速第二个老公公给他一根枣木棍，领他进了宫，叫他逢人便打死，事成以后赏几亩地给他。于是王之寀便报告侍郎陆问达，托陆代奏神宗。
方从哲认为：王之寀胡说。御史过庭训(姓过，名庭训)，主张赶快把张差杀了(以免露出真相)。过庭训而且行文张差原籍的地方官，调查张差得疯病的经过。果然，蓟州知州戚延龄，就回了文来，说张差如何如何地得了疯病。
刑部举行了一次“十三司会审”，十三个司的司官都出庭。张差供出：马三舅是马三道，李外父是李守才，第一个老公公是庞保，第二个老公公是张成。另外，还有一个姐夫，姓孔名道，也是同谋。他的任务并不是“逢人便打死”，而是专打“小爷”。(“小爷”在老公公们的口语中，是皇太子。)
案情揭露到如此程度，一切无可掩饰。张成是郑贵妃的侍者，以前已经有一次犯了诅咒皇太子的嫌疑。郑贵妃一向想把自己的儿子常洵立为皇太子；在皇长子常洛被立为太子以后，虽则她的儿子也被立为福王而她并不甘心，始则留福王在京城，不放他到洛阳去就封，继则鬼鬼祟祟，要害死常洛，以便把福王常洵迎回来，入继大统。
糊涂的神宗，硬要袒护郑贵妃，把天大的案子放在自己的肩上。他召见方从哲与朝中文武诸臣，破口大骂，说他们意在离间皇帝与太子之间的感情。其实，何尝有人说他神宗是谋杀太子的主犯呢!没出息的太子常洛，这时候站在神宗的旁边，也顺嘴向文武诸臣申斥：“我父子何等亲爱，而外廷议论纷如。尔等为无君之臣，使我为不孝之子。”
结果，张差仍以“疯癫之人”冒犯宫禁罪名，被凌迟处死，马三道与李守才、孔道，被从轻发落，充军了事。老公公庞保与张成，在宫里被皇帝秘密杀死灭口。郑贵妃依然住在乾清官陪伴神宗，好像不曾有过梃击的案子一样。
红丸的案子，发生在万历四十八年(1620)八月二十九日。 朱常洛在八月初一日即位，改明年为泰昌元年。他在位仅有二十九天，死后谥为光宗。在明朝的皇帝里面，他是在位最短的一个，不能有所建树，原无足怪，但是就他在短短的一个月之中所表现的而论，即使他在位二十年、三十年，也必一无所成。 他即位到了第五天(据《明史.杨涟传》)，便得了病。这病可能是肚泻或痢疾，然而肚泻痢疾之所以能致他于死，主要的原因却是起居无节。他原已宠了两个‘选侍”，均姓李，称为东李、西李。西李比起东李来，更加受宠。郑贵妃为了想笼络他，一举而送他四个美人(据《明史.崔文升传》)，他都收了，这四个美人，加上二李，便要了他的命。
从八月初五日病起，病到二十九日，病重。(在初五日吃宦官崔文升的药，吃了以后，一天一夜要大便三四十次)鸿胪寺丞李可灼献上一颗红丸，他吃了，获得暂时的安睡，黄昏时睡醒了，再吃一颗，睡到半夜，去世，享寿三十九岁。
这便是所谓红丸案。
方从哲要用皇太子(熹宗)的名义，赏李可灼五十两银子。御史王安舜提出抗议：“先帝之脉，雄壮浮大，此三焦火动，宜清不宜助。红铅乃阴中之阳，纯火之精，投于虚火燥热之症，不速之逝乎？以中外危疑之日，而敢以无方无制之药，驾言金丹，轻亦当治以庸医杀人之条，而蒙殿下颁以赏格，是不过借此一举，塞外廷议论也。”方从哲吓得缩了回去，把赏银子的原拟，改为“罚俸一年”。
这么一来，朝廷的议论与民间的的谣言更多。方从哲又只得用圣旨勒令李可灼回家养病(免职)。
西李姓李，李可灼也姓李。西李与神宗的郑贵妃一向很亲近，而郑妃在梃击一案早就有了嫌疑。用红丸把光宗弄死，莫非是为了要把福王常洵从洛阳请回来当皇帝？
郑贵妃本人，确也太不避嫌。在光宗末死以前，她向光宗建汉立西李为皇后；西李也向光宗建议尊她(郑贵妃)为太后。这很像是她准备以“皇太后”的资格垂帘听政，甚至演出废君立君的把戏来。光宗也竟然扶病朝见群臣，假传神宗遗命，催大家快制定尊封皇太后的礼仪，礼部侍郎孙如游表示反对，说：要封，该先追封光宗自己的生母王贵妃，不该先封郑贵妃。
光宗一死，又发生了移宫的案子。
移宫的案子发生在光宗死后的次日，亦即万历四十八年九月初二日(这一年，由于光宗等不到次年改元便死，群臣议定：八月以后，改称泰昌元年，以为纪念。次年，原定为泰昌元年，改称为天启元年。)
光宗既死，西李照规矩应该搬出乾清宫，让新任的皇帝住，然而她没有搬。熹宗仍旧住在慈庆宫。她而且叫太监，把群臣的奏疏先送给地看，再拿到慈庆宫给熹宗看。
大学士刘一憬，吏部尚书周嘉谟，兵科都给事中杨涟，与御史左光斗，在九月初二日向皇长于(熹宗)上奏：请选侍(西李)移官。左光斗在奏中说：“选侍既非嫡母，又非生母，俨然尊居正宫，而殿下乃退处慈庆，不得守儿筵，行大礼，名分谓何？选侍事先皇，无脱簪戒旦之德，于殿下无拊摩养育之恩，此其人岂可以托圣躬者？且殿下春秋十六龄矣，内辅以忠直老成，外辅以公孤卿贰，何处乏人？尚须乳哺而襁负之哉？况睿哲初开，正宜不见可欲。何必托于妇人女子之手?及今不早断决，将借抚养之名，行专制之实。武氏之祸，再见于今，将来有不忍言者!”
两李看到了这本奏疏，派宦官叫左光斗进宫，准备当面予以重罚。左光斗抗命，说：“我是天子的官，只有天子能召见我。你们是干什么的？”西李又派宦官叫熹宗来乾清宫，商量处罚左光斗的事。熹宗这小孩子此时精灵得很，不肯去；却也叫宦官把左光斗的奏疏拿来看，看罢，很欣赏，居然把奏疏批交内阁。到了初五，内阁“具揭”再催，熹宗便批令西李移官。西李只得遵办，搬到仁寿殿去。
初六，熹宗正式登基，受群臣朝拜以后，摆驾回宫，所回的便是乾清宫，而不是慈庆宫了。
熹宗而且下旨，叫西李搬出仁寿殿，到宫女养老的哕鸾宫里去住。随即特下一敕，痛数西李的罪：(一)初一日光宗去世，群臣哭临，请求朝见他，西李把他留在煖阁,不许出来；司礼太监(王安)固请，才许。出来不远，西李又叫“李进忠”等再三喊他回去。最后，出来了，西李仍叫人吩咐他，不可到文华殿。(二)他自己的生母(王才人)是西李打死的(死在万历四十三年七月)。谁料到，四年以后，这熹宗变了一个人，竟然听从李进忠(魏忠贤)的玩弄，封西李为康妃！次年，天启五年，他又把杨涟左光斗等逮捕下狱，死得不明不白。不久，他让李进忠(魏忠贤)颁布“三朝要典”，颠倒三大案的是非。
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